genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.510.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  510  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157966136--157966518	27	14.2	27	79	6	159	35	22	9	33	1.86
157966038--157966321	81	3.5	81	85	0	327	30	22	9	38	1.86
157966271--157966600	54	6.1	54	73	10	226	39	20	9	30	1.84
157966285--157966408	53	2.3	53	80	4	133	41	21	8	28	1.83
157966285--157966492	80	2.6	81	83	3	233	39	21	9	29	1.85
157966529--157966579	27	1.9	26	88	11	77	41	11	11	35	1.78
157966633--157966693	27	2.3	27	80	5	70	36	18	24	21	1.95
157967394--157967469	20	3.9	20	90	8	113	36	9	19	34	1.84
157967414--157967469	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
157967518--157967639	51	2.4	49	93	5	201	27	24	21	27	1.99
157967519--157967639	25	4.8	26	86	5	169	27	23	21	27	1.99
157967783--157967872	42	2.1	42	95	0	162	27	11	21	40	1.87
157967898--157968007	31	3.5	31	91	0	175	26	18	27	28	1.98
157975923--157976092	46	3.7	46	75	13	159	30	28	19	22	1.98
157983001--157983299	27	11.2	27	84	2	334	42	19	15	22	1.89
157983001--157983270	106	2.5	107	87	1	380	43	19	15	21	1.88
157989544--157989668	46	2.7	47	80	10	141	27	20	30	21	1.98
157991643--157991745	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
157994557--157994659	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
158002827--158003036	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
158010963--158011172	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
158013068--158013170	29	3.6	29	81	2	118	24	17	31	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158018679--158018781	29	3.6	29	84	2	127	23	17	32	27	1.97
158022011--158022039	14	2.1	14	93	6	51	79	6	0	13	0.93
158025028--158025134	28	3.8	28	92	0	160	29	25	10	34	1.89
158030761--158030920	29	5.5	29	82	4	171	25	31	16	25	1.97
158039601--158039798	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
158039667--158039784	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
158039635--158039798	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
158047167--158047351	71	2.6	70	91	4	268	33	17	28	21	1.95
158047233--158047350	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
158047201--158047351	71	2.1	71	100	0	302	35	17	27	19	1.94
158052896--158053016	24	5.0	24	98	0	233	38	28	16	17	1.91
158055235--158055264	12	2.6	11	90	10	51	16	10	0	73	1.09
158055634--158055686	19	2.7	19	80	11	63	13	30	13	43	1.82
158069714--158069767	27	2.0	27	96	0	99	48	20	11	20	1.80
158069708--158069771	27	2.6	24	77	15	76	43	21	10	23	1.84
158072146--158072177	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
158078773--158078797	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
158081740--158081911	29	6.0	28	87	4	227	27	30	15	26	1.96
158081740--158081908	87	2.0	86	89	3	259	28	30	15	25	1.96
158082123--158082158	16	2.2	16	90	0	54	11	13	19	55	1.68
158086607--158086641	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
158089293--158089468	46	3.8	46	81	11	225	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158089289--158089460	93	1.8	93	95	2	310	20	21	30	27	1.98
158092343--158092411	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
158092334--158092421	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
158097247--158097414	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
158104482--158104517	18	2.0	18	100	0	72	27	22	22	27	1.99
158104446--158104555	58	1.9	58	90	0	175	23	25	24	26	2.00
158104503--158104649	40	3.7	38	81	7	150	24	24	22	28	1.99
158104500--158104647	80	1.9	80	83	0	197	25	25	22	27	2.00
158109378--158109609	40	5.8	40	89	2	322	24	27	22	25	2.00
158110794--158110939	37	3.9	37	93	0	247	29	30	17	21	1.97
158111085--158111269	48	3.8	48	91	1	307	31	26	5	35	1.81
158111085--158111268	98	1.9	97	93	2	316	31	26	5	35	1.81
158111239--158111432	47	4.1	47	86	2	246	26	28	10	34	1.90
158111192--158111432	94	2.6	94	81	4	263	27	28	9	34	1.89
158116090--158116119	8	3.8	8	90	0	51	43	26	20	10	1.83
158116338--158116451	29	4.0	28	84	4	122	28	15	28	28	1.96
158121986--158122019	15	2.3	15	89	0	50	29	2	2	64	1.22
158132202--158132331	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
158132218--158132369	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
158132218--158132367	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
158140134--158140263	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
158140150--158140301	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158140150--158140299	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
158147903--158147962	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
158155704--158155845	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
158155742--158155871	40	3.3	39	78	11	147	23	23	26	25	2.00
158178555--158178684	40	3.2	40	83	4	165	23	29	25	22	1.99
158186612--158186740	40	3.2	40	82	6	165	24	28	24	22	1.99
158190820--158190996	41	4.3	40	76	9	135	27	29	21	22	1.99
158190846--158191000	41	3.8	40	84	8	156	26	29	23	21	1.99
158200652--158200824	46	3.7	46	76	10	190	23	20	26	30	1.98
158200649--158200819	93	1.8	93	91	0	279	22	20	26	29	1.98
158201048--158201085	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
158202144--158202227	40	2.1	41	86	6	118	29	23	19	27	1.98
158208577--158208754	46	3.8	46	79	7	216	28	29	21	21	1.98
158208584--158208755	93	1.8	93	93	0	299	27	29	21	21	1.99
158212858--158213015	41	3.9	40	78	11	160	26	27	22	22	1.99
158220565--158220846	23	12.0	24	93	4	461	28	21	21	28	1.99
158220565--158220846	47	6.0	48	92	5	461	28	21	21	28	1.99
158220904--158220960	9	5.9	9	76	15	60	36	21	7	35	1.80
158220892--158220962	20	3.5	20	98	0	133	33	21	9	35	1.86
158220897--158220951	11	5.4	11	75	16	64	32	20	10	36	1.87
158222207--158222284	27	2.9	26	76	14	86	23	19	21	35	1.96
158222340--158222680	27	12.6	27	85	2	416	39	9	22	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158226323--158226491	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
158234357--158234525	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
158241244--158241428	40	4.6	40	85	3	255	23	27	23	24	2.00
158246044--158246201	42	3.7	41	68	14	106	24	15	27	32	1.96
158247463--158247506	17	2.8	17	74	22	51	18	27	34	20	1.96
158249368--158249398	11	2.8	11	100	0	62	38	16	9	35	1.81
158253382--158253565	40	4.6	40	85	2	253	23	26	24	25	2.00
158270737--158270944	40	5.2	40	85	0	227	26	22	25	25	2.00
158270739--158270944	80	2.6	80	85	1	252	26	22	26	25	2.00
158278744--158278951	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
158278745--158278951	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
158280955--158281056	29	3.5	28	79	9	91	21	16	32	29	1.95
158291320--158291509	29	6.6	29	88	1	238	25	31	16	26	1.96
158293102--158293331	46	5.0	46	94	0	361	23	23	14	38	1.91
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158299125--158299176	22	2.4	22	87	6	79	21	21	7	50	1.73
158307490--158307551	30	2.1	30	96	0	115	48	12	14	24	1.79
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158313806--158313966	29	5.6	29	81	1	171	25	33	16	24	1.96
158317285--158317387	29	3.6	29	91	0	161	26	32	15	26	1.96
158317256--158317387	58	2.3	58	85	0	165	25	32	15	25	1.96
158324399--158324472	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158334832--158335039	40	5.2	40	85	2	258	26	26	21	25	1.99
158338453--158338558	55	1.9	55	80	3	124	18	27	33	20	1.96
158340499--158340720	40	5.6	40	87	3	288	25	22	27	25	2.00
158340499--158340720	80	2.8	79	88	3	320	25	22	27	25	2.00
158344774--158344817	23	1.9	23	90	0	70	25	27	18	29	1.98
158346288--158346377	22	4.0	22	73	12	67	45	17	8	27	1.78
158346911--158346989	41	1.9	41	84	0	104	22	31	25	20	1.98
158349045--158349146	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
158356936--158357037	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
158363781--158363900	27	4.4	27	80	0	123	38	19	19	23	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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