genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  191  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57071076--57071115	12	3.1	14	86	13	59	22	0	0	77	0.77
57071076--57071116	11	3.3	12	86	13	57	21	0	0	78	0.76
57071511--57071667	43	3.7	43	75	10	160	30	26	17	25	1.97
57072170--57072236	29	2.4	29	79	16	70	25	17	4	52	1.64
57074066--57074123	29	2.0	29	100	0	116	34	10	20	34	1.87
57074757--57074893	46	3.0	46	90	0	202	25	31	8	35	1.85
57074867--57075385	47	11.1	47	93	1	792	25	29	11	34	1.90
57075073--57075150	25	3.2	25	64	29	69	29	29	10	30	1.90
57077204--57077285	42	2.0	42	87	0	119	34	23	19	23	1.97
57080656--57080705	26	1.9	26	87	0	73	42	4	4	50	1.40
57080675--57080705	16	1.9	16	93	0	53	38	3	0	58	1.15
57080829--57080897	15	4.7	15	72	13	54	36	43	1	18	1.60
57080928--57080977	21	2.3	21	83	10	66	28	34	0	38	1.57
57081246--57081283	7	5.4	7	90	0	58	44	31	0	23	1.54
57081448--57081627	41	4.4	41	88	0	243	20	25	23	30	1.98
57081449--57081659	82	2.6	82	85	1	235	20	24	23	31	1.98
57081449--57081659	41	5.1	41	83	4	178	20	24	23	31	1.98
57084000--57084475	40	11.9	40	94	0	826	25	29	21	23	1.99
57085965--57086100	46	3.0	45	89	1	200	25	32	8	33	1.86
57086074--57086497	47	9.1	47	92	2	649	25	28	11	34	1.91
57086167--57086238	22	3.1	22	64	24	58	25	29	13	31	1.94
57086237--57086312	23	3.3	22	67	24	59	26	30	10	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57086074--57086497	93	4.5	94	91	2	649	25	28	11	34	1.91
57086074--57086497	140	3.0	140	90	3	647	25	28	11	34	1.91
57087761--57087890	64	2.0	64	98	0	251	37	13	13	36	1.83
57092570--57092702	45	3.0	45	92	0	221	27	27	21	23	1.99
57092883--57093406	261	2.0	261	97	0	985	31	20	8	40	1.81
57096472--57096517	20	2.3	20	96	0	83	32	21	15	30	1.94
57099045--57099104	30	2.0	30	83	6	77	40	5	25	30	1.77
57099753--57099981	100	2.3	98	89	3	334	26	18	25	29	1.98
57102693--57102731	15	2.5	15	91	4	60	15	12	15	56	1.68
57105464--57105709	49	4.9	50	83	2	316	26	18	26	28	1.98
57108946--57109053	27	3.9	27	78	13	103	33	8	17	40	1.80
57108950--57109107	54	2.9	55	81	4	167	31	8	18	41	1.82
57108995--57109132	27	5.1	27	80	7	138	29	7	21	41	1.81
57109008--57109132	54	2.3	53	86	2	160	28	8	22	41	1.82
57109035--57109152	27	4.3	28	77	9	102	26	10	23	39	1.86
57109156--57109240	27	3.2	25	80	8	80	42	9	18	29	1.82
57109165--57109253	27	3.3	27	87	0	133	41	8	22	26	1.83
57109165--57109281	54	2.2	54	84	0	144	38	9	22	29	1.85
57113501--57113738	49	4.9	49	95	1	435	29	31	8	31	1.87
57117266--57117770	86	5.9	85	79	7	522	30	25	17	26	1.97
57117236--57117747	43	11.9	43	76	10	467	30	25	16	26	1.97
57122069--57122104	18	2.0	18	88	0	54	27	33	8	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57127979--57128199	40	5.6	40	97	0	408	18	20	28	32	1.96
57135761--57135907	40	3.7	40	92	3	242	21	21	26	31	1.98
57144703--57144740	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
57144970--57145140	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
57144965--57145137	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
57152252--57152289	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
57152518--57152688	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
57152513--57152685	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
57155071--57155151	27	3.0	27	85	0	108	32	19	20	27	1.97
57155133--57155371	27	8.9	27	83	5	216	36	21	9	31	1.86
57155333--57155742	27	15.2	27	86	2	509	28	19	8	43	1.80
57156062--57156099	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
57156305--57156390	25	3.7	25	80	16	103	22	24	9	44	1.82
57156311--57156360	19	2.6	19	96	0	91	24	24	8	44	1.80
57156274--57156341	31	2.2	31	83	0	82	22	19	11	47	1.81
57156317--57156385	19	3.3	19	75	21	66	21	26	10	42	1.84
57160992--57161193	71	2.9	71	99	0	397	19	28	17	34	1.95
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57163436--57163959	261	2.0	261	99	0	1039	30	21	8	39	1.84
57165454--57165675	40	5.6	40	86	1	304	23	22	25	27	2.00
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57176688--57176877	40	4.7	40	85	3	247	26	24	22	25	2.00
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57203082--57203584	258	1.9	260	85	2	690	35	13	15	35	1.87
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57251537--57251686	80	1.9	80	83	2	194	22	28	24	25	1.99
57259548--57259677	40	3.2	40	81	2	163	24	28	23	23	2.00
57264127--57264469	46	7.6	46	81	6	360	42	13	21	22	1.87
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57272221--57272356	48	2.8	49	91	4	204	30	26	7	36	1.84
57272327--57272442	47	2.5	46	87	5	146	23	26	14	35	1.93
57272371--57272442	22	3.1	22	67	18	65	23	27	15	33	1.95
57272353--57272450	47	2.1	47	94	0	169	25	24	13	36	1.92
57276476--57276987	40	12.8	40	88	0	754	25	28	20	24	1.99
57278254--57278325	37	1.9	37	94	0	126	27	30	19	22	1.98
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57286293--57286422	40	3.3	39	78	11	147	23	24	26	24	2.00
57302404--57302625	46	4.8	46	79	8	193	22	27	20	30	1.98
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57308549--57308705	27	5.8	27	90	0	242	28	23	8	38	1.85
57308536--57308734	54	3.7	54	85	0	218	33	22	8	36	1.84
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57309833--57309927	25	3.8	25	95	0	163	28	24	21	26	1.99
57310147--57310229	31	2.7	31	92	3	134	28	15	27	27	1.96
57315180--57315526	27	12.8	27	77	8	291	39	18	9	31	1.84
57317427--57317526	27	3.5	28	86	5	130	34	29	13	24	1.92
57318072--57318102	2	15.0	2	93	6	53	48	0	3	48	1.17
57318382--57318406	7	3.6	7	100	0	50	60	28	0	12	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57321813--57322032	108	2.0	109	98	0	424	30	19	5	45	1.71
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57328041--57328216	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
57346780--57347031	47	5.4	47	92	0	405	34	8	28	27	1.87
57347696--57347815	47	2.6	47	87	0	168	37	7	26	28	1.83
57346912--57349273	784	3.0	784	99	0	4670	31	11	22	33	1.90
57348480--57348599	47	2.6	47	86	0	159	35	7	28	28	1.84
57358419--57358600	78	2.3	81	84	8	232	24	22	28	25	2.00
57358419--57358602	40	4.7	40	84	8	234	23	22	28	25	1.99
57367151--57367317	40	4.2	40	80	3	160	24	27	21	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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