Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  340  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
104119031--104119129
38
2.5
39
80
4
119
23
27
23
26
2.00
104118991--104119181
40
4.8
39
75
7
145
23
28
24
24
2.00
104124065--104124165
28
3.5
29
83
6
116
30
26
13
28
1.94
104125565--104125740
46
3.8
46
79
10
214
21
21
28
28
1.99
104125561--104125732
93
1.8
93
93
0
299
21
22
29
27
1.99
104127839--104127907
15
4.6
15
83
0
84
11
17
13
57
1.64
104127830--104127917
30
3.0
30
81
8
99
10
17
15
56
1.66
104130300--104130475
46
3.8
46
81
10
232
20
21
29
28
1.98
104130296--104130467
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98
104132580--104132648
15
4.6
15
83
0
84
11
17
13
57
1.64
104132571--104132658
30
3.0
30
81
8
99
10
17
15
56
1.66
104135043--104135218
46
3.8
46
81
10
232
20
21
29
28
1.98
104135039--104135210
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98
104137321--104137389
15
4.6
15
83
0
84
11
17
13
57
1.64
104137312--104137399
30
3.0
30
81
8
99
10
17
15
56
1.66
104139782--104139957
46
3.8
46
81
10
232
20
21
29
28
1.98
104139778--104139949
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98
104148355--104148396
21
2.0
21
90
0
66
21
14
45
19
1.85
104150591--104150651
30
2.0
31
87
3
88
29
24
8
37
1.84
104159045--104159084
21
2.0
20
85
14
55
35
12
22
30
1.91
104161326--104161482
43
3.7
43
80
7
140
24
17
25
31
1.97
104168990--104169157
40
4.2
40
82
1
185
24
26
22
26
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
104176414--104176452
21
1.9
20
85
15
53
30
17
12
38
1.88
104185577--104185837
80
3.3
80
82
3
276
25
24
26
23
2.00
104185577--104185837
120
2.2
119
81
6
296
25
24
26
23
2.00
104185577--104185797
40
5.5
40
84
2
264
25
24
26
23
2.00
104187101--104187298
71
2.8
70
92
3
294
33
17
28
20
1.95
104187167--104187284
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
104187135--104187298
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
104189013--104189171
27
6.0
27
82
2
178
38
20
15
25
1.92
104189022--104189171
54
2.8
54
87
1
212
38
20
15
26
1.91
104194635--104194659
12
2.1
12
100
0
50
24
24
24
28
2.00
104196548--104196676
27
4.8
27
79
3
125
44
20
9
26
1.81
104196548--104196699
54
2.8
54
81
2
162
44
19
8
26
1.79
104198413--104198595
40
4.6
40
80
5
165
27
22
26
23
2.00
104206502--104206683
39
4.6
40
82
4
181
27
22
26
23
2.00
104208124--104208185
27
2.3
27
82
0
70
37
19
17
25
1.94
104216708--104216864
43
3.6
44
82
5
178
22
19
27
30
1.98
104218018--104218050
16
2.0
17
88
5
50
39
0
15
45
1.46
104228536--104228575
21
2.0
20
85
14
55
30
22
12
35
1.91
104233287--104233333
22
2.1
22
100
0
94
31
21
21
25
1.98
104236988--104237037
24
2.1
24
100
0
100
24
0
16
60
1.36
104238678--104238797
42
2.8
42
82
5
143
29
25
16
28
1.97
104238837--104238887
16
3.2
16
81
15
61
43
5
25
25
1.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
104239072--104239101
6
5.0
6
100
0
60
83
0
0
16
0.65
104244424--104244580
27
5.9
27
84
2
192
38
20
15
24
1.92
104244433--104244580
54
2.8
54
88
1
217
38
20
15
25
1.92
104250381--104250531
40
3.8
40
77
13
134
27
23
26
22
2.00
104250418--104250547
40
3.2
40
77
4
138
24
23
27
23
2.00
104254276--104254483
40
5.2
39
84
1
218
25
26
22
25
2.00
104254276--104254482
80
2.6
80
83
1
245
25
26
22
25
2.00
104264020--104264068
15
3.3
15
80
5
55
16
10
14
59
1.61
104265858--104265978
58
2.1
58
100
0
242
32
19
24
23
1.98
104270785--104270975
47
4.1
47
94
0
319
27
30
10
30
1.91
104282490--104282636
40
3.6
40
78
11
165
23
22
28
25
1.99
104282478--104282636
41
3.9
40
76
16
166
22
23
28
25
1.99
104282491--104282658
81
2.1
80
81
8
189
23
22
29
25
1.99
104286204--104286249
18
2.6
18
92
0
74
50
8
13
28
1.70
104287041--104287232
38
5.1
38
85
4
264
33
18
22
25
1.97
104290932--104291118
71
2.7
68
93
5
281
18
28
18
34
1.95
104290955--104291118
71
2.3
71
100
0
328
18
28
17
35
1.94
104290955--104291152
71
2.8
70
92
3
276
20
28
17
33
1.95
104298500--104298686
71
2.7
68
93
5
281
18
28
18
34
1.95
104298523--104298686
71
2.3
71
100
0
328
18
28
17
35
1.94
104298523--104298720
71
2.8
70
92
3
276
20
28
17
33
1.95
104303920--104304112
38
5.1
38
91
1
309
33
19
23
24
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
104303920--104304142
114
2.0
114
85
5
308
31
20
24
24
1.98
104305492--104305714
49
4.7
49
71
13
171
25
18
30
26
1.98
104310130--104310185
6
8.7
6
75
21
51
76
7
1
14
1.07
104310475--104310668
37
5.3
36
74
11
153
38
31
12
16
1.87
104310474--104310667
73
2.7
73
83
4
248
38
31
12
16
1.87
104310530--104310645
36
3.2
36
75
9
119
37
28
16
18
1.92
104312929--104313121
40
4.8
39
74
11
131
23
26
23
26
2.00
104312971--104313120
80
1.9
81
84
4
205
24
27
22
25
2.00
104312971--104313122
40
3.8
39
81
7
153
25
26
23
25
2.00
104317197--104317249
25
2.1
25
92
0
88
18
30
28
22
1.98
104318297--104318464
47
3.6
48
69
9
132
35
25
14
24
1.94
104318293--104318511
94
2.3
94
83
1
287
35
26
14
23
1.93
104319624--104319648
13
1.9
13
100
0
50
40
24
4
32
1.73
104338869--104338935
28
2.4
28
90
5
100
26
11
26
34
1.91
104340455--104340557
29
3.6
28
80
5
116
29
33
16
21
1.95
104348375--104348477
29
3.6
28
80
5
116
29
33
16
21
1.95
104360972--104361041
28
2.5
28
90
4
106
27
12
27
32
1.93
104369038--104369192
41
3.6
43
74
11
140
22
20
29
27
1.98
104375711--104375816
48
2.2
48
91
0
167
33
27
4
33
1.78
104384911--104385717
47
17.3
47
88
6
1069
30
9
30
28
1.88
104385060--104385124
31
2.1
31
100
0
130
29
12
32
26
1.92
104385521--104385595
22
3.3
22
65
26
57
30
12
29
28
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
104387825--104388274
40
11.2
40
92
0
747
29
19
23
27
1.98
104391413--104392014
47
12.3
47
86
9
778
31
9
30
28
1.88
104391466--104391565
31
3.2
31
91
5
173
28
11
33
28
1.91
104391463--104391564
33
3.2
33
91
5
181
27
10
33
28
1.90
104391527--104392014
187
2.6
188
92
3
764
31
9
30
28
1.88
104391530--104392014
234
2.0
237
90
3
769
31
9
30
28
1.88
104392129--104392211
37
2.2
37
89
0
121
24
21
32
21
1.98
104396665--104396721
28
2.0
29
86
3
80
38
3
26
31
1.73
104396666--104396730
28
2.3
28
83
2
76
40
3
26
30
1.71
104402698--104402747
23
2.2
23
82
13
59
42
18
14
26
1.87
104402779--104402875
27
3.6
27
79
6
108
19
21
16
42
1.89
104402810--104402877
26
2.6
26
83
2
91
17
22
17
42
1.89
104404959--104405042
31
2.7
31
96
1
152
22
27
17
32
1.97
104405262--104405332
26
2.8
25
87
4
97
28
21
23
26
1.99
104405428--104405475
25
1.9
25
86
0
69
29
16
22
31
1.96
104412836--104412951
31
3.8
31
81
2
146
27
25
14
32
1.95
104413169--104413239
26
2.8
25
89
4
106
28
22
23
25
2.00
104413294--104413339
5
9.4
5
77
13
51
41
19
4
34
1.71
104413370--104413417
25
1.9
25
86
0
69
29
16
22
31
1.96
104416598--104416768
93
1.8
93
94
2
308
28
26
21
23
1.99
104416590--104416765
46
3.8
46
76
14
191
28
26
21
23
1.99
104417187--104417246
30
2.0
30
90
0
93
30
25
8
36
1.85
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
104421340--104421409
27
2.5
28
93
2
115
30
28
14
27
1.95
104422926--104423110
79
2.3
81
83
7
227
23
27
24
24
2.00
104422919--104423110
40
4.8
39
76
8
163
23
28
23
24
2.00
104435668--104435740
29
2.5
29
100
0
146
31
15
28
24
1.95
104435727--104435799
29
2.5
29
84
0
92
28
17
26
27
1.98
104443607--104443707
29
3.5
29
98
1
195
31
14
28
24
1.95
104443694--104443766
29
2.5
29
84
0
92
28
17
26
27
1.98
104443611--104443766
58
2.7
58
85
9
187
32
15
26
26
1.95
104450320--104450445
45
2.8
44
87
4
180
28
28
23
19
1.98
104450438--104450607
38
4.5
38
87
1
234
31
25
21
21
1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770