genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.688.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  688  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216807469--216807635	80	2.1	79	81	7	196	26	23	26	22	2.00
216824482--216824540	29	2.0	29	100	0	118	44	0	20	35	1.52
216824822--216824975	42	3.6	42	81	6	168	30	14	23	31	1.95
216825408--216825478	32	2.2	32	97	0	133	25	5	23	45	1.75
216828946--216829075	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
216835151--216835317	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
216844849--216844997	40	3.8	40	82	6	162	28	22	26	23	1.99
216844845--216845014	40	4.4	38	76	12	152	28	21	26	23	1.99
216852873--216853043	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
216860483--216860585	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
216868472--216868574	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
216871902--216872073	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
216871895--216872070	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
216875926--216875958	16	2.1	16	88	5	50	12	6	15	66	1.42
216881061--216881181	58	2.1	59	88	1	181	30	24	20	23	1.99
216881578--216881679	24	4.2	24	83	5	116	10	39	32	17	1.84
216881578--216881679	48	2.1	48	85	3	134	10	39	32	17	1.84
216881909--216882836	42	22.2	42	84	6	1000	15	33	32	17	1.92
216881909--216882719	251	3.2	252	86	5	1058	15	35	32	16	1.91
216889873--216890220	173	2.0	176	88	6	519	19	27	27	26	1.99
216890582--216890629	23	2.1	23	84	0	60	14	39	31	14	1.86
216899590--216899772	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216907012--216907194	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
216914395--216914576	39	4.6	39	87	2	240	24	22	30	23	1.99
216918714--216918765	24	2.2	24	82	0	59	28	0	44	26	1.55
216920151--216920324	27	6.4	27	83	0	222	24	14	18	42	1.87
216920152--216920306	54	2.9	54	89	0	247	24	14	18	42	1.87
216921564--216921700	68	2.0	68	91	0	220	39	8	14	37	1.76
216926726--216926893	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
216934758--216934925	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
216941137--216941185	21	2.4	21	76	6	57	79	2	14	4	0.97
216942343--216942407	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
216944849--216945019	39	4.3	39	89	3	220	25	28	21	25	1.99
216944849--216945072	40	5.7	40	83	6	226	25	28	21	24	1.99
216947167--216947328	39	4.2	39	91	1	254	23	20	31	24	1.98
216947167--216947359	39	4.9	39	88	1	244	23	21	31	23	1.99
216947186--216947397	78	2.7	78	84	5	221	24	21	30	23	1.99
216949534--216949684	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
216949571--216949700	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
216952852--216953211	54	6.7	53	86	5	465	37	19	18	25	1.94
216952871--216953211	27	12.7	27	82	4	359	37	19	17	25	1.93
216952855--216953211	159	2.2	161	86	4	488	37	19	17	25	1.93
216960245--216960451	24	8.6	24	96	0	342	20	17	25	36	1.95
216967985--216968191	24	8.6	24	96	0	342	20	17	25	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216975724--216975930	24	8.6	24	95	0	324	20	18	25	35	1.96
216977710--216978185	44	10.9	44	86	3	584	26	30	15	27	1.96
216977739--216978185	131	3.4	132	86	1	630	26	30	15	26	1.96
216977710--216978185	175	2.7	175	87	2	652	26	30	15	27	1.96
216982293--216982422	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
216984381--216984547	40	4.2	40	80	5	169	23	27	23	25	2.00
216992421--216992587	40	4.2	40	80	5	169	23	27	23	25	2.00
216996474--216996695	40	5.6	40	92	1	349	23	22	26	27	2.00
217004429--217004645	40	5.6	40	92	5	349	23	22	27	26	2.00
217009738--217009903	40	4.2	39	81	3	172	24	27	22	25	2.00
217009754--217009903	79	1.9	79	84	5	205	24	27	22	26	2.00
217017744--217017910	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
217017760--217017910	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
217019104--217019212	56	2.0	53	82	12	132	28	16	18	36	1.92
217020341--217020384	19	2.3	19	92	7	72	38	11	11	38	1.77
217024556--217024772	80	2.7	81	85	6	300	24	27	23	24	2.00
217024585--217024760	40	4.4	40	88	2	257	26	26	22	23	2.00
217027391--217027568	46	3.8	46	75	10	191	28	26	21	23	1.99
217027398--217027570	93	1.9	93	90	0	274	27	27	21	23	1.99
217027442--217027585	46	3.1	47	70	18	113	29	26	20	23	1.99
217029960--217030015	15	3.7	15	86	9	87	60	10	16	12	1.58
217031980--217032111	29	4.6	29	90	0	192	26	15	31	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217036631--217036830	108	1.8	110	86	4	289	24	26	15	34	1.95
217036629--217036838	55	3.9	53	78	8	208	24	25	15	34	1.95
217043276--217043318	22	2.0	22	95	0	77	30	27	30	11	1.92
217043283--217043332	22	2.3	22	85	0	64	36	30	20	14	1.91
217045367--217045451	20	4.5	19	77	17	63	5	16	3	74	1.16
217045304--217045444	13	11.2	12	72	20	67	7	17	2	73	1.18
217045399--217045440	7	6.3	7	89	10	61	7	14	0	78	0.95
217045304--217045444	6	22.3	6	73	17	67	7	17	2	73	1.18
217045427--217045465	16	2.4	16	86	0	51	10	20	0	69	1.17
217045406--217045464	20	3.2	19	75	22	54	10	18	0	71	1.14
217049440--217049469	14	2.2	13	94	5	51	3	20	0	76	0.92
217049862--217049911	16	3.1	16	88	0	73	40	28	2	30	1.68
217051927--217052028	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
217059740--217059821	29	2.8	29	96	0	146	29	14	31	24	1.95
217065189--217065291	29	3.6	29	80	2	109	22	16	33	28	1.95
217072343--217072550	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
217072343--217072549	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
217080392--217080599	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
217080392--217080598	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
217087348--217087408	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
217094900--217095059	29	5.5	30	88	8	222	33	13	25	27	1.94
217094900--217095059	59	2.8	57	89	4	223	33	13	25	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217098537--217098866	40	8.2	40	94	0	552	26	21	26	25	1.99
217102844--217102974	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
217106606--217106679	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
217106663--217106738	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
217106606--217106738	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
217114477--217114550	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
217114534--217114607	27	2.6	29	78	8	89	22	20	35	21	1.96
217118338--217118508	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
217118333--217118505	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
217118928--217118987	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
217125901--217126070	45	3.7	47	77	17	169	27	29	21	21	1.99
217125901--217126070	93	1.8	93	94	1	306	27	29	21	21	1.99
217126488--217126547	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
217133437--217133587	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
217133473--217133603	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
217141425--217141591	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
217147533--217147758	50	4.5	50	78	8	226	24	18	26	29	1.98
217149803--217149868	17	3.5	17	69	26	53	31	25	13	28	1.94
217149788--217149868	39	2.1	39	100	0	162	33	25	12	28	1.92
217149788--217149851	21	3.2	21	68	28	66	35	25	10	28	1.89
217155611--217155693	43	1.9	43	82	0	103	31	18	25	25	1.97
217163802--217164009	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217163804--217164009	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
217166371--217166482	43	2.6	42	81	2	134	32	14	23	30	1.94
217169380--217169504	46	2.7	46	92	0	205	20	20	29	30	1.97
217173000--217173098	28	3.5	28	86	4	110	29	14	27	29	1.95
217173000--217173098	27	3.5	28	87	4	119	29	14	27	29	1.95
217180781--217180879	28	3.5	28	86	4	110	29	14	27	29	1.95
217180781--217180879	27	3.5	28	87	4	119	29	14	27	29	1.95
217188567--217188665	28	3.5	28	86	4	110	29	14	27	29	1.95
217188567--217188665	27	3.5	28	87	4	119	29	14	27	29	1.95
217196305--217196403	28	3.5	28	86	4	110	29	14	27	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770