genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.300.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  300  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91519859--91520613	102	7.4	100	90	3	1109	32	25	5	36	1.79
91522881--91523200	40	8.3	40	87	8	475	28	26	19	25	1.99
91523005--91523060	28	2.0	28	100	0	112	28	32	17	21	1.96
91522925--91523200	108	2.4	112	90	7	416	28	27	19	24	1.98
91522888--91523180	148	2.0	148	95	0	523	28	27	19	24	1.98
91525660--91526066	47	8.5	47	90	3	607	31	8	29	29	1.86
91525660--91526066	96	4.3	96	93	1	676	31	8	29	29	1.86
91530941--91531113	46	3.7	46	76	10	172	21	20	27	30	1.98
91530938--91531108	93	1.8	93	88	0	261	21	20	28	29	1.98
91531338--91531375	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
91538704--91538732	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
91540782--91541689	152	6.0	153	88	6	1178	36	5	25	32	1.79
91540774--91541689	48	18.2	50	87	7	1155	36	5	25	32	1.79
91541839--91541947	37	2.9	37	91	0	173	23	18	30	27	1.98
91546573--91546610	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
91546840--91547010	93	1.8	93	87	0	252	29	28	19	22	1.98
91546835--91547001	46	3.6	46	78	10	178	30	26	19	22	1.98
91547430--91547489	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
91552031--91552352	164	2.0	164	91	0	527	38	17	19	25	1.92
91562481--91562550	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
91562481--91562562	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
91570405--91570474	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91570405--91570486	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
91574370--91574535	40	4.2	40	81	3	176	24	27	21	25	1.99
91574386--91574497	39	2.8	38	85	4	134	25	29	22	23	1.99
91574386--91574535	79	1.9	78	83	6	196	24	28	22	26	1.99
91575355--91575400	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
91582367--91582533	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
91582367--91582533	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
91583353--91583398	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
91584334--91584359	12	2.2	12	100	0	52	26	34	23	15	1.94
91593568--91593776	39	5.3	39	87	2	278	27	28	19	24	1.98
91593568--91593782	77	2.7	77	86	4	288	27	28	18	25	1.98
91601641--91601888	40	6.3	40	85	4	319	26	27	20	25	1.99
91601641--91601888	118	2.1	118	90	3	385	26	27	20	25	1.99
91601995--91602022	13	2.2	13	100	0	56	14	25	21	39	1.91
91603916--91604130	40	5.4	40	87	5	269	24	22	26	26	2.00
91610665--91610852	49	3.8	49	81	2	232	27	18	25	28	1.98
91610662--91610847	100	1.9	100	89	0	291	26	19	25	28	1.99
91612995--91613166	46	3.7	46	78	13	199	27	27	22	22	1.99
91613000--91613170	93	1.8	93	93	0	297	27	28	22	21	1.99
91621879--91622042	40	4.1	40	83	6	179	23	21	28	25	1.99
91621879--91622042	80	2.0	80	87	4	233	23	21	28	25	1.99
91625764--91625934	93	1.8	93	89	0	270	27	28	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91625761--91625931	46	3.7	45	73	14	161	28	27	21	22	1.99
91627528--91627630	29	3.6	28	78	2	89	25	33	17	23	1.96
91634974--91635075	29	3.5	28	78	2	87	25	33	17	23	1.96
91648168--91648211	19	2.4	19	85	7	56	50	2	9	38	1.47
91661165--91661211	24	2.0	24	91	0	76	34	29	12	23	1.92
91661175--91661237	24	2.6	24	89	0	90	31	34	14	19	1.91
91667159--91667268	42	2.6	42	82	2	123	31	23	18	26	1.97
91669599--91669645	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
91671204--91671416	47	4.6	45	73	11	157	23	29	20	26	1.99
91672123--91672148	12	2.2	12	100	0	52	57	15	11	15	1.65
91678410--91678457	25	1.9	25	100	0	96	41	16	4	37	1.68
91678674--91678841	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
91678690--91678839	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
91686662--91686829	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
91686678--91686827	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
91691621--91691807	71	2.7	67	90	8	270	18	28	18	34	1.95
91691644--91691807	71	2.3	71	98	0	319	18	28	17	34	1.94
91695394--91695523	66	1.9	68	83	10	167	33	13	30	21	1.92
91702257--91702316	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
91703014--91703067	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
91703068--91703182	27	4.3	27	80	4	106	24	19	20	36	1.95
91703082--91703185	54	1.9	54	86	0	145	25	18	20	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91703086--91703185	27	3.7	27	82	5	112	23	18	21	38	1.94
91712534--91712692	40	3.9	40	77	11	144	35	24	12	27	1.92
91717027--91717087	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
91727281--91727410	52	2.6	50	83	2	161	27	16	23	31	1.96
91727325--91727507	51	3.6	51	79	2	154	27	18	25	28	1.98
91727420--91727560	51	2.8	51	82	6	153	27	17	28	26	1.97
91730260--91730284	13	1.9	13	100	0	50	48	24	16	12	1.79
91731254--91731383	43	3.0	44	82	10	162	29	27	19	23	1.98
91737556--91737585	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
91740328--91740432	52	2.0	52	85	3	140	32	29	16	21	1.95
91745992--91746055	27	2.4	27	83	0	83	21	26	20	31	1.98
91748211--91748395	40	4.7	38	84	7	192	25	20	27	27	1.99
91748211--91748395	79	2.3	80	81	9	218	25	20	27	27	1.99
91748245--91748414	79	2.1	80	79	11	188	28	20	25	26	1.99
91753578--91753722	27	5.4	27	82	3	157	31	20	22	24	1.98
91753871--91753934	27	2.4	27	79	10	85	23	25	20	31	1.98
91754092--91754157	28	2.4	27	79	2	69	22	21	24	31	1.98
91756115--91756224	50	2.2	50	85	7	152	30	24	18	26	1.98
91756115--91756224	26	4.4	25	89	4	152	30	24	18	26	1.98
91764195--91764357	43	3.8	44	77	9	165	20	17	28	33	1.95
91764195--91764326	44	3.0	42	82	10	142	19	15	27	37	1.93
91765958--91766025	29	2.3	29	97	0	127	19	23	39	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91766650--91766698	26	2.0	26	88	8	75	32	10	4	53	1.54
91768260--91768299	18	2.2	18	90	0	62	12	10	47	30	1.74
91769978--91770089	29	4.0	27	71	10	89	27	15	32	25	1.95
91774403--91774437	13	2.8	12	87	8	52	5	40	0	54	1.24
91777427--91777656	49	4.6	50	83	2	275	25	18	26	30	1.98
91777427--91777656	100	2.3	98	85	3	291	25	18	26	30	1.98
91782816--91782841	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
91783545--91783799	40	6.5	40	90	5	371	23	23	28	23	2.00
91793265--91793448	40	4.6	39	77	6	147	28	23	26	22	1.99
91801382--91801565	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
91805311--91805413	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
91813459--91813620	39	4.2	39	91	2	263	22	20	32	24	1.98
91813459--91813650	39	4.9	39	88	1	251	22	21	32	23	1.98
91821567--91821728	39	4.2	39	91	2	263	22	20	32	24	1.98
91824523--91824625	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
91836102--91836656	74	7.5	74	86	6	689	33	15	19	31	1.93
91836102--91836659	145	3.8	144	85	6	665	33	15	18	31	1.93
91837247--91837328	35	2.4	34	87	2	119	20	50	8	20	1.74
91837688--91837749	23	2.7	24	92	5	92	77	8	0	14	0.98
91837696--91837749	12	4.6	12	95	4	101	77	7	0	14	0.97
91837838--91837872	11	3.2	11	88	11	54	0	54	0	45	0.99
91838318--91838369	3	17.3	3	95	0	95	30	0	1	67	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91838475--91838517	3	14.3	3	95	0	77	30	0	2	67	1.03
91838621--91838695	3	25.0	3	100	0	150	33	0	0	66	0.92
91838327--91838663	146	2.3	148	97	1	633	31	4	7	56	1.46
91838907--91838976	33	2.2	30	82	9	86	38	5	2	52	1.40
91838962--91838992	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
91845734--91845901	41	4.1	41	74	9	137	28	29	19	22	1.98
91848436--91848948	48	10.7	48	97	0	954	31	27	6	33	1.83
91855451--91855495	19	2.4	19	81	3	56	33	6	22	37	1.80
91855947--91855990	17	2.5	17	85	7	52	47	2	9	40	1.48
91858689--91858740	18	2.8	19	94	5	97	36	11	15	36	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770