Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  116  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33202350--33202406
21
2.7
21
97
0
105
3
5
50
40
1.42
33202435--33202500
28
2.4
28
86
0
87
24
22
25
27
2.00
33203806--33203835
15
2.1
14
93
6
51
46
43
0
10
1.37
33204799--33204836
19
2.0
19
89
0
58
13
2
50
34
1.55
33208858--33208886
11
2.6
11
100
0
58
37
0
13
48
1.43
33214337--33214371
16
2.2
16
94
0
61
31
31
8
28
1.87
33215702--33215743
21
2.1
21
87
12
63
45
2
4
47
1.36
33216522--33216568
21
2.1
24
84
11
64
63
4
2
29
1.25
33219503--33219660
79
2.0
79
100
0
316
46
11
10
31
1.73
33221628--33221684
27
2.1
28
83
3
71
43
3
15
36
1.64
33223704--33223767
2
32.0
2
100
0
128
50
0
0
50
1.00
33224093--33224321
116
2.0
116
90
1
361
40
7
5
46
1.55
33224197--33224494
138
2.1
140
88
3
451
40
7
5
46
1.53
33224286--33224494
69
3.0
70
64
19
166
42
6
5
45
1.53
33224746--33224874
63
2.0
63
100
0
258
34
20
15
30
1.93
33225420--33225481
29
2.1
31
83
16
80
54
14
6
24
1.63
33231745--33231814
27
2.6
27
90
2
113
31
27
12
28
1.93
33233447--33233684
49
4.8
49
85
2
296
29
26
18
25
1.98
33233447--33233691
101
2.5
100
84
2
323
28
27
18
24
1.98
33235824--33235888
15
4.4
15
76
16
64
64
13
12
9
1.49
33235824--33235892
30
2.3
31
80
14
83
62
17
11
8
1.53
33237720--33237868
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33237761--33237868
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
33245835--33245983
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
33245876--33245983
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
33271247--33271292
20
2.3
21
82
14
62
26
17
28
28
1.98
33272962--33273266
27
11.6
27
71
12
100
38
22
7
31
1.82
33273063--33273176
54
2.1
54
80
6
124
32
21
7
39
1.80
33273194--33273269
27
2.8
28
92
4
120
39
25
7
27
1.83
33273251--33273418
27
6.3
27
85
1
221
33
19
22
25
1.97
33273196--33273419
54
4.2
53
81
5
202
35
19
18
25
1.95
33273821--33273963
6
23.3
6
73
14
114
19
17
14
48
1.81
33273843--33273954
43
2.6
43
98
0
215
18
18
14
48
1.81
33275933--33276001
27
2.5
26
84
9
84
43
23
5
27
1.76
33276006--33276094
27
3.3
27
85
0
124
30
20
8
40
1.83
33276046--33276158
27
4.2
27
81
0
109
38
24
6
30
1.80
33276008--33276123
54
2.1
54
80
3
135
31
20
7
39
1.81
33276146--33276214
27
2.6
27
83
0
93
36
24
11
27
1.90
33276197--33276365
27
6.3
27
90
0
239
33
19
21
24
1.97
33276768--33276897
6
21.3
6
75
12
122
20
15
13
50
1.77
33278847--33279152
27
11.6
27
74
7
128
38
20
8
31
1.84
33279013--33279123
54
2.1
54
84
0
141
40
23
8
27
1.83
33279137--33279242
27
3.9
27
88
0
167
34
18
21
24
1.96
33279083--33279242
81
2.0
81
80
7
182
36
19
17
26
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33282519--33282588
25
2.8
25
82
0
86
27
22
22
27
1.99
33282569--33282615
25
2.0
24
83
8
60
29
21
23
25
1.99
33282808--33282890
31
2.7
31
96
3
152
28
16
26
27
1.97
33282902--33282955
29
1.9
28
81
7
65
25
22
22
29
1.99
33288988--33289109
22
5.3
22
65
30
67
24
27
13
34
1.93
33288985--33289230
47
5.2
47
94
0
429
25
27
12
35
1.91
33289104--33289181
23
3.2
25
65
23
67
29
26
10
33
1.89
33291531--33291556
13
2.0
13
100
0
52
61
7
0
30
1.24
33293078--33293234
28
5.5
28
74
6
136
30
29
18
21
1.97
33293105--33293206
29
3.6
29
77
7
109
29
32
16
21
1.95
33293078--33293238
57
2.8
57
89
0
232
30
30
18
21
1.96
33293266--33293639
40
9.4
40
92
0
586
25
27
21
25
1.99
33295080--33295170
46
2.0
46
82
4
112
28
30
5
35
1.80
33295187--33295308
22
5.3
22
65
30
67
24
27
13
34
1.93
33295150--33295429
47
6.0
47
92
0
436
25
28
11
34
1.91
33295232--33295356
22
5.4
22
66
26
80
24
28
13
33
1.93
33297718--33297743
13
2.0
13
100
0
52
61
7
0
30
1.24
33298901--33298983
3
27.7
3
97
0
157
65
0
1
33
1.01
33302091--33302195
40
2.7
38
78
7
120
40
36
7
16
1.77
33311165--33311313
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
33311206--33311313
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
33318700--33318885
40
4.7
40
87
5
234
27
27
20
23
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33321252--33321510
27
9.6
27
82
2
272
30
11
20
37
1.88
33323992--33324199
40
5.2
40
84
0
236
25
22
26
25
2.00
33333941--33333974
16
2.1
16
100
0
68
52
23
0
23
1.47
33335319--33335352
17
2.0
17
88
0
50
52
2
2
41
1.31
33335368--33335400
16
2.1
16
100
0
66
48
6
18
27
1.71
33336359--33336398
20
2.0
20
100
0
80
30
10
15
45
1.78
33336344--33336408
34
1.9
33
84
9
87
35
9
13
41
1.77
33344134--33344244
47
2.4
47
84
6
154
35
23
16
25
1.95
33345000--33345033
4
8.2
4
90
3
50
0
26
0
73
0.83
33351377--33351487
47
2.4
47
84
6
154
35
23
16
25
1.95
33358630--33358740
47
2.4
47
84
6
154
35
23
16
25
1.95
33364337--33364509
46
3.7
46
78
10
199
21
20
27
30
1.98
33364334--33364504
93
1.8
93
94
0
306
21
20
28
29
1.98
33364734--33364771
19
2.0
20
85
15
53
36
0
23
39
1.55
33372476--33372603
40
3.2
40
83
2
168
22
24
28
25
2.00
33379605--33379687
41
2.0
41
97
0
157
32
30
7
30
1.84
33390545--33390715
46
3.7
45
79
13
172
19
22
30
27
1.98
33397971--33398071
29
3.5
29
93
0
166
31
15
22
29
1.95
33400805--33400839
2
17.5
2
100
0
70
48
0
0
51
1.00
33405900--33406117
40
5.5
40
88
3
282
25
27
23
23
2.00
33408671--33408740
28
2.5
28
86
9
90
28
14
25
31
1.95
33427358--33427408
25
2.0
25
81
7
59
29
19
19
31
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33427452--33427486
10
3.4
10
92
7
61
34
17
17
31
1.93
33427447--33427486
21
1.9
21
94
0
71
37
17
15
30
1.90
33427446--33427498
21
2.5
20
84
3
70
37
16
13
32
1.88
33433545--33433712
36
4.7
37
78
15
176
23
23
28
23
2.00
33433542--33433712
68
2.4
70
83
13
199
24
23
28
23
2.00
33433648--33433707
31
2.0
31
90
9
97
25
25
28
21
1.99
33444532--33444956
44
9.7
44
71
12
187
36
21
21
20
1.96
33444666--33444904
43
5.5
42
76
9
228
35
23
20
20
1.96
33444533--33444955
132
3.2
131
87
4
561
35
21
21
20
1.96
33444536--33444956
45
9.6
45
73
11
297
36
21
21
20
1.96
33444839--33445076
86
2.7
88
88
4
367
35
22
22
19
1.96
33446505--33446552
3
15.7
3
83
12
62
33
0
2
64
1.05
33446538--33446605
25
2.7
24
75
11
64
36
7
1
54
1.37
33446705--33446750
25
1.9
23
82
8
56
28
10
0
60
1.30
33450667--33450741
37
2.1
36
87
2
105
40
9
13
37
1.77
33452547--33452613
33
2.0
33
100
0
134
40
14
17
26
1.89
33454795--33454836
15
2.5
17
81
14
52
38
0
0
61
0.96
33454794--33454834
16
2.5
17
76
11
50
36
0
0
63
0.95
33457706--33457976
63
4.3
62
77
6
251
27
21
26
24
1.99
33457718--33457992
124
2.2
124
80
6
281
26
21
28
24
1.99
33458601--33458648
21
2.3
21
88
0
69
14
27
39
18
1.90
33479314--33479464
43
3.5
42
82
7
187
30
23
15
29
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
33484069--33484280
46
4.5
47
80
4
214
30
19
27
23
1.98
33484069--33484280
94
2.3
92
86
4
291
30
19
27
23
1.98
33504861--33505073
46
4.6
46
80
6
261
22
20
27
29
1.99
33516729--33516930
43
4.7
43
75
5
185
36
23
12
27
1.91
33516726--33516929
86
2.4
87
79
4
209
36
23
12
27
1.91
33523129--33523336
40
5.2
40
82
2
202
25
23
25
25
2.00
33523131--33523336
80
2.6
80
83
3
236
25
23
26
24
2.00
33531180--33531387
40
5.2
40
82
2
202
25
23
25
25
2.00
33531182--33531387
80
2.6
80
83
3
236
25
23
26
24
2.00
33539971--33540048
39
2.0
39
100
0
156
30
23
12
33
1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770