genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  42  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11914193--11914323	29	4.6	29	86	1	201	29	39	16	14	1.88
11914154--11914323	86	2.0	86	96	0	313	30	37	17	15	1.91
11915639--11915810	93	1.8	93	93	0	299	27	29	20	22	1.99
11915631--11915806	46	3.8	46	78	10	205	28	28	20	22	1.98
11919052--11919123	28	2.6	28	86	0	90	29	26	12	31	1.93
11926232--11926319	46	1.9	46	90	0	131	27	29	22	20	1.99
11928685--11928773	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
11928685--11928764	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
11928696--11928773	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
11931715--11931802	46	1.9	46	88	0	122	27	28	22	21	1.99
11937038--11937079	21	2.0	21	100	0	84	28	19	19	33	1.96
11941559--11941826	47	5.8	44	74	12	173	21	28	20	28	1.98
11944850--11945038	40	4.7	40	91	0	297	30	24	21	23	1.99
11953238--11953307	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
11956783--11956903	45	2.7	45	88	0	161	23	13	28	35	1.92
11956817--11956958	45	3.3	44	77	15	143	25	16	26	31	1.97
11962887--11962994	38	2.8	38	92	0	171	21	24	27	26	1.99
11962987--11963183	43	4.6	43	93	1	333	11	25	31	30	1.91
11962987--11963183	85	2.3	86	93	0	333	11	25	31	30	1.91
11969264--11969446	79	2.3	82	83	7	225	24	21	27	25	1.99
11969264--11969448	40	4.7	40	84	6	225	24	21	28	25	1.99
11969317--11969481	79	2.1	79	83	6	201	26	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11977272--11977455	40	4.6	41	84	8	222	23	22	28	25	1.99
11977272--11977453	79	2.3	80	83	6	219	24	22	28	25	2.00
11977324--11977488	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
11981410--11981483	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
11981351--11981483	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
11984435--11984558	46	2.7	46	93	0	203	28	27	22	21	1.99
11991472--11991687	46	4.7	45	92	1	315	29	26	21	22	1.99
11992748--11992860	38	2.9	38	85	7	131	23	23	25	28	1.99
11992870--11993018	43	3.5	43	87	3	201	14	25	29	30	1.95
12001097--12001253	29	5.5	29	87	3	214	27	16	30	25	1.97
12001241--12001341	28	3.5	28	87	4	130	28	13	26	30	1.94
12009041--12009263	58	3.9	58	77	6	179	29	14	29	27	1.95
12009045--12009175	29	4.5	29	87	1	174	27	16	31	25	1.96
12009163--12009263	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
12020118--12020342	40	5.6	40	89	3	346	23	23	27	25	2.00
12024755--12024855	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
12027483--12027547	27	2.4	27	81	0	76	33	18	21	26	1.96
12028285--12028344	27	2.3	26	82	2	66	23	23	18	35	1.96
12029555--12029603	12	3.8	12	81	10	53	69	4	26	0	1.06
12031618--12031683	21	3.1	21	82	4	80	15	34	30	19	1.93
12035131--12035205	31	2.4	31	97	0	141	26	25	18	29	1.98
12035231--12035320	42	2.1	42	91	0	144	35	21	13	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12035465--12035666	26	7.8	26	91	0	334	27	23	22	26	2.00
12035465--12035666	52	3.9	52	98	0	388	27	23	22	26	2.00
12036479--12036558	27	3.0	27	85	3	99	20	25	20	35	1.96
12036589--12036911	27	12.0	27	75	7	172	31	8	19	39	1.82
12036701--12036907	80	2.6	81	85	0	263	29	7	21	41	1.80
12036701--12036920	27	8.2	27	78	3	210	30	6	21	40	1.79
12036591--12037045	54	8.4	54	76	5	220	34	8	20	37	1.83
12036898--12037028	27	4.9	27	87	0	181	41	8	20	29	1.81
12036702--12036947	134	1.8	134	84	3	334	32	7	21	39	1.81
12037006--12037067	27	2.3	27	80	0	61	29	8	20	41	1.81
12042737--12042831	40	2.4	41	85	7	124	30	14	26	28	1.95
12043903--12043933	11	2.8	11	95	0	53	9	29	16	45	1.79
12047338--12047558	49	4.4	49	82	1	226	29	25	17	27	1.98
12047332--12047558	99	2.3	100	83	4	289	29	25	17	26	1.98
12055666--12055726	30	2.0	30	83	3	77	32	11	22	32	1.90
12056263--12056345	43	1.9	43	85	4	114	37	12	25	25	1.90
12056491--12056761	47	5.5	47	67	16	143	37	14	21	26	1.91
12056489--12056924	101	4.2	101	87	3	561	36	15	23	25	1.93
12056752--12057044	108	2.7	108	89	0	424	33	17	26	22	1.96
12056538--12057044	55	9.7	53	72	13	341	35	15	24	24	1.95
12063540--12063715	47	3.6	47	70	15	149	36	14	22	27	1.92
12063440--12063770	101	3.3	101	91	1	522	35	15	22	25	1.94
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12063702--12063944	55	4.5	53	80	8	258	33	18	24	23	1.96
12063446--12063893	101	4.4	99	84	7	431	35	16	22	25	1.94
12063696--12063956	53	4.8	53	80	9	269	33	17	24	24	1.96
12063696--12063944	108	2.3	108	90	0	381	33	17	24	23	1.96
12072766--12072967	40	5.1	40	91	1	291	26	27	22	22	1.99
12094000--12094049	26	1.9	26	87	0	73	24	20	22	34	1.97
12096211--12096320	39	2.7	39	81	14	118	35	26	13	24	1.93
12102125--12102163	19	2.1	19	85	0	51	38	20	7	33	1.81
12102304--12102386	23	3.4	24	80	9	80	31	22	24	21	1.98
12110075--12110154	24	3.3	23	78	18	83	31	17	23	27	1.97
12110046--12110139	24	3.9	23	78	13	91	31	20	23	24	1.98
12110060--12110154	47	1.9	51	83	12	128	32	16	24	26	1.96
12112672--12112834	40	4.1	40	81	3	177	25	28	21	24	1.99
12112659--12112834	79	2.2	80	80	5	205	25	27	21	25	1.99
12120658--12120865	40	5.2	40	85	2	267	25	26	21	25	2.00
12126407--12126463	28	2.0	28	96	0	105	26	8	31	33	1.87
12133633--12133816	50	3.7	50	81	7	221	26	18	26	28	1.98
12133640--12133829	101	1.9	100	87	3	283	26	18	25	28	1.98
12147907--12147958	25	2.1	25	100	0	104	34	23	15	26	1.94
12155406--12155435	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
12164667--12164705	19	2.1	19	85	0	51	38	20	7	33	1.81
12164872--12164929	23	2.5	24	83	8	75	36	17	22	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12164872--12164936	24	2.8	22	79	11	76	35	15	23	26	1.94
12172552--12172723	46	3.8	46	79	16	198	29	30	19	20	1.97
12172560--12172727	92	1.9	89	92	3	282	27	30	20	20	1.98
12172600--12172742	46	3.1	46	73	13	150	29	29	20	20	1.98
12178062--12178238	46	3.9	44	76	11	176	29	27	20	22	1.98
12178070--12178241	93	1.8	93	88	2	265	29	27	20	22	1.99
12180906--12180985	24	3.3	23	75	18	74	31	18	23	26	1.98
12180892--12180995	47	2.1	51	83	13	130	32	18	25	24	1.97
12182822--12182912	28	3.0	28	87	9	110	27	9	30	31	1.89
12182855--12182923	34	2.0	34	100	0	138	28	11	28	30	1.92
12185426--12185531	52	2.0	52	100	0	212	22	11	18	47	1.81
12190146--12190370	49	4.5	50	83	6	287	26	18	26	28	1.98
12190243--12190326	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
12190145--12190370	101	2.3	98	87	3	310	26	18	26	28	1.98
12190694--12190744	24	2.1	24	100	0	102	37	7	19	35	1.81
12194740--12194783	22	2.0	22	95	0	79	29	22	13	34	1.93
12197149--12197279	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
12197149--12197279	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
12205105--12205235	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
12205105--12205235	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
12211212--12211249	19	2.0	20	85	15	53	39	23	2	34	1.69
12211834--12211979	40	3.6	39	85	5	159	23	28	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12214267--12214326	30	2.0	30	83	0	75	33	25	3	38	1.72
12220930--12221365	27	16.3	27	81	5	403	39	21	8	30	1.84
12220930--12221365	80	5.4	80	83	3	484	39	21	8	30	1.84
12221317--12221406	27	3.3	27	86	6	110	41	16	11	31	1.83
12221416--12221527	27	4.1	27	90	2	161	38	16	15	29	1.90
12221347--12221405	28	2.1	28	96	0	109	44	13	11	30	1.80
12224718--12224860	26	5.4	26	77	9	128	37	14	13	34	1.86
12224726--12224915	27	7.2	26	78	7	123	37	15	12	34	1.85
12224718--12224856	53	2.6	53	80	7	167	36	15	13	34	1.86
12224783--12224939	27	5.9	27	81	7	158	36	18	9	35	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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