genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.438.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  438  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135007359--135007538	89	2.0	89	84	8	235	33	19	18	27	1.96
135007573--135007732	88	1.8	86	85	5	223	31	16	23	28	1.96
135007766--135007979	87	2.4	89	72	12	199	31	17	22	28	1.97
135008436--135008596	89	1.8	87	86	5	234	32	18	22	27	1.97
135008446--135008605	87	1.8	88	85	8	202	31	18	20	30	1.96
135008970--135009290	130	2.5	126	82	10	361	34	16	21	27	1.95
135009086--135011911	220	12.9	220	88	2	4020	32	17	21	27	1.96
135009655--135009815	89	1.8	87	86	5	234	29	18	24	27	1.98
135009661--135009844	87	2.1	88	82	9	225	31	17	22	27	1.97
135009086--135011911	439	6.5	440	89	2	4070	32	17	21	27	1.96
135010758--135010941	87	2.1	89	83	9	227	33	17	21	27	1.96
135009086--135011911	659	4.3	658	90	1	4049	32	17	21	27	1.96
135011848--135015327	220	15.9	220	89	1	5107	32	17	22	27	1.96
135011848--135015327	439	7.9	440	90	1	5093	32	17	22	27	1.96
135012855--135013038	87	2.1	89	79	9	200	33	16	20	29	1.95
135011848--135015327	659	5.3	660	89	1	5102	32	17	22	27	1.96
135013733--135013916	87	2.1	89	82	11	220	34	15	22	27	1.95
135013921--135014136	87	2.4	89	74	15	205	31	18	22	27	1.97
135014173--135014356	87	2.1	89	83	9	227	33	17	21	27	1.96
135015265--135019186	220	17.9	220	89	1	5797	32	17	22	27	1.96
135016055--135016215	87	1.8	89	87	10	233	31	18	21	29	1.96
135016492--135016675	87	2.1	89	79	9	200	33	16	20	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135015265--135019183	659	6.0	660	89	1	5815	32	17	22	27	1.96
135017372--135017555	87	2.1	89	82	11	220	34	15	21	28	1.94
135017560--135017775	87	2.4	89	74	15	205	31	18	22	27	1.97
135018026--135018185	89	1.8	86	83	4	212	32	16	22	28	1.95
135019123--135019979	220	3.9	220	90	1	1277	33	16	22	27	1.96
135019827--135020112	133	2.2	133	85	2	378	34	16	22	26	1.95
135019906--135023162	220	14.9	220	88	2	4556	32	17	22	27	1.96
135020128--135020366	133	1.8	131	81	7	295	35	16	19	27	1.94
135019906--135037133	659	26.1	655	76	11	5500	32	17	21	28	1.96
135021138--135021298	89	1.8	87	84	5	216	31	16	21	29	1.96
135021144--135021327	87	2.1	89	80	9	200	33	16	20	29	1.95
135023097--135027455	220	19.9	220	89	1	6520	32	17	21	28	1.96
135023097--135033391	659	15.6	659	80	8	9215	32	17	21	28	1.96
135023855--135024070	89	2.4	89	78	8	251	33	18	20	26	1.96
135024107--135024295	87	2.1	89	80	7	208	32	16	21	29	1.95
135024762--135024950	89	2.1	89	83	9	237	32	17	22	26	1.97
135025206--135025385	89	2.0	89	84	8	235	34	19	18	27	1.95
135025420--135025579	88	1.8	86	85	5	223	31	16	23	28	1.96
135026283--135026443	89	1.8	87	86	5	234	32	18	22	27	1.97
135026293--135026452	87	1.8	88	85	8	202	31	18	20	30	1.96
135027168--135027351	87	2.1	89	81	9	209	33	16	21	29	1.95
135027257--135027584	132	2.5	132	88	2	482	33	16	21	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135027388--135029989	220	11.9	220	88	2	3758	32	17	21	28	1.96
135027395--135029989	439	5.9	440	89	2	3784	32	17	21	28	1.96
135027954--135028113	88	1.8	86	85	5	223	31	16	23	28	1.96
135028817--135028977	89	1.8	87	86	5	234	32	18	22	27	1.97
135028827--135028986	87	1.8	88	85	8	202	31	18	20	30	1.96
135029702--135029885	87	2.1	89	81	9	209	33	16	21	29	1.95
135029791--135030118	132	2.5	132	88	2	482	33	16	21	27	1.95
135029922--135033391	220	15.9	220	87	2	4874	33	17	21	28	1.96
135030274--135030453	89	2.0	89	84	8	235	33	19	18	27	1.96
135030488--135030647	88	1.8	86	85	5	223	31	16	23	28	1.96
135031351--135031511	89	1.8	87	86	5	234	32	18	22	27	1.97
135031361--135031520	87	1.8	88	85	8	202	31	18	20	30	1.96
135032236--135032419	87	2.1	89	81	9	209	33	16	21	29	1.95
135032469--135032639	87	1.9	88	80	9	197	31	18	21	29	1.96
135032772--135033826	561	1.9	562	86	1	1535	33	16	21	28	1.95
135033328--135037197	220	17.6	220	88	1	5461	32	17	21	28	1.96
135034990--135035150	89	1.8	87	84	7	218	31	18	22	27	1.97
135034996--135035191	87	2.3	89	81	12	214	32	18	20	28	1.96
135035648--135035839	87	2.2	89	78	10	216	32	16	22	28	1.96
135036315--135036498	87	2.1	89	80	13	204	32	18	22	27	1.97
135036970--135037148	87	2.0	88	82	10	215	34	18	18	27	1.95
135037526--135037623	19	5.2	19	90	7	155	38	10	15	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135037516--135037623	36	2.9	36	82	10	121	38	10	14	36	1.80
135040836--135040929	29	3.2	29	96	0	170	30	15	27	25	1.96
135040832--135040966	58	2.3	58	83	3	166	27	15	31	25	1.96
135048761--135048854	29	3.2	29	96	0	170	30	15	27	25	1.96
135048757--135048891	58	2.3	58	83	3	166	27	15	31	25	1.96
135052783--135052848	30	2.2	31	86	2	89	24	25	15	34	1.94
135053040--135053205	24	7.0	24	88	4	239	26	21	22	28	1.99
135053039--135053205	47	3.5	48	89	4	241	26	21	22	29	1.99
135053040--135053205	71	2.3	71	91	3	262	26	21	22	28	1.99
135053264--135053320	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
135053260--135053322	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
135053359--135053405	24	2.0	24	86	0	67	25	17	25	31	1.97
135054553--135054630	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
135054671--135054890	27	8.1	27	78	4	165	32	8	19	40	1.81
135054648--135054926	54	5.1	54	73	11	173	32	8	20	37	1.84
135054648--135054885	54	4.4	54	78	4	219	31	8	19	39	1.83
135054731--135054884	80	1.9	81	86	6	224	30	8	20	40	1.82
135054676--135054953	27	10.3	27	77	8	145	34	8	20	37	1.82
135054759--135054910	80	1.9	80	80	0	178	32	7	21	38	1.81
135054877--135055083	27	7.9	27	86	6	257	40	9	23	27	1.85
135055089--135055178	27	3.3	26	83	6	108	32	10	17	40	1.83
135055089--135055193	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135057922--135058001	31	2.5	31	86	6	99	23	27	17	31	1.97
135058216--135058358	23	6.1	23	85	2	187	27	19	21	30	1.98
135058194--135058359	47	3.5	48	82	9	198	27	20	21	30	1.98
135058209--135058359	70	2.1	71	87	3	223	27	20	21	31	1.98
135058418--135058474	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
135058414--135058476	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
135058513--135058560	25	2.0	24	83	4	60	25	18	25	31	1.98
135059712--135059789	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
135059830--135060048	27	8.1	27	76	6	158	32	8	18	40	1.80
135059890--135060042	79	1.9	81	85	7	215	30	8	19	41	1.81
135059835--135060111	27	10.3	27	76	8	143	34	8	19	37	1.82
135060036--135060244	27	7.8	27	88	1	287	39	8	23	28	1.84
135060234--135060338	27	4.0	27	80	8	110	31	10	19	39	1.85
135060268--135060347	27	2.9	27	85	5	99	33	10	16	40	1.82
135063609--135063652	20	2.2	20	91	0	70	43	2	6	47	1.42
135063553--135063817	143	1.9	143	88	4	401	42	4	9	44	1.56
135063553--135063868	143	2.2	142	82	9	365	41	4	9	44	1.57
135070216--135070357	40	3.6	40	75	4	110	21	23	24	29	1.99
135070329--135070509	40	4.5	40	92	1	283	28	25	20	25	1.99
135070255--135070509	80	3.2	80	82	3	289	26	25	21	27	1.99
135078365--135078557	40	4.8	39	85	3	165	26	25	20	27	1.99
135078365--135078573	80	2.6	80	84	1	249	27	25	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135078408--135078573	40	4.2	40	90	1	244	28	25	19	25	1.99
135085758--135085851	42	2.2	42	86	0	125	30	20	13	35	1.91
135089022--135089047	13	2.0	13	100	0	52	38	15	23	23	1.92
135095375--135095576	40	5.1	39	83	6	205	26	27	20	26	1.99
135103550--135103735	40	4.7	40	89	5	245	26	26	21	25	1.99
135105846--135106055	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
135113848--135114249	168	2.4	166	86	5	563	36	20	23	19	1.95
135113839--135114251	83	4.9	85	87	6	527	36	21	23	19	1.95
135115708--135115875	35	4.6	35	85	7	185	33	23	10	32	1.89
135115703--135115875	75	2.4	73	83	9	210	33	23	10	32	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770