genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.589.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  589  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184207502--184207526	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
184209528--184209588	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
184212045--184212294	40	6.3	40	88	7	354	29	23	21	26	1.99
184213708--184213735	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
184215953--184216016	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
184216208--184216372	23	7.0	24	85	8	189	27	23	21	27	1.99
184216233--184216371	71	2.0	69	88	5	208	28	23	21	25	1.99
184216235--184216371	46	2.9	48	91	6	210	28	24	21	25	1.99
184216418--184216501	20	4.2	20	95	0	150	32	21	11	34	1.90
184216423--184216497	11	7.4	11	68	17	63	30	20	13	36	1.91
184217743--184217826	27	3.1	27	87	3	116	20	25	21	33	1.97
184217743--184217836	27	3.5	26	84	7	109	20	24	19	36	1.95
184217888--184217939	27	1.9	27	88	7	79	34	11	13	40	1.81
184217951--184218099	27	5.7	27	81	8	148	28	6	21	44	1.76
184217952--184218099	26	5.7	26	78	8	106	28	6	20	44	1.75
184217978--184218077	52	1.9	53	85	6	141	31	7	20	42	1.78
184217894--184218113	27	8.2	26	74	11	108	30	6	20	41	1.78
184218092--184218360	27	9.8	27	79	12	235	40	7	23	28	1.82
184218164--184218284	62	2.0	61	87	8	174	40	4	27	27	1.77
184218189--184218261	36	2.1	35	89	2	110	36	5	31	26	1.79
184218136--184218310	88	2.0	89	86	3	246	41	6	24	27	1.80
184218092--184218360	141	1.9	142	88	3	409	40	7	23	28	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184218225--184218387	53	3.1	50	77	7	164	37	8	24	29	1.85
184221183--184221245	31	2.1	31	90	3	101	25	19	15	39	1.91
184221455--184221617	24	7.1	24	82	8	155	29	22	20	28	1.98
184221435--184221616	23	8.0	22	81	12	176	29	22	20	27	1.99
184221663--184221706	20	2.2	20	95	0	79	31	22	11	34	1.90
184221748--184221794	24	1.9	25	86	4	69	25	14	25	34	1.94
184222918--184223009	25	3.7	26	84	11	104	23	25	18	32	1.97
184222933--184223012	25	3.1	26	87	7	110	21	26	18	33	1.96
184222933--184223022	26	3.5	25	83	10	103	21	25	16	36	1.94
184223074--184223180	27	3.9	27	74	16	85	31	8	18	41	1.81
184223137--184223283	27	5.7	26	82	7	158	28	6	21	42	1.78
184223163--184223297	54	2.6	51	80	13	159	29	6	22	40	1.80
184223277--184223480	27	7.6	27	72	20	142	41	8	22	28	1.82
184223359--184223437	37	2.1	38	90	2	124	39	7	29	24	1.82
184223431--184223526	23	4.2	22	82	13	99	37	9	22	30	1.86
184223404--184223526	25	5.2	24	83	12	116	38	8	23	30	1.84
184230096--184230247	40	3.8	40	89	1	234	28	28	17	24	1.97
184230079--184230282	40	5.1	41	81	11	226	28	29	19	22	1.98
184230079--184230282	80	2.6	78	87	4	282	28	29	19	22	1.98
184236404--184236499	46	2.1	46	98	0	183	38	23	11	26	1.89
184245025--184245208	40	4.6	40	80	10	216	25	27	22	24	2.00
184245027--184245209	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184247118--184247218	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
184247147--184247222	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
184254572--184254737	40	4.2	40	82	3	176	24	27	22	26	2.00
184264464--184264610	37	3.8	37	81	7	134	23	27	23	25	2.00
184264432--184264572	40	3.7	38	82	8	135	24	29	22	24	1.99
184272537--184272717	40	4.6	40	82	6	172	23	26	22	27	2.00
184274470--184274549	40	2.0	40	97	0	151	37	18	17	26	1.93
184284888--184284913	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
184289379--184289424	19	2.4	19	96	0	83	30	17	17	34	1.93
184289662--184289706	24	2.0	23	82	8	56	24	4	31	40	1.75
184289774--184289912	71	2.0	71	95	0	251	37	2	22	38	1.66
184291533--184291727	39	4.9	39	87	0	255	23	32	21	23	1.98
184292356--184292451	28	3.4	28	84	4	104	30	15	23	30	1.96
184302259--184302291	16	2.1	16	100	0	66	33	18	18	30	1.94
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184312835--184312984	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
184320798--184320927	40	3.2	40	79	2	154	23	28	23	23	2.00
184320814--184320964	40	3.8	40	78	6	146	21	26	24	27	2.00
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184327982--184328063	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
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184335906--184335987	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
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184348791--184348854	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
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184358419--184358517	28	3.4	28	83	6	101	30	26	13	30	1.94
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184364667--184364830	58	2.8	58	89	3	215	25	17	31	25	1.97
184364667--184364830	87	1.9	87	86	5	233	25	17	31	25	1.97
184368775--184368838	20	3.2	20	90	0	92	35	7	21	34	1.83
184368773--184368826	9	5.6	9	75	16	54	35	7	20	37	1.81
184368778--184368833	11	5.5	11	73	16	57	37	8	19	33	1.83
184368885--184369050	23	7.1	23	91	2	269	27	21	21	29	1.98
184368885--184369071	47	4.0	46	87	4	259	27	21	22	28	1.99
184368883--184369050	70	2.4	70	93	2	284	27	21	21	29	1.99
184369262--184369356	31	3.1	30	93	3	154	40	13	23	23	1.90
184380499--184380547	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
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184381363--184381513	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
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184386576--184386720	27	5.6	27	90	3	219	28	16	24	30	1.96
184394642--184394688	20	2.3	20	89	7	69	34	10	19	36	1.86
184394740--184394887	26	5.7	27	91	5	227	27	18	22	31	1.98
184394740--184394893	53	3.0	52	90	5	235	28	18	22	31	1.97
184406301--184406401	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
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184431049--184431121	29	2.5	29	82	4	85	28	30	17	23	1.97
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184434009--184434060	18	2.9	17	91	2	77	21	21	15	42	1.89
184443990--184444116	40	3.2	40	81	7	134	22	27	25	24	2.00
184458157--184458299	40	3.6	40	88	6	193	25	27	27	18	1.98
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184458153--184458322	80	2.1	79	78	10	186	24	25	27	22	2.00
184461272--184461517	40	6.2	40	93	0	395	28	27	21	22	1.99
184463188--184463316	67	1.9	66	84	4	170	33	17	28	20	1.95
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184469094--184469186	27	3.4	27	84	0	105	39	20	17	22	1.92
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184469835--184469886	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
184475446--184475552	48	2.3	46	81	12	121	29	19	28	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184475449--184475677	125	1.8	124	84	5	309	28	18	30	22	1.97
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184483599--184484076	96	5.0	96	90	3	745	33	8	30	28	1.86
184483781--184483856	25	3.2	25	62	24	63	32	6	31	28	1.83
184483601--184484060	190	2.4	191	95	0	814	33	8	30	28	1.87
184485727--184485764	19	2.0	20	85	10	53	39	18	2	39	1.65
184491091--184491221	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
184491090--184491221	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
184498871--184499001	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
184498870--184499001	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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