Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  163  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
48081987--48082023
11
3.5
11
92
3
58
10
56
32
0
1.34
48083719--48083993
46
6.0
46
93
0
433
40
15
22
22
1.91
48085352--48085390
20
1.9
20
84
5
51
35
12
7
43
1.72
48086252--48086294
16
2.6
17
82
7
54
46
0
2
51
1.13
48094933--48094958
5
5.2
5
100
0
52
80
0
0
19
0.71
48095378--48095403
5
5.2
5
100
0
52
80
0
0
19
0.71
48094749--48095638
445
2.0
445
99
0
1771
34
17
14
33
1.90
48099685--48099782
28
3.5
28
84
4
108
29
16
24
29
1.96
48107367--48107464
28
3.5
28
84
4
108
29
16
24
29
1.96
48115728--48115826
28
3.5
29
83
6
114
30
27
15
27
1.96
48123577--48123763
94
2.0
93
95
1
338
35
13
12
37
1.84
48130514--48130690
50
3.5
50
88
2
257
35
16
21
26
1.94
48130668--48130907
31
7.7
31
92
0
372
27
19
26
26
1.99
48130931--48131054
47
2.6
48
83
5
146
29
15
24
30
1.95
48137280--48137316
2
18.5
2
100
0
74
48
0
0
51
1.00
48139702--48139804
27
3.8
26
79
6
107
32
22
7
37
1.83
48139689--48139936
54
4.6
53
74
8
153
38
20
7
33
1.81
48139763--48139949
54
3.5
52
76
9
171
40
20
6
32
1.79
48139783--48140010
27
8.4
27
80
7
151
40
19
7
32
1.80
48140051--48140124
27
2.7
27
76
12
71
37
20
20
21
1.94
48140064--48140128
27
2.4
27
82
5
78
35
18
24
21
1.96
48140449--48140503
21
2.7
21
94
2
94
21
29
30
18
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
48140958--48141027
25
2.8
25
89
4
97
25
27
22
24
2.00
48140958--48141054
25
4.0
23
81
10
86
27
24
22
24
2.00
48141175--48141267
42
2.2
42
96
0
168
31
16
20
32
1.94
48141289--48141372
31
2.7
31
90
1
125
29
15
27
27
1.96
48144224--48144406
79
2.3
81
83
7
223
25
27
22
24
2.00
48144203--48144406
40
5.1
40
81
8
229
25
27
22
25
2.00
48146937--48147093
27
5.8
27
90
0
233
29
23
8
38
1.84
48146926--48147121
54
3.6
54
83
0
239
32
22
8
36
1.84
48146924--48147323
27
14.8
27
82
4
189
36
21
8
33
1.84
48146924--48147122
81
2.5
81
83
0
254
33
22
8
36
1.84
48146924--48147226
81
3.8
81
77
4
218
36
21
7
33
1.83
48148225--48148294
25
2.8
24
89
8
97
22
28
24
24
1.99
48148441--48148531
42
2.2
42
93
0
155
31
14
20
32
1.93
48148555--48148637
31
2.7
31
90
3
125
30
15
27
26
1.96
48150889--48151044
27
5.8
27
86
5
174
29
23
7
39
1.82
48150876--48151072
54
3.7
54
80
4
211
33
21
7
37
1.82
48150889--48151044
81
1.9
80
90
1
249
29
23
7
39
1.82
48151024--48151275
27
9.3
27
78
5
161
38
19
9
32
1.84
48151038--48151267
54
4.2
54
75
6
212
40
17
9
32
1.82
48151293--48151370
27
2.9
27
75
11
70
37
19
20
23
1.95
48152180--48152249
25
2.8
24
84
4
86
25
25
22
25
2.00
48152178--48152262
25
3.5
24
77
7
82
28
22
22
27
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
48152397--48152488
42
2.2
42
94
0
157
31
16
19
32
1.94
48152512--48152595
31
2.7
31
92
1
134
29
15
26
28
1.96
48154759--48154965
67
3.2
63
77
11
186
30
17
29
21
1.96
48159707--48159898
44
4.4
44
78
8
171
27
26
18
27
1.98
48163924--48163950
13
2.1
13
100
0
54
14
37
33
14
1.88
48179717--48179771
12
4.4
13
74
21
55
14
3
0
81
0.82
48179719--48179790
20
3.6
19
78
14
65
16
4
0
79
0.89
48179722--48179791
5
13.8
5
73
19
56
17
4
0
78
0.90
48179717--48179771
25
2.2
25
87
6
76
14
3
0
81
0.82
48184038--48184117
40
2.0
40
95
0
142
22
7
22
47
1.76
48193056--48193199
40
3.6
40
83
3
191
26
22
25
25
2.00
48193056--48193235
80
2.3
79
85
5
231
25
22
26
26
2.00
48200363--48200629
40
6.7
40
87
5
346
26
26
21
24
1.99
48200363--48200620
119
2.2
120
86
6
364
27
26
21
24
1.99
48205867--48205967
28
3.5
29
86
6
125
29
27
13
28
1.95
48238732--48238771
16
2.3
18
83
16
66
20
32
27
20
1.97
48238738--48238777
16
2.5
16
100
0
80
17
30
32
20
1.95
48257797--48257961
40
4.2
39
83
5
163
25
20
28
25
1.99
48260615--48260639
11
2.3
11
100
0
50
16
32
12
40
1.84
48264793--48264900
26
4.2
26
91
2
164
32
7
23
37
1.82
48266497--48266637
27
5.2
27
80
11
164
19
24
22
34
1.97
48266494--48266637
54
2.7
54
92
2
227
18
24
22
34
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
48267471--48267508
20
1.9
20
88
0
58
34
2
10
52
1.50
48269133--48269201
28
2.5
28
95
2
122
43
27
10
18
1.82
48275474--48275511
20
1.9
20
88
0
58
34
2
10
52
1.50
48277137--48277205
28
2.5
28
95
2
122
43
27
10
18
1.82
48285648--48285800
39
3.9
39
90
0
225
24
30
20
24
1.99
48285617--48285799
78
2.3
79
90
1
278
23
29
22
24
1.99
48287017--48287060
19
2.4
19
85
7
56
50
0
9
40
1.34
48288856--48288952
28
3.5
28
88
4
144
45
26
8
19
1.78
48305961--48306273
39
8.1
39
94
1
522
23
30
25
20
1.99
48305961--48306260
154
1.9
154
96
0
555
23
30
26
20
1.98
48314861--48315082
40
5.6
40
92
1
367
27
25
22
23
2.00
48317593--48317761
40
4.2
40
90
1
259
21
17
30
30
1.96
48338673--48338747
29
2.6
29
78
4
80
21
36
21
21
1.96
48338731--48338804
29
2.6
29
95
0
139
27
31
14
27
1.95
48343612--48343787
46
3.8
46
78
12
198
21
20
28
29
1.98
48343609--48343780
93
1.8
93
92
0
290
21
20
29
28
1.98
48345234--48345674
222
2.0
222
95
0
794
31
15
17
36
1.91
48356927--48357079
33
4.6
33
90
0
243
32
20
9
37
1.84
48357065--48357129
32
2.0
33
81
3
78
36
23
12
27
1.90
48364503--48364726
99
2.3
99
89
3
353
32
21
8
36
1.85
48364503--48364700
33
6.0
33
95
1
344
31
21
8
38
1.83
48364505--48364742
66
3.6
65
89
2
325
32
22
9
36
1.86
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
48364653--48364750
32
3.0
33
79
5
92
34
22
11
31
1.89
48364950--48364995
23
2.0
23
100
0
92
43
13
4
39
1.63
48368437--48368646
40
5.2
40
87
2
305
25
24
28
21
1.99
48376554--48376763
40
5.2
40
87
2
305
25
24
28
21
1.99
48379052--48379106
27
2.0
27
96
0
101
47
10
18
23
1.80
48392778--48392930
43
3.6
42
75
7
121
32
27
14
25
1.94
48394215--48394390
46
3.8
46
79
12
216
20
21
29
28
1.98
48394212--48394383
93
1.8
93
96
0
317
20
21
29
27
1.98
48401774--48401949
46
3.8
46
79
12
216
20
21
29
28
1.98
48401771--48401942
93
1.8
93
96
0
317
20
21
29
27
1.98
48406310--48406342
14
2.4
14
90
5
50
21
3
6
69
1.24
48406492--48406765
50
5.6
50
76
9
267
25
17
25
31
1.97
48406500--48406773
144
1.9
145
93
1
469
25
18
25
31
1.98
48409144--48409223
25
3.2
24
87
5
106
30
21
23
25
1.99
48409161--48409226
24
2.7
24
92
2
105
33
21
21
24
1.97
48409161--48409237
24
3.2
24
88
5
93
33
20
20
24
1.97
48414122--48414191
27
2.5
28
93
2
115
27
14
28
30
1.95
48414122--48414203
27
3.0
27
84
8
69
28
15
25
30
1.96
48422059--48422128
27
2.5
28
93
2
115
27
14
28
30
1.95
48422059--48422140
27
3.0
27
84
8
69
28
15
25
30
1.96
48424996--48425080
20
4.2
20
70
0
80
10
30
17
41
1.83
48424979--48425064
40
2.2
40
86
0
118
11
27
18
41
1.85
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
48428519--48428681
39
4.2
39
93
0
272
24
32
20
22
1.98
48432820--48433004
40
4.6
39
83
4
199
27
22
25
24
2.00
48432819--48433025
80
2.6
80
81
4
229
26
22
26
25
2.00
48432818--48433025
40
5.2
40
82
4
195
26
22
25
25
2.00
48439513--48439700
39
4.8
39
89
0
232
23
31
21
22
1.98
48439549--48439701
39
3.9
39
92
0
252
23
32
20
23
1.98
48443542--48443613
32
2.2
32
95
0
126
27
12
26
33
1.92
48446116--48446179
30
2.1
30
100
0
128
21
31
21
25
1.98
48448073--48448314
121
2.0
122
87
2
353
14
27
28
29
1.95
48452969--48453018
21
2.3
21
93
3
73
28
2
32
38
1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770