genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.754.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  754  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239117497--239117655	59	2.8	57	89	5	223	32	13	25	27	1.94
239117497--239117655	29	5.5	29	88	7	216	32	13	25	27	1.94
239120504--239120613	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
239122520--239122579	30	2.0	30	96	0	111	31	13	15	40	1.85
239129824--239129897	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
239129765--239129897	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
239137644--239137717	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
239137585--239137717	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
239141810--239141986	40	4.5	39	83	7	191	23	22	27	26	2.00
239141810--239141986	79	2.3	78	80	7	191	23	22	27	26	2.00
239141863--239142024	77	2.1	78	79	10	172	25	20	26	27	1.99
239150184--239150351	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
239152948--239152997	25	2.0	25	96	3	93	40	8	20	32	1.81
239153048--239153228	40	4.5	40	80	5	170	25	21	25	26	2.00
239156667--239156752	27	3.2	27	93	0	136	15	17	24	43	1.87
239156667--239156767	27	3.7	27	84	5	114	14	15	24	44	1.85
239158404--239158504	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
239158433--239158508	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
239166271--239166371	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
239166300--239166375	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
239170141--239170241	29	3.6	28	78	7	98	20	16	33	28	1.95
239170171--239170248	27	2.8	27	80	7	77	21	15	33	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239175505--239175537	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
239175535--239175606	32	2.2	33	88	9	105	37	11	18	33	1.86
239176762--239176796	18	2.0	18	88	5	54	48	8	11	31	1.69
239181034--239181095	27	2.3	27	91	2	99	17	30	8	43	1.78
239183475--239183527	22	2.3	23	81	9	56	66	7	11	15	1.44
239183904--239183970	26	2.6	24	73	15	62	61	2	5	29	1.35
239184030--239184129	3	33.3	3	83	4	130	61	1	6	32	1.27
239185687--239186192	44	11.7	43	65	8	200	20	24	19	34	1.96
239185682--239186205	87	6.0	88	87	5	696	21	24	19	35	1.96
239185731--239186148	43	9.7	43	68	13	252	21	24	19	34	1.96
239191932--239192100	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
239196725--239196835	39	2.8	39	86	5	145	25	27	21	26	2.00
239198505--239198684	40	4.6	39	79	10	156	26	22	27	23	2.00
239198544--239198653	37	2.9	37	86	10	143	25	22	28	23	2.00
239207679--239207829	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
239207715--239207845	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
239215630--239215778	80	1.9	79	84	6	203	26	24	27	21	1.99
239215628--239215794	40	4.2	40	77	6	162	26	23	26	22	2.00
239215628--239215794	80	2.1	79	81	7	196	26	23	26	22	2.00
239217306--239217441	26	5.2	26	94	0	218	34	5	23	36	1.79
239219196--239219479	136	2.1	135	92	3	473	25	18	24	31	1.97
239227056--239227224	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239235084--239235260	40	4.5	40	83	4	180	23	25	22	28	1.99
239239389--239239462	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
239239446--239239521	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
239239389--239239521	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
239247271--239247344	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
239247328--239247403	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
239247271--239247403	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
239250973--239251239	24	11.1	24	96	0	462	35	25	18	20	1.95
239255990--239256168	40	4.4	40	80	3	189	25	24	26	23	2.00
239255990--239256182	80	2.4	80	82	2	217	26	24	26	22	2.00
239256111--239256194	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
239259553--239259731	40	4.4	40	80	3	189	25	24	26	23	2.00
239259553--239259745	80	2.4	80	82	2	217	26	24	26	22	2.00
239259674--239259757	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
239267631--239267809	40	4.4	40	80	3	189	25	24	26	23	2.00
239267631--239267823	80	2.4	80	82	2	217	26	24	26	22	2.00
239267752--239267835	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
239272002--239272157	39	4.0	39	91	2	242	26	20	31	21	1.98
239272021--239272196	39	4.5	40	87	2	162	23	23	31	21	1.98
239280118--239280272	38	4.0	38	93	1	247	25	20	31	21	1.98
239280137--239280316	38	4.6	40	87	1	145	22	22	32	22	1.98
239288975--239289022	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239289061--239289158	38	2.5	39	93	6	164	34	12	20	32	1.90
239289065--239289158	20	4.8	20	90	5	156	35	12	20	31	1.90
239289212--239289375	24	7.0	24	88	10	234	29	19	21	28	1.98
239289213--239289354	47	3.1	47	92	8	222	30	19	21	29	1.97
239289569--239289632	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
239297132--239297179	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
239297218--239297317	40	2.5	40	100	0	200	35	12	20	33	1.89
239297222--239297317	20	4.8	20	96	0	174	35	12	19	32	1.89
239297371--239297467	24	4.0	24	87	11	135	30	20	21	26	1.98
239297371--239297467	49	1.9	51	89	8	155	30	20	21	26	1.98
239297660--239297723	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
239299508--239299692	40	4.7	40	83	6	225	25	27	22	24	2.00
239299510--239299692	79	2.3	81	83	7	223	25	27	22	24	2.00
239302863--239302903	22	1.9	22	90	5	66	65	0	9	24	1.22
239303209--239303335	30	4.4	30	88	5	183	28	48	3	19	1.67
239303209--239303335	58	2.2	57	88	6	195	28	48	3	19	1.67
239303927--239304002	25	2.9	27	76	7	84	38	5	2	53	1.37
239303964--239304031	36	1.9	35	84	3	91	35	4	2	57	1.34
239304036--239304082	25	2.0	24	87	8	69	38	8	2	51	1.45
239303959--239304074	61	1.9	61	79	13	132	35	6	3	54	1.44
239304074--239304118	23	2.0	23	82	4	56	31	6	2	60	1.35
239304234--239304281	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239304234--239304280	8	5.9	8	85	7	60	31	2	2	63	1.18
239305825--239305860	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
239314053--239314399	73	4.6	73	81	10	376	29	16	22	31	1.96
239314187--239314217	14	2.3	13	94	5	53	12	12	9	64	1.50
239314290--239314602	165	1.9	165	89	3	488	29	16	21	32	1.95
239314455--239314677	73	3.0	73	88	3	322	27	17	21	32	1.96
239314059--239315402	239	5.7	240	94	2	2242	27	16	21	33	1.95
239314659--239314686	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61
239314529--239315313	164	4.9	163	77	16	537	28	17	21	32	1.96
239314695--239315149	73	5.9	73	76	14	416	27	16	22	33	1.96
239314276--239315386	166	7.0	157	72	18	704	28	17	21	33	1.95
239315137--239315164	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61
239315062--239315313	75	3.0	87	79	13	251	27	17	20	34	1.95
239315154--239315394	75	3.2	74	82	4	297	29	16	21	33	1.95
239315373--239315411	14	2.8	14	92	0	60	15	15	5	64	1.46
239315388--239315422	14	2.5	14	90	0	52	22	11	2	62	1.41
239315302--239315494	103	1.9	103	81	4	237	24	15	17	41	1.88
239316164--239316337	30	5.8	30	88	2	219	26	48	4	21	1.68
239316859--239316908	22	2.3	22	78	0	55	40	4	8	48	1.51
239316902--239316960	22	2.6	23	76	15	61	37	3	1	57	1.25
239317186--239317229	16	2.8	16	86	6	54	31	2	2	63	1.19
239319605--239319685	27	3.0	27	85	5	101	39	17	9	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239319614--239319702	27	3.3	26	84	7	108	40	17	10	31	1.83
239319638--239319711	26	2.8	26	87	6	87	40	18	10	29	1.85
239319708--239320023	27	11.8	26	84	6	368	28	22	8	41	1.83
239319708--239320023	107	3.0	106	87	1	436	28	22	8	41	1.83
239319708--239320023	80	3.9	79	88	5	404	28	22	8	41	1.83
239320002--239320087	27	3.2	27	86	6	86	41	24	5	27	1.78
239319695--239320049	107	3.3	108	84	2	403	30	21	8	39	1.83
239319655--239320023	134	2.8	134	85	3	469	29	21	8	39	1.84
239320016--239320142	54	2.4	53	79	11	141	43	19	9	27	1.82
239319708--239320060	134	2.6	134	84	2	334	30	22	8	39	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770