genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  82  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24193013--24193169	53	2.9	53	90	3	228	40	19	7	31	1.80
24193018--24193223	80	2.6	81	82	5	240	40	21	8	30	1.82
24193192--24193618	27	15.9	27	85	3	387	28	23	8	39	1.84
24193014--24193296	54	5.3	54	79	6	148	36	20	9	33	1.85
24193018--24193266	80	3.1	80	80	5	218	38	20	8	32	1.83
24193219--24193619	81	5.0	81	86	3	488	28	23	8	39	1.84
24193597--24193654	27	2.2	27	87	3	82	41	25	5	27	1.76
24193689--24193744	27	2.1	26	83	9	69	37	10	12	39	1.78
24193798--24193862	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
24195020--24195067	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
24195111--24195169	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
24195220--24195362	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
24195220--24195362	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
24195220--24195363	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
24195554--24195617	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
24198422--24198579	27	5.9	27	90	2	230	40	20	7	31	1.80
24198427--24198633	81	2.6	80	81	6	229	40	21	7	29	1.81
24198427--24198705	27	10.4	27	84	2	208	37	21	8	32	1.83
24198629--24199030	27	14.9	27	85	3	479	28	23	8	39	1.83
24198602--24199082	27	17.8	27	80	5	314	30	23	7	37	1.83
24199009--24199092	27	3.1	28	76	10	93	40	26	7	26	1.81
24199100--24199155	27	2.1	26	83	9	69	37	10	12	39	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24199209--24199273	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
24200430--24200477	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
24200521--24200579	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
24200630--24200772	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
24200630--24200772	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
24200630--24200773	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
24200964--24201027	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
24210617--24210796	24	7.4	24	93	3	306	28	21	20	30	1.98
24210623--24210796	49	3.6	49	96	0	314	28	20	20	31	1.97
24210846--24210912	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
24210846--24210901	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
24210949--24210996	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
24221668--24221795	46	2.8	44	81	9	150	28	18	28	24	1.98
24237053--24237102	22	2.2	23	82	3	57	28	2	2	68	1.12
24237053--24237096	22	2.0	22	86	4	63	27	2	2	68	1.14
24237048--24237109	19	3.3	20	74	24	55	25	1	3	69	1.13
24240132--24240166	17	2.0	17	88	5	52	65	0	0	34	0.93
24243556--24243647	33	3.1	28	65	22	69	32	23	18	25	1.97
24243497--24243618	33	3.8	33	69	12	101	29	23	19	27	1.98
24243514--24243647	62	2.2	62	95	0	241	30	23	20	25	1.98
24243929--24243980	25	2.1	25	89	3	79	28	15	19	36	1.92
24243936--24244005	25	2.8	25	88	0	95	25	20	24	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24244938--24245044	27	3.9	27	73	13	74	31	6	17	43	1.75
24245001--24245157	27	5.8	27	75	8	131	28	9	21	40	1.84
24245002--24245157	81	1.9	81	83	5	199	28	9	20	41	1.84
24245156--24245489	27	12.4	27	84	1	402	41	9	21	26	1.84
24245156--24245489	81	4.1	81	86	1	456	41	9	21	26	1.84
24253847--24253920	37	2.0	37	100	0	148	54	13	5	27	1.61
24253918--24253960	19	2.3	18	80	4	50	34	13	0	51	1.42
24254497--24254564	2	35.0	2	85	5	86	50	4	1	44	1.31
24254900--24254957	29	2.0	29	100	0	116	31	24	13	31	1.94
24257716--24257882	42	4.0	42	78	9	162	28	16	25	29	1.96
24259643--24259684	18	2.4	17	84	11	50	19	2	26	52	1.58
24259800--24259999	69	2.9	69	79	4	206	34	19	18	28	1.95
24261821--24261860	10	3.4	13	77	22	52	50	15	0	35	1.44
24261820--24261865	23	2.0	23	91	8	76	50	15	0	34	1.44
24261823--24261872	23	2.2	23	85	7	66	54	12	0	34	1.38
24262270--24262304	11	3.2	11	100	0	70	8	45	0	45	1.34
24264696--24264744	16	3.1	16	90	0	71	22	0	2	75	0.90
24269430--24269588	43	3.7	44	81	5	200	28	15	23	32	1.95
24275816--24275857	21	2.0	20	90	4	66	50	26	9	14	1.73
24279192--24279262	27	2.6	27	80	4	81	38	26	5	29	1.79
24279246--24279369	27	4.6	27	84	2	151	42	20	6	30	1.77
24279232--24279369	54	2.5	54	84	3	152	41	21	6	30	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24279246--24279398	81	1.9	81	85	5	211	41	18	8	31	1.81
24279246--24279385	54	2.6	54	85	4	149	42	18	8	30	1.80
24279352--24279414	27	2.4	27	81	2	83	39	14	15	30	1.87
24279394--24279456	27	2.4	26	76	12	74	17	19	25	38	1.93
24280035--24280130	28	3.5	28	89	1	140	47	23	6	21	1.73
24284072--24284156	23	3.7	23	75	12	77	41	22	20	16	1.90
24284049--24284157	47	2.3	47	81	7	123	39	21	19	20	1.93
24284051--24284156	23	4.5	24	75	10	76	40	21	18	18	1.91
24284981--24285049	36	1.9	36	96	0	129	23	18	11	46	1.82
24287117--24287245	47	2.8	46	81	6	152	22	31	19	26	1.98
24291493--24291527	9	3.9	9	88	0	52	85	2	8	2	0.79
24292049--24292077	13	2.2	13	100	0	58	51	20	0	27	1.47
24292089--24292119	4	7.8	4	100	0	62	77	0	0	22	0.77
24293089--24293113	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
24293798--24294019	46	4.8	46	75	11	177	28	18	28	23	1.98
24295602--24295965	147	2.5	147	81	3	435	32	17	22	27	1.96
24306415--24306449	16	2.2	16	100	0	70	57	11	5	25	1.56
24313016--24313147	47	2.8	48	83	1	176	33	26	15	24	1.95
24316097--24316176	24	3.6	22	75	8	72	25	25	15	35	1.94
24316098--24316195	46	2.2	45	83	5	117	25	24	14	35	1.93
24317094--24317138	22	2.1	23	84	12	60	40	6	8	44	1.62
24317801--24317845	23	1.9	24	82	13	58	33	2	0	64	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24318361--24318448	29	3.0	30	76	14	85	54	6	3	35	1.44
24319655--24319699	23	2.0	23	90	0	72	55	15	6	22	1.63
24321147--24321179	4	8.2	4	100	0	66	27	0	0	72	0.85
24321292--24321322	4	7.8	4	100	0	62	22	0	0	77	0.77
24321352--24321429	15	5.1	16	77	10	74	20	2	1	75	0.99
24321361--24321408	3	16.3	3	80	4	53	25	2	2	70	1.09
24321357--24321428	21	3.4	21	78	3	83	20	2	1	75	1.01
24321358--24321428	9	7.9	9	73	10	56	21	2	1	74	1.02
24328891--24328996	52	2.0	52	100	0	212	30	16	9	43	1.80
24339758--24339865	26	4.2	26	90	0	171	35	23	8	33	1.85
24340197--24340275	21	3.8	21	79	0	86	13	31	34	20	1.92
24344819--24344858	21	1.9	21	85	10	55	32	5	2	60	1.32
24344883--24344934	9	5.7	9	76	13	52	28	3	1	65	1.21
24344876--24344914	17	2.4	17	78	4	53	23	5	0	71	1.05
24346582--24346643	31	2.0	30	81	9	72	40	9	3	46	1.53
24347367--24347474	51	2.1	51	86	3	146	30	13	8	47	1.73
24349632--24349692	31	2.0	30	84	6	79	49	9	0	40	1.36
24355383--24355459	31	2.6	29	83	6	91	46	2	2	48	1.29
24357190--24357293	48	2.2	48	98	0	199	42	10	16	30	1.82
24359946--24360101	80	2.0	80	85	0	213	24	14	34	26	1.93
24361574--24361621	22	2.1	24	88	7	73	45	0	0	54	0.99
24367832--24367858	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24368125--24368161	19	2.0	19	94	5	67	32	21	10	35	1.88
24380047--24380091	23	2.0	23	86	8	65	37	8	11	42	1.72
24386940--24387016	30	2.6	30	80	0	91	31	23	16	28	1.96
24389470--24389507	8	4.9	8	83	6	51	26	7	0	65	1.19
24390695--24390742	21	2.2	22	92	3	80	45	0	6	47	1.27
24390707--24390804	46	2.2	46	85	9	130	46	5	5	42	1.47
24391531--24391602	29	2.4	31	74	21	73	52	4	1	41	1.29
24394962--24395012	4	12.8	4	87	8	77	76	0	23	0	0.79
24395672--24395713	21	2.0	20	90	9	66	71	0	0	28	0.86
24395672--24395710	11	3.6	11	82	6	53	69	0	0	30	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770