genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.350.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  350  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107280987--107281042	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
107282222--107282257	8	4.5	8	89	0	54	55	22	19	2	1.56
107282540--107282591	26	2.0	26	81	7	61	38	25	13	23	1.91
107287933--107287966	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
107290241--107290282	2	20.5	2	86	13	59	47	4	0	47	1.23
107290241--107290274	15	2.3	15	94	0	59	47	2	0	50	1.16
107290241--107290282	13	2.9	14	86	13	59	47	4	0	47	1.23
107294422--107294529	27	4.0	26	85	5	119	35	23	23	18	1.96
107294422--107294529	54	2.0	53	85	5	146	35	23	23	18	1.96
107296145--107296253	26	4.2	26	96	1	184	36	24	4	33	1.76
107297325--107297350	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
107298209--107298247	2	19.5	2	89	0	60	51	0	2	46	1.14
107298343--107298371	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
107301647--107301781	26	5.2	26	94	1	227	36	25	5	33	1.78
107301647--107301781	51	2.6	52	96	1	245	36	25	5	33	1.78
107305872--107305923	25	2.0	26	85	3	70	26	13	23	36	1.92
107307403--107307537	26	5.2	26	92	1	227	37	24	5	33	1.78
107310063--107310238	40	4.5	40	82	5	171	23	26	22	27	1.99
107318080--107318248	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
107325802--107326011	39	5.3	40	92	1	282	25	28	21	25	1.99
107325800--107326064	40	6.7	40	84	6	274	25	27	21	24	1.99
107329173--107329198	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107331594--107331667	38	1.9	38	81	5	87	36	20	21	21	1.95
107349181--107349368	40	4.7	40	88	3	281	24	23	26	25	2.00
107349181--107349391	80	2.7	79	83	7	277	25	23	26	25	2.00
107357838--107357876	18	2.2	19	86	9	55	30	28	23	17	1.97
107360334--107360376	23	1.9	22	90	4	68	13	6	27	51	1.67
107364645--107364683	20	2.0	19	85	14	53	41	28	5	25	1.77
107366272--107366351	43	2.0	41	85	11	112	48	2	17	31	1.60
107373496--107373667	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
107373488--107373663	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
107376044--107376132	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
107376044--107376123	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
107376055--107376132	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
107382360--107382459	27	3.5	28	84	5	121	34	28	13	25	1.93
107383302--107383326	7	3.6	7	100	0	50	60	28	0	12	1.32
107393844--107393973	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
107398719--107398836	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
107398687--107398850	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
107406215--107406377	70	2.3	71	98	1	319	34	17	28	19	1.94
107407651--107407784	46	2.9	48	78	13	163	29	27	20	22	1.98
107407652--107407803	46	3.3	46	74	19	147	29	27	19	23	1.98
107408210--107408269	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
107409569--107409733	40	4.2	40	91	1	253	30	24	23	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107415277--107415338	31	2.0	31	90	0	97	29	20	29	20	1.98
107429979--107430059	30	2.7	30	92	0	135	29	9	28	32	1.89
107437535--107437638	40	2.5	40	81	4	118	30	15	24	29	1.95
107437618--107437692	28	2.7	28	80	0	87	32	18	24	25	1.97
107444195--107444223	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
107449502--107449526	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
107451556--107451586	16	2.0	15	93	6	53	51	6	0	41	1.27
107451850--107451883	17	2.0	17	88	0	50	64	2	0	32	1.08
107451995--107452044	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
107452826--107452964	44	3.2	42	82	9	140	25	16	24	33	1.96
107452843--107452964	42	2.8	44	79	10	137	25	16	24	33	1.96
107455527--107455698	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
107455519--107455694	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
107464528--107464839	98	3.3	95	82	5	326	24	26	19	29	1.98
107464571--107464842	49	5.7	49	79	7	281	23	27	20	29	1.99
107465502--107465544	20	2.3	18	81	14	52	37	20	0	41	1.53
107467436--107467514	40	2.0	40	95	5	142	27	21	12	37	1.90
107472225--107472413	40	4.8	39	76	8	159	25	22	28	23	2.00
107477958--107478087	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
107487970--107488188	24	9.1	24	97	0	375	36	25	18	20	1.95
107495952--107496170	24	9.1	24	97	0	375	36	25	18	20	1.95
107502570--107502596	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107504466--107504625	47	3.4	45	78	7	160	25	28	17	28	1.97
107521217--107521376	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
107529388--107529547	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
107532386--107532595	40	5.3	40	85	4	266	26	26	23	24	2.00
107540375--107540593	40	5.6	40	84	3	266	25	26	23	24	2.00
107540375--107540593	120	1.8	117	89	2	339	25	26	23	24	2.00
107545213--107545287	12	6.6	11	73	14	64	77	4	4	14	1.06
107545228--107545287	6	10.2	6	83	8	70	78	3	3	15	1.01
107545235--107545287	16	3.1	17	86	5	72	79	3	1	15	0.96
107545213--107545284	34	2.2	33	82	7	83	77	4	4	13	1.06
107551780--107551999	51	4.3	51	77	2	174	27	16	24	31	1.96
107551941--107552062	51	2.4	51	80	5	131	27	15	27	28	1.96
107556572--107556779	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
107556574--107556779	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
107558261--107558442	78	2.3	81	84	6	239	26	27	21	24	1.99
107558259--107558442	40	4.7	40	83	8	234	26	27	21	24	1.99
107559489--107559597	56	2.0	53	82	12	132	36	18	16	28	1.92
107560793--107560959	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
107567488--107567597	56	2.0	54	82	10	134	37	18	16	28	1.92
107568790--107568956	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
107575743--107575959	46	4.7	44	77	14	163	29	17	29	23	1.97
107585310--107585487	40	4.5	40	88	3	227	22	24	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107589410--107589598	49	3.9	49	90	2	292	34	8	27	29	1.87
107589409--107589598	96	2.0	96	92	0	317	34	8	27	28	1.87
107589555--107589800	123	2.0	123	99	0	483	32	8	26	32	1.87
107589662--107589697	18	2.0	18	88	0	54	33	11	22	33	1.89
107589614--107589752	75	2.0	69	83	12	176	32	9	26	31	1.88
107589713--107589912	48	4.2	48	96	0	364	34	6	27	32	1.82
107589506--107589848	171	2.0	172	88	5	507	32	8	27	31	1.86
107589952--107590042	37	2.4	37	96	1	164	23	18	32	25	1.97
107594382--107594546	45	3.6	44	76	14	147	27	29	20	23	1.99
107594382--107594550	92	1.8	92	88	1	257	27	28	20	23	1.99
107599498--107599571	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
107607293--107607366	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
107612635--107612808	46	3.8	45	78	14	185	28	28	20	22	1.99
107612640--107612827	46	4.1	46	70	21	135	27	28	20	22	1.99
107618732--107618909	40	4.5	40	89	3	227	23	24	28	24	2.00
107624790--107624815	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
107626386--107626569	67	2.8	64	79	10	205	28	16	30	23	1.96
107626362--107626515	67	2.3	64	83	7	182	32	16	29	22	1.95
107630694--107630833	55	2.5	55	79	4	140	15	27	30	27	1.96
107635726--107635989	47	5.6	47	73	15	183	25	18	31	24	1.97
107651776--107651882	28	3.8	28	92	0	160	29	25	10	34	1.89
107656837--107656932	28	3.5	28	75	2	113	28	33	21	16	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107656807--107656950	55	2.5	56	89	5	218	29	35	17	17	1.93
107660447--107660572	28	4.5	28	85	6	112	30	14	26	27	1.95
107660476--107660572	28	3.6	27	90	5	142	31	14	26	26	1.95
107664398--107664500	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
107672400--107672502	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
107676974--107677142	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
107680231--107680255	13	1.9	13	100	0	50	24	24	32	20	1.98
107682871--107683054	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
107682911--107683099	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
107707519--107707627	28	3.9	28	82	1	130	36	18	24	20	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770