genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.615.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  615  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192529141--192529432	149	2.0	147	83	4	372	23	30	19	26	1.98
192529150--192529437	50	5.8	49	87	6	334	23	30	18	27	1.98
192530087--192530378	148	2.0	148	95	0	530	28	12	19	38	1.89
192530622--192530687	32	2.1	32	100	0	132	40	6	18	34	1.75
192535008--192535062	6	9.2	6	84	7	67	78	5	1	14	1.02
192535011--192535062	18	2.9	18	88	0	77	76	5	1	15	1.05
192535008--192535062	12	4.6	12	83	0	74	78	5	1	14	1.02
192550078--192550244	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
192550078--192550244	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
192551070--192551115	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
192558067--192558233	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
192558067--192558233	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
192559058--192559103	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
192560841--192560917	28	2.8	27	72	5	75	36	23	24	15	1.94
192564884--192565043	43	3.8	43	85	5	191	31	28	16	23	1.96
192565904--192565933	9	3.2	9	90	9	51	33	10	0	56	1.32
192571041--192571115	27	2.7	27	89	2	96	42	25	5	26	1.76
192571053--192571115	27	2.3	27	97	0	117	39	26	6	26	1.80
192571217--192571332	27	4.3	27	80	11	114	18	20	21	38	1.93
192571217--192571332	54	2.1	54	82	6	137	18	20	21	38	1.93
192575224--192575360	29	4.7	29	86	3	159	24	30	15	29	1.95
192575170--192575358	58	3.3	58	78	4	177	24	33	15	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192585061--192585088	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
192585802--192585986	40	4.7	40	81	6	182	27	20	25	26	1.99
192596520--192596649	47	2.8	46	76	5	127	38	25	14	21	1.91
192599186--192600099	48	19.0	48	93	0	1549	34	6	27	31	1.82
192602172--192602196	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
192603756--192603805	24	2.1	24	88	0	73	52	2	2	44	1.24
192609577--192609687	27	4.1	27	84	3	136	39	21	23	15	1.91
192617388--192617472	26	3.2	26	80	11	100	41	22	23	12	1.88
192619659--192619683	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
192620556--192620625	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
192627506--192627530	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
192633764--192633809	21	2.2	21	84	7	58	71	2	15	10	1.23
192634037--192634061	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
192634931--192635000	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
192637030--192637246	39	5.6	39	93	0	371	22	21	27	29	1.99
192644269--192644338	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
192644269--192644350	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
192652069--192652138	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
192652069--192652150	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
192656432--192656471	19	2.1	19	85	0	53	42	12	10	35	1.76
192658516--192658698	79	2.3	81	82	7	223	24	21	27	26	1.99
192658517--192658700	40	4.6	39	83	8	203	23	21	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192658517--192658731	79	2.7	79	74	14	194	25	20	27	26	1.99
192660347--192660416	31	2.2	31	97	2	131	38	15	5	40	1.71
192662878--192663053	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
192662874--192663045	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
192665959--192666028	15	4.8	15	77	13	83	11	18	11	58	1.62
192665950--192666028	28	2.7	30	79	13	92	11	17	13	56	1.66
192668358--192668508	40	3.8	40	77	6	146	27	23	26	22	2.00
192668395--192668524	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
192675783--192675933	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
192675820--192675949	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
192679047--192679222	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
192679043--192679214	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
192686378--192686558	50	3.6	50	78	8	197	25	18	26	29	1.98
192686378--192686561	101	1.8	101	89	2	289	25	18	26	29	1.98
192698518--192698630	27	4.2	26	79	13	104	36	19	22	22	1.95
192698518--192698630	54	2.1	54	87	9	160	36	19	22	22	1.95
192702754--192702868	27	4.3	27	84	3	142	37	20	21	20	1.95
192707691--192707716	11	2.4	11	100	0	52	30	19	0	50	1.48
192710565--192710712	67	2.2	66	82	8	165	32	17	28	21	1.96
192712073--192712119	22	2.0	22	84	8	58	23	17	10	48	1.77
192713009--192713118	39	2.8	39	94	2	186	24	32	20	22	1.97
192720140--192720186	22	2.0	22	84	8	58	23	17	10	48	1.77
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192721070--192721218	39	3.8	39	92	1	246	24	32	19	23	1.98
192730151--192730344	39	4.9	39	89	0	244	24	20	31	23	1.98
192730168--192730382	78	2.7	78	82	5	191	25	21	30	22	1.99
192763097--192763222	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
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192765435--192765583	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
192765476--192765583	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
192773036--192773221	40	4.7	40	88	5	227	26	26	21	25	1.99
192779443--192779626	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
192779487--192779635	80	1.9	80	81	2	183	22	24	30	22	1.99
192787486--192787669	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
192787526--192787714	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
192796583--192796733	40	3.8	40	77	6	146	27	23	26	22	1.99
192796620--192796749	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
192799219--192799339	27	4.5	27	82	10	158	35	21	24	18	1.95
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192800696--192800862	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
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192809149--192809279	27	4.9	26	78	11	133	34	21	25	19	1.96
192809143--192809281	54	2.6	54	90	2	208	35	20	25	18	1.96
192810879--192810986	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
192812112--192812318	53	3.8	54	75	3	184	20	24	17	37	1.94
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192823122--192823266	40	3.6	39	79	3	137	24	24	28	22	2.00
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192825865--192826015	80	1.9	81	83	4	198	25	23	26	23	2.00
192828189--192828289	28	3.5	30	83	6	127	30	13	26	28	1.94
192828189--192828289	29	3.5	29	81	9	116	30	13	26	28	1.94
192834453--192834511	6	9.7	6	85	10	84	16	0	0	83	0.66
192834454--192834512	5	11.0	5	84	12	57	18	0	0	81	0.69
192835376--192835587	118	1.8	117	95	1	388	22	17	31	28	1.97
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192847368--192847432	25	2.6	25	80	7	62	18	30	16	33	1.94
192847379--192847432	24	2.2	25	86	3	74	18	29	18	33	1.95
192858260--192858293	11	3.2	11	87	8	52	82	0	5	11	0.83
192862054--192862324	120	2.2	120	89	5	397	37	12	4	45	1.63
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192869242--192869342	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
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192877090--192877190	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
192877119--192877194	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
192878839--192879001	39	4.2	39	91	0	254	22	20	33	23	1.97
192878839--192879032	39	4.9	39	88	0	244	22	21	32	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192880635--192880690	27	2.1	27	89	0	85	37	19	12	30	1.89
192880680--192880866	27	6.9	27	84	2	232	35	16	20	27	1.94
192880653--192880839	54	3.5	54	80	10	195	35	17	18	28	1.93
192881111--192881163	27	2.0	26	85	3	70	16	26	20	35	1.94
192881388--192881636	6	40.3	6	70	17	145	19	17	14	48	1.80
192881388--192881576	25	7.6	25	80	7	160	19	18	14	47	1.82
192881410--192881492	37	2.2	37	86	0	121	19	19	15	45	1.85
192881389--192881585	62	3.2	62	95	0	349	18	18	14	48	1.82
192881472--192881554	37	2.2	37	84	0	112	19	18	15	46	1.83
192883912--192884030	27	4.4	27	82	4	132	24	16	18	40	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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