genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.356.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  356  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109246836--109246875	19	2.1	19	86	9	55	32	2	5	60	1.32
109248031--109248061	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
109249937--109250037	29	3.6	28	78	7	98	20	16	33	28	1.95
109249967--109250044	27	2.8	27	80	7	77	21	15	33	29	1.94
109257898--109258000	29	3.6	29	78	2	100	20	17	33	28	1.95
109263770--109263911	66	2.2	66	87	2	196	35	16	23	23	1.95
109265041--109265106	13	5.1	13	78	7	62	30	6	25	37	1.80
109266400--109266448	14	3.5	13	76	13	53	34	4	18	42	1.69
109274130--109274175	24	1.9	24	100	0	92	39	15	17	28	1.90
109277287--109277342	29	1.9	29	100	0	112	53	5	12	28	1.60
109277282--109277348	29	2.3	28	89	2	107	50	4	11	32	1.59
109277568--109277706	66	2.1	66	97	0	260	48	9	8	33	1.66
109277704--109277757	24	2.2	25	81	15	60	57	7	0	35	1.27
109280682--109280757	36	2.1	36	90	0	116	50	13	5	31	1.63
109281548--109281763	41	5.3	41	79	4	114	34	19	20	25	1.96
109281575--109281764	41	4.6	41	85	0	236	35	20	20	24	1.96
109281605--109281783	82	2.2	81	85	6	229	36	21	19	22	1.95
109281575--109281805	123	1.9	123	78	1	257	35	19	19	25	1.95
109281751--109281829	41	1.9	41	82	5	97	37	18	13	29	1.90
109284691--109284731	20	2.0	20	100	0	82	31	9	19	39	1.84
109285992--109286148	9	18.0	9	71	9	85	47	16	1	35	1.55
109286002--109286069	33	2.1	33	88	5	102	52	11	1	33	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109286020--109286069	15	3.1	15	78	15	64	54	8	2	36	1.42
109285976--109286135	85	1.9	88	86	4	236	47	15	1	36	1.53
109292992--109293186	24	8.1	24	97	0	327	35	25	18	20	1.95
109299134--109299162	13	2.1	14	93	6	51	34	3	6	55	1.44
109299586--109299626	21	2.0	21	85	0	55	36	14	41	7	1.74
109306270--109306489	45	4.9	45	90	0	350	26	28	22	22	1.99
109307308--109307402	47	2.0	46	87	2	136	43	13	13	29	1.83
109311379--109311508	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
109311395--109311546	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
109311395--109311544	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
109319395--109319524	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
109319411--109319561	40	3.8	40	78	6	146	22	26	23	27	2.00
109319411--109319559	80	1.9	79	83	6	194	22	26	24	26	2.00
109358293--109358339	21	2.2	21	100	0	94	19	17	14	48	1.81
109404025--109404054	15	2.0	15	100	0	60	26	13	0	60	1.34
109413448--109413595	40	3.8	38	74	8	111	28	22	27	22	1.99
109421791--109421822	12	2.7	12	100	0	64	46	43	0	9	1.35
109422148--109422236	10	8.2	11	79	7	76	20	6	4	68	1.30
109422155--109422243	34	2.8	32	83	14	119	20	6	4	68	1.30
109423343--109423477	67	2.1	65	84	13	172	40	13	8	37	1.76
109425984--109426129	27	5.5	27	73	8	120	36	26	11	26	1.90
109425984--109426154	26	6.5	26	72	6	128	35	27	11	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109425981--109426154	53	3.3	53	91	0	294	35	27	12	25	1.91
109429697--109430012	46	6.7	47	73	12	184	23	27	20	28	1.99
109429845--109430014	94	1.8	92	85	7	236	22	28	21	27	1.99
109438171--109438298	27	4.7	26	88	9	177	32	19	22	25	1.98
109438171--109438289	54	2.2	54	92	5	197	31	18	23	26	1.97
109440698--109440781	6	13.7	6	73	18	66	47	14	17	20	1.82
109440718--109440790	25	3.0	25	81	2	85	46	12	19	21	1.82
109440746--109440816	31	2.3	31	85	0	97	50	12	14	22	1.76
109441236--109441379	27	5.3	27	90	0	225	22	21	20	35	1.96
109441367--109441582	27	8.0	27	82	8	203	30	10	20	38	1.86
109441398--109441580	81	2.2	80	85	9	237	29	9	20	40	1.84
109441370--109441952	27	21.6	27	78	9	166	34	9	20	34	1.86
109441567--109441794	54	4.2	54	92	2	341	42	9	19	28	1.82
109441539--109441792	81	3.1	81	81	2	278	40	9	20	29	1.84
109441568--109441794	109	2.1	108	90	2	357	42	9	19	28	1.82
109445235--109445451	27	8.1	27	83	2	224	32	18	23	25	1.97
109445235--109445451	53	4.1	53	84	4	240	32	18	23	25	1.97
109445614--109445666	27	2.0	27	84	0	70	26	18	18	35	1.95
109445868--109445953	33	2.6	33	85	3	111	27	19	26	25	1.99
109448901--109448984	40	2.1	40	93	4	143	54	0	38	7	1.28
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109474780--109474968	38	4.9	39	92	3	310	21	31	22	24	1.98
109482669--109482888	39	5.6	39	91	2	318	21	31	22	24	1.98
109482700--109482888	39	4.9	39	94	2	319	22	31	21	24	1.98
109485777--109485970	24	8.1	24	91	0	309	28	21	21	28	1.98
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109499794--109499901	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
109504801--109504899	28	3.5	29	82	6	105	31	27	15	26	1.95
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109529709--109529747	13	2.9	14	80	7	53	48	25	7	17	1.74
109538337--109538507	93	1.8	93	86	2	245	21	21	29	28	1.98
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109639147--109639247	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109647068--109647168	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
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109666231--109666296	14	4.7	14	79	11	73	12	16	12	59	1.62
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109668660--109668832	93	1.9	93	96	0	319	20	21	30	27	1.98
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109671751--109671847	30	3.2	30	73	15	83	11	16	17	54	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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