genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.500.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  500  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154691356--154691523	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
154700359--154700476	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
154700327--154700490	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
154707861--154708023	70	2.3	71	98	1	319	34	17	28	19	1.94
154715259--154715352	40	2.3	39	89	7	152	27	14	24	32	1.95
154716327--154716386	24	2.5	24	100	0	120	33	0	38	28	1.57
154717603--154717651	24	2.0	24	100	0	98	36	16	24	22	1.94
154717840--154717950	27	4.2	26	79	10	116	17	23	22	36	1.94
154717840--154717950	54	2.1	53	84	5	143	17	23	22	36	1.94
154723862--154723918	30	1.9	30	85	7	80	29	24	3	42	1.71
154726821--154726933	44	2.5	45	84	9	142	24	31	20	23	1.98
154727571--154727864	143	2.1	141	98	1	561	21	10	29	39	1.86
154728510--154728640	29	4.5	29	89	0	163	29	16	31	22	1.96
154737281--154737450	24	7.1	24	95	0	288	20	17	25	36	1.94
154745213--154745387	24	7.2	24	95	1	278	20	18	25	36	1.95
154751718--154751900	40	4.6	39	74	8	129	26	24	26	22	2.00
154763220--154763277	26	2.3	26	90	3	91	55	1	24	18	1.52
154797718--154797885	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
154797734--154797883	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
154805725--154805892	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
154805741--154805890	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
154816848--154816954	29	3.7	29	81	5	108	23	30	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154823924--154823964	20	2.0	20	100	0	82	29	19	17	34	1.94
154830132--154830216	43	1.9	43	81	9	100	60	3	3	32	1.31
154832132--154832384	134	1.9	134	89	0	389	27	22	16	33	1.95
154832417--154832591	87	2.0	87	89	6	266	27	21	18	32	1.97
154832543--154832943	87	4.6	87	70	11	287	28	18	19	34	1.95
154832629--154832975	177	2.0	175	87	2	507	28	17	19	34	1.95
154837923--154838153	118	2.0	118	92	0	390	28	31	17	22	1.97
154839072--154839128	5	11.6	5	78	14	57	80	0	1	17	0.79
154839081--154839135	28	2.0	28	89	7	85	80	0	5	14	0.89
154845188--154845332	40	3.6	40	85	0	173	24	27	22	26	1.99
154845298--154845390	48	1.9	49	86	6	136	22	23	17	36	1.94
154853281--154853426	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
154862849--154862949	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
154862878--154862949	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
154865365--154865463	28	3.5	29	82	6	114	28	15	26	30	1.96
154866999--154867088	27	3.3	26	87	6	117	16	23	23	36	1.94
154867260--154867325	6	10.8	6	73	15	55	19	18	15	46	1.83
154867237--154867316	31	2.5	31	85	2	106	18	18	13	48	1.80
154869277--154869435	27	5.9	27	84	2	176	37	20	10	32	1.86
154869271--154869485	27	8.0	26	79	4	79	35	21	9	33	1.86
154869467--154870091	27	23.3	27	83	2	722	35	19	20	24	1.96
154870522--154870582	22	2.8	22	85	5	70	21	22	22	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154870741--154870842	27	3.8	27	80	5	98	19	23	20	36	1.95
154871003--154871067	6	10.7	6	73	15	53	20	18	13	47	1.82
154870990--154871058	31	2.2	31	86	0	93	18	18	11	50	1.76
154873014--154873083	27	2.6	27	97	0	131	41	21	8	28	1.82
154873014--154873193	27	6.7	27	81	1	130	37	22	10	30	1.87
154873177--154873748	27	21.3	27	89	1	846	33	20	21	23	1.97
154874176--154874239	22	2.9	22	77	9	67	20	20	21	37	1.94
154874398--154874496	27	3.7	27	83	5	110	20	23	20	36	1.95
154874660--154874715	6	9.2	6	79	11	60	19	19	14	46	1.84
154877670--154877854	40	4.6	40	81	8	216	24	23	27	23	2.00
154877670--154877861	80	2.4	81	83	6	248	23	23	27	24	2.00
154884217--154884317	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
154884246--154884321	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
154892104--154892204	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
154892133--154892208	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
154902836--154902945	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
154902836--154902985	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
154910887--154910996	40	2.8	40	84	0	139	26	22	26	24	2.00
154910887--154911033	40	3.7	39	78	7	118	26	21	26	25	2.00
154912559--154912684	40	3.2	40	86	0	198	19	23	25	30	1.98
154912527--154912684	80	2.0	80	91	2	255	21	25	24	28	1.99
154914532--154914600	30	2.3	30	84	0	102	26	15	23	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154932364--154932485	42	2.9	42	79	11	124	28	26	19	25	1.99
154935193--154935345	40	3.8	40	87	2	211	22	24	30	23	1.99
154935667--154935699	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
154937094--154937259	24	7.0	24	84	4	212	27	21	21	29	1.98
154937093--154937259	47	3.5	48	86	4	205	27	21	20	29	1.98
154937094--154937259	71	2.3	71	89	3	244	27	21	21	29	1.98
154937309--154937375	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
154937309--154937364	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
154937412--154937459	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
154938595--154938655	27	2.3	27	81	10	65	27	22	21	27	1.99
154938610--154938674	27	2.4	27	84	0	85	21	24	20	33	1.97
154938725--154938997	27	10.1	27	78	6	131	34	9	19	36	1.85
154938815--154938939	27	4.7	26	83	7	153	30	8	20	40	1.83
154938815--154938953	54	2.6	54	85	5	192	30	8	22	38	1.84
154938931--154939052	27	4.6	27	88	1	156	40	7	22	30	1.81
154939066--154939128	27	2.3	27	88	0	90	31	11	17	39	1.85
154940543--154940584	22	1.9	23	85	9	61	57	19	7	16	1.62
154943462--154943572	40	2.8	40	84	4	136	24	25	21	28	1.99
154943431--154943572	39	3.6	40	81	4	137	23	26	21	28	1.99
154951514--154951625	40	2.8	40	84	2	136	24	25	21	29	1.99
154955836--154955962	56	2.3	56	85	0	164	27	18	29	24	1.98
154955847--154955997	56	2.7	55	82	6	153	28	17	29	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154956040--154956106	32	2.1	32	82	0	80	38	5	25	29	1.80
154958079--154958245	42	3.9	42	72	10	122	31	26	14	27	1.95
154959728--154959794	29	2.3	29	84	7	82	50	20	10	17	1.75
154959744--154959813	29	2.4	29	90	0	104	45	25	11	17	1.81
154962597--154962763	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
154970598--154970739	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
154970637--154970765	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
154974656--154974767	27	4.2	26	87	7	152	36	24	24	15	1.93
154974656--154974767	54	2.1	54	91	3	181	36	24	24	15	1.93
154976379--154976488	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
154978675--154978754	31	2.5	31	86	6	99	23	27	17	31	1.97
154978945--154979110	47	3.5	48	87	6	232	26	21	22	29	1.99
154978967--154979109	23	6.1	23	90	2	214	27	20	23	29	1.99
154978946--154979110	70	2.3	71	89	5	253	26	21	23	29	1.99
154979168--154979224	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
154979164--154979226	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
154979263--154979309	24	2.0	24	86	0	67	25	17	25	31	1.97
154980461--154980538	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
154980557--154980796	27	8.9	27	76	5	175	32	7	20	40	1.81
154980556--154980805	53	4.6	54	76	11	174	31	8	20	39	1.83
154980791--154980993	27	7.6	27	88	3	275	39	8	24	27	1.85
154980982--154981087	27	4.0	27	80	7	110	31	10	19	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154981017--154981096	27	2.9	27	85	5	99	33	10	16	40	1.82
154983825--154983904	31	2.6	31	86	4	108	23	26	17	32	1.97
154984096--154984261	24	7.0	24	88	4	239	26	21	22	28	1.99
154984095--154984261	47	3.5	48	89	4	241	26	21	22	29	1.99
154984096--154984261	71	2.3	71	91	3	262	26	21	22	28	1.99
154984318--154984374	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
154984314--154984376	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
154984413--154984459	24	2.0	24	86	0	67	25	17	25	31	1.97
154985607--154985684	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
154985725--154985980	27	9.4	27	77	5	140	33	8	19	37	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770