Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  576  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
179615537--179615648
39
2.8
38
85
4
134
25
29
22
23
1.99
179615537--179615686
79
1.9
78
83
6
196
24
28
22
26
1.99
179616511--179616556
17
2.5
19
74
22
53
34
23
17
23
1.96
179621570--179621989
27
15.7
27
85
6
527
28
21
8
41
1.82
179623316--179623392
9
7.9
9
72
16
64
35
9
20
35
1.85
179623325--179623396
11
7.1
11
70
17
66
36
12
19
31
1.89
179623314--179623396
20
4.2
20
96
0
157
36
12
19
32
1.88
179623451--179623639
24
8.0
24
89
4
269
29
23
21
26
1.99
179623450--179623639
70
2.7
71
87
6
269
29
23
21
26
1.99
179623831--179623894
31
2.1
31
90
0
101
35
15
23
25
1.94
179626719--179627166
27
16.7
27
86
4
566
28
22
8
40
1.83
179628489--179628565
9
7.9
9
72
16
64
35
9
20
35
1.85
179628498--179628569
11
7.1
11
70
17
66
36
12
19
31
1.89
179628487--179628569
20
4.2
20
96
0
157
36
12
19
32
1.88
179628624--179628813
24
8.0
24
90
3
278
28
23
21
26
1.99
179628624--179628792
47
3.6
47
93
1
293
29
23
20
26
1.99
179628623--179628813
71
2.7
71
88
5
278
29
23
21
26
1.99
179629007--179629070
31
2.1
31
90
0
101
35
15
23
25
1.94
179631108--179631171
31
2.1
31
90
0
101
25
23
15
35
1.94
179631385--179631507
24
5.2
24
88
3
187
29
21
19
30
1.97
179631387--179631508
47
2.6
47
93
0
208
29
20
19
30
1.97
179631387--179631506
23
5.1
23
88
3
177
30
20
20
29
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
179631565--179631617
9
5.4
9
75
16
52
37
20
7
33
1.81
179631557--179631623
20
3.3
20
91
0
107
34
20
10
34
1.87
179631557--179631612
11
5.5
11
73
16
57
33
19
10
35
1.87
179637505--179637714
40
5.2
40
87
2
305
25
24
28
21
1.99
179644178--179644305
40
3.2
40
81
0
139
23
27
22
26
2.00
179652261--179652288
12
2.3
12
100
0
56
14
14
35
35
1.86
179658301--179658543
38
5.9
38
76
14
180
29
15
25
29
1.96
179658336--179658469
48
2.8
48
87
3
200
30
14
22
32
1.94
179658433--179658547
38
3.0
38
92
0
185
29
15
26
27
1.96
179665047--179665073
14
1.9
14
100
0
54
7
51
18
22
1.70
179668153--179668304
39
3.9
39
92
1
234
24
20
31
23
1.98
179668154--179668335
39
4.6
39
88
1
231
24
21
30
23
1.99
179668163--179668373
78
2.7
78
82
5
203
24
21
30
23
1.99
179676221--179676373
39
3.9
39
92
0
252
23
20
32
23
1.98
179676222--179676403
39
4.6
39
89
0
247
23
21
31
23
1.98
179680382--179680524
39
3.7
39
90
2
234
26
20
30
22
1.99
179680383--179680564
77
2.3
79
89
2
269
24
22
29
23
1.99
179686894--179686980
37
2.3
36
94
5
147
26
33
19
20
1.97
179687054--179687261
49
4.2
49
93
0
344
29
29
8
31
1.87
179692558--179692701
39
3.7
39
90
0
234
26
21
29
22
1.99
179692559--179692741
78
2.3
79
89
1
269
24
22
29
22
1.99
179695369--179695435
28
2.4
28
76
2
71
29
26
14
28
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
179698195--179698233
15
2.6
15
88
8
53
51
10
17
20
1.74
179700294--179700341
25
1.9
25
86
0
69
33
25
14
27
1.94
179700378--179700444
20
3.3
20
91
0
107
32
11
22
32
1.90
179700493--179700613
47
2.6
47
93
1
208
30
19
20
28
1.97
179700494--179700615
23
5.2
24
88
4
187
30
19
21
28
1.98
179700828--179700891
31
2.1
31
90
0
101
35
15
23
25
1.94
179704495--179704526
16
2.0
16
93
0
55
34
18
0
46
1.49
179704729--179705121
151
2.6
151
86
3
538
31
23
17
27
1.97
179704726--179705116
50
7.8
50
72
5
250
31
23
17
27
1.97
179704930--179705119
101
1.9
101
85
0
263
31
23
17
26
1.97
179707108--179707274
40
4.2
40
82
2
185
25
27
21
25
1.99
179707108--179707274
80
2.1
79
83
7
205
25
27
21
25
1.99
179708100--179708145
17
2.5
19
74
22
53
34
23
17
23
1.96
179715096--179715262
40
4.2
40
82
2
185
25
27
21
25
1.99
179715096--179715262
80
2.1
79
83
7
205
25
27
21
25
1.99
179716088--179716133
17
2.5
19
74
22
53
34
23
17
23
1.96
179718402--179718493
39
2.3
40
88
5
143
26
27
21
25
2.00
179726443--179726610
40
4.2
40
87
2
223
26
28
21
23
1.99
179728999--179729053
29
1.9
29
85
10
78
14
21
25
38
1.92
179733724--179733769
23
2.0
23
84
12
60
45
10
6
36
1.65
179733731--179733775
23
2.0
23
82
8
56
40
13
8
37
1.76
179736986--179737111
40
3.2
39
80
6
139
21
25
24
28
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
179736925--179737111
80
2.3
80
78
12
204
23
27
23
25
2.00
179746695--179746764
27
2.5
28
97
2
133
28
12
27
31
1.93
179754617--179754686
27
2.5
28
97
2
133
28
12
27
31
1.93
179758501--179758570
27
2.5
28
88
2
106
31
25
14
28
1.95
179766413--179766482
27
2.5
28
88
2
106
31
25
14
28
1.95
179768285--179768386
43
2.4
43
85
3
125
31
14
20
33
1.93
179771633--179771659
2
13.5
2
100
0
54
48
0
0
51
1.00
179773331--179773359
15
2.0
15
93
6
51
68
0
0
31
0.89
179777491--179778724
140
9.0
140
87
4
1565
26
18
23
31
1.97
179778219--179778723
126
3.9
127
79
9
541
27
18
21
32
1.97
179777516--179778726
266
4.4
266
87
3
1276
26
18
23
31
1.98
179779004--179779053
21
2.4
21
82
0
64
16
0
40
44
1.47
179779004--179779050
14
3.4
14
82
5
51
14
0
40
44
1.46
179780037--179780119
35
2.4
35
97
0
157
14
43
21
20
1.87
179781680--179781704
13
1.9
13
100
0
50
40
8
0
52
1.31
179783758--179783872
29
4.0
29
88
4
99
25
22
15
36
1.94
179783770--179783872
29
3.5
29
94
2
179
23
24
15
36
1.93
179783769--179783902
59
2.2
60
88
1
198
24
25
14
35
1.94
179785207--179785244
20
2.1
19
85
14
53
7
15
0
76
1.01
179791621--179791735
29
4.0
29
88
4
99
25
22
15
36
1.94
179791633--179791735
29
3.5
29
94
2
179
23
24
15
36
1.93
179791632--179791765
59
2.2
60
88
1
198
24
25
14
35
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
179793050--179793088
21
2.0
20
85
14
55
7
15
0
76
0.99
179797607--179797634
14
2.0
14
100
0
56
42
7
7
42
1.59
179811695--179811755
30
2.0
30
87
0
86
39
6
22
31
1.80
179812492--179812676
67
2.9
63
74
8
174
31
16
27
24
1.96
179815175--179815326
40
3.8
39
82
5
144
22
26
24
26
2.00
179815175--179815326
80
1.9
80
83
5
200
22
26
24
26
2.00
179817988--179818059
29
2.5
28
88
6
101
30
16
26
26
1.97
179825902--179825973
29
2.5
28
88
6
101
30
16
26
26
1.97
179844350--179844451
29
3.5
28
76
7
89
27
34
17
20
1.95
179850274--179850671
49
8.1
49
96
0
724
32
8
28
29
1.87
179850740--179850826
37
2.3
36
92
5
138
20
18
33
27
1.96
179852256--179852610
48
7.4
48
76
3
302
28
19
27
24
1.99
179852277--179852609
96
3.5
96
81
4
370
28
19
27
25
1.99
179853193--179853226
17
2.0
17
100
0
68
29
11
23
35
1.90
179859496--179859653
40
4.0
40
76
4
142
27
24
25
22
2.00
179859496--179859683
80
2.3
80
77
12
197
26
23
26
22
2.00
179861456--179861511
24
2.3
25
81
6
62
42
5
35
16
1.70
179862623--179862679
27
2.1
27
87
3
80
33
24
12
29
1.92
179862631--179862683
27
2.0
27
96
0
97
33
18
11
35
1.87
179862633--179862693
27
2.3
27
88
0
86
37
16
14
31
1.89
179864963--179865142
78
2.3
79
79
6
195
26
22
27
24
2.00
179864962--179865152
40
4.8
39
77
12
169
26
21
27
25
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
179873085--179873283
40
5.1
39
77
14
198
24
21
28
26
1.99
179880991--179881122
29
4.6
29
88
0
165
29
15
31
24
1.95
179884913--179885042
40
3.2
40
81
2
163
23
23
28
24
2.00
179888953--179889138
40
4.7
40
88
5
218
25
21
26
26
1.99
179889006--179889161
80
2.0
79
82
8
192
26
20
26
26
1.99
179896727--179896911
40
4.7
40
86
6
200
25
20
27
27
1.99
179896727--179896911
79
2.3
80
80
9
207
25
20
27
27
1.99
179896761--179896944
79
2.3
78
77
14
189
28
20
25
26
1.99
179899318--179899483
68
2.4
68
77
13
160
34
17
27
20
1.95
179901880--179902100
40
5.6
40
90
2
322
21
26
24
27
1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770