genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.397.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  397  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122049692--122049808	28	4.1	28	79	9	98	26	29	15	28	1.96
122049704--122049804	28	3.6	28	83	2	114	25	31	15	26	1.96
122050019--122050069	16	3.2	16	88	0	75	7	13	23	54	1.65
122050183--122050238	28	2.0	28	96	0	103	37	32	5	25	1.78
122054099--122054230	29	4.6	29	92	1	203	27	15	31	25	1.96
122060912--122061023	28	4.0	28	81	2	118	26	31	15	26	1.96
122062781--122062805	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
122065778--122065802	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
122067763--122067801	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
122069791--122069825	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
122070818--122070844	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
122072852--122072912	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
122082564--122082612	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
122083435--122083601	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
122090571--122090619	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
122091478--122091586	38	2.8	37	83	8	128	22	22	30	24	1.99
122091438--122091602	40	4.2	40	78	9	162	25	21	27	24	1.99
122098440--122098569	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
122098456--122098607	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
122098456--122098605	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
122109151--122109360	79	2.7	79	88	2	316	26	28	21	23	1.99
122109151--122109356	40	5.2	40	89	4	294	26	29	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122117163--122117370	40	5.2	40	87	1	276	26	28	20	23	1.99
122124881--122125002	46	2.7	46	88	0	181	22	19	26	31	1.98
122125872--122125914	20	2.2	20	82	0	50	51	2	2	44	1.27
122131010--122131039	15	2.0	15	100	0	60	33	13	13	40	1.83
122138483--122138748	46	5.7	47	79	7	231	27	18	30	23	1.98
122138483--122138747	94	2.8	94	81	10	260	27	18	30	23	1.98
122138483--122138748	140	1.9	141	82	5	333	27	18	30	23	1.98
122146340--122146525	40	4.7	40	87	5	227	25	26	22	24	2.00
122148388--122148429	21	2.0	21	90	0	66	26	11	2	59	1.45
122148402--122148435	18	1.9	17	94	5	59	23	8	2	64	1.36
122148402--122148439	18	2.3	17	86	13	53	26	7	2	63	1.35
122149024--122149155	66	2.0	66	93	0	228	28	22	27	21	1.99
122151600--122151644	20	2.2	21	77	18	51	53	17	26	2	1.56
122155450--122155659	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
122168870--122168999	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
122168886--122169037	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
122168886--122169035	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
122172494--122172698	40	5.2	40	82	6	231	25	21	26	26	1.99
122172494--122172698	77	2.6	80	81	8	222	25	21	26	26	1.99
122180624--122180825	40	5.1	40	84	2	244	24	21	26	26	2.00
122183561--122183666	29	3.7	28	75	7	88	29	34	10	25	1.89
122183609--122183679	29	2.4	29	76	0	61	32	30	7	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122186937--122187011	6	12.3	6	77	8	80	50	13	14	21	1.77
122187136--122187219	27	3.1	27	89	5	107	34	21	22	21	1.97
122187173--122187244	27	2.7	27	82	6	76	38	22	20	18	1.93
122187402--122187465	22	2.9	22	79	9	76	37	23	18	20	1.94
122187892--122188311	27	15.3	27	84	5	484	25	21	20	32	1.97
122188050--122188365	27	11.7	27	87	0	144	26	18	20	33	1.96
122188010--122188392	81	4.7	81	83	3	423	27	19	19	33	1.96
122188007--122188392	54	7.1	54	89	1	445	27	19	19	33	1.96
122188397--122188571	54	3.3	54	90	0	262	40	7	24	28	1.82
122188397--122188593	81	2.5	80	85	2	270	39	8	23	28	1.83
122188397--122188593	27	7.3	27	84	3	236	39	8	23	28	1.83
122188440--122188613	81	2.2	81	86	1	233	38	8	21	31	1.84
122188584--122188691	27	3.9	28	74	12	98	30	9	18	41	1.82
122188546--122188851	110	2.8	108	79	6	264	34	9	16	38	1.82
122188644--122188851	27	7.8	26	81	5	202	33	8	17	40	1.80
122188674--122188867	54	3.6	54	83	3	223	34	8	17	39	1.80
122195717--122195765	17	3.1	17	75	19	52	36	22	0	40	1.54
122197108--122197187	29	2.8	29	90	3	126	25	27	16	31	1.96
122205812--122205941	22	5.8	22	85	2	152	34	18	22	24	1.96
122205812--122205941	67	1.9	67	82	3	163	34	18	22	24	1.96
122205799--122205949	67	2.3	67	77	9	155	33	19	21	25	1.97
122210657--122210781	41	3.0	41	77	12	130	28	14	24	32	1.94
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122212828--122213021	83	2.4	80	86	4	273	24	22	27	25	2.00
122212828--122213021	40	4.8	40	86	6	273	24	22	27	25	2.00
122221366--122221445	42	1.9	42	92	0	133	33	22	13	30	1.93
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122244501--122244575	28	2.7	28	89	0	114	28	22	13	36	1.92
122246285--122246342	18	3.2	17	79	15	64	12	15	3	68	1.32
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122249482--122249533	19	2.7	19	78	0	59	48	15	13	23	1.80
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122271838--122271889	16	3.3	16	86	10	72	36	13	19	30	1.90
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122282698--122282757	20	3.3	19	86	13	83	35	11	20	33	1.88
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122282702--122282753	16	3.3	16	86	10	72	36	13	19	30	1.90
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122282803--122282957	24	6.4	24	94	2	265	30	21	21	27	1.98
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122288870--122289033	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
122288870--122289067	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
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122296437--122296600	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
122296437--122296634	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
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122323585--122323715	27	4.8	26	77	9	111	38	20	9	31	1.86
122323585--122323730	54	2.7	54	81	6	161	40	19	9	30	1.83
122323710--122323904	81	2.4	80	82	5	248	31	22	7	39	1.81
122323710--122323904	27	7.2	27	81	2	212	31	22	7	39	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122324230--122324289	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
122324408--122324517	31	3.5	31	79	7	118	20	20	12	47	1.82
122324408--122324538	6	21.3	6	73	16	99	19	19	12	48	1.81
122324408--122324529	37	3.5	37	78	13	148	19	19	12	48	1.80
122325166--122325650	81	6.0	80	83	4	496	40	18	7	33	1.79
122325169--122325652	27	18.0	27	79	6	437	40	18	7	33	1.79
122325602--122325693	27	3.4	27	84	0	94	40	16	14	29	1.87
122342146--122342194	18	2.7	18	81	6	64	42	14	20	22	1.88
122342504--122342736	27	8.6	27	88	1	333	42	19	15	22	1.88
122345235--122345417	27	6.8	27	88	2	251	42	18	13	26	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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