genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.646.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  646  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203039282--203039432	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
203039319--203039448	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
203045413--203045513	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
203050206--203050266	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
203051845--203052016	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
203051837--203052012	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
203057406--203057466	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
203060618--203060720	29	3.6	29	78	2	100	20	17	33	28	1.95
203063102--203063267	40	4.2	39	81	3	172	24	27	22	25	2.00
203063118--203063267	79	1.9	79	84	5	205	24	27	22	26	2.00
203071080--203071245	40	4.2	39	81	3	172	24	27	22	25	2.00
203071096--203071245	79	1.9	79	84	5	205	24	27	22	26	2.00
203073819--203073904	25	3.4	26	82	9	99	25	30	16	27	1.97
203076259--203076318	17	3.5	17	75	6	50	38	31	13	16	1.87
203080288--203080391	38	2.7	38	89	7	156	25	27	21	25	1.99
203088274--203088426	40	3.8	40	79	5	148	25	28	23	22	2.00
203097731--203097896	40	4.2	40	81	1	174	24	26	22	26	2.00
203098716--203098761	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
203105629--203105779	40	3.8	39	84	2	151	23	27	22	26	2.00
203105629--203105779	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	26	2.00
203106603--203106648	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
203107052--203107091	20	2.0	20	100	0	80	20	25	0	55	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203112554--203112588	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
203112852--203112889	19	2.0	19	94	0	67	31	23	10	34	1.89
203116847--203117063	41	5.3	40	80	9	208	35	19	21	23	1.96
203116847--203117063	81	2.7	82	82	7	239	35	19	21	23	1.96
203117587--203117642	29	1.9	29	92	0	94	35	35	8	19	1.83
203117812--203117855	15	2.9	15	90	6	63	45	20	2	31	1.64
203118814--203118848	18	1.9	18	94	0	61	25	42	0	31	1.55
203118881--203118937	19	3.0	19	89	0	87	24	26	24	24	2.00
203122396--203122444	23	2.1	23	92	7	82	32	14	16	36	1.89
203122488--203122538	10	5.4	10	72	13	54	47	0	17	35	1.48
203122492--203122545	27	2.0	27	100	0	108	44	0	14	40	1.46
203122583--203123494	241	3.8	241	98	0	1727	35	18	13	32	1.90
203122583--203123494	481	1.9	482	97	0	1727	35	18	13	32	1.90
203123538--203123650	9	12.2	9	79	5	118	46	21	0	30	1.57
203123555--203123632	39	2.0	39	97	0	147	46	21	0	32	1.52
203123551--203123662	57	2.0	57	89	0	170	46	23	0	29	1.58
203129678--203129736	25	2.4	25	94	0	100	22	28	25	23	1.99
203129708--203129908	43	4.6	43	91	1	312	24	32	18	23	1.97
203138326--203138463	41	3.2	41	68	18	118	25	16	26	31	1.96
203138273--203138492	88	2.6	87	91	3	347	27	16	28	28	1.97
203138307--203138454	47	3.3	46	68	18	130	28	17	25	28	1.98
203138485--203138523	20	2.0	20	94	0	69	41	10	23	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203138505--203139565	43	24.7	44	89	7	1684	27	17	33	21	1.96
203138505--203139565	85	12.3	88	90	7	1684	27	17	33	21	1.96
203141052--203141089	19	2.0	19	94	0	67	31	23	10	34	1.89
203143815--203143988	46	3.8	46	79	13	214	28	29	21	20	1.98
203143823--203143993	92	1.8	93	94	1	308	28	29	21	20	1.98
203146374--203146462	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
203146374--203146453	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
203146385--203146462	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
203149400--203149573	46	3.8	46	79	13	214	28	29	21	20	1.98
203149408--203149578	92	1.8	93	94	1	308	28	29	21	20	1.98
203149405--203149592	46	4.1	45	75	12	168	29	28	21	20	1.98
203151956--203152044	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
203151956--203152035	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
203151967--203152044	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
203154988--203155159	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
203154980--203155155	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
203157789--203157835	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
203157900--203157998	29	3.4	29	83	2	101	26	34	16	23	1.95
203165830--203165927	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
203173518--203173615	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
203188366--203188865	132	3.8	132	90	1	797	28	21	23	26	1.99
203188811--203188899	46	1.9	47	90	2	144	26	16	25	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203202429--203202928	132	3.8	132	90	1	797	28	21	23	26	1.99
203202874--203202962	46	1.9	47	90	2	144	26	16	25	30	1.97
203208595--203208764	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	24	1.99
203216618--203216788	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
203226742--203226842	40	2.5	40	80	0	103	29	24	26	18	1.98
203226990--203227018	14	2.1	14	100	0	58	24	13	20	41	1.89
203228396--203228562	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
203228396--203228562	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
203229357--203229402	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
203236356--203236522	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
203236356--203236522	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
203237329--203237374	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
203240590--203240692	40	2.6	40	84	0	134	28	27	23	21	1.99
203247974--203248180	40	5.2	39	81	4	193	24	26	23	25	2.00
203247974--203248179	80	2.6	80	81	4	229	24	26	23	25	2.00
203255999--203256205	40	5.2	39	82	4	202	25	26	23	25	2.00
203255999--203256204	79	2.6	80	81	6	222	25	26	23	25	2.00
203257146--203257183	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
203259846--203260012	40	4.2	40	80	2	167	23	27	23	25	2.00
203267800--203267967	40	4.2	40	79	1	158	23	26	23	26	2.00
203267816--203267965	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
203276620--203276647	13	2.2	13	100	0	56	28	7	14	50	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203288919--203288962	21	2.1	21	83	8	54	25	9	2	63	1.35
203291191--203291234	22	2.0	22	100	0	88	18	22	4	54	1.61
203295353--203295414	32	1.9	32	96	0	115	29	9	22	38	1.86
203308844--203309041	40	4.9	40	90	3	276	26	20	26	26	1.99
203308844--203309069	40	5.7	40	88	4	273	26	21	26	26	1.99
203311999--203312031	17	2.0	16	94	5	57	51	0	24	24	1.48
203314986--203315053	26	2.6	27	85	4	93	41	13	23	22	1.89
203315141--203315207	27	2.5	27	87	0	89	37	10	28	23	1.88
203315544--203315580	15	2.6	15	87	8	51	16	16	35	32	1.91
203316958--203317019	22	2.8	22	87	0	88	12	27	27	32	1.93
203325460--203325674	29	7.4	29	80	9	208	36	13	26	24	1.91
203325483--203325762	115	2.4	116	84	3	350	37	13	25	23	1.91
203325460--203325776	29	10.9	28	76	8	165	36	13	25	23	1.92
203325548--203325776	58	3.9	58	73	7	189	37	13	25	22	1.91
203328463--203328633	93	1.8	93	96	0	315	27	29	22	20	1.98
203328455--203328635	46	3.9	46	81	9	233	27	29	21	20	1.98
203331017--203331105	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
203331017--203331096	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
203331028--203331105	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
203331651--203331712	28	2.2	28	100	0	124	25	25	16	32	1.96
203337252--203337317	33	2.0	33	93	0	114	25	0	42	31	1.55
203338435--203338506	31	2.4	31	86	4	94	43	6	13	36	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203339937--203340103	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
203341299--203341410	58	1.9	58	83	7	147	27	16	17	38	1.91
203344983--203345048	33	2.0	33	93	0	114	25	0	42	31	1.55
203346166--203346237	31	2.4	31	86	4	94	43	6	13	36	1.72
203347667--203347833	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
203349029--203349141	58	1.9	59	82	8	142	27	15	17	38	1.91
203352726--203352778	18	3.1	18	71	23	60	24	0	45	30	1.54
203352714--203352778	32	2.0	33	93	3	114	24	0	43	32	1.55
203353896--203353967	31	2.4	31	86	4	94	43	6	13	36	1.72
203355398--203355564	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770