genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.740.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  740  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234502849--234502924	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
234502792--234502924	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
234510524--234510733	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
234518651--234518860	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
234523409--234523598	40	4.7	41	88	2	294	20	23	27	28	1.99
234523409--234523598	81	2.3	81	90	1	292	20	23	27	28	1.99
234524270--234524310	19	2.3	18	91	8	66	17	19	26	36	1.94
234525376--234525427	20	2.7	20	82	14	56	38	23	0	38	1.55
234527257--234527440	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
234527297--234527485	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
234534557--234534740	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
234534597--234534785	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
234541857--234542024	40	4.2	39	75	7	133	27	23	26	22	1.99
234543948--234544017	27	2.5	28	93	2	115	28	30	14	27	1.95
234547098--234547250	24	6.0	26	73	11	120	32	5	3	59	1.36
234550877--234551060	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
234550917--234551105	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
234558411--234558594	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
234558451--234558639	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
234563535--234563669	42	3.2	42	97	0	243	30	17	32	20	1.95
234563691--234563760	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
234568347--234568513	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234575868--234576034	40	4.2	40	81	2	176	23	26	22	26	2.00
234583828--234583934	37	2.8	38	85	7	137	22	29	24	23	1.99
234589768--234589951	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
234589808--234589996	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
234597886--234598069	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
234597926--234598114	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
234607145--234607193	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
234608020--234608143	40	3.1	40	79	10	130	24	25	27	23	2.00
234613573--234613755	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
234621435--234621537	29	3.6	28	75	6	91	34	14	25	25	1.94
234623437--234623617	39	4.6	39	86	3	231	23	30	22	23	1.99
234623437--234623617	76	2.3	78	85	3	231	23	30	22	23	1.99
234626663--234626710	19	2.6	19	80	9	55	35	2	14	47	1.56
234630850--234630920	35	2.0	35	88	0	106	18	43	9	28	1.81
234631305--234631347	12	3.6	12	93	0	77	76	6	2	13	1.08
234631989--234632049	2	32.0	2	80	9	65	40	0	6	52	1.27
234644385--234644413	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
234644399--234645142	72	9.8	74	73	14	549	29	16	20	33	1.95
234644702--234644729	13	2.2	13	100	0	56	14	14	7	64	1.48
234644716--234645141	72	5.8	73	86	7	562	30	16	19	33	1.94
234648176--234648276	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
234648205--234648276	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234652623--234652654	9	3.7	9	95	4	57	21	21	12	43	1.86
234660782--234660876	43	2.2	44	86	1	129	27	23	25	24	2.00
234660969--234661028	33	1.9	31	83	10	77	33	25	23	18	1.97
234661140--234661342	86	2.4	85	80	7	207	36	20	20	22	1.95
234661223--234661342	44	2.8	44	76	7	138	35	22	22	20	1.96
234661373--234661501	42	3.1	40	79	11	154	31	20	22	25	1.98
234661384--234661500	40	2.9	41	89	3	182	30	20	22	26	1.98
234663092--234663142	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
234667736--234667886	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
234667772--234667902	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
234675692--234675856	40	4.2	39	75	6	147	26	23	27	23	2.00
234675693--234675840	40	3.8	38	77	12	149	26	23	27	22	1.99
234675692--234675856	78	2.1	78	81	7	192	26	23	27	23	2.00
234683622--234683772	40	3.8	40	77	6	146	27	23	26	22	2.00
234683658--234683788	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
234688393--234688543	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
234695888--234696447	302	1.9	302	99	0	1102	30	19	23	26	1.98
234699025--234699203	40	4.5	40	84	6	231	29	18	24	26	1.98
234699012--234699203	80	2.4	80	86	8	266	28	19	25	26	1.99
234699012--234699237	40	5.7	40	83	7	207	27	20	25	26	1.99
234703367--234703492	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
234703306--234703492	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234709915--234710124	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
234718048--234718257	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
234720928--234720972	21	2.1	21	87	0	63	40	22	22	15	1.91
234727233--234727322	28	3.2	29	95	4	166	25	32	14	27	1.95
234727233--234727341	57	1.9	55	83	9	139	26	33	12	26	1.93
234735001--234735112	29	3.9	29	96	3	210	27	32	14	25	1.95
234742761--234742801	22	1.9	21	85	5	55	29	31	12	26	1.92
234742780--234742890	27	4.0	27	94	4	195	27	32	14	25	1.94
234742780--234742890	56	2.0	54	94	3	195	27	32	14	25	1.94
234748793--234748927	26	5.2	26	90	1	218	40	23	2	33	1.70
234748793--234748927	51	2.6	52	94	1	236	40	23	2	33	1.70
234753788--234753818	12	2.6	12	100	0	62	12	51	25	9	1.70
234757003--234757133	24	5.2	25	90	4	203	38	24	3	34	1.71
234757003--234757133	49	2.6	51	91	6	214	38	24	3	34	1.71
234757704--234757771	24	2.8	24	86	8	102	27	19	7	45	1.76
234757898--234758141	9	26.6	9	76	8	161	47	13	0	38	1.48
234757898--234758141	18	13.3	18	77	8	188	47	13	0	38	1.48
234757894--234758141	27	9.0	27	75	9	196	47	12	0	38	1.48
234762119--234762148	14	2.1	14	100	0	60	16	13	13	56	1.67
234763347--234763393	24	1.9	25	82	4	60	38	2	6	53	1.39
234764006--234764082	30	2.5	31	78	6	84	15	3	19	61	1.49
234764006--234764083	31	2.5	30	81	4	84	16	3	19	60	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234764154--234764445	43	6.8	42	91	6	480	22	34	19	23	1.97
234765457--234765774	43	7.4	43	82	0	386	31	26	14	27	1.95
234765457--234765774	86	3.7	86	88	1	451	31	26	14	27	1.95
234768164--234768225	27	2.3	27	86	10	99	19	9	27	43	1.82
234769851--234769888	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
234774005--234774073	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
234775697--234775734	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
234776306--234776339	6	5.5	6	93	6	59	82	0	0	17	0.67
234776649--234776778	64	2.0	65	92	1	217	23	14	19	43	1.87
234778750--234778850	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
234778779--234778850	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
234786663--234786786	40	3.1	40	81	3	135	26	24	27	21	1.99
234786663--234786755	39	2.4	39	85	1	123	27	22	26	22	1.99
234786663--234786800	40	3.5	40	81	4	129	26	23	27	23	2.00
234795972--234796089	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
234795940--234796103	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
234797433--234797508	27	2.8	27	89	0	125	27	18	18	35	1.94
234797433--234797539	54	1.9	56	81	7	130	26	16	21	35	1.95
234797932--234798009	34	2.3	35	84	2	104	29	21	23	25	1.99
234798011--234798148	69	2.0	69	98	0	267	21	16	15	45	1.85
234798830--234798996	43	3.9	42	80	8	176	26	17	22	32	1.96
234806530--234806660	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234806529--234806660	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
234814465--234814595	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
234814464--234814595	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
234823514--234823675	39	4.2	39	91	1	245	22	19	32	24	1.97
234826424--234826530	40	2.7	38	85	7	126	21	29	25	23	1.99
234830749--234830878	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
234830749--234830912	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
234834843--234835029	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
234834866--234835029	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
234834866--234835063	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770