genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.717.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  717  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226618621--226618812	38	4.9	38	89	2	240	23	20	32	23	1.98
226618638--226618850	79	2.7	78	81	7	195	24	21	31	22	1.98
226621016--226621084	23	2.9	25	75	14	74	33	20	26	20	1.97
226625608--226625737	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
226633480--226633567	25	3.2	27	78	14	92	31	25	25	18	1.97
226633673--226633737	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
226634801--226634833	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
226641282--226641396	55	2.1	56	82	8	137	34	22	24	18	1.96
226641307--226641396	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
226641501--226641565	28	2.3	28	91	0	103	30	9	27	32	1.88
226642632--226642664	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
226645583--226645733	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	22	2.00
226645620--226645749	40	3.2	40	80	2	154	23	23	27	24	2.00
226653592--226653735	40	3.6	40	79	5	150	27	24	27	20	1.99
226653629--226653758	40	3.2	40	79	2	145	24	23	27	23	2.00
226662365--226662531	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
226669224--226669371	40	3.7	40	95	0	260	25	30	21	22	1.99
226677247--226677411	80	2.1	77	89	4	251	26	30	21	22	1.99
226677267--226677411	40	3.7	40	90	2	224	24	31	22	22	1.99
226681774--226681989	40	5.5	40	90	3	314	23	23	28	25	2.00
226681774--226681989	118	1.8	118	87	5	321	23	23	28	25	2.00
226690068--226690310	40	6.1	39	93	3	373	22	23	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226690068--226690310	119	2.0	120	91	3	393	22	23	28	25	1.99
226690068--226690310	79	3.1	79	91	4	366	22	23	28	25	1.99
226692420--226692478	25	2.5	25	83	8	79	54	1	1	42	1.20
226692648--226692686	15	2.6	15	88	8	53	35	5	0	58	1.20
226692672--226692724	18	2.8	19	82	8	63	37	1	1	58	1.20
226692672--226692738	19	3.5	19	81	6	73	37	2	2	56	1.30
226692719--226692774	27	2.0	28	86	3	78	33	3	1	60	1.24
226699093--226699138	17	2.6	17	83	12	58	41	6	0	52	1.27
226699200--226699246	22	2.1	22	84	7	60	25	2	2	70	1.10
226703478--226703567	37	2.4	38	83	1	101	20	1	31	47	1.57
226703586--226703764	41	4.4	40	81	7	191	18	21	22	36	1.95
226703687--226703817	42	3.3	41	82	10	157	19	21	22	37	1.94
226703607--226703817	41	5.3	40	79	8	155	20	21	20	36	1.95
226703687--226703804	39	2.9	42	85	6	136	16	20	22	39	1.92
226707031--226707154	44	2.8	45	86	7	164	27	19	31	21	1.97
226707033--226707194	44	3.5	44	80	10	157	28	19	30	22	1.98
226709531--226709605	31	2.4	31	90	0	123	18	36	32	13	1.90
226711295--226711320	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
226712448--226712488	21	1.9	21	90	5	64	21	7	31	39	1.81
226713608--226713633	10	2.6	10	100	0	52	26	0	30	42	1.56
226715284--226715468	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
226715277--226715468	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226723342--226723526	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
226723335--226723526	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
226725349--226725380	6	5.3	6	100	0	64	0	0	31	68	0.90
226727771--226727888	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
226727739--226727902	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
226735341--226735458	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
226735309--226735472	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
226743146--226743280	29	4.7	29	92	0	216	31	15	22	29	1.95
226747026--226747051	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
226750703--226750830	38	3.4	37	83	3	148	33	23	20	22	1.97
226752649--226752774	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
226752588--226752774	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
226761418--226761529	40	2.8	40	78	2	118	23	25	24	26	2.00
226762930--226763058	40	3.3	39	82	7	111	23	26	25	24	2.00
226762965--226763111	78	1.9	80	85	5	210	24	27	23	24	2.00
226762946--226763111	40	4.2	37	77	9	125	24	27	24	24	2.00
226771008--226771136	40	3.3	39	82	7	111	23	26	25	24	2.00
226771043--226771189	78	1.9	80	85	5	210	24	27	23	24	2.00
226771024--226771189	40	4.2	37	77	9	125	24	27	24	24	2.00
226775823--226775859	18	2.1	18	90	5	58	0	13	5	81	0.86
226782460--226782627	40	4.2	40	79	4	151	24	27	23	25	2.00
226783866--226783902	18	2.1	18	90	5	58	0	13	5	81	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226787171--226787334	40	4.1	40	79	3	168	24	28	22	25	2.00
226795125--226795286	40	4.1	40	80	6	177	24	27	22	25	2.00
226799530--226799636	42	2.5	42	95	0	196	30	14	32	22	1.93
226799645--226799714	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
226807615--226807684	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
226810403--226810580	40	4.5	40	91	2	270	24	28	23	23	2.00
226817679--226817855	40	4.5	40	87	3	252	24	27	23	24	2.00
226817679--226817855	79	2.2	80	87	2	259	24	27	23	24	2.00
226823725--226824523	43	18.7	43	84	4	690	17	33	32	15	1.92
226823761--226824523	85	8.9	85	84	5	807	17	33	32	15	1.92
226825739--226825889	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
226833619--226833769	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
226835806--226835919	57	2.0	57	92	0	192	24	19	21	34	1.96
226835963--226836012	24	2.1	24	84	0	64	18	26	40	16	1.90
226843823--226844125	42	7.2	42	76	11	257	19	34	32	13	1.91
226843805--226844125	84	3.8	84	79	11	331	18	34	31	14	1.92
226845991--226846104	23	5.1	23	82	15	141	26	21	21	30	1.98
226846153--226846211	20	3.0	20	92	0	100	33	22	10	33	1.87
226853768--226853831	31	2.1	31	87	0	92	23	23	17	35	1.95
226854044--226854144	23	4.2	24	90	6	161	28	20	19	30	1.97
226854256--226854303	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
226856082--226856257	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226856078--226856249	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
226859208--226859276	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
226859199--226859286	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
226861669--226861844	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
226861665--226861836	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
226864548--226864637	29	3.1	28	81	9	101	32	40	1	26	1.64
226866331--226866404	28	2.6	28	87	4	105	31	14	22	31	1.94
226874576--226874705	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
226874538--226874705	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
226890110--226890183	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
226890051--226890183	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
226896065--226896213	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
226896106--226896213	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
226904162--226904310	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
226904203--226904310	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
226917198--226917486	24	12.1	24	97	1	501	35	25	17	20	1.95
226917198--226917486	71	4.0	71	96	0	506	35	25	17	20	1.95
226917198--226917486	95	3.0	96	95	2	519	35	25	17	20	1.95
226925254--226925541	24	12.1	24	97	1	492	35	25	18	20	1.95
226925254--226925541	71	4.0	71	95	1	497	35	25	18	20	1.95
226929825--226929960	26	5.2	26	97	0	236	33	5	24	36	1.78
226935630--226935763	26	5.2	26	95	2	218	33	5	24	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226945541--226945707	40	4.2	40	80	2	167	23	27	23	25	2.00
226953518--226953685	40	4.2	40	80	1	167	23	27	23	25	2.00
226953534--226953683	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
226960170--226960272	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
226963307--226963345	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
226963447--226963532	3	28.3	3	95	2	154	67	1	0	31	0.98
226964012--226964047	11	3.2	12	88	11	58	47	0	52	0	1.00
226964130--226964170	12	3.4	12	100	0	82	14	0	7	78	0.96
226964551--226964619	35	2.0	35	94	0	120	21	10	49	18	1.77
226965350--226965546	53	3.5	53	71	18	184	36	22	14	25	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770