genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.404.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  404  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124154581--124154702	47	2.6	47	92	0	181	36	13	23	26	1.93
124154681--124154889	56	3.8	56	79	6	212	36	15	24	22	1.94
124154681--124154891	53	3.9	53	82	6	217	36	16	24	22	1.94
124154689--124154901	108	2.0	111	82	3	263	38	15	24	21	1.93
124171078--124171219	40	3.6	39	81	10	146	25	21	26	26	1.99
124171081--124171242	80	2.0	79	80	10	179	27	20	25	27	1.99
124173045--124173184	39	3.6	39	90	2	212	23	30	21	24	1.99
124183862--124183962	29	3.6	28	78	7	98	20	16	33	28	1.95
124183892--124183969	27	2.8	27	80	7	77	21	15	33	29	1.94
124191872--124191974	29	3.5	28	79	7	91	20	16	33	29	1.94
124198698--124198729	2	16.5	2	93	6	57	46	0	0	53	1.00
124199070--124199190	40	3.0	40	85	3	165	27	21	23	27	1.99
124199087--124199214	39	3.3	39	85	4	159	27	21	25	26	1.99
124199142--124199224	39	2.1	39	88	0	121	26	21	27	24	1.99
124208604--124208770	40	4.2	40	78	6	171	26	22	27	23	1.99
124210894--124211066	46	3.7	46	79	13	210	28	30	20	21	1.98
124210902--124211072	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	21	1.98
124212528--124212594	20	3.3	20	89	0	107	35	11	20	31	1.89
124212645--124212761	23	5.0	23	89	4	164	25	21	22	30	1.98
124212955--124213018	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
124215642--124215812	93	1.8	93	88	2	263	31	28	18	22	1.97
124215638--124215805	46	3.6	46	73	15	139	32	27	17	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124222231--124222325	27	3.5	26	77	8	84	41	21	8	29	1.82
124222330--124222891	27	20.9	27	81	4	445	31	22	8	37	1.84
124222904--124223313	27	15.3	27	87	2	540	35	21	19	24	1.96
124223733--124223811	31	2.5	31	91	0	122	18	17	13	49	1.80
124223733--124223820	6	14.3	6	71	17	65	19	17	14	48	1.81
124225889--124226450	27	20.9	27	83	4	490	31	22	8	37	1.84
124225902--124226551	27	24.2	27	80	4	168	32	22	9	35	1.86
124226464--124226775	107	2.9	105	87	4	383	34	20	18	26	1.96
124226536--124226772	80	3.0	80	85	5	318	33	20	20	25	1.97
124226455--124226788	27	12.4	27	82	3	352	35	19	18	26	1.95
124228545--124228769	40	5.6	40	84	2	281	25	24	27	23	2.00
124230157--124230223	27	2.5	27	92	0	107	34	20	20	23	1.97
124230643--124230722	31	2.6	31	85	0	106	22	18	11	47	1.80
124230643--124230730	6	14.3	6	73	17	65	21	18	12	47	1.81
124240639--124240770	40	3.3	40	89	6	187	27	21	25	25	2.00
124240656--124240779	39	3.2	38	89	5	176	25	22	26	25	2.00
124241977--124242180	27	7.5	27	85	0	201	38	16	16	28	1.90
124241978--124242180	81	2.5	82	83	4	234	38	16	16	29	1.90
124241977--124242180	54	3.8	54	83	1	230	38	16	16	28	1.90
124242283--124242314	13	2.5	13	89	0	55	18	37	31	12	1.88
124251027--124251105	25	3.0	25	74	18	72	29	25	15	30	1.96
124253005--124253228	40	5.6	40	83	6	274	25	26	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124253005--124253228	83	2.8	80	85	4	272	25	26	23	25	2.00
124262496--124262620	47	2.7	45	80	7	142	29	18	28	23	1.98
124262493--124262667	48	3.7	48	77	8	180	28	20	28	23	1.99
124262684--124262811	49	2.6	49	81	7	161	32	20	24	22	1.98
124264820--124264989	43	4.0	42	81	7	166	24	15	26	32	1.96
124267039--124267063	12	2.1	12	100	0	50	28	8	16	48	1.74
124283353--124283422	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
124291169--124291238	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
124300830--124301011	40	4.6	40	91	1	276	24	20	28	26	1.99
124300820--124301031	80	2.7	80	88	2	311	23	20	28	27	1.99
124304270--124304372	29	3.6	29	80	2	91	25	33	17	24	1.96
124305531--124305584	17	3.1	17	76	5	63	5	12	1	79	0.98
124305530--124305584	18	3.2	16	78	14	65	5	14	1	78	1.02
124312130--124312203	29	2.5	30	84	4	89	25	33	16	24	1.95
124317557--124317724	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
124317573--124317722	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
124326343--124326428	37	2.3	37	97	0	163	23	31	19	25	1.98
124326473--124327271	48	16.2	48	91	6	1296	31	26	8	33	1.86
124326473--124327850	96	14.3	96	84	9	1808	31	26	8	33	1.86
124326473--124327850	144	9.5	144	88	8	2057	31	26	8	33	1.86
124326750--124326776	11	2.5	11	100	0	54	29	22	7	40	1.81
124326953--124326979	11	2.5	11	100	0	54	29	22	7	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124327252--124327292	21	2.0	21	100	0	82	31	24	9	34	1.88
124327202--124327336	69	2.0	69	95	0	243	31	26	8	34	1.86
124327271--124327850	48	11.9	48	93	2	971	32	26	8	32	1.86
124330166--124330433	48	5.6	48	93	0	428	30	27	8	33	1.86
124330426--124330533	47	2.3	47	100	0	216	31	29	7	31	1.85
124330161--124330480	96	3.3	95	87	2	311	30	27	8	34	1.86
124330161--124330480	144	2.2	143	84	3	356	30	27	8	34	1.86
124333026--124333050	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
124335194--124335375	39	4.6	40	93	3	307	25	28	21	24	1.99
124335220--124335492	40	6.9	39	84	9	243	27	28	19	24	1.99
124337412--124337497	37	2.3	37	97	0	163	23	31	19	25	1.98
124337542--124337862	48	6.6	48	88	10	492	30	27	8	33	1.86
124337672--124337698	11	2.5	11	100	0	54	29	22	7	40	1.81
124337682--124337862	94	1.9	93	98	1	353	30	27	8	33	1.87
124337679--124337911	48	5.0	46	85	9	303	30	26	8	34	1.86
124337682--124337911	94	2.4	93	90	5	340	30	26	8	33	1.87
124339369--124339393	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
124344735--124344956	40	5.6	41	88	4	246	25	25	21	27	1.99
124348618--124348929	96	3.4	90	78	11	276	26	27	18	26	1.98
124348635--124348884	134	1.9	133	87	3	367	27	27	19	26	1.99
124348765--124348940	48	3.7	48	83	6	230	28	28	17	25	1.97
124352809--124352854	20	2.3	20	84	0	56	36	13	0	50	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124354571--124354664	27	3.4	27	77	13	102	40	18	9	31	1.82
124356151--124356313	39	4.2	39	91	0	236	24	31	19	23	1.98
124358847--124358877	16	1.9	16	93	0	53	29	19	16	35	1.93
124359173--124359251	31	2.5	31	95	0	140	29	17	25	27	1.98
124361504--124361639	27	5.0	27	72	12	71	41	19	6	32	1.78
124361546--124361639	27	3.4	27	81	13	120	41	17	8	32	1.79
124361688--124361739	27	1.9	27	84	7	70	38	25	19	17	1.93
124362567--124362636	25	2.8	25	91	0	104	27	24	22	25	2.00
124362784--124362875	42	2.2	42	98	0	175	28	11	20	39	1.88
124362899--124362973	31	2.4	31	97	0	141	29	18	25	26	1.98
124367825--124367969	40	3.6	40	85	4	202	24	25	24	26	2.00
124371455--124371557	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
124382272--124382438	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
124382288--124382438	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
124383628--124383740	56	2.1	54	83	9	140	27	15	17	38	1.91
124383728--124383753	10	2.6	10	100	0	52	0	7	0	92	0.39
124385392--124385576	55	3.4	53	79	5	165	22	23	18	35	1.96
124385565--124385686	47	2.6	47	89	0	181	26	24	14	34	1.94
124386348--124386405	30	1.9	30	82	3	71	29	22	12	36	1.90
124389000--124389069	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
124389000--124389081	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
124392988--124393209	123	1.8	123	85	2	311	32	10	23	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124393168--124393318	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	22	2.00
124393205--124393334	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
124400973--124401194	123	1.8	123	85	2	311	32	10	23	33	1.89
124401153--124401303	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	22	2.00
124401190--124401319	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
124408186--124408255	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
124408186--124408267	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
124415075--124415109	18	1.9	18	100	0	70	28	11	25	34	1.91
124416179--124416248	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
124416179--124416260	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770