genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.752.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  752  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238469308--238469474	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
238473269--238473436	40	4.2	40	79	4	151	24	27	23	25	2.00
238481299--238481466	40	4.2	40	79	4	151	24	27	23	25	2.00
238482705--238482742	18	2.1	18	90	0	58	0	13	5	81	0.85
238486450--238486482	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
238490352--238490454	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
238520197--238520298	29	3.5	29	95	0	186	29	14	29	26	1.95
238520197--238520358	29	5.6	29	84	2	107	26	16	32	25	1.96
238520193--238520319	58	2.2	59	85	4	179	29	14	30	25	1.95
238528772--238528922	40	3.8	39	82	2	142	23	27	22	25	2.00
238528772--238528922	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
238536767--238536932	40	4.2	39	81	3	172	24	27	22	25	2.00
238536783--238536932	79	1.9	79	84	5	205	24	27	22	26	2.00
238538287--238538329	21	2.1	21	95	4	79	25	25	13	34	1.93
238540191--238540230	21	1.9	21	89	0	62	27	15	27	30	1.96
238541419--238541448	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
238541919--238541996	33	2.4	33	79	12	88	25	25	17	30	1.97
238542232--238542267	16	2.3	16	90	4	56	88	2	8	0	0.59
238542263--238542297	15	2.3	15	95	0	61	62	31	0	5	1.18
238542263--238542298	16	2.3	15	90	4	54	63	30	0	5	1.17
238544872--238544907	12	3.0	12	87	0	54	25	22	5	47	1.73
238547062--238547186	62	2.0	62	100	0	250	28	21	11	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238551849--238552271	71	6.2	69	75	12	403	24	14	22	39	1.91
238551991--238552237	122	2.0	124	90	3	392	24	13	22	39	1.90
238551682--238552274	263	2.3	257	95	2	1042	25	14	22	36	1.93
238552112--238552277	72	2.3	71	88	4	244	22	15	21	41	1.89
238552501--238552645	74	1.9	76	88	5	224	30	18	22	28	1.97
238552342--238552815	164	2.9	166	90	3	719	29	17	20	32	1.96
238552672--238553013	144	2.3	152	82	6	421	30	17	19	32	1.95
238552672--238553178	77	6.5	74	75	14	373	29	16	19	34	1.94
238552672--238553178	79	6.5	75	75	13	402	29	16	19	34	1.94
238552672--238553178	156	3.3	146	76	13	410	29	16	19	34	1.94
238553030--238553065	14	2.7	13	86	4	54	30	13	5	50	1.65
238552974--238553135	88	1.8	88	85	2	227	26	17	19	36	1.94
238553160--238553221	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
238552811--238553389	254	2.3	248	85	6	762	27	16	18	36	1.93
238554037--238554070	12	2.9	11	91	8	50	88	2	8	0	0.62
238554036--238554070	17	2.1	17	89	5	54	88	2	8	0	0.61
238554066--238554098	15	2.3	15	90	10	52	66	27	0	6	1.15
238554666--238554704	2	19.5	2	89	10	62	48	2	0	48	1.15
238564020--238564063	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
238566422--238566488	27	2.5	27	90	7	102	19	10	28	41	1.84
238568273--238568316	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
238569757--238569789	13	2.6	13	90	4	50	54	9	0	36	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238574856--238575019	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
238574856--238575053	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
238581937--238582100	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
238581937--238582134	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
238588887--238589073	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
238588910--238589073	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
238588910--238589107	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
238591937--238592039	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
238599945--238600047	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
238604406--238604549	40	3.6	40	80	3	112	27	23	27	22	1.99
238604443--238604572	40	3.2	40	83	4	165	23	24	28	23	2.00
238605969--238606117	48	3.1	48	88	1	219	30	25	16	26	1.97
238606079--238606180	37	2.8	37	82	8	111	28	27	16	27	1.97
238609966--238610189	40	5.6	40	84	5	281	24	22	26	26	2.00
238609966--238610189	83	2.8	80	85	8	285	24	22	26	26	2.00
238614091--238614298	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
238614091--238614297	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
238622073--238622248	40	4.4	40	80	4	167	24	24	24	26	2.00
238624873--238624911	7	5.6	7	81	0	51	38	7	2	51	1.44
238624870--238624911	14	3.0	14	92	0	75	40	7	2	50	1.43
238624867--238624906	21	1.9	21	89	0	62	40	5	5	50	1.46
238626540--238626587	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238626536--238626587	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
238626742--238626806	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
238626832--238626965	25	5.6	25	70	15	86	58	2	4	35	1.31
238627444--238627577	30	4.5	30	86	1	155	22	3	47	26	1.68
238628435--238628482	15	3.3	15	82	5	53	64	6	12	16	1.46
238628372--238628571	104	1.9	103	85	8	271	39	18	17	25	1.92
238628446--238628674	89	2.6	89	92	0	395	37	19	18	24	1.94
238628634--238628660	14	1.9	14	100	0	54	62	7	14	14	1.51
238628644--238628707	33	1.9	33	100	0	128	43	23	15	17	1.87
238628466--238628880	210	2.0	210	95	1	751	36	20	18	25	1.95
238628844--238628870	14	1.9	14	100	0	54	62	7	14	14	1.51
238628677--238629094	87	4.8	89	93	3	731	34	20	17	26	1.95
238628924--238628957	14	2.5	13	86	9	50	58	5	17	17	1.57
238628931--238628957	14	1.9	14	100	0	54	62	7	14	14	1.51
238639849--238639900	25	2.1	25	92	0	86	3	0	23	73	1.00
238641743--238641806	32	2.0	32	93	3	103	32	6	21	39	1.79
238644943--238644973	12	2.6	12	100	0	62	9	25	51	12	1.70
238649796--238649878	32	2.7	32	94	3	143	32	6	21	39	1.78
238658689--238658763	37	2.0	37	94	0	132	46	10	24	18	1.80
238659549--238659656	43	2.5	42	82	4	137	24	20	25	30	1.98
238663878--238663999	40	3.0	40	80	4	147	22	22	27	27	1.99
238664242--238664283	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238671935--238672084	41	3.6	41	77	10	162	22	22	28	27	1.99
238671915--238672084	41	4.2	40	74	18	161	22	22	27	27	1.99
238676795--238676928	66	2.0	65	98	1	259	34	15	29	20	1.94
238684371--238684488	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
238684339--238684502	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
238688972--238689089	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
238688940--238689103	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
238692407--238692458	8	6.5	8	78	8	52	63	1	3	30	1.23
238692411--238692458	16	3.1	15	87	6	60	62	2	4	31	1.26
238692573--238692679	22	4.9	20	71	17	63	57	5	6	30	1.48
238692610--238692679	24	3.0	23	81	6	88	57	5	5	31	1.46
238692695--238692814	25	5.0	25	75	10	90	54	3	5	36	1.41
238693113--238693151	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
238693317--238693401	30	2.9	30	94	1	145	17	5	49	27	1.69
238694424--238694456	14	2.4	14	94	0	57	63	6	12	18	1.48
238694079--238694606	91	5.9	89	81	6	489	36	18	16	27	1.93
238694115--238694621	92	5.7	87	79	11	406	36	18	16	28	1.92
238694528--238695393	75	11.3	74	72	14	571	34	19	16	29	1.94
238694550--238694916	146	2.5	145	95	1	644	32	20	16	30	1.94
238694265--238695561	553	2.3	558	83	9	1563	35	19	16	28	1.94
238695378--238695408	15	2.1	15	93	0	53	77	6	0	16	0.97
238695487--238695727	74	3.3	73	89	2	367	34	21	17	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238695644--238695813	91	1.9	89	90	6	270	34	20	17	27	1.95
238702754--238702789	16	2.3	15	90	4	54	63	2	2	30	1.22
238702904--238703010	22	4.9	22	72	13	78	57	5	6	30	1.48
238702955--238703064	29	4.0	28	73	15	97	58	4	6	30	1.43
238703027--238703156	23	5.6	24	77	7	108	55	3	6	35	1.40
238704695--238704729	2	18.0	2	88	5	54	48	0	2	48	1.16
238706798--238707012	47	4.5	47	86	5	270	32	9	30	27	1.89
238706900--238706969	23	3.0	23	63	29	58	30	8	32	28	1.87
238706798--238707012	93	2.2	96	85	4	292	32	9	30	27	1.89
238709642--238709751	36	2.9	37	86	8	134	23	28	22	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770