genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  67  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19662467--19662637	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
19662462--19662634	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
19663057--19663116	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
19670005--19670134	46	2.8	49	79	14	157	29	27	20	22	1.99
19670007--19670150	46	3.1	44	76	15	141	29	28	20	22	1.98
19670552--19670611	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
19674764--19674808	20	2.2	20	84	7	56	37	15	2	44	1.59
19680448--19680491	20	2.2	20	91	0	70	36	31	2	29	1.70
19680570--19680656	43	2.0	42	82	6	104	29	25	17	27	1.97
19684305--19684507	47	4.3	47	89	4	282	29	29	7	33	1.86
19684355--19684433	25	3.3	25	64	16	67	31	27	5	35	1.79
19684305--19684507	96	2.1	94	87	3	282	29	29	7	33	1.86
19690712--19690781	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
19690789--19690893	41	2.5	42	92	4	178	21	33	15	29	1.94
19696400--19696569	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
19700179--19700528	80	4.4	79	90	1	486	25	21	26	26	2.00
19700179--19700528	40	8.8	40	85	2	436	25	21	26	26	2.00
19705872--19705935	24	2.7	24	97	0	119	37	31	14	17	1.89
19714694--19714825	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
19726077--19726108	16	2.0	16	93	0	55	56	34	0	9	1.32
19728314--19728594	38	6.9	38	76	15	267	29	13	24	32	1.94
19728348--19728511	47	3.7	46	76	17	193	28	14	24	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19728314--19728549	85	2.8	85	93	0	400	28	13	25	32	1.94
19730774--19730891	29	4.1	29	81	4	116	28	12	30	27	1.93
19733539--19733632	28	3.3	28	82	7	118	25	11	30	31	1.91
19735332--19735442	27	4.2	26	82	5	132	36	22	24	16	1.94
19735332--19735442	54	2.1	53	87	1	159	36	22	24	16	1.94
19736835--19736911	24	3.2	24	96	0	136	22	42	2	32	1.67
19739321--19739507	40	4.6	41	86	6	249	25	26	23	24	2.00
19740857--19741027	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
19740849--19741024	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
19743395--19743474	15	5.4	15	77	7	83	58	15	17	8	1.61
19743406--19743483	15	5.2	15	75	9	70	56	16	16	10	1.66
19746429--19746599	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
19746421--19746596	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
19756406--19756495	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
19756401--19756521	54	2.2	54	79	7	129	38	19	9	32	1.84
19756501--19756738	27	8.8	26	89	2	271	28	24	8	38	1.84
19756636--19756886	27	9.2	27	78	10	118	36	20	8	34	1.83
19756690--19756888	27	7.3	27	75	9	136	38	20	8	33	1.83
19756933--19757010	27	2.9	27	75	11	88	37	21	19	21	1.95
19758254--19758310	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
19758252--19758314	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
19758369--19758535	24	7.0	23	87	6	228	29	22	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19758369--19758535	47	3.5	47	88	4	230	29	22	21	26	1.99
19758369--19758534	71	2.3	71	91	3	262	28	22	21	26	1.99
19758728--19758791	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
19762835--19763010	40	4.5	40	86	7	211	26	21	25	27	1.99
19762862--19763043	77	2.3	79	79	12	207	27	21	25	25	2.00
19770201--19770249	20	2.5	20	75	0	53	51	18	20	10	1.75
19772866--19772913	24	2.0	25	83	4	62	16	18	20	43	1.88
19772900--19772951	25	2.1	24	82	3	59	23	21	17	38	1.93
19777763--19777964	96	2.1	97	88	4	300	30	23	15	30	1.95
19779971--19780005	16	2.2	16	94	0	61	42	17	25	14	1.86
19781521--19781680	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
19783513--19783613	28	3.6	27	85	5	139	23	15	32	27	1.95
19785686--19785852	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
19785686--19785852	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
19793656--19793822	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
19793656--19793822	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
19802358--19802401	23	1.9	23	90	0	70	50	22	15	11	1.76
19804324--19804538	40	5.4	40	92	1	326	26	27	22	23	2.00
19813755--19813962	40	5.2	40	82	2	229	25	23	26	24	2.00
19821782--19821949	40	4.2	40	82	0	183	26	23	26	23	2.00
19821782--19821953	80	2.2	80	81	1	202	27	22	25	24	2.00
19823758--19823933	40	4.4	40	87	2	239	24	27	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19826090--19826128	20	1.9	21	84	5	53	33	7	23	35	1.83
19826384--19826418	16	2.2	16	94	0	61	42	17	25	14	1.86
19826635--19826737	28	3.7	28	86	0	152	23	13	32	31	1.93
19827992--19828025	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
19828443--19828510	4	16.8	4	75	17	52	75	0	4	20	0.98
19828442--19828520	25	3.3	25	78	18	89	75	0	5	18	0.97
19828481--19828522	18	2.5	16	88	7	57	83	0	2	14	0.75
19832195--19832254	20	3.0	20	80	9	70	65	1	6	26	1.27
19832195--19832244	10	5.0	10	80	9	57	66	2	6	26	1.26
19835599--19835670	20	3.7	19	82	14	76	61	6	0	31	1.23
19835599--19835670	19	3.7	20	83	14	80	61	6	0	31	1.23
19842369--19842404	16	2.2	16	100	0	72	19	11	27	41	1.85
19847534--19847606	20	3.8	20	71	12	62	32	17	34	15	1.91
19847543--19847606	19	3.3	19	68	12	58	32	18	35	12	1.89
19847534--19847628	39	2.4	39	91	0	145	31	15	34	17	1.92
19851238--19851305	23	2.9	24	85	10	88	20	20	20	38	1.94
19851320--19851384	26	2.6	25	76	11	71	29	24	20	26	1.99
19853487--19853704	40	5.5	40	90	1	323	25	27	23	23	2.00
19857014--19857691	49	13.8	49	96	0	1194	30	30	8	30	1.88
19867008--19867252	40	6.1	40	92	0	391	26	27	20	25	1.99
19869249--19869610	49	7.4	49	94	0	616	30	29	8	31	1.87
19871877--19872095	119	1.8	119	88	5	336	29	21	18	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19873978--19874232	40	6.4	40	92	1	388	27	27	21	23	1.99
19883355--19883479	40	3.1	40	88	4	171	32	20	16	31	1.94
19883335--19883479	43	3.4	43	85	5	206	31	20	15	31	1.94
19885528--19885611	27	3.1	27	82	0	123	40	26	16	16	1.90
19885528--19885651	54	2.3	54	85	0	158	38	23	16	20	1.93
19885528--19885669	27	5.3	27	80	0	122	40	21	17	21	1.92
19885660--19885846	27	6.9	27	83	7	209	29	14	16	39	1.88
19885633--19885803	81	2.1	80	80	8	186	33	14	16	35	1.88
19885661--19885846	81	2.3	81	85	2	241	30	14	16	39	1.88
19885661--19885876	81	2.7	81	83	3	231	29	14	17	38	1.89
19886207--19886245	18	2.2	18	90	0	60	23	25	12	38	1.90
19890708--19890761	20	2.7	19	75	11	54	27	20	31	20	1.97
19893246--19893408	27	6.0	27	87	4	213	40	19	18	22	1.91
19893248--19893410	81	2.0	81	87	2	238	40	17	19	22	1.91
19893420--19893596	27	6.6	27	79	5	178	28	15	16	38	1.90
19893421--19893596	81	2.2	82	85	3	239	28	15	17	38	1.90
19893418--19893634	27	8.0	27	76	4	177	27	15	17	39	1.90
19905806--19905858	24	2.2	24	93	0	88	32	1	43	22	1.64
19907250--19907360	27	4.2	26	87	5	150	15	24	24	36	1.94
19909369--19909462	28	3.3	29	79	2	93	23	13	32	29	1.93
19911332--19911611	40	7.0	40	88	2	395	23	23	27	25	2.00
19915241--19915289	24	2.0	24	100	0	98	42	4	8	44	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19918520--19918601	21	3.9	21	79	6	103	41	15	26	15	1.88
19918517--19918601	42	2.0	42	86	4	118	42	15	25	16	1.87
19919421--19919445	11	2.3	11	100	0	50	24	0	24	52	1.48
19925989--19926234	49	4.9	50	81	2	298	26	18	27	28	1.98
19938109--19938234	47	2.7	47	93	0	216	34	6	30	28	1.82
19944386--19944538	40	3.8	40	92	2	229	24	28	23	24	2.00
19950627--19950897	49	5.7	48	90	3	388	33	8	29	28	1.87
19957102--19957256	40	3.9	40	93	0	274	26	27	23	23	2.00
19960489--19960514	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
19969258--19969286	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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