genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  232  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69619968--69620003	2	18.0	2	94	0	63	50	0	2	47	1.15
69620351--69620396	19	2.4	19	92	0	74	8	34	23	32	1.86
69626403--69626440	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
69626475--69626526	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
69629317--69629404	27	3.3	26	76	7	86	36	20	21	21	1.95
69632046--69632267	40	5.6	40	90	1	322	26	26	21	26	2.00
69640194--69640454	40	6.6	40	94	2	429	24	26	22	25	2.00
69647280--69647395	57	2.0	57	94	0	205	32	34	15	17	1.91
69649624--69649737	27	4.2	26	79	9	95	35	19	22	21	1.96
69649648--69649737	28	3.3	28	89	7	132	35	20	22	22	1.96
69651964--69652087	28	4.3	29	89	1	180	28	32	13	25	1.94
69651971--69652083	57	2.0	57	89	3	174	26	33	14	25	1.94
69652298--69652334	16	2.3	16	90	0	56	8	13	21	56	1.63
69654238--69654321	32	2.6	32	77	7	89	35	21	19	23	1.96
69654397--69654452	22	2.5	22	79	0	67	35	23	21	19	1.96
69656927--69657081	27	5.7	27	87	0	175	24	16	19	40	1.91
69664825--69664984	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
69672865--69673024	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
69677049--69677215	40	4.2	41	80	5	164	24	26	22	26	2.00
69678039--69678084	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
69685067--69685232	40	4.2	40	81	1	174	24	26	22	26	2.00
69686057--69686102	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69691339--69691408	27	2.6	27	93	2	113	28	30	14	27	1.95
69694823--69695038	50	4.3	50	82	4	247	28	12	19	38	1.89
69694823--69695038	100	2.2	100	83	4	274	28	12	19	38	1.89
69696298--69696327	15	2.0	15	93	0	51	46	10	6	36	1.64
69701517--69701545	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
69706063--69706260	50	4.0	49	78	5	175	32	11	18	37	1.86
69706093--69706260	50	3.4	50	80	3	178	33	12	17	36	1.87
69707564--69707632	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
69709258--69709295	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
69711235--69711471	24	9.9	24	97	0	420	20	18	25	35	1.95
69718894--69718942	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
69719765--69719931	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
69722452--69722736	24	11.9	24	96	0	507	20	18	25	35	1.95
69730213--69730281	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
69731907--69731944	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
69733405--69733545	27	5.2	27	89	0	201	27	19	17	35	1.94
69733566--69733980	27	15.3	27	79	6	326	31	7	20	40	1.80
69733612--69733988	81	4.6	81	77	7	372	31	6	20	40	1.79
69741974--69742012	20	2.0	20	84	0	51	43	12	2	41	1.56
69744134--69744184	26	2.0	26	88	0	75	41	13	7	37	1.74
69745011--69745074	31	2.1	31	93	0	110	25	21	14	39	1.91
69746141--69746204	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69746395--69746513	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
69746395--69746513	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99
69746564--69746623	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
69746564--69746618	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
69746666--69746713	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
69754215--69754278	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
69754470--69754613	24	6.0	24	90	5	202	27	22	22	28	1.99
69754664--69754723	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
69754664--69754718	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
69754766--69754813	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
69763683--69763751	6	11.3	6	73	14	61	49	13	18	18	1.79
69763709--69763801	25	3.7	25	86	0	123	46	12	20	20	1.83
69764045--69764097	22	2.4	22	75	12	63	32	22	22	22	1.98
69764612--69764746	27	5.0	27	87	0	189	23	22	19	34	1.96
69764607--69764783	81	2.2	81	76	4	178	28	18	18	33	1.95
69768460--69768489	14	2.1	14	93	0	51	56	3	0	40	1.16
69773937--69774006	27	2.6	27	93	2	113	28	30	14	27	1.95
69788444--69788741	48	6.2	48	90	0	461	31	24	6	37	1.80
69791829--69791940	27	4.2	26	84	7	134	16	22	23	38	1.93
69791829--69791940	54	2.1	54	86	6	156	16	22	23	38	1.93
69797694--69797862	40	4.2	39	81	6	153	26	22	26	24	2.00
69797692--69797862	80	2.1	80	80	6	204	26	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69801947--69802031	43	2.0	43	86	9	120	29	30	16	23	1.96
69805908--69806043	29	4.7	29	86	3	157	23	30	16	29	1.96
69815644--69815684	14	2.7	16	77	14	50	2	29	0	68	1.03
69820740--69820872	54	2.5	54	85	6	189	26	19	15	38	1.92
69820712--69820878	27	6.2	27	80	6	142	26	20	16	37	1.93
69820927--69821189	27	9.8	26	76	11	160	30	9	20	39	1.85
69820946--69821189	54	4.6	53	75	12	214	29	9	20	39	1.85
69820899--69821175	133	2.1	135	84	4	364	29	9	19	40	1.83
69820946--69821185	106	2.2	104	83	11	299	30	10	20	39	1.85
69821168--69821248	27	3.0	26	85	8	92	43	12	19	24	1.86
69821179--69821267	27	3.3	27	85	0	115	42	10	21	25	1.84
69822963--69823021	25	2.4	24	78	10	66	27	23	20	28	1.99
69823225--69823449	27	8.3	27	84	2	236	25	20	18	36	1.94
69823225--69823440	54	4.0	54	87	0	270	24	20	18	35	1.95
69823225--69823428	81	2.5	81	86	0	264	25	21	18	35	1.95
69823432--69823548	27	4.3	27	70	12	69	32	9	20	37	1.85
69823492--69823709	27	8.0	27	81	6	237	29	8	22	39	1.84
69823514--69823751	81	2.9	80	78	8	225	28	10	21	39	1.86
69823738--69823817	27	3.0	26	82	8	72	41	12	20	26	1.87
69823750--69823841	27	3.4	27	86	0	112	40	8	22	28	1.84
69826257--69826308	25	2.1	25	85	3	70	25	19	21	34	1.96
69826515--69826664	81	1.9	81	91	0	246	26	25	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69826513--69826664	27	5.6	27	87	0	214	25	25	17	32	1.97
69825773--69827537	891	2.0	891	94	0	3068	31	26	16	25	1.97
69827406--69827537	27	4.9	27	88	0	192	25	22	17	34	1.96
69827404--69827537	54	2.5	54	93	0	232	25	22	18	33	1.97
69827529--69827737	27	7.7	27	77	12	124	30	7	21	41	1.79
69827567--69827789	54	4.1	54	80	7	193	28	8	21	41	1.82
69827590--69827789	54	3.7	54	81	4	233	28	8	22	41	1.81
69827590--69827789	81	2.5	80	83	5	231	28	8	22	41	1.81
69827590--69827789	27	7.4	27	78	6	183	28	8	22	41	1.81
69827640--69827822	54	3.4	54	78	3	172	29	10	20	39	1.85
69827812--69827897	27	3.2	26	84	9	84	38	11	20	29	1.88
69827821--69827904	27	3.1	27	89	0	123	40	9	21	28	1.84
69835438--69835538	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
69840011--69840140	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
69842515--69842606	42	2.2	43	84	5	116	29	20	19	30	1.97
69847062--69847245	40	4.6	40	81	4	174	27	22	26	23	2.00
69849019--69849238	46	4.8	45	82	5	235	30	26	19	22	1.98
69851632--69851672	15	2.7	15	85	7	57	60	9	17	12	1.57
69854615--69854792	46	3.8	46	77	4	187	29	27	20	22	1.98
69855925--69855988	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
69856182--69856347	24	7.0	24	88	4	239	26	21	22	28	1.99
69856181--69856347	47	3.5	48	89	4	241	26	21	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69856182--69856347	71	2.3	71	91	3	262	26	21	22	28	1.99
69856406--69856462	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
69856402--69856464	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
69856501--69856548	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
69857709--69857792	27	3.1	27	91	3	125	20	25	22	32	1.98
69857709--69857802	27	3.5	26	87	7	118	20	24	20	35	1.96
69857843--69858047	27	7.5	27	77	4	142	32	8	19	39	1.82
69857944--69858083	27	5.2	27	82	6	158	29	6	22	41	1.79
69858062--69858337	27	9.8	27	78	8	219	40	7	23	28	1.83
69857941--69858094	81	1.9	81	82	2	193	31	5	22	40	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770