genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.410.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  410  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125973206--125973416	43	4.9	43	91	0	332	29	33	24	12	1.92
125979331--125979549	40	5.6	40	80	6	216	25	23	26	24	2.00
125979331--125979549	79	2.8	79	79	5	230	25	23	26	24	2.00
125987383--125987602	40	5.6	41	82	6	267	25	24	26	24	2.00
125995331--125995499	80	2.1	80	82	7	202	25	21	26	26	1.99
125995332--125995476	40	3.6	40	83	9	188	24	22	27	26	1.99
126002588--126002642	22	2.5	22	76	2	58	18	23	34	23	1.96
126005703--126005884	39	4.6	39	83	2	213	24	21	29	23	1.99
126013099--126013203	40	2.7	40	86	1	131	26	24	28	20	1.99
126013099--126013304	39	5.2	39	75	8	148	22	23	29	23	1.99
126013104--126013281	79	2.3	79	80	5	182	21	25	30	23	1.99
126018380--126018537	86	1.8	86	90	2	255	33	17	18	31	1.94
126025540--126025796	46	5.5	44	74	13	185	29	18	30	21	1.97
126025675--126025797	47	2.6	48	82	6	146	27	18	32	21	1.97
126026451--126026654	104	2.0	104	97	0	381	21	24	29	25	1.99
126028216--126028385	45	3.7	46	78	15	192	28	28	20	22	1.99
126028221--126028388	92	1.8	91	92	3	284	27	29	20	22	1.98
126028806--126028865	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
126035770--126035940	45	3.7	46	80	14	210	28	28	21	21	1.98
126035775--126035943	92	1.8	92	94	2	304	27	29	21	21	1.98
126036361--126036420	30	2.0	30	83	0	75	30	21	10	38	1.86
126040990--126041028	6	6.7	6	88	5	62	79	0	2	17	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126042414--126042700	126	2.3	127	88	3	420	22	27	25	23	2.00
126044945--126044986	2	21.0	2	95	0	75	47	0	0	52	1.00
126045252--126045303	26	2.0	26	100	0	104	26	0	26	46	1.53
126050431--126050502	36	2.0	36	100	0	144	33	16	25	25	1.96
126059996--126060055	6	10.0	6	73	12	52	15	5	3	76	1.08
126060022--126060055	11	2.9	12	86	8	52	17	0	2	79	0.86
126059996--126060055	23	2.5	23	81	5	66	15	5	3	76	1.08
126066660--126066915	27	9.5	27	83	4	266	41	21	15	21	1.90
126072083--126072114	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
126072126--126072410	50	5.7	50	78	2	243	26	17	25	30	1.97
126072131--126072418	150	1.9	149	80	4	337	26	18	25	30	1.98
126072622--126072651	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
126079398--126079524	52	2.5	51	83	2	148	25	14	25	33	1.95
126079449--126079631	51	3.6	51	78	0	170	27	20	22	28	1.99
126086549--126086798	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
126090564--126090673	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
126097214--126097274	24	2.5	24	100	0	122	19	18	26	36	1.94
126105035--126105095	24	2.5	24	100	0	122	19	18	26	36	1.94
126112183--126112230	22	2.2	22	96	0	87	25	31	29	14	1.95
126116575--126116694	43	2.8	42	77	7	143	31	15	25	27	1.96
126122115--126122184	27	2.5	28	93	2	115	31	25	11	31	1.91
126123955--126124138	78	2.3	79	82	8	214	23	27	24	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126123955--126124138	40	4.7	38	75	11	147	23	27	24	24	2.00
126136375--126136471	34	2.8	35	87	6	135	25	20	23	29	1.99
126142386--126142503	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
126142354--126142517	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
126146940--126147013	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
126146997--126147072	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
126146940--126147072	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
126154822--126154895	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
126154879--126154954	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
126154822--126154954	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
126161465--126161648	39	4.7	39	85	0	224	22	29	22	25	1.99
126163085--126163118	17	2.0	17	100	0	68	41	29	11	17	1.85
126171183--126171354	46	3.7	46	78	9	179	29	19	28	22	1.98
126171230--126171403	93	1.9	95	82	11	225	28	19	28	22	1.98
126172878--126172960	37	2.2	37	89	0	121	20	32	21	25	1.98
126173077--126173559	47	10.3	47	92	0	772	27	29	9	33	1.88
126173081--126173559	140	3.4	141	93	0	800	27	29	9	33	1.88
126173077--126173559	187	2.6	187	92	0	815	27	29	9	33	1.88
126173077--126173559	234	2.1	234	94	0	833	27	29	9	33	1.88
126180132--126180302	43	4.0	43	75	11	165	23	16	26	32	1.96
126183804--126183906	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
126186328--126186436	37	2.9	37	94	0	182	27	31	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126186583--126186767	48	3.8	48	91	4	300	30	25	7	36	1.83
126186583--126186766	98	1.9	97	92	4	309	30	26	7	36	1.83
126186737--126186977	47	5.1	47	91	0	374	26	29	10	33	1.90
126186830--126186948	22	5.1	22	63	25	66	24	28	13	33	1.93
126186812--126186998	94	2.0	91	81	8	218	31	26	9	32	1.88
126189539--126189583	20	2.2	20	88	0	63	35	11	2	51	1.50
126197659--126197770	54	2.1	54	81	3	127	31	22	8	37	1.85
126197684--126197814	27	4.9	27	91	0	190	29	20	8	41	1.82
126197792--126198038	27	9.2	27	81	6	268	42	22	6	29	1.77
126197711--126197840	54	2.4	54	84	2	154	33	20	6	39	1.79
126197639--126197852	81	2.6	81	71	2	196	35	21	7	35	1.81
126197792--126198122	54	6.1	54	77	9	246	41	21	7	29	1.79
126197806--126198040	81	2.9	81	87	1	312	42	21	6	28	1.77
126198077--126198128	27	1.9	27	88	7	79	38	13	13	34	1.84
126198182--126198273	27	3.4	27	90	3	132	33	20	26	19	1.96
126199032--126199101	25	2.8	24	84	4	86	22	28	22	25	1.99
126199249--126199340	42	2.2	42	98	0	175	31	15	20	32	1.94
126199364--126199478	31	3.7	31	90	1	178	27	16	26	29	1.97
126201740--126201922	27	6.8	27	83	2	143	34	22	7	36	1.81
126201751--126201882	54	2.4	54	88	0	192	30	21	7	40	1.81
126201778--126201909	54	2.4	54	82	2	158	34	21	6	37	1.79
126201706--126201922	81	2.7	81	77	0	236	35	22	6	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126201873--126202101	27	8.7	26	78	8	223	42	19	7	30	1.79
126201873--126202101	53	4.4	51	82	8	212	42	19	7	30	1.79
126201859--126202129	53	5.1	50	74	14	181	40	20	7	30	1.81
126202085--126202187	27	3.8	27	77	8	93	41	19	9	29	1.83
126202244--126202334	27	3.4	27	87	6	123	34	20	26	18	1.96
126202252--126202334	26	3.1	27	89	6	125	31	22	26	19	1.98
126203114--126203183	25	2.8	25	93	0	113	27	25	21	25	1.99
126203292--126203382	42	2.2	41	94	2	155	30	16	19	32	1.94
126203406--126203481	31	2.5	31	93	2	127	26	18	27	27	1.98
126205552--126205773	76	2.8	79	85	9	310	25	27	21	25	1.99
126205533--126205773	40	6.1	39	87	6	285	25	27	21	25	1.99
126211414--126211544	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
126211413--126211544	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
126219359--126219489	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
126219358--126219489	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
126225856--126226052	27	7.3	27	85	4	118	30	12	18	39	1.87
126225896--126226368	27	17.7	27	82	6	491	31	9	19	39	1.83
126237258--126237420	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
126244033--126244195	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
126260395--126260436	20	2.1	20	91	8	68	47	19	19	14	1.82
126262010--126262085	37	2.1	37	100	0	152	27	18	21	32	1.96
126263961--126264127	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126271936--126272101	40	4.2	40	79	4	167	24	26	22	26	2.00
126280823--126280952	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
126280839--126280990	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
126280839--126280988	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
126286176--126286383	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
126286177--126286383	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
126293965--126294139	47	3.6	48	87	6	207	25	28	18	28	1.98
126295502--126295668	40	4.2	40	79	2	158	23	27	22	26	2.00
126298861--126298918	30	1.9	30	89	0	89	34	12	25	27	1.91
126299261--126299477	46	4.6	46	70	12	145	28	18	29	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770