genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.379.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  379  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116696422--116696788	46	8.0	46	91	1	511	22	23	14	40	1.90
116696578--116696649	21	3.2	21	64	21	56	26	25	9	38	1.86
116697942--116698000	29	2.0	29	93	0	100	32	22	23	22	1.98
116699523--116699572	21	2.5	19	72	27	50	48	2	0	50	1.12
116701865--116701974	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
116706713--116706895	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	25	2.00
116706714--116706897	40	4.6	39	82	9	203	24	22	27	25	2.00
116706766--116706920	79	2.0	79	83	7	199	25	21	27	25	1.99
116711990--116712196	40	5.2	40	88	4	287	25	21	28	24	1.99
116718221--116718409	29	6.6	29	81	3	159	26	15	32	24	1.95
116720075--116720173	29	3.4	29	87	0	135	25	32	15	27	1.95
116723500--116723546	25	1.9	25	86	4	69	34	25	14	25	1.94
116723590--116723648	20	3.0	20	87	0	91	38	11	18	30	1.87
116723698--116723792	24	4.0	24	85	10	124	28	21	24	26	1.99
116723699--116723792	47	2.0	49	85	12	133	27	21	24	26	1.99
116723984--116724077	38	2.4	38	92	1	152	37	18	23	21	1.94
116730170--116730217	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
116730261--116730319	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
116730369--116730463	24	4.0	24	85	10	124	28	21	24	26	1.99
116730370--116730463	47	2.0	49	85	12	133	27	21	24	26	1.99
116730654--116730745	36	2.4	38	91	5	143	38	17	23	20	1.93
116732423--116732589	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116741984--116742154	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
116749465--116749647	24	7.6	24	95	0	276	21	19	25	33	1.97
116749465--116749669	48	4.3	48	89	2	216	23	19	24	33	1.97
116749465--116749669	72	2.8	72	80	5	236	23	19	24	33	1.97
116753119--116753179	8	7.6	8	76	7	52	52	16	26	4	1.64
116753112--116753173	16	3.9	16	72	8	54	50	17	27	4	1.67
116753112--116753179	24	2.8	24	88	0	100	51	16	26	5	1.67
116758052--116758083	15	2.1	15	94	0	55	28	6	0	65	1.16
116758943--116759234	154	1.9	154	80	2	345	25	24	17	31	1.97
116764052--116764218	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
116772070--116772197	40	3.2	39	81	6	141	27	21	26	24	1.99
116781870--116782007	38	3.6	38	93	2	213	26	19	29	24	1.98
116781870--116782035	38	4.3	38	89	5	208	25	19	29	25	1.99
116781898--116782045	78	1.9	78	83	5	192	24	20	29	25	1.99
116789945--116790084	39	3.6	39	94	0	226	25	20	29	24	1.99
116789945--116790113	39	4.3	39	92	2	223	24	21	28	24	1.99
116793335--116793404	27	2.5	28	95	2	124	30	27	14	28	1.95
116794854--116794923	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
116794931--116795037	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
116802085--116802154	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
116802162--116802268	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
116809312--116809381	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116809389--116809495	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
116816934--116817025	29	3.2	28	84	3	103	33	16	27	22	1.95
116816936--116817015	28	2.8	28	86	1	97	35	15	26	23	1.94
116825005--116825097	29	3.2	29	85	0	114	34	16	26	22	1.95
116825036--116825110	29	2.6	29	82	0	78	32	17	28	22	1.96
116826810--116826858	20	2.5	20	86	6	73	24	6	16	53	1.66
116828251--116828284	15	2.2	16	89	5	52	50	0	29	20	1.49
116831684--116831830	51	2.9	51	89	2	224	29	27	12	31	1.93
116832498--116832537	21	2.0	20	90	5	62	20	30	40	10	1.85
116833846--116834015	46	3.7	46	83	11	183	25	31	15	27	1.96
116841519--116841680	46	3.5	46	81	9	163	25	30	16	26	1.97
116841412--116841680	47	5.8	47	71	9	162	26	30	18	25	1.98
116858717--116858878	43	3.7	43	76	11	143	27	18	26	27	1.98
116860455--116860479	13	1.9	13	100	0	50	0	40	24	36	1.55
116861546--116861712	46	3.6	45	78	7	174	22	28	20	28	1.98
116861450--116861715	93	2.9	92	79	11	267	24	28	19	28	1.98
116880053--116880196	39	3.7	39	85	4	209	22	29	21	27	1.99
116882722--116882889	40	4.2	40	81	1	185	24	27	23	24	2.00
116887782--116888044	40	6.6	40	94	0	429	25	21	28	25	1.99
116888706--116888807	40	2.5	40	82	6	109	26	23	25	24	2.00
116891508--116891724	46	5.0	46	88	10	330	34	7	27	30	1.84
116891557--116891678	37	3.1	37	89	9	172	33	7	28	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116891728--116891838	47	2.4	47	89	3	161	36	9	27	27	1.87
116894394--116894657	40	6.6	40	95	0	438	25	21	28	25	1.99
116895321--116895421	40	2.5	40	82	6	107	26	22	25	24	2.00
116895359--116895455	40	2.5	40	78	8	99	27	24	24	22	2.00
116898130--116898200	22	3.2	22	62	15	56	29	8	32	29	1.87
116898124--116898349	46	5.0	46	96	2	411	33	7	27	31	1.84
116898353--116898463	47	2.4	47	89	3	161	36	9	27	27	1.87
116901020--116901282	40	6.6	40	94	0	429	25	21	28	25	1.99
116901944--116902080	40	3.5	40	75	8	118	26	24	26	23	2.00
116904741--116904922	46	4.0	46	97	0	337	34	7	27	31	1.84
116904926--116905035	47	2.4	47	87	4	152	36	8	28	27	1.85
116907594--116907856	40	6.6	40	94	0	429	25	21	28	25	1.99
116908516--116908655	40	3.5	40	76	8	124	26	24	25	23	2.00
116911321--116911502	46	4.0	46	97	0	337	34	7	27	31	1.84
116911506--116911616	47	2.4	47	89	0	168	36	9	27	27	1.87
116914176--116914438	40	6.6	40	94	0	429	25	21	28	25	1.99
116915098--116915202	40	2.6	42	82	11	114	27	23	23	24	2.00
116917904--116918085	46	4.0	46	97	0	337	34	7	27	31	1.84
116918089--116918199	47	2.4	47	89	0	168	36	9	27	27	1.87
116925945--116926158	43	5.0	44	82	4	249	28	15	24	31	1.95
116927409--116927438	14	2.1	15	93	6	53	13	10	13	63	1.52
116929336--116929508	46	3.8	45	80	10	208	28	30	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116929344--116929512	93	1.8	91	93	2	293	27	30	20	21	1.98
116929341--116929528	46	4.1	46	72	20	135	28	29	20	21	1.98
116941739--116941884	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
116941771--116941922	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
116948189--116948231	21	2.0	21	95	0	77	37	16	4	41	1.69
116952034--116952163	39	3.3	39	90	0	197	29	19	27	23	1.98
116952031--116952199	78	2.2	77	82	3	196	28	19	26	25	1.99
116958648--116958710	25	2.6	25	94	2	110	36	23	19	20	1.95
116961434--116961593	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
116969575--116969647	29	2.5	29	90	0	92	26	31	17	24	1.97
116972919--116972947	14	2.0	15	93	6	51	55	20	0	24	1.44
116974626--116974708	29	2.9	28	80	10	78	27	30	15	26	1.96
116977504--116977675	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
116977505--116977672	46	3.6	46	78	13	200	28	28	21	21	1.99
116979966--116980046	43	1.9	43	87	7	121	30	19	19	29	1.97
116992474--116992563	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
117000069--117000098	6	5.0	6	100	0	60	33	0	33	33	1.58
117001855--117002014	29	5.5	30	88	8	222	33	13	25	27	1.94
117001855--117002014	59	2.8	57	89	4	223	33	13	25	27	1.94
117009763--117009922	29	5.5	30	88	8	222	33	13	25	27	1.94
117009763--117009922	59	2.8	57	89	4	223	33	13	25	27	1.94
117011552--117011641	27	3.2	27	84	7	110	33	23	23	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117013895--117014062	40	4.2	40	75	1	140	22	27	24	25	2.00
117017619--117017660	20	2.2	19	83	12	50	21	19	4	54	1.62
117018964--117018998	13	2.7	13	95	0	61	34	14	28	22	1.93
117030652--117030689	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
117031500--117031549	23	2.1	24	96	3	93	38	18	24	20	1.93
117039429--117039577	40	3.8	40	77	15	141	25	24	27	22	2.00
117039464--117039593	40	3.2	40	80	2	154	23	23	27	24	2.00
117042919--117042957	7	5.6	7	100	0	78	15	53	0	30	1.42
117042918--117042965	14	3.4	14	91	0	69	18	50	0	31	1.48
117042918--117042965	21	2.3	21	88	0	78	18	50	0	31	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770