genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.138.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  138  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40613325--40613532	40	5.2	40	81	3	222	25	26	22	25	2.00
40615683--40615845	70	2.3	71	98	1	319	34	17	28	19	1.94
40623200--40623362	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
40631652--40631858	40	5.2	39	83	2	218	25	26	22	25	2.00
40631652--40631856	80	2.6	80	84	3	245	25	26	22	25	2.00
40642107--40642147	20	2.0	21	86	13	59	4	21	0	73	1.02
40642135--40642188	6	9.3	6	78	9	51	3	16	1	77	1.00
40642117--40642188	24	3.2	22	79	14	67	4	18	1	76	1.02
40645488--40645551	26	2.4	26	89	2	92	45	12	14	28	1.81
40645514--40645621	46	2.3	47	82	4	130	47	14	9	28	1.75
40653102--40653187	40	2.2	39	82	2	100	25	17	29	27	1.97
40653233--40653297	28	2.3	28	94	0	112	36	24	20	18	1.94
40655960--40656095	50	2.7	52	81	8	156	28	20	30	20	1.98
40656102--40656227	43	3.0	43	75	5	130	27	14	26	31	1.95
40657964--40658135	40	4.3	40	84	5	224	26	27	22	23	1.99
40663097--40663176	40	2.0	39	85	2	106	25	16	28	30	1.96
40666420--40666445	13	2.0	13	100	0	52	23	7	23	46	1.78
40670588--40670647	31	1.9	31	96	0	111	25	13	21	40	1.89
40675565--40675623	25	2.4	25	85	0	82	25	30	15	28	1.96
40675575--40675659	25	3.4	26	82	12	97	25	29	20	24	1.99
40677879--40678011	30	4.4	30	86	0	176	24	27	36	12	1.91
40683435--40683540	51	2.1	51	100	0	212	31	15	23	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40683617--40683722	51	2.1	51	100	0	212	31	15	23	30	1.95
40683417--40683962	182	3.0	182	100	0	1092	33	15	20	30	1.94
40683799--40683904	51	2.1	51	100	0	212	31	15	23	30	1.95
40686672--40686732	31	2.0	31	93	6	106	36	9	19	34	1.85
40692311--40692418	43	2.5	43	79	5	121	35	21	12	30	1.91
40697703--40697846	46	3.1	46	70	21	122	27	28	20	22	1.99
40700217--40700305	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
40700217--40700299	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
40700228--40700305	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
40703374--40703542	91	1.8	93	88	2	261	27	28	20	22	1.99
40703366--40703533	46	3.7	46	72	16	159	29	29	19	22	1.98
40706594--40706700	43	2.5	43	85	0	124	39	28	12	20	1.88
40707032--40707094	31	2.0	31	100	0	126	55	6	9	28	1.56
40710792--40710929	40	3.5	40	93	3	226	24	23	28	23	2.00
40714302--40714376	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
40718528--40718698	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
40718520--40718695	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
40722874--40722973	49	2.2	43	79	20	130	40	6	24	30	1.79
40722876--40722980	48	2.2	50	93	6	182	40	5	22	31	1.78
40725011--40725085	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
40728064--40728134	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
40728118--40728241	27	4.6	27	85	2	169	41	20	7	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40728102--40728241	54	2.6	53	85	6	138	40	21	7	30	1.80
40728118--40728270	81	1.9	81	86	5	220	40	19	9	30	1.83
40728224--40728285	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
40728118--40728268	54	2.8	54	85	4	162	41	19	9	29	1.83
40730450--40730483	17	2.0	17	100	0	68	35	17	11	35	1.87
40731820--40731888	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
40733516--40733553	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
40739829--40739897	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
40741526--40741563	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
40743674--40743764	40	2.3	40	94	0	155	18	17	27	36	1.94
40743674--40743780	40	2.7	40	91	0	142	21	18	26	33	1.96
40749856--40749962	40	2.7	40	94	0	178	21	20	26	31	1.98
40761223--40761268	23	2.0	23	100	0	92	26	21	30	21	1.99
40769955--40770085	54	2.4	54	93	0	217	29	19	8	43	1.80
40769955--40770085	27	4.9	27	88	0	190	29	19	8	43	1.80
40769982--40770111	54	2.4	54	86	0	170	32	20	7	40	1.80
40769957--40770111	81	1.9	82	81	1	186	30	19	8	41	1.81
40770009--40770313	54	5.6	54	73	6	154	38	20	8	32	1.83
40769942--40770122	81	2.2	82	74	1	177	34	19	7	38	1.81
40770077--40770228	80	1.9	80	90	0	241	42	22	7	27	1.79
40770072--40770340	27	9.9	27	72	7	159	40	20	8	31	1.82
40770373--40770431	27	2.2	27	84	6	75	35	20	23	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40771358--40771474	52	2.3	51	97	2	218	23	24	23	28	2.00
40771358--40771474	26	4.6	26	92	1	184	23	24	23	28	2.00
40771619--40771710	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
40771734--40771812	31	2.5	31	97	0	149	29	18	25	26	1.98
40774068--40774196	54	2.4	53	90	2	204	29	17	8	44	1.79
40774070--40774196	27	4.7	27	86	0	175	29	18	8	44	1.79
40774213--40774334	26	4.7	25	76	8	109	42	21	8	27	1.81
40774213--40774334	52	2.3	53	80	4	140	42	21	8	27	1.81
40774285--40774387	27	3.8	27	74	3	82	42	18	6	32	1.76
40774371--40774422	27	1.9	27	88	7	79	38	13	13	34	1.84
40774463--40774528	27	2.4	27	78	14	73	34	24	19	21	1.96
40775339--40775458	24	4.8	25	86	4	154	26	23	22	27	1.99
40775603--40775694	42	2.2	42	92	0	148	29	14	22	33	1.93
40775718--40775787	31	2.3	31	97	0	131	31	15	24	28	1.96
40777169--40777295	40	3.2	41	82	9	156	22	29	25	22	1.99
40788977--40789111	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
40788923--40789112	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
40790850--40791109	40	6.5	40	82	11	229	24	23	27	25	2.00
40790886--40791109	79	2.8	79	89	1	322	23	24	27	24	2.00
40790842--40791142	119	2.5	120	82	3	376	25	23	26	23	2.00
40795987--40796169	69	2.6	68	85	5	226	37	19	21	21	1.94
40797504--40797556	25	2.1	25	82	0	61	20	24	18	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40800932--40801125	47	4.1	47	89	0	280	33	10	28	26	1.90
40800961--40801032	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
40801006--40801081	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
40801096--40801279	98	1.9	96	92	4	307	36	7	26	30	1.83
40801095--40801279	48	3.8	48	90	5	300	36	7	25	30	1.83
40801426--40801534	37	2.9	37	94	0	182	23	19	30	26	1.98
40805341--40805406	34	1.9	34	90	0	105	27	22	22	27	1.99
40815767--40815809	14	3.0	14	86	3	50	2	18	2	76	1.00
40818050--40818118	25	2.8	25	82	4	77	33	24	15	26	1.95
40818050--40818129	25	3.2	25	75	16	76	33	23	16	26	1.95
40823418--40823462	20	2.3	20	80	3	56	44	6	4	44	1.50
40824034--40824070	18	2.1	18	90	5	58	29	8	5	56	1.51
40828378--40828433	25	2.4	25	88	8	82	28	12	1	57	1.46
40833069--40833102	17	2.0	17	88	0	50	61	2	2	32	1.26
40833776--40833836	24	2.4	23	82	15	68	27	0	1	70	0.97
40837185--40837241	29	2.0	29	100	0	114	40	14	0	45	1.44
40837185--40837254	29	2.5	28	88	6	99	37	15	0	47	1.46
40837247--40837375	65	2.0	65	96	0	240	37	7	6	47	1.60
40841900--40841931	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
40863218--40863318	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
40863306--40863436	29	4.5	29	85	1	165	25	30	16	28	1.96
40866120--40866179	29	2.1	29	100	0	120	48	10	6	35	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40871544--40871651	48	2.2	50	91	3	175	34	5	25	34	1.80
40871785--40871856	37	1.9	37	94	0	126	22	20	34	22	1.97
40873360--40873821	48	10.2	42	75	14	195	28	25	16	29	1.97
40873468--40873796	48	6.9	47	86	3	399	27	23	17	31	1.97
40873466--40873802	96	3.5	96	87	3	493	27	24	17	30	1.97
40873466--40873797	144	2.3	143	91	1	531	27	24	17	30	1.97
40873791--40873966	37	4.8	36	86	7	223	24	28	18	28	1.98
40877286--40877311	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
40879285--40879350	28	2.4	28	84	0	87	33	25	12	28	1.92
40881205--40881282	24	3.2	24	83	8	86	34	19	24	21	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770