genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.385.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  385  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118596819--118596856	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
118603133--118603201	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
118604829--118604866	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
118607001--118607165	24	7.0	24	89	8	241	27	21	21	29	1.99
118607001--118607166	71	2.3	70	90	6	255	27	21	22	28	1.99
118607001--118607165	47	3.5	48	88	8	241	27	21	21	29	1.99
118607211--118607281	20	3.5	20	84	0	97	33	18	11	36	1.86
118609605--118609699	27	3.5	26	90	5	127	22	26	18	32	1.97
118609728--118609980	27	9.3	27	74	6	143	31	9	19	39	1.83
118609841--118609980	54	2.6	54	82	7	176	29	8	22	40	1.83
118609815--118609965	81	1.9	81	84	2	205	28	7	19	43	1.79
118609957--118610192	27	8.8	27	89	2	298	39	6	23	29	1.80
118610192--118610290	27	3.7	27	80	2	92	29	11	20	39	1.87
118610224--118610299	27	2.8	27	84	6	91	34	10	15	39	1.82
118612847--118612990	39	3.7	39	92	0	243	26	20	29	22	1.99
118612848--118613030	78	2.3	79	90	1	278	24	22	29	23	1.99
118620866--118621009	39	3.7	39	92	0	243	26	20	29	22	1.99
118620867--118621049	78	2.3	79	90	1	278	24	22	29	23	1.99
118625179--118625341	40	4.1	40	81	5	170	25	26	22	25	2.00
118625165--118625341	80	2.2	79	81	4	196	24	26	22	26	2.00
118632333--118632494	40	4.1	40	81	4	177	25	27	22	25	2.00
118633633--118633798	54	3.1	54	88	3	219	35	22	24	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118633633--118633798	27	6.1	27	83	6	185	35	22	24	17	1.95
118643076--118643220	40	3.6	40	86	4	202	22	26	25	25	2.00
118649642--118649677	17	2.1	18	94	5	65	25	27	19	27	1.99
118656352--118656424	29	2.5	29	90	0	92	24	31	16	27	1.96
118661083--118661290	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
118661083--118661289	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
118669077--118669238	46	3.5	46	72	17	145	32	29	18	19	1.96
118669123--118669295	47	3.7	47	74	13	167	31	29	16	23	1.96
118669076--118669285	93	2.3	93	90	0	321	31	30	17	20	1.96
118669354--118669427	38	1.9	38	94	0	130	24	25	16	33	1.95
118675139--118675213	38	2.0	37	82	7	89	34	24	8	33	1.84
118680661--118680829	44	3.8	45	78	13	195	22	20	27	29	1.99
118681054--118681091	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
118688099--118688271	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
118688096--118688266	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
118688496--118688533	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
118691131--118691260	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
118691147--118691297	40	3.8	40	77	7	139	22	25	23	27	2.00
118691147--118691295	80	1.9	79	82	9	187	22	26	24	27	2.00
118694968--118695065	27	3.5	28	87	6	128	30	28	15	25	1.96
118696748--118696856	41	2.5	42	75	11	105	22	17	27	33	1.96
118696782--118696893	41	2.7	43	81	2	120	28	17	25	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118704751--118704924	45	4.0	43	73	14	144	22	15	28	32	1.95
118704766--118704914	41	3.5	41	79	7	111	24	16	28	30	1.96
118708648--118708686	5	7.8	5	94	0	69	17	2	0	79	0.84
118714060--118714126	26	2.6	26	80	0	80	41	28	16	13	1.86
118718975--118719184	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
118729802--118729828	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
118731051--118731194	44	3.3	43	67	14	116	34	22	24	19	1.97
118731003--118731289	86	3.3	85	84	3	317	35	21	22	19	1.96
118731819--118731882	34	1.9	34	90	3	103	15	46	18	18	1.84
118733286--118733341	20	2.7	21	81	10	62	21	3	1	73	1.08
118740939--118740975	16	2.3	16	90	0	56	81	0	2	16	0.81
118751085--118751111	13	2.1	13	100	0	54	25	7	14	51	1.68
118752419--118752624	40	5.2	40	93	2	285	21	21	27	29	1.99
118757089--118757119	15	2.1	15	100	0	62	54	6	6	32	1.51
118758124--118758170	23	2.0	23	100	0	94	34	14	0	51	1.43
118758128--118758166	11	3.5	11	80	19	53	33	12	0	53	1.39
118758964--118759112	40	3.7	40	91	5	239	25	26	22	24	2.00
118761228--118761413	40	4.7	40	86	5	243	24	22	26	26	2.00
118761228--118761446	80	2.8	80	81	8	252	26	21	26	26	2.00
118762766--118762813	24	2.0	24	100	0	96	20	25	20	33	1.97
118766595--118766753	24	6.6	24	94	0	246	21	18	25	34	1.96
118766619--118766775	48	3.3	48	78	7	167	23	19	24	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118766595--118766775	72	2.5	72	86	1	202	23	18	24	33	1.97
118774284--118774464	24	7.5	24	90	1	229	22	18	24	34	1.96
118777794--118777831	19	2.0	19	100	0	76	31	21	15	31	1.94
118780918--118781066	40	3.7	40	92	3	255	24	27	22	24	2.00
118787959--118788028	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
118796481--118796631	49	3.1	48	93	3	257	28	20	19	31	1.97
118796481--118796631	24	6.2	24	95	1	257	28	20	19	31	1.97
118796681--118796732	16	3.3	16	86	10	72	30	19	13	36	1.90
118796677--118796736	20	3.3	18	82	17	88	33	20	11	35	1.88
118796780--118796827	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
118800424--118800525	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
118808279--118808380	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
118815642--118815743	24	4.2	24	92	2	168	28	20	19	31	1.97
118815638--118815743	49	2.1	49	92	1	176	27	22	18	31	1.97
118815794--118815832	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
118815795--118815839	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
118825634--118825809	46	3.8	46	77	12	198	20	19	29	30	1.97
118825631--118825802	93	1.8	93	93	0	299	20	20	29	29	1.98
118830624--118830648	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
118832486--118832666	64	2.8	64	78	6	190	29	16	29	24	1.96
118835545--118835622	41	1.9	41	82	10	97	30	29	19	20	1.97
118836649--118836808	43	3.8	43	86	7	202	29	26	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118844240--118844281	18	2.3	18	84	8	59	47	11	19	21	1.81
118845853--118845891	19	2.1	19	100	0	78	56	15	10	17	1.66
118847688--118847748	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
118847798--118847964	24	7.0	24	91	3	248	28	23	22	26	1.99
118847798--118847965	71	2.3	71	90	4	257	28	23	22	26	1.99
118848156--118848219	31	2.1	31	87	0	92	35	17	23	23	1.95
118851393--118851514	27	4.5	27	85	3	113	39	19	18	22	1.92
118851393--118851514	54	2.3	55	82	7	151	39	19	18	22	1.92
118851423--118851551	27	4.8	27	86	7	156	37	16	17	27	1.91
118851423--118851551	54	2.4	54	84	7	172	37	16	17	27	1.91
118853173--118853339	40	4.2	40	78	3	169	25	26	21	26	2.00
118856950--118857076	39	3.2	39	93	3	202	18	23	29	29	1.97
118856950--118857093	39	3.7	38	91	2	189	16	22	30	30	1.96
118858755--118858944	39	4.9	39	92	1	310	21	31	22	24	1.98
118862444--118862649	80	2.6	78	82	5	234	25	22	26	25	2.00
118862443--118862649	40	5.2	40	81	4	197	26	22	26	25	2.00
118877759--118878375	73	8.2	73	73	13	439	27	17	21	33	1.96
118877854--118878027	70	2.4	69	83	7	206	24	15	24	35	1.94
118878048--118878078	14	2.2	14	100	0	62	12	19	6	61	1.53
118877975--118878704	75	8.6	86	73	16	382	27	17	20	34	1.95
118877925--118878652	161	4.4	160	76	16	702	27	17	21	34	1.95
118878062--118878551	153	3.1	150	80	12	493	27	17	21	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118877925--118878551	314	2.0	317	84	5	818	26	17	22	33	1.96
118878290--118878704	89	4.6	87	82	11	489	26	17	19	36	1.93
118878635--118878667	15	2.2	15	94	0	57	21	6	3	69	1.24
118879803--118879827	6	4.2	6	100	0	50	0	48	52	0	1.00
118880477--118880519	21	2.1	21	87	12	63	37	4	2	55	1.33
118880497--118880570	32	2.3	33	80	13	84	32	2	5	59	1.34
118880506--118880570	32	2.0	32	88	5	96	33	3	4	58	1.34
118880483--118880592	53	2.1	52	80	8	116	36	4	3	55	1.38
118881786--118881841	26	2.2	26	93	6	96	69	7	0	23	1.12
118888338--118888421	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770