genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.671.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  671  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211128181--211128347	40	4.2	40	80	5	196	25	22	27	25	2.00
211128181--211128347	79	2.1	80	84	4	214	25	22	27	25	2.00
211129944--211129997	18	3.3	18	66	28	57	22	50	7	20	1.73
211129906--211130031	58	2.2	59	91	4	211	26	50	6	17	1.70
211129906--211130031	30	4.3	30	92	5	213	26	50	6	17	1.70
211130583--211130641	25	2.3	26	80	8	77	37	5	1	55	1.32
211130657--211130722	22	2.9	23	82	6	80	30	6	6	57	1.47
211130662--211130723	24	2.7	23	85	5	81	30	4	6	58	1.44
211130785--211130840	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
211139939--211140194	119	2.2	118	87	6	358	23	23	28	25	2.00
211139939--211140194	40	6.5	40	88	5	346	23	23	28	25	2.00
211148050--211148305	40	6.5	40	88	5	346	23	23	28	25	1.99
211148050--211148305	118	2.2	119	86	7	351	23	23	28	25	1.99
211153332--211153364	17	1.9	17	88	11	50	84	0	15	0	0.61
211154224--211154397	89	2.0	86	83	5	215	24	17	20	37	1.94
211154367--211154410	13	3.4	13	81	9	54	15	9	4	70	1.30
211154308--211154573	98	2.7	98	85	5	342	25	18	18	37	1.93
211154309--211154671	88	3.8	95	80	13	383	26	16	18	38	1.92
211154590--211155185	73	8.1	75	85	3	800	30	15	20	33	1.94
211154590--211155185	148	4.0	146	87	4	795	30	15	20	33	1.94
211155256--211155291	14	2.6	14	90	0	54	25	13	5	55	1.60
211155154--211155646	90	5.3	89	74	13	354	26	16	17	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211155112--211155442	180	1.9	177	85	4	459	28	17	18	35	1.94
211155355--211155550	108	1.8	108	88	4	297	27	14	17	40	1.89
211155488--211155713	86	2.6	86	79	6	226	30	15	19	34	1.93
211155760--211155799	21	1.9	21	94	0	71	32	10	27	30	1.89
211156337--211156390	18	3.3	18	66	28	57	22	50	7	20	1.73
211156327--211156395	30	2.3	30	94	0	129	26	52	5	15	1.66
211156933--211157004	25	2.8	26	81	6	94	36	6	2	54	1.42
211156875--211157001	48	2.7	48	75	10	125	36	5	3	55	1.39
211156885--211157004	50	2.4	48	79	5	123	36	5	3	54	1.41
211157017--211157082	22	2.9	23	82	6	80	30	6	6	57	1.47
211157022--211157083	24	2.7	23	85	5	81	30	4	6	58	1.44
211157143--211157198	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
211161231--211161413	38	4.7	39	86	6	239	25	30	21	22	1.99
211161211--211161413	77	2.6	77	87	6	277	26	29	21	22	1.99
211169260--211169447	40	4.7	40	91	1	279	25	29	21	23	1.99
211169240--211169451	80	2.7	79	88	3	318	26	28	21	23	1.99
211175561--211175728	40	4.2	40	80	7	162	23	26	23	26	2.00
211175577--211175728	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
211179992--211180158	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
211180008--211180158	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
211195344--211195527	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
211195384--211195572	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211199641--211199817	39	4.6	40	89	5	258	28	23	27	20	1.99
211205855--211206035	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
211205857--211206027	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
211209211--211209377	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
211209211--211209377	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
211210203--211210248	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
211221681--211222103	71	6.2	69	75	12	403	24	14	22	39	1.91
211221823--211222069	122	2.0	124	90	3	392	24	13	22	39	1.90
211221514--211222106	263	2.3	257	95	2	1042	25	14	22	36	1.93
211221944--211222109	72	2.3	71	88	4	244	22	15	21	41	1.89
211222334--211222478	74	1.9	76	88	5	224	30	18	22	28	1.97
211222174--211222652	165	2.9	166	89	4	691	29	17	20	31	1.96
211222509--211223014	72	6.5	73	75	12	397	29	16	19	34	1.94
211222508--211223224	88	9.0	76	72	14	418	28	16	19	35	1.94
211222867--211222902	14	2.7	13	86	4	54	30	13	5	50	1.65
211222996--211223057	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
211222636--211223225	253	2.4	248	85	6	768	27	16	18	37	1.93
211223871--211223904	16	2.2	16	89	5	52	88	2	8	0	0.62
211223901--211223933	15	2.3	15	94	5	59	63	30	0	6	1.18
211223934--211223979	23	1.9	25	86	8	69	73	10	8	6	1.23
211226493--211226519	14	1.9	14	100	0	54	18	0	0	81	0.69
211231025--211231104	27	3.0	27	80	9	83	45	3	7	43	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211231826--211231875	20	2.5	21	83	9	68	50	0	4	46	1.20
211231902--211231953	21	2.4	21	80	3	59	42	0	3	53	1.19
211235484--211235523	20	1.9	20	85	10	53	62	7	0	30	1.23
211237875--211238082	40	5.2	40	87	1	276	27	28	20	23	1.99
211241809--211241971	70	2.3	71	98	1	319	19	28	17	34	1.94
211241809--211242005	70	2.8	69	91	4	265	20	28	17	33	1.95
211248513--211248605	29	3.3	29	76	8	84	23	35	16	24	1.95
211248617--211248685	29	2.4	29	97	2	131	26	31	14	27	1.95
211256359--211256523	29	5.7	29	89	2	199	24	30	15	29	1.95
211256335--211256523	58	3.3	58	85	1	173	24	31	15	28	1.95
211256334--211256523	87	2.2	87	79	1	211	24	32	15	27	1.95
211258442--211258696	39	6.5	39	84	0	330	21	31	16	30	1.95
211258442--211258700	78	3.3	78	87	0	365	21	31	16	30	1.95
211258442--211258696	117	2.2	117	87	0	375	21	31	16	30	1.95
211258442--211258732	78	3.7	76	81	6	289	21	30	16	31	1.95
211258965--211258999	2	17.5	2	87	0	52	2	2	45	48	1.32
211258961--211258992	16	2.0	16	93	0	55	9	0	40	50	1.35
211260827--211260873	19	2.4	20	78	3	51	76	2	17	4	1.04
211262036--211262100	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
211269921--211269985	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
211278585--211278633	20	2.4	21	82	3	64	22	26	20	30	1.98
211278663--211278695	12	2.8	12	86	4	50	36	3	9	51	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211288217--211288389	46	3.8	45	79	13	199	22	20	27	29	1.99
211288214--211288384	93	1.8	93	93	0	297	22	21	28	28	1.99
211291499--211291679	27	6.8	27	86	4	233	29	23	7	39	1.83
211291403--211291850	27	16.7	27	81	5	160	36	21	8	33	1.84
211291671--211291824	80	1.9	81	90	4	249	40	20	8	30	1.82
211291671--211291822	53	2.8	53	88	3	198	40	20	8	30	1.82
211291659--211291848	80	2.3	79	82	12	242	39	21	8	30	1.84
211291965--211292056	27	3.4	27	90	3	132	33	20	26	19	1.96
211293049--211293140	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
211293164--211293242	31	2.5	31	93	0	140	29	17	26	26	1.98
211298202--211298331	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
211307421--211307518	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
211315098--211315195	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
211318915--211319105	39	4.8	40	86	0	172	25	32	19	22	1.98
211318951--211319105	39	3.9	39	88	0	229	25	32	18	23	1.97
211323407--211323500	29	3.3	29	81	11	106	25	12	31	29	1.93
211326361--211327030	339	2.0	338	87	2	961	26	23	20	30	1.98
211328057--211328186	40	3.2	40	81	2	163	24	28	23	23	2.00
211328057--211328224	40	4.2	40	77	7	153	23	26	23	26	2.00
211328073--211328222	80	1.9	80	82	8	189	22	26	24	26	2.00
211336601--211336771	75	2.4	75	84	7	212	32	11	23	33	1.90
211336604--211336769	35	4.6	35	84	8	174	31	11	23	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211344097--211344261	35	4.6	37	81	11	173	32	10	23	33	1.90
211344097--211344266	74	2.4	75	82	9	203	32	11	22	33	1.90
211348381--211348426	20	2.3	19	81	7	56	54	0	10	34	1.36
211349549--211349579	16	1.9	16	100	0	62	41	0	58	0	0.98
211349628--211349704	29	2.5	30	81	12	86	28	2	3	64	1.24
211349984--211350014	16	1.9	16	100	0	62	0	58	0	41	0.98
211351138--211351182	20	2.2	21	84	7	58	35	11	0	53	1.37
211363149--211363557	75	5.6	71	79	10	427	30	16	21	31	1.96
211363152--211363521	151	2.5	142	82	9	435	30	17	21	30	1.96
211366422--211366551	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770