Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  381  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
117342297--117342410
55
2.1
54
85
6
151
35
21
22
20
1.96
117342518--117342576
26
2.2
26
87
3
82
28
6
25
38
1.81
117344422--117344482
30
2.0
30
87
0
86
37
8
24
29
1.84
117346486--117346524
2
19.5
2
100
0
78
48
0
0
51
1.00
117349379--117349554
46
3.8
44
76
14
178
21
19
29
28
1.98
117349376--117349546
93
1.8
93
90
5
274
21
20
29
28
1.98
117360393--117360493
46
2.2
45
96
3
184
29
40
2
26
1.71
117362091--117362182
37
2.5
37
82
8
118
17
4
2
76
1.06
117362090--117362180
6
14.7
6
75
19
71
16
4
1
78
0.98
117368809--117368961
39
3.9
39
92
0
243
24
20
31
23
1.98
117368810--117368991
39
4.6
39
88
0
238
24
21
30
23
1.99
117371560--117371741
39
4.6
39
89
0
247
23
31
21
23
1.98
117371590--117371742
39
3.9
39
92
0
252
23
32
20
23
1.98
117383996--117384056
30
2.1
29
93
3
104
24
16
21
37
1.93
117398261--117398392
29
4.6
29
80
7
92
25
32
17
25
1.97
117406903--117407126
9
24.6
9
75
11
143
38
0
12
48
1.47
117406903--117407126
18
12.3
18
76
11
161
38
0
12
48
1.47
117406954--117407126
27
6.2
27
77
10
159
38
1
13
46
1.50
117406879--117407098
112
1.9
114
86
5
313
38
0
12
48
1.47
117407228--117407283
15
3.8
15
78
21
73
53
0
0
46
1.00
117407459--117407527
25
2.8
25
80
10
88
44
5
18
30
1.73
117412331--117412362
15
2.1
15
94
0
55
31
9
0
59
1.29
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
117412780--117412824
18
2.5
18
89
7
65
46
2
4
46
1.35
117413136--117413319
40
4.6
40
91
4
284
25
29
22
22
1.99
117413136--117413319
78
2.3
80
91
3
300
25
29
22
22
1.99
117414940--117415138
39
5.2
39
91
4
314
24
31
20
23
1.98
117414940--117415138
77
2.6
77
92
3
321
24
31
20
23
1.98
117418666--117418875
40
5.2
40
88
2
305
21
28
24
25
1.99
117426804--117427013
40
5.2
40
88
2
305
21
28
24
25
1.99
117432375--117432584
40
5.2
40
87
2
305
25
24
28
21
1.99
117439265--117439402
40
3.5
40
76
9
122
23
28
23
24
1.99
117443205--117443230
13
2.0
13
100
0
52
15
30
30
23
1.95
117451369--117451536
40
4.2
40
81
1
176
25
26
22
26
2.00
117454957--117455011
28
1.9
29
88
3
85
18
40
23
18
1.91
117464801--117465064
131
2.0
131
100
0
528
29
32
9
27
1.89
117467788--117467849
31
2.0
32
87
3
90
37
19
22
20
1.95
117467795--117467935
67
2.0
67
85
5
183
31
21
27
18
1.97
117467865--117467916
27
2.0
26
84
3
68
34
21
26
17
1.95
117468569--117468633
27
2.4
27
86
0
85
24
21
20
33
1.97
117472368--117472545
40
4.5
40
93
2
297
24
23
27
25
2.00
117482023--117482071
17
2.8
18
74
22
50
24
18
22
34
1.96
117482894--117483060
40
4.2
40
79
6
169
25
21
27
25
1.99
117488376--117488431
28
2.0
29
82
6
71
33
26
21
17
1.96
117488549--117488612
26
2.4
27
87
5
87
35
23
23
17
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
117491097--117491408
49
6.4
49
92
0
498
32
8
28
30
1.86
117493107--117493255
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
117493148--117493255
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
117501227--117501375
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
117501268--117501375
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
117507055--117507196
75
1.9
75
94
2
250
33
27
15
23
1.95
117513760--117513935
56
3.1
56
85
0
244
27
13
22
35
1.92
117520595--117520709
40
2.9
40
83
5
117
25
15
26
33
1.95
117522621--117522837
40
5.5
40
85
4
271
25
26
22
25
2.00
117522621--117522837
119
1.8
119
83
5
287
25
26
22
25
2.00
117530639--117530852
40
5.4
40
89
2
308
25
26
23
24
2.00
117533537--117533590
24
2.2
24
90
0
81
33
16
24
25
1.96
117536794--117536892
28
3.5
29
93
5
159
32
28
12
27
1.92
117544732--117544832
28
3.5
30
82
6
118
29
14
26
28
1.95
117544761--117544836
29
2.7
28
76
13
75
30
14
26
28
1.95
117554228--117554396
40
4.2
40
80
4
173
23
26
21
28
1.99
117562218--117562400
40
4.6
40
83
3
181
23
26
22
27
1.99
117567898--117568114
40
5.5
40
87
4
282
25
28
23
23
2.00
117573476--117573763
49
5.9
49
92
3
474
34
8
27
29
1.86
117573476--117573763
144
2.0
148
91
3
476
34
8
27
29
1.86
117573827--117573862
18
2.0
18
88
0
54
33
11
22
33
1.89
117573720--117573965
123
2.0
123
99
0
483
32
8
26
32
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
117573779--117573917
75
2.0
69
83
12
176
32
9
26
31
1.88
117573878--117574029
48
3.2
48
96
0
277
33
6
28
31
1.83
117573672--117574013
171
2.0
171
86
5
487
32
7
28
31
1.86
117574069--117574196
37
3.4
37
92
1
211
25
19
31
24
1.98
117578268--117578309
19
2.2
19
83
8
50
16
2
14
66
1.35
117579206--117579264
12
4.9
12
89
4
84
59
0
16
23
1.37
117579636--117579670
18
1.9
18
94
0
61
34
17
8
40
1.80
117581057--117581108
22
2.3
22
83
9
61
48
0
0
51
1.00
117589899--117589937
19
2.1
19
90
0
60
46
0
25
28
1.53
117595077--117595326
132
1.9
133
86
2
360
46
4
16
32
1.67
117597862--117597965
40
2.6
40
79
1
118
25
29
18
26
1.98
117597957--117598066
43
2.6
43
88
2
150
23
29
21
25
1.99
117600316--117600359
17
2.5
17
92
3
70
68
25
2
4
1.20
117600315--117600360
18
2.6
18
86
6
67
69
23
2
4
1.17
117600315--117600390
17
4.4
17
68
15
57
72
18
5
3
1.19
117608101--117608516
71
6.1
69
75
12
398
24
14
22
38
1.92
117608243--117608489
122
2.0
124
90
3
392
24
13
22
39
1.90
117607934--117608526
263
2.3
257
94
2
1033
25
14
22
36
1.93
117608364--117608516
72
2.1
72
90
3
238
22
15
22
39
1.91
117608505--117608529
13
1.9
13
100
0
50
24
12
0
64
1.27
117608754--117608898
74
1.9
76
88
5
224
31
18
22
28
1.97
117608594--117609210
165
3.8
163
83
9
698
29
18
20
31
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
117608929--117609434
72
6.5
73
75
12
406
29
16
19
34
1.94
117608928--117609644
88
9.0
76
73
14
427
28
16
19
35
1.94
117609286--117609321
14
2.7
13
86
4
54
30
13
5
50
1.65
117609416--117609477
30
2.1
30
90
6
99
19
9
29
41
1.83
117609068--117609645
254
2.3
248
85
6
762
27
16
18
36
1.93
117610272--117610356
16
5.7
16
71
18
58
69
23
3
3
1.20
117610278--117610388
43
2.4
47
82
12
135
72
18
5
3
1.18
117610321--117610355
15
2.3
15
95
0
61
62
31
0
5
1.18
117610931--117610963
2
17.0
2
87
6
50
48
3
0
48
1.17
117610931--117611080
27
5.4
26
67
21
83
40
5
5
49
1.48
117612101--117612138
20
1.9
20
100
0
76
39
0
10
50
1.37
117614318--117614399
29
2.8
29
92
0
128
24
32
14
28
1.94
117618034--117618210
40
4.5
40
98
1
340
25
23
28
22
1.99
117631972--117632181
40
5.2
40
87
2
305
25
24
28
21
1.99
117640203--117640456
47
5.3
47
94
0
382
31
8
31
29
1.86
117642578--117643006
40
10.8
40
94
1
729
25
20
27
26
1.99
117642578--117643006
79
5.4
79
94
1
707
25
20
27
26
1.99
117642578--117643006
119
3.6
119
95
0
743
25
20
27
26
1.99
117647110--117647363
47
5.3
47
94
0
382
31
8
31
29
1.86
117657629--117657754
39
3.2
39
76
5
119
23
27
24
24
2.00
117663495--117663620
39
3.2
39
88
0
180
29
27
19
23
1.98
117678598--117678701
29
3.6
29
80
6
113
26
25
16
30
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
117681338--117681469
29
4.6
29
94
0
219
25
32
15
26
1.95
117681309--117681469
58
2.8
58
88
0
187
25
33
15
25
1.95
117681309--117681469
87
1.9
87
85
0
223
25
33
15
25
1.95
117688299--117688396
29
3.4
29
89
0
142
26
33
13
26
1.93
117689685--117689860
46
3.8
46
79
12
216
20
21
29
28
1.98
117689682--117689853
93
1.8
93
96
0
317
20
21
29
27
1.98
117697257--117697432
46
3.8
46
79
12
216
20
21
29
28
1.98
117697254--117697425
93
1.8
93
96
0
317
20
21
29
27
1.98
117698729--117699114
29
13.2
29
98
1
727
25
34
16
23
1.95
117700220--117700375
69
2.2
71
89
4
246
39
22
15
23
1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770