genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.716.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  716  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226345428--226345480	25	2.1	25	82	6	63	56	7	3	32	1.45
226345441--226345493	25	2.2	24	83	10	63	58	9	0	32	1.30
226346755--226346786	16	2.0	16	93	0	55	12	6	40	40	1.68
226349552--226349714	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
226357967--226358015	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
226358837--226359003	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
226365970--226366018	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
226366841--226367007	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
226368693--226368855	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
226377912--226378078	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
226385182--226385389	40	5.2	40	90	1	303	23	21	28	26	1.99
226393794--226393903	39	2.8	39	84	5	132	24	28	23	23	2.00
226393794--226393943	40	3.8	40	78	7	137	24	26	22	26	2.00
226393794--226393943	79	1.9	79	82	8	189	24	26	22	26	2.00
226397508--226397608	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
226397537--226397608	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
226401536--226401686	40	3.8	41	75	15	136	26	23	27	22	2.00
226401535--226401718	40	4.6	39	74	6	129	26	23	27	22	2.00
226408813--226408996	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
226408853--226409041	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
226415682--226415907	40	5.7	40	87	3	314	32	27	21	18	1.97
226415682--226415907	79	2.8	80	88	4	323	32	27	21	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226426875--226427023	39	3.8	38	80	8	140	22	26	24	26	2.00
226426875--226427022	79	1.9	78	83	8	192	22	27	24	26	2.00
226431174--226431271	39	2.6	37	77	4	99	54	4	6	35	1.45
226431793--226431846	24	2.2	25	93	3	92	3	3	22	70	1.19
226432715--226433115	72	5.5	72	89	2	482	33	19	16	31	1.94
226432715--226433350	144	4.2	143	79	10	563	32	19	17	29	1.95
226432981--226433302	164	2.0	161	87	3	466	32	19	18	28	1.96
226433143--226433380	75	3.1	77	87	5	333	31	21	19	27	1.97
226433368--226433394	14	1.9	14	100	0	54	62	7	14	14	1.51
226433282--226433469	92	2.1	90	84	6	236	34	19	21	25	1.96
226432955--226433595	243	2.7	237	87	5	934	32	20	18	27	1.97
226433370--226433608	72	3.3	72	79	8	248	35	21	17	24	1.95
226433734--226433922	71	2.6	71	84	5	245	35	22	15	26	1.94
226433648--226434092	187	2.3	195	83	5	541	36	22	15	26	1.93
226433451--226434030	314	1.8	314	97	0	1090	36	22	15	25	1.93
226445408--226445669	49	5.3	49	95	0	479	27	9	33	29	1.89
226445780--226445894	37	3.1	37	100	0	230	27	19	32	20	1.97
226447939--226448070	29	4.6	29	96	0	228	26	15	31	25	1.96
226447907--226448069	58	2.8	58	88	3	204	26	17	30	25	1.97
226447907--226448070	87	1.9	87	87	5	242	26	17	31	25	1.97
226448554--226448652	41	2.4	41	80	11	114	25	25	25	24	2.00
226451571--226451783	49	4.3	49	95	0	381	27	9	33	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226451894--226451971	37	2.1	37	100	0	156	28	19	32	20	1.97
226454016--226454147	29	4.6	29	96	0	228	26	15	31	25	1.96
226453984--226454146	58	2.8	58	88	3	204	26	17	30	25	1.97
226453984--226454147	87	1.9	87	87	5	242	26	17	31	25	1.97
226457646--226457907	49	5.3	49	95	0	479	27	9	33	29	1.89
226458018--226458095	37	2.1	37	100	0	156	28	19	32	20	1.97
226460138--226460269	29	4.6	29	96	0	228	26	15	31	25	1.96
226460106--226460268	58	2.8	58	88	3	204	26	17	30	25	1.97
226460106--226460269	87	1.9	87	87	5	242	26	17	31	25	1.97
226463769--226464029	49	5.3	49	94	0	470	27	9	33	29	1.89
226463769--226464037	97	2.8	98	95	1	495	27	10	33	28	1.90
226463769--226464041	146	1.9	146	92	0	440	28	10	32	28	1.90
226463782--226464079	146	2.0	146	85	2	402	29	10	31	28	1.90
226468214--226468315	29	3.5	29	91	0	168	28	15	30	25	1.96
226468210--226468336	58	2.2	58	83	4	159	28	15	31	24	1.96
226469813--226469934	39	3.1	39	93	0	217	29	25	22	22	1.99
226471724--226471904	40	4.6	40	90	2	267	22	21	30	25	1.99
226479745--226479925	40	4.6	40	90	2	267	22	21	30	25	1.99
226488396--226488423	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
226488797--226488933	39	3.5	39	94	0	238	29	26	22	21	1.99
226493240--226493497	46	5.6	45	76	12	190	23	31	19	25	1.98
226496016--226496190	46	3.8	46	78	13	205	30	29	19	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226496024--226496194	93	1.8	93	93	0	297	29	29	19	20	1.97
226496748--226496784	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
226499138--226499305	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
226499154--226499303	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
226507151--226507317	40	4.2	40	79	2	158	23	26	23	26	2.00
226507167--226507315	80	1.9	79	83	6	194	22	26	24	26	2.00
226518872--226519037	40	4.2	39	81	3	172	24	27	22	25	2.00
226518888--226519037	79	1.9	79	84	5	205	24	27	22	26	2.00
226526876--226527041	40	4.2	39	81	3	172	24	27	22	25	2.00
226526892--226527041	79	1.9	79	84	5	205	24	27	22	26	2.00
226534883--226535033	40	3.8	39	82	2	142	23	27	22	25	2.00
226534883--226535033	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
226539562--226539750	39	4.8	40	78	8	185	24	28	23	24	2.00
226539569--226539750	78	2.3	79	83	10	223	24	27	23	24	2.00
226544863--226545030	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
226544879--226545028	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
226552855--226553021	40	4.2	40	80	2	167	23	27	23	25	2.00
226558730--226558916	39	4.8	39	78	8	161	24	27	22	25	2.00
226558737--226558916	77	2.3	78	81	10	201	24	27	23	25	2.00
226562529--226563029	49	10.3	49	92	3	809	32	7	29	30	1.85
226562529--226563029	96	5.2	98	92	2	809	32	7	29	30	1.85
226562531--226563029	146	3.4	147	92	3	816	32	7	29	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226565057--226565125	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
226566752--226566789	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
226573063--226573131	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
226574518--226574555	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
226574626--226574714	37	2.4	37	96	1	162	25	19	11	43	1.84
226574675--226574731	29	2.0	29	96	0	105	22	21	17	38	1.93
226574923--226575017	24	4.0	24	87	6	131	26	23	22	28	1.99
226574923--226575016	47	2.0	48	87	8	138	26	23	22	27	1.99
226575067--226575126	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
226575067--226575121	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
226575169--226575216	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
226582728--226582822	31	3.1	30	92	5	163	24	23	15	36	1.94
226583014--226583108	24	4.0	24	87	6	131	26	23	22	28	1.99
226583014--226583107	47	2.0	48	87	8	138	26	23	22	27	1.99
226583159--226583218	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
226583159--226583213	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
226583260--226583307	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
226585267--226585295	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
226586435--226586463	14	2.1	14	100	0	58	0	48	0	51	1.00
226587011--226587041	13	2.3	14	94	5	55	41	0	6	51	1.27
226587243--226587337	12	8.1	12	69	22	51	36	4	1	57	1.25
226587240--226587281	9	4.5	10	82	14	54	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226599961--226600094	71	1.9	71	90	0	214	30	16	23	29	1.96
226599870--226600409	159	3.4	160	96	1	980	29	17	21	31	1.96
226600119--226600253	71	1.9	71	90	0	216	31	16	22	29	1.96
226600279--226600529	74	3.5	70	82	7	274	31	16	21	30	1.95
226600475--226600716	67	3.6	65	84	7	272	28	15	14	41	1.87
226600663--226600687	13	1.9	13	100	0	50	16	16	4	64	1.44
226602749--226602915	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
226606325--226606491	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
226610535--226610695	38	4.2	39	88	8	231	24	19	31	23	1.98
226610552--226610724	38	4.5	40	85	7	166	24	21	31	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770