genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.442.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  442  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136085960--136086016	26	2.3	26	79	14	66	28	8	26	36	1.86
136090346--136090390	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
136090507--136090575	27	2.6	27	95	0	120	34	15	18	30	1.93
136092601--136092752	47	3.2	47	93	2	259	26	21	19	31	1.98
136092601--136092752	24	6.4	24	94	3	254	26	21	19	31	1.98
136092810--136092866	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
136092806--136092868	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
136092905--136092952	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
136101117--136101278	39	4.2	39	91	0	261	24	33	19	22	1.97
136103107--136103324	40	5.5	40	83	5	201	34	24	16	24	1.95
136107725--136107794	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
136107725--136107806	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
136115648--136115717	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
136115648--136115729	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
136121476--136121510	18	1.9	18	88	0	52	5	34	8	51	1.56
136126778--136127116	48	7.1	48	96	1	628	34	6	27	31	1.82
136127086--136127142	26	2.2	26	100	0	114	36	0	24	38	1.56
136126990--136127238	122	2.0	122	97	0	471	35	4	26	33	1.77
136127098--136127140	13	3.3	13	73	0	50	37	0	23	39	1.55
136127112--136127275	48	3.4	48	92	1	276	35	4	28	31	1.78
136126942--136127275	170	2.0	170	96	1	616	35	5	27	31	1.79
136127416--136127555	37	3.8	37	94	0	244	25	20	30	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136128852--136129110	40	6.5	40	94	0	455	19	21	30	27	1.98
136129286--136129336	25	2.0	25	81	7	59	35	13	29	21	1.92
136135122--136135629	48	10.9	48	89	5	790	35	6	27	30	1.82
136135434--136135503	35	2.0	35	100	0	140	37	2	25	34	1.71
136135194--136135599	131	3.0	132	92	4	643	36	5	26	31	1.80
136135386--136135551	83	2.0	83	98	0	323	36	4	25	32	1.77
136135770--136135909	37	3.8	37	98	0	262	23	20	32	24	1.98
136137614--136137688	29	2.6	29	89	0	105	26	17	28	28	1.98
136138562--136138598	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
136138727--136138761	18	1.9	18	88	11	54	22	0	11	65	1.24
136140316--136140372	23	2.4	24	94	5	98	26	22	17	33	1.96
136140422--136140488	20	3.3	20	91	0	107	31	22	11	34	1.90
136145627--136145946	48	6.8	46	81	6	313	26	27	19	27	1.99
136145629--136145954	96	3.4	95	81	3	381	26	26	19	27	1.99
136145629--136145954	144	2.3	141	82	6	383	26	26	19	27	1.99
136147978--136148047	27	2.5	28	88	2	115	30	12	24	32	1.93
136148254--136148291	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
136149909--136149977	28	2.5	28	92	2	113	43	26	10	20	1.83
136151469--136151649	46	3.9	46	80	9	224	20	20	29	28	1.98
136151471--136151641	93	1.8	93	94	0	306	20	21	29	28	1.98
136159003--136159040	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
136161878--136162053	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136161875--136162046	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
136169342--136169517	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
136169339--136169510	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
136172155--136172277	41	2.9	41	77	11	113	22	19	26	30	1.98
136172445--136172577	45	3.0	43	75	13	121	21	17	27	33	1.96
136172084--136172667	300	1.9	299	91	0	943	27	18	23	30	1.98
136177368--136177500	45	3.0	44	71	17	116	24	18	25	32	1.97
136188232--136188345	43	2.7	42	79	2	129	28	24	14	31	1.95
136194916--136195071	49	3.2	49	79	5	131	26	24	17	31	1.97
136194954--136195071	49	2.4	49	83	5	132	27	25	14	32	1.95
136201250--136201310	25	2.4	25	88	0	86	45	11	21	21	1.82
136201433--136201502	27	2.7	26	82	4	86	38	20	21	20	1.94
136201671--136201732	22	2.8	23	85	7	83	32	20	24	22	1.98
136203628--136203726	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
136210853--136210916	32	1.9	34	93	6	114	45	23	21	9	1.81
136211252--136211350	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
136212667--136213393	27	26.9	27	88	0	950	23	20	18	36	1.95
136213386--136213555	27	6.3	27	76	2	108	32	8	20	37	1.84
136213433--136213571	54	2.6	54	82	4	165	32	9	20	37	1.85
136213451--136213596	27	5.4	27	81	8	129	32	9	20	37	1.85
136213446--136213596	54	2.8	54	81	3	162	31	9	20	38	1.84
136213451--136213614	81	2.0	80	82	3	195	31	9	21	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136213451--136213614	27	6.1	26	77	7	123	31	9	21	37	1.86
136215762--136215925	27	6.1	27	87	1	233	23	14	21	40	1.90
136216241--136216324	18	4.7	18	85	5	109	25	22	13	39	1.90
136216237--136216324	35	2.5	36	86	3	124	25	21	13	39	1.90
136224485--136224703	40	5.4	40	86	2	269	26	23	26	24	2.00
136224485--136224703	120	1.8	121	87	3	325	26	23	26	24	2.00
136224484--136224729	80	3.1	80	80	1	179	26	23	25	23	2.00
136233662--136233791	43	3.0	44	80	15	139	24	16	26	31	1.97
136237568--136237808	43	5.7	41	72	12	166	26	25	20	27	1.99
136237604--136237808	85	2.4	84	88	3	302	27	25	20	27	1.99
136240466--136240628	43	3.8	43	75	13	140	34	27	14	23	1.93
136240466--136240633	86	2.0	86	82	9	209	36	26	14	22	1.93
136243706--136243793	40	2.2	40	85	4	115	26	28	22	22	1.99
136248815--136248909	34	2.8	34	80	0	109	24	21	27	27	1.99
136253767--136254071	48	6.4	48	96	0	520	35	4	27	32	1.77
136253767--136254149	96	4.1	96	89	5	569	35	4	28	31	1.79
136253767--136254141	144	2.7	144	89	5	562	35	5	28	31	1.79
136254039--136254105	34	2.0	34	96	0	125	34	4	29	31	1.78
136253991--136254141	82	1.8	82	95	0	275	35	4	29	30	1.78
136254293--136254429	37	3.7	37	87	3	188	24	14	32	29	1.94
136257368--136257524	43	3.7	43	78	10	169	30	24	19	25	1.98
136266837--136267013	40	4.5	40	83	4	189	25	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136274798--136274960	40	4.1	39	82	4	175	25	28	22	24	1.99
136274798--136274960	79	2.0	80	83	3	204	25	28	22	24	1.99
136278422--136278517	30	3.2	30	72	10	90	29	15	28	27	1.96
136278811--136278858	14	3.4	14	85	0	60	43	6	31	18	1.75
136281335--136281361	10	2.7	10	100	0	54	40	29	11	18	1.85
136288129--136288155	10	2.7	10	100	0	54	40	29	11	18	1.85
136290827--136290907	29	2.7	30	81	14	105	14	22	0	62	1.31
136290910--136290939	11	2.6	12	94	5	53	26	16	10	46	1.78
136290987--136291043	5	11.0	5	75	20	55	1	17	1	78	0.91
136290987--136291050	16	4.2	14	77	16	65	1	17	3	78	0.96
136290991--136291039	26	1.9	25	84	12	64	2	16	2	79	0.92
136290987--136291054	21	3.2	21	78	15	70	1	17	2	77	0.96
136291938--136291981	13	3.6	12	81	12	54	13	6	6	72	1.25
136291951--136291979	11	2.6	11	100	0	58	13	6	6	72	1.26
136293639--136293734	30	3.2	30	65	10	72	28	14	28	29	1.95
136301214--136301267	9	5.8	9	85	8	72	12	0	3	83	0.78
136301213--136301267	10	5.7	10	82	8	69	12	0	3	83	0.77
136301213--136301267	19	2.8	20	86	5	78	12	0	3	83	0.77
136307932--136307985	9	6.0	9	82	12	67	12	1	1	83	0.81
136307944--136307983	8	4.9	8	87	6	62	12	0	0	87	0.54
136307942--136307985	17	2.6	17	96	0	79	15	0	0	84	0.63
136311094--136311178	30	2.8	29	83	13	109	14	22	0	63	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136311129--136311184	18	3.1	18	79	5	60	8	19	1	69	1.24
136311154--136311178	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
136311247--136311303	5	11.0	5	75	20	55	3	17	1	77	1.00
136311247--136311303	16	3.7	14	82	15	60	3	17	1	77	1.00
136311247--136311314	21	3.2	21	76	15	61	2	17	2	76	1.04
136312214--136312256	13	3.5	13	81	12	54	16	6	4	72	1.24
136313928--136314024	30	3.2	30	71	8	81	28	15	25	29	1.96
136316326--136316385	29	2.1	29	87	0	84	28	0	28	43	1.55
136322161--136322244	30	2.8	30	72	1	80	27	17	27	27	1.98
136324467--136324549	30	2.7	30	81	9	89	13	21	1	63	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770