genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.602.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  602  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188356287--188356335	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
188357158--188357324	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
188364286--188364334	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
188365157--188365323	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
188367978--188368199	46	4.8	46	82	7	261	21	18	29	30	1.97
188379747--188380013	46	5.8	48	76	11	204	24	30	17	27	1.97
188379747--188379865	44	2.6	45	85	10	147	25	30	18	26	1.98
188382709--188382809	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
188390653--188390750	28	3.4	28	85	7	108	30	25	13	30	1.93
188394708--188394890	40	4.7	40	84	9	243	24	22	27	25	2.00
188394709--188394888	77	2.3	80	84	8	244	25	22	27	25	2.00
188402715--188402898	40	4.7	40	84	8	243	25	22	27	25	2.00
188402719--188402896	78	2.2	80	85	6	238	25	21	26	25	2.00
188409277--188409470	47	4.1	47	90	0	289	32	10	29	26	1.90
188409306--188409377	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
188409351--188409426	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
188409440--188409575	52	2.7	52	84	8	192	36	7	25	30	1.83
188411298--188411555	49	5.3	49	95	0	430	29	31	8	31	1.88
188413747--188413855	37	2.9	37	94	0	182	22	18	31	27	1.97
188419995--188420176	40	4.6	39	79	9	183	25	19	27	27	1.99
188419993--188420174	78	2.3	80	83	6	237	25	20	26	27	1.99
188422211--188422405	49	3.9	49	81	2	201	29	25	17	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188422211--188422403	100	1.9	100	89	0	296	29	24	18	27	1.98
188423309--188423865	295	1.9	295	90	1	893	33	14	22	30	1.93
188425332--188425515	40	4.6	40	77	4	138	22	24	29	22	1.99
188425333--188425515	79	2.3	81	78	5	185	22	24	30	22	1.99
188428786--188428827	22	2.0	22	86	9	61	57	4	7	30	1.47
188431102--188431339	86	2.7	88	87	4	340	18	23	23	34	1.96
188431144--188431293	44	3.5	44	70	9	137	16	23	25	34	1.95
188431100--188431380	43	6.5	45	69	15	173	19	22	22	35	1.96
188431223--188431475	132	1.9	133	80	7	298	20	21	22	35	1.96
188431355--188431510	44	3.5	44	65	13	118	19	24	21	35	1.96
188448410--188448444	18	2.0	18	88	5	54	68	2	0	28	1.04
188448730--188448800	17	3.9	19	83	14	105	35	16	11	36	1.85
188448730--188448800	36	2.0	35	86	10	99	35	16	11	36	1.85
188448733--188448812	34	2.3	35	79	16	87	37	13	12	36	1.83
188448917--188448956	21	2.0	20	85	5	53	10	2	15	72	1.21
188449114--188449331	45	4.9	44	71	14	160	26	27	15	30	1.96
188449271--188449561	78	3.8	78	88	5	457	25	23	18	32	1.97
188449271--188449560	152	1.9	155	92	3	498	25	23	18	32	1.97
188449594--188449760	89	1.9	88	81	6	205	25	22	19	32	1.98
188457823--188457857	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
188458110--188458167	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
188458146--188458198	16	2.9	19	83	16	85	35	13	11	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188459751--188459923	44	3.8	46	77	15	180	20	19	30	30	1.97
188462820--188462895	30	2.5	30	81	8	84	9	13	17	60	1.58
188471811--188472018	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
188471813--188472018	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
188474415--188474827	47	8.7	47	93	2	612	28	29	7	33	1.86
188474488--188474565	22	3.4	22	67	16	68	25	29	10	34	1.89
188474415--188474827	96	4.3	96	92	3	631	28	29	7	33	1.86
188477810--188478001	40	4.8	40	95	0	330	25	29	21	23	1.99
188479416--188479971	47	11.7	47	93	2	871	29	29	8	32	1.86
188479416--188479971	96	5.8	94	94	1	871	29	29	8	32	1.86
188483082--188483183	29	3.5	29	83	2	125	25	16	33	24	1.96
188483171--188483270	28	3.5	28	86	6	112	30	14	26	30	1.94
188486190--188486373	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
188492835--188492981	40	3.7	40	82	7	174	24	21	26	27	1.99
188492833--188493014	79	2.3	81	79	6	194	26	20	25	27	1.99
188502111--188502213	29	3.5	29	96	2	188	36	14	24	24	1.93
188502081--188502213	59	2.2	60	90	1	205	35	14	24	25	1.93
188509607--188509739	59	2.2	60	90	1	205	35	14	24	25	1.93
188509637--188509739	29	3.5	29	96	2	188	36	14	24	24	1.93
188517141--188517273	59	2.2	60	90	1	205	35	14	24	25	1.93
188517171--188517273	29	3.5	29	96	2	188	36	14	24	24	1.93
188524391--188524572	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188524391--188524572	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
188533041--188533110	27	2.5	28	90	2	106	28	14	28	28	1.95
188533042--188533150	55	2.0	55	81	3	130	28	14	25	31	1.95
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188538057--188538162	53	2.0	53	92	0	176	33	8	18	39	1.81
188541427--188541523	28	3.5	28	91	4	153	20	8	25	45	1.79
188542144--188542205	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
188542188--188542310	27	4.6	27	86	1	167	30	7	20	42	1.79
188542294--188542364	27	2.6	27	75	4	72	29	7	26	36	1.83
188542188--188542310	54	2.3	54	91	4	196	30	7	20	42	1.79
188557274--188557433	47	3.4	47	76	14	186	29	26	20	23	1.99
188557223--188557484	93	2.8	93	89	0	398	29	26	20	24	1.99
188557213--188557471	46	5.6	46	73	15	192	30	27	19	23	1.98
188563524--188563674	40	3.8	40	78	6	155	27	23	27	21	1.99
188563526--188563674	80	1.9	79	84	6	203	26	24	27	21	1.99
188563524--188563690	80	2.1	79	81	7	196	26	23	26	22	2.00
188571481--188571628	40	3.8	38	77	12	149	26	23	27	22	1.99
188575646--188575746	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
188575646--188575828	40	4.6	40	82	3	181	27	22	26	23	1.99
188583644--188583744	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
188583644--188583826	40	4.6	40	82	3	181	27	22	26	23	1.99
188587364--188587403	21	2.0	20	85	5	53	27	20	15	37	1.92
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188590641--188590777	56	2.4	56	87	0	193	32	22	16	28	1.95
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188601332--188601811	95	5.0	96	91	2	759	37	6	24	31	1.82
188601953--188602023	37	1.9	37	97	0	133	23	19	30	25	1.98
188603493--188603555	30	2.1	31	90	3	101	25	23	15	34	1.95
188603748--188603869	24	5.0	24	86	10	167	27	21	19	31	1.97
188603927--188604001	9	7.8	9	72	19	62	36	21	8	34	1.83
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188603923--188603993	9	7.1	11	70	20	66	32	19	11	36	1.87
188603923--188603997	39	1.9	39	100	0	150	33	20	10	36	1.87
188604041--188604088	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
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188618638--188618787	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
188618662--188618845	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
188625584--188625657	29	2.6	29	82	4	78	27	16	31	25	1.96
188629434--188629588	39	3.9	39	91	0	247	24	20	32	22	1.98
188637407--188637570	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
188637407--188637604	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
188648407--188648592	40	4.7	40	86	5	227	25	22	26	25	2.00
188648407--188648625	80	2.8	80	79	12	238	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188656404--188656589	40	4.7	40	86	5	166	25	22	26	25	2.00
188656404--188656589	80	2.3	82	82	10	233	25	22	26	25	2.00
188662777--188662905	37	3.4	38	78	4	125	38	24	15	21	1.92
188662822--188662921	37	2.7	37	83	10	123	35	20	19	26	1.96
188664132--188664167	2	18.5	2	88	5	56	52	0	0	47	1.00
188666984--188667065	42	2.0	42	82	4	103	31	29	13	25	1.94
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188667105--188667262	29	5.5	28	71	10	122	29	28	19	22	1.98
188667420--188667578	43	3.7	43	89	1	230	32	31	22	14	1.94
188668963--188669187	79	2.8	78	82	9	267	25	27	22	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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