genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.710.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  710  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224219907--224220051	37	3.9	37	94	0	238	26	31	18	24	1.98
224220198--224220584	48	8.1	48	97	1	724	30	27	6	36	1.81
224223441--224223497	26	2.2	26	100	0	114	42	28	3	26	1.72
224226026--224226206	40	4.6	40	82	6	172	23	26	22	27	2.00
224234035--224234177	40	3.6	39	80	7	130	23	28	23	24	1.99
224234067--224234216	40	3.8	40	80	6	146	22	27	23	26	2.00
224238078--224238150	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
224246015--224246087	29	2.5	29	97	0	137	26	28	16	28	1.97
224250866--224251048	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
224250867--224251050	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
224250919--224251083	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
224258921--224259104	40	4.6	41	82	9	222	23	22	28	25	1.99
224258921--224259102	79	2.3	80	83	6	219	24	22	28	25	2.00
224258974--224259137	79	2.1	78	84	5	206	25	20	28	25	1.99
224262677--224262804	40	3.2	39	89	6	186	26	25	21	26	1.99
224262672--224262856	80	2.3	80	83	6	234	27	26	21	24	1.99
224270764--224270944	39	4.6	39	84	10	194	26	26	22	24	2.00
224275895--224275964	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
224283810--224283879	27	2.5	28	90	2	115	31	27	14	27	1.95
224286937--224287287	24	14.7	24	96	1	634	20	17	25	36	1.95
224295063--224295425	24	15.1	24	97	0	654	20	17	25	36	1.95
224302003--224302112	40	2.8	40	90	0	166	20	28	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224302005--224302151	40	3.7	40	83	5	154	21	27	22	29	1.99
224305611--224305831	27	8.2	27	81	6	225	44	19	15	20	1.87
224307546--224307722	40	4.5	40	83	4	180	23	25	22	28	1.99
224315565--224315695	40	3.3	40	85	0	172	24	27	21	26	1.99
224315582--224315732	40	3.8	40	85	4	180	23	25	22	28	1.99
224325146--224325305	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
224325146--224325305	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
224333063--224333222	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
224333063--224333222	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
224334913--224334981	28	2.5	28	88	6	97	27	14	27	30	1.95
224334913--224334991	28	2.9	27	85	9	81	27	15	25	31	1.95
224337159--224337228	29	2.4	29	75	15	72	45	1	20	32	1.60
224339237--224339269	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
224340059--224340088	16	1.9	15	93	6	51	53	20	20	6	1.67
224340340--224340400	28	2.2	28	90	0	95	34	29	6	29	1.83
224340552--224340606	29	1.9	28	81	3	65	25	23	18	32	1.97
224341995--224342158	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
224341995--224342192	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
224349520--224349727	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
224349520--224349726	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
224357567--224357774	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
224357567--224357773	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224365357--224365520	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
224376114--224376218	27	3.9	27	78	0	120	20	17	26	35	1.95
224376122--224376249	54	2.4	54	86	0	166	23	16	25	34	1.95
224376333--224376422	27	3.3	27	79	0	99	23	16	27	32	1.96
224376163--224376505	171	2.0	171	95	0	614	22	17	24	35	1.95
224378528--224378618	16	5.8	16	70	7	69	19	24	16	39	1.92
224382476--224382574	19	5.3	18	68	20	62	50	3	3	43	1.33
224382492--224382586	37	2.5	38	78	16	106	47	4	3	45	1.38
224386137--224386425	47	6.1	47	90	3	407	32	10	29	26	1.90
224386399--224386535	46	3.0	46	85	0	184	34	8	31	26	1.85
224392722--224392810	26	3.2	27	84	10	110	32	23	23	20	1.98
224392916--224392982	27	2.4	28	92	2	109	32	7	26	32	1.84
224398229--224398346	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
224398197--224398360	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
224404717--224404834	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
224404685--224404848	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
224406252--224406493	24	10.1	24	97	0	423	36	25	17	20	1.94
224406258--224406493	119	2.0	120	96	0	438	36	25	17	20	1.95
224414263--224414503	24	10.1	24	96	1	414	36	25	17	20	1.95
224414263--224414503	71	3.4	71	95	0	419	36	25	17	20	1.95
224414263--224414503	95	2.5	95	94	2	421	36	25	17	20	1.95
224422091--224422177	29	3.0	29	100	0	174	31	13	27	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224422091--224422221	58	2.3	58	85	5	167	26	15	31	26	1.96
224425493--224425679	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
224425516--224425679	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
224425516--224425713	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
224433060--224433246	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
224433083--224433246	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
224433083--224433280	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
224439715--224439922	40	5.2	39	81	1	200	25	25	22	25	2.00
224439719--224439920	80	2.5	81	83	3	230	25	25	22	26	2.00
224443594--224443682	28	3.2	28	92	6	155	26	16	29	26	1.97
224443594--224443674	26	3.0	26	96	3	144	27	14	29	28	1.95
224447052--224447236	40	4.7	40	88	6	252	27	27	21	24	1.99
224447052--224447235	79	2.3	81	85	7	243	26	27	21	24	1.99
224453711--224453842	29	4.6	29	82	9	137	26	26	15	31	1.96
224461663--224461765	29	3.6	28	80	5	109	27	26	16	30	1.97
224466037--224466222	40	4.7	40	84	6	216	27	26	20	24	1.99
224476732--224476801	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
224478516--224478771	40	6.5	40	88	5	353	23	28	24	24	2.00
224487558--224487725	40	4.2	40	79	6	162	23	26	22	27	2.00
224487574--224487723	80	1.9	80	83	8	198	22	26	23	27	2.00
224492889--224492963	29	2.6	29	84	0	96	22	34	20	22	1.96
224503386--224503454	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224505066--224505103	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
224512799--224512836	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
224515371--224515543	48	3.6	48	82	6	199	27	19	25	27	1.99
224523270--224523368	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
224530943--224531041	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
224534777--224534822	20	2.2	21	88	3	67	50	2	13	34	1.53
224539772--224539981	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
224544286--224544510	124	1.8	124	85	1	317	31	11	23	34	1.90
224544505--224544634	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
224544467--224544634	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
224552326--224552548	122	1.8	122	85	1	313	31	10	23	34	1.89
224552543--224552672	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
224554495--224554579	42	2.0	42	95	0	152	40	23	3	32	1.72
224557377--224557538	35	4.6	35	77	3	164	42	17	8	30	1.80
224561515--224561628	39	2.9	40	80	3	133	23	25	21	28	1.99
224568578--224568747	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
224576674--224576843	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
224580225--224580319	25	3.8	25	91	0	136	25	22	25	27	2.00
224580366--224580413	11	4.6	11	80	12	57	33	18	12	35	1.89
224587915--224588362	27	16.6	27	86	2	578	27	22	9	40	1.85
224593935--224594045	39	2.9	37	80	9	132	23	20	25	30	1.99
224602325--224602505	40	4.5	40	89	1	238	22	28	23	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224602302--224602505	80	2.5	78	85	6	264	24	28	22	24	1.99
224610453--224610614	40	4.1	40	80	4	159	25	29	20	24	1.99
224610453--224610614	79	2.0	80	82	3	193	25	29	20	24	1.99
224614331--224614435	42	2.5	42	80	10	99	25	23	23	26	2.00
224614557--224614591	18	2.0	18	88	5	54	28	14	20	37	1.91
224623812--224624013	40	5.2	39	78	8	191	25	27	21	25	1.99
224623812--224624013	80	2.7	75	83	6	230	25	27	21	25	1.99
224631918--224632123	40	5.2	39	82	6	213	25	28	21	24	1.99
224631983--224632123	39	3.6	39	92	2	212	24	29	22	24	1.99
224635034--224635067	14	2.3	15	85	5	52	44	0	32	23	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770