genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  187  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55965914--55966209	40	7.5	40	87	4	390	26	27	23	23	2.00
55969727--55969796	27	2.6	27	93	2	113	30	25	14	30	1.95
55971572--55971608	19	1.9	19	89	10	58	43	18	5	32	1.73
55978422--55978546	49	2.6	49	90	0	187	30	27	16	25	1.97
55980421--55980584	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
55980421--55980618	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
55994943--55995109	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
55997884--55998016	29	4.6	29	84	1	149	26	15	33	24	1.95
55997880--55998015	59	2.3	58	81	5	150	27	15	32	25	1.95
56005967--56006049	29	2.9	29	98	0	157	30	13	30	26	1.94
56005968--56006062	29	3.2	29	92	3	127	32	14	28	24	1.95
56005963--56006099	60	2.3	58	80	6	143	28	14	32	24	1.95
56007543--56007695	66	2.3	66	86	2	209	24	25	25	24	2.00
56007784--56007837	27	2.0	27	100	0	108	40	7	14	37	1.74
56009120--56009222	37	2.8	37	95	0	179	25	32	19	23	1.98
56009363--56009700	48	7.0	48	94	0	577	31	27	6	34	1.82
56014294--56014324	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
56014291--56014330	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
56014580--56014760	53	3.4	54	78	9	210	22	23	18	36	1.95
56018004--56018074	27	2.6	27	95	2	124	30	28	12	28	1.93
56029346--56029406	25	2.4	25	80	2	68	57	3	1	37	1.25
56033696--56033742	23	2.0	24	87	4	69	46	8	6	38	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56037544--56037650	9	11.6	9	75	5	97	29	1	21	46	1.62
56038466--56038515	23	2.2	23	92	0	82	34	14	14	38	1.85
56040251--56040324	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
56040308--56040383	29	2.6	29	77	4	82	22	21	35	21	1.96
56047449--56047522	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
56047506--56047581	29	2.6	29	77	4	82	22	21	35	21	1.96
56050616--56050707	43	2.2	43	88	5	134	36	1	41	20	1.60
56051592--56051667	7	11.0	7	79	8	84	40	42	1	15	1.56
56051605--56051667	33	1.9	33	90	0	99	38	46	1	14	1.54
56051612--56051661	26	1.9	26	87	0	73	36	48	2	14	1.55
56051605--56051686	33	2.5	32	82	11	94	39	43	1	15	1.55
56052314--56052728	154	2.7	153	83	4	476	27	22	17	32	1.96
56063592--56063711	29	4.2	29	89	1	170	29	30	13	27	1.94
56063920--56063954	16	2.2	16	94	0	61	8	22	20	48	1.76
56066596--56066620	13	1.9	13	100	0	50	44	8	8	40	1.63
56080204--56080311	25	4.4	24	87	5	110	25	22	23	29	1.99
56080217--56080311	50	1.9	50	86	4	138	25	23	25	26	2.00
56081239--56081323	27	3.1	27	77	17	95	34	8	16	41	1.78
56081301--56081423	27	4.6	26	78	8	104	29	7	21	42	1.79
56081302--56081456	81	1.9	80	80	8	181	29	9	19	41	1.83
56081322--56081463	27	5.3	26	73	12	85	30	9	21	38	1.86
56081459--56081546	27	3.3	27	88	3	124	40	7	25	26	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56083904--56083985	31	2.7	31	92	3	132	29	23	17	30	1.97
56084197--56084274	25	3.2	25	85	3	106	26	19	21	32	1.97
56085083--56085146	27	2.4	27	86	0	83	21	25	20	32	1.97
56085201--56085308	27	3.9	27	77	9	92	30	7	18	43	1.77
56085291--56085428	27	5.2	26	74	7	107	31	9	19	39	1.83
56085407--56085509	27	3.8	26	82	6	91	40	9	20	29	1.84
56085418--56085509	27	3.4	27	87	0	130	41	8	21	28	1.83
56095141--56095186	17	2.7	18	78	21	55	32	0	19	47	1.50
56101434--56101458	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
56106810--56106911	27	3.8	26	80	7	114	32	12	16	38	1.87
56106890--56107149	27	9.7	26	74	8	148	33	7	20	38	1.81
56106810--56107149	54	6.3	54	76	9	239	33	8	19	38	1.83
56106846--56107021	81	2.2	82	78	11	191	36	8	17	37	1.80
56106900--56107140	81	3.0	81	80	6	283	34	7	20	38	1.80
56107078--56107149	26	2.7	26	78	2	81	29	11	22	37	1.88
56110292--56110385	27	3.5	27	81	5	91	30	15	15	37	1.90
56110364--56110650	27	10.7	27	80	3	301	32	7	19	40	1.80
56110967--56111030	28	2.3	28	91	0	101	29	37	14	18	1.90
56115679--56115742	30	2.2	29	94	2	110	34	25	15	25	1.95
56116419--56116495	24	3.2	24	92	0	127	31	2	42	23	1.68
56117849--56117953	27	3.9	26	81	9	122	16	24	22	36	1.94
56117849--56117955	54	2.0	53	85	5	144	15	24	22	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56130615--56130802	40	4.7	40	88	3	272	26	21	26	25	2.00
56135771--56135988	40	5.5	40	87	3	282	22	23	27	25	2.00
56141245--56141411	40	4.2	40	81	2	167	23	26	22	26	2.00
56141261--56141411	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
56149260--56149389	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
56149276--56149426	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
56149260--56149426	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
56153243--56153306	30	2.2	29	88	2	92	35	23	14	26	1.93
56157171--56157273	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
56165200--56165302	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
56173916--56173954	16	2.4	16	100	0	78	43	0	30	25	1.55
56174616--56174798	79	2.3	82	83	9	227	24	22	27	25	2.00
56174616--56174800	40	4.6	41	81	11	224	23	22	28	25	1.99
56174669--56174833	79	2.1	78	83	8	201	25	20	27	26	1.99
56176935--56177053	6	19.3	6	69	20	68	48	15	15	20	1.81
56176944--56177053	31	3.5	31	85	4	150	49	14	16	20	1.80
56177208--56177263	26	2.1	27	90	3	87	39	23	21	16	1.92
56177423--56177485	22	2.9	22	72	13	58	38	23	20	17	1.93
56177913--56178180	27	10.0	27	87	0	349	24	22	19	33	1.97
56178238--56178302	27	2.4	27	86	0	94	33	12	16	36	1.87
56178281--56178567	27	10.6	27	86	0	369	31	8	20	40	1.81
56178227--56178567	81	4.2	80	83	3	362	31	8	20	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56178308--56178573	108	2.5	108	93	0	442	31	7	20	40	1.80
56181461--56181562	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
56189787--56189993	40	5.2	40	80	1	191	26	22	25	25	2.00
56192271--56192507	38	6.3	38	95	0	395	20	22	26	30	1.98
56194000--56194129	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
56194000--56194163	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
56202045--56202174	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
56202045--56202208	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
56206069--56206121	26	2.1	25	92	3	88	39	5	20	33	1.76
56217386--56217568	46	4.0	46	93	0	285	25	31	8	34	1.86
56217542--56217916	47	8.1	47	89	3	517	26	28	10	34	1.89
56217679--56217753	22	3.3	22	64	29	57	25	30	13	30	1.94
56217773--56217840	22	3.1	22	66	19	61	22	29	14	33	1.94
56217582--56217916	137	2.4	138	90	2	510	26	28	10	34	1.89
56221704--56221862	57	2.8	57	89	1	221	30	29	19	20	1.97
56221704--56221833	29	4.6	27	78	9	125	30	30	17	21	1.96
56221890--56222024	40	3.4	40	98	0	261	26	26	20	25	1.99
56224585--56224755	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
56224577--56224752	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
56226282--56226464	46	4.0	46	92	0	285	25	31	8	34	1.86
56226481--56226556	22	3.3	22	66	28	59	25	28	11	34	1.91
56226438--56226816	47	8.1	47	93	0	580	26	29	10	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56226622--56226740	22	5.1	22	62	28	59	24	29	13	32	1.93
56233029--56233081	13	4.1	13	92	0	88	18	37	28	15	1.91
56235972--56236218	40	6.2	40	77	12	226	23	22	27	25	2.00
56236013--56236195	79	2.3	80	89	0	269	23	22	27	25	2.00
56236013--56236218	79	2.6	78	84	5	261	23	22	27	25	2.00
56243499--56243761	40	6.6	41	88	3	328	23	22	28	25	1.99
56243541--56243761	40	5.6	39	93	1	334	23	22	28	26	1.99
56243614--56243794	39	4.6	40	86	3	113	25	21	26	26	2.00
56243495--56243784	79	3.7	79	83	7	338	24	22	27	25	2.00
56248813--56249032	110	2.0	110	98	0	422	44	10	15	29	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770