genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.662.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  662  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208095899--208095965	20	3.3	20	89	0	107	32	19	11	35	1.88
208096002--208096049	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
208099545--208099593	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
208100415--208100581	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
208108426--208108663	37	6.2	38	79	11	247	25	28	21	25	1.99
208108426--208108663	40	6.2	39	79	11	251	25	28	21	25	1.99
208116565--208116634	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
208116642--208116748	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
208123797--208123866	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
208123874--208123980	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
208126976--208127160	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
208126975--208127181	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
208126974--208127181	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
208134952--208135136	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
208134951--208135157	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
208134950--208135157	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
208139147--208139313	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
208147667--208147817	40	3.8	40	78	6	155	27	23	27	21	1.99
208147704--208147833	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
208147667--208147833	80	2.1	79	82	7	205	26	23	27	22	2.00
208155527--208155687	38	4.2	38	80	4	162	33	26	19	21	1.97
208155559--208155697	38	3.7	38	84	3	183	31	25	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208158446--208158652	40	5.2	39	82	4	202	25	26	23	25	2.00
208158446--208158651	79	2.6	80	81	6	222	25	26	23	25	2.00
208162912--208162952	20	2.0	20	100	0	82	31	19	29	19	1.96
208166459--208166628	80	2.1	80	83	4	218	24	26	24	24	2.00
208166459--208166665	40	5.2	40	79	6	188	25	25	24	25	2.00
208168783--208168949	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
208168783--208168949	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
208169771--208169816	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
208176787--208176953	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
208176787--208176953	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
208177778--208177823	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
208180388--208180515	47	2.7	47	85	0	157	32	29	15	22	1.95
208183869--208183900	10	3.2	10	95	0	55	84	0	15	0	0.63
208183869--208183903	14	2.5	14	85	0	52	82	0	17	0	0.66
208185133--208185334	39	5.1	40	81	10	229	24	21	27	25	1.99
208185133--208185313	79	2.3	80	83	9	221	24	22	27	25	2.00
208185185--208185348	79	2.1	78	83	7	199	25	21	27	25	1.99
208190079--208190242	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
208190079--208190276	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
208192295--208192336	22	1.9	23	90	9	70	16	23	16	42	1.88
208199976--208200076	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
208207935--208208035	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208223528--208223609	29	2.9	29	98	1	157	30	14	28	26	1.95
208223529--208223622	29	3.2	29	92	4	127	32	15	26	24	1.96
208223524--208223659	60	2.4	57	80	7	141	28	15	30	25	1.96
208230106--208230290	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
208230099--208230290	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
208238140--208238324	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
208238133--208238324	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
208245013--208245235	39	5.7	39	85	6	283	23	22	28	26	1.99
208245013--208245235	118	1.9	119	84	8	303	23	22	28	26	1.99
208245013--208245235	79	2.8	78	87	5	315	23	22	28	26	1.99
208253354--208253577	40	5.7	40	81	8	226	25	21	26	26	2.00
208259049--208259185	24	5.9	24	91	5	228	26	21	24	28	1.99
208259230--208259270	20	2.0	20	95	0	73	34	21	9	34	1.87
208259973--208260035	31	2.1	31	93	3	110	23	22	14	39	1.91
208260226--208260367	47	3.0	47	89	6	198	26	22	21	28	1.99
208260226--208260367	24	6.0	24	90	4	200	26	22	21	28	1.99
208260418--208260476	19	3.0	20	90	5	102	33	20	11	33	1.89
208260519--208260566	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
208264493--208264576	27	3.1	27	89	3	125	21	26	21	30	1.98
208264638--208264693	27	2.1	27	84	15	73	39	8	8	42	1.68
208264728--208264853	27	4.7	27	88	0	189	30	8	19	40	1.82
208264647--208264852	81	2.5	81	81	4	227	32	8	17	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208264647--208264921	27	10.1	27	81	5	160	34	8	18	37	1.82
208264725--208264878	81	1.9	81	80	0	182	33	8	20	37	1.83
208264819--208265048	81	2.8	81	82	3	205	40	9	21	28	1.85
208264846--208265048	27	7.5	27	87	4	268	40	9	22	27	1.85
208265053--208265114	27	2.3	27	86	5	81	29	11	22	37	1.89
208266147--208277081	538	20.5	539	95	2	19629	33	10	18	37	1.86
208278540--208278708	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
208286573--208286741	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
208291080--208291255	38	4.5	40	85	9	213	26	22	27	24	2.00
208291114--208291266	77	2.0	75	80	12	168	28	20	26	24	1.99
208299119--208299298	40	4.5	40	82	10	165	26	21	27	24	1.99
208299119--208299304	80	2.3	80	79	9	200	26	20	26	25	1.99
208302847--208302872	13	2.0	13	100	0	52	23	38	15	23	1.92
208304099--208304278	43	4.2	43	81	4	211	31	29	16	23	1.96
208305144--208305172	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
208315383--208315492	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
208315383--208315532	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
208318454--208318753	47	6.3	47	76	9	286	29	17	27	25	1.98
208318454--208318753	95	3.1	95	85	3	390	29	17	27	25	1.98
208318454--208318753	143	2.1	142	77	6	302	29	17	27	25	1.98
208321389--208321562	45	3.8	44	80	9	206	21	20	29	28	1.98
208324484--208324558	30	2.5	30	79	8	82	12	16	14	57	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208324489--208324567	15	5.4	14	75	13	70	11	16	12	59	1.61
208326930--208327104	46	3.8	45	80	8	210	21	20	29	29	1.98
208326926--208327095	92	1.8	92	94	0	304	21	20	30	28	1.98
208329765--208329989	124	1.8	124	86	1	326	30	10	24	35	1.88
208329984--208330113	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
208337872--208338096	124	1.8	124	86	1	326	30	10	24	35	1.88
208338091--208338220	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
208350778--208350879	28	3.5	28	84	10	134	27	25	13	33	1.94
208358257--208358387	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
208358256--208358387	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
208365758--208365888	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
208365757--208365888	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
208372045--208372077	16	2.1	16	100	0	66	36	24	6	33	1.80
208373269--208373399	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
208373268--208373399	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
208382880--208383034	39	3.9	40	83	3	179	24	30	20	23	1.98
208382909--208383034	41	3.1	41	85	3	168	25	30	19	23	1.98
208385934--208386048	29	4.0	29	86	2	144	28	27	15	27	1.96
208385925--208386035	58	1.9	58	87	1	161	28	27	15	27	1.96
208386259--208386301	16	2.7	16	88	0	59	11	20	16	51	1.75
208386825--208386872	19	2.3	21	82	10	64	56	0	27	16	1.41
208391939--208392054	47	2.5	47	80	6	128	31	22	24	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208392035--208392119	45	1.9	44	86	9	120	29	18	27	24	1.98
208392082--208392205	48	2.5	48	80	5	142	25	20	30	23	1.98
208392079--208392205	50	2.6	50	80	5	152	25	19	30	24	1.98
208395794--208395947	42	3.7	42	76	10	127	28	16	25	29	1.97
208396183--208396212	10	2.9	10	95	5	51	20	0	20	60	1.37
208402606--208402727	39	3.2	39	86	1	174	25	31	18	23	1.97
208412528--208412599	38	1.9	37	94	2	126	25	27	26	20	1.99
208420424--208420574	40	3.8	40	77	6	146	27	23	26	22	2.00
208420461--208420590	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
208430750--208430819	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770