genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  81  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23885974--23886215	124	2.0	124	98	0	466	33	6	28	32	1.83
23885927--23886263	172	2.0	172	97	0	638	33	6	28	32	1.83
23886095--23886390	146	2.0	144	92	1	493	34	6	28	30	1.83
23886095--23886381	98	2.9	98	94	1	488	34	6	28	30	1.83
23886531--23886639	37	2.9	37	91	0	173	22	19	31	26	1.98
23890433--23890580	40	3.7	40	92	1	235	23	21	29	25	1.99
23890433--23890600	40	4.2	40	89	0	230	22	20	29	27	1.99
23892994--23893063	31	2.3	31	92	0	122	37	8	12	41	1.74
23892999--23893054	15	3.7	15	79	13	69	39	7	10	42	1.67
23902606--23902706	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
23902635--23902710	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
23910494--23910594	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
23910523--23910598	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
23916199--23916399	53	3.7	53	77	4	197	36	19	23	19	1.95
23916196--23916392	109	1.8	108	86	3	288	37	20	23	18	1.94
23924541--23924811	135	2.0	136	97	0	517	34	22	20	22	1.97
23934319--23934402	43	2.0	43	95	0	150	27	32	17	22	1.97
23940661--23940692	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
23947824--23947916	43	2.2	43	84	3	116	26	24	16	32	1.96
23950602--23950977	48	7.8	48	75	5	307	25	19	28	26	1.99
23950631--23950978	194	1.8	190	84	3	473	25	20	28	26	1.99
23955312--23955424	27	4.2	26	85	8	136	37	23	23	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23955312--23955424	55	2.1	54	86	5	156	37	23	23	16	1.94
23957547--23957580	12	2.6	13	90	9	52	38	14	20	26	1.91
23960767--23960876	31	3.6	31	96	1	195	29	25	18	27	1.98
23960905--23960996	42	2.2	42	94	3	159	34	20	13	31	1.91
23961144--23961213	25	2.8	25	89	4	97	24	24	27	24	2.00
23962139--23962236	27	3.6	27	81	13	110	33	9	17	39	1.81
23962226--23962412	54	3.5	52	84	7	223	29	10	21	38	1.86
23962226--23962421	81	2.4	80	82	6	234	29	10	22	37	1.87
23962227--23962379	27	5.7	27	89	2	236	29	7	22	39	1.82
23962411--23962594	27	6.8	27	84	2	226	40	7	22	29	1.81
23962411--23962605	81	2.4	82	86	4	261	40	8	21	29	1.83
23966097--23966214	43	2.8	42	79	12	141	30	25	19	24	1.98
23971287--23971343	30	1.9	30	85	0	78	43	8	17	29	1.79
23973346--23973372	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
23978878--23978950	29	2.5	29	90	0	92	24	31	16	27	1.96
23980117--23980172	24	2.3	24	84	9	69	7	16	1	75	1.11
23997246--23997306	24	2.5	24	86	5	79	19	16	29	34	1.94
24006328--24006379	23	2.3	23	80	12	63	28	17	30	23	1.97
24009841--24009876	16	2.3	15	86	9	54	63	0	0	36	0.94
24014560--24014595	16	2.3	15	86	9	54	63	0	0	36	0.94
24015268--24015385	43	2.8	42	71	22	102	32	25	18	23	1.97
24017311--24017367	26	2.2	26	80	3	60	26	17	19	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24019798--24019984	93	2.0	93	100	0	374	36	17	8	37	1.80
24020132--24020244	43	2.7	43	90	1	165	30	26	17	25	1.98
24027399--24027565	40	4.2	41	80	5	164	24	26	22	26	2.00
24028388--24028433	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
24035408--24035574	40	4.2	41	80	5	164	24	26	22	26	2.00
24036398--24036443	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
24041888--24041942	24	2.3	24	78	6	58	16	18	21	43	1.88
24045354--24045512	42	3.7	42	85	7	187	25	15	23	35	1.94
24045330--24045531	85	2.4	85	80	9	250	24	16	24	34	1.95
24045333--24045531	42	4.7	42	78	10	174	24	16	25	34	1.95
24048021--24048210	29	6.6	29	80	4	161	24	32	15	27	1.95
24048022--24048211	58	3.3	58	78	2	186	24	32	16	26	1.96
24048848--24049143	142	2.1	142	98	0	565	39	29	10	21	1.86
24055966--24056157	29	6.6	29	80	4	165	24	32	15	27	1.95
24055967--24056155	58	3.3	58	78	3	184	24	32	15	26	1.96
24056789--24057086	143	2.1	143	99	0	587	38	29	10	21	1.86
24061114--24061171	24	2.5	24	88	2	91	20	15	22	41	1.90
24081423--24081471	20	2.4	21	82	6	64	71	0	10	18	1.13
24082197--24082284	24	3.7	24	84	6	108	29	17	28	25	1.97
24086752--24087155	27	15.0	27	74	6	246	40	17	15	26	1.89
24086749--24087153	54	7.5	54	81	4	322	40	16	15	27	1.89
24086754--24087153	81	5.0	80	82	3	376	40	16	15	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24088960--24089119	56	2.9	54	83	3	194	21	16	32	28	1.96
24092965--24092994	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
24096812--24096845	17	2.0	17	88	11	52	29	14	11	44	1.81
24099138--24099189	26	2.0	26	100	0	104	38	3	15	42	1.65
24100377--24100479	54	1.9	54	84	4	136	26	24	28	21	1.99
24100384--24100503	54	2.2	54	80	0	132	25	24	27	22	2.00
24100628--24100680	21	2.5	21	84	3	70	32	15	9	43	1.78
24101807--24101854	24	1.9	26	83	8	64	37	0	10	52	1.36
24105792--24105842	20	2.4	22	83	6	70	33	1	0	64	1.05
24105792--24105857	23	2.9	24	78	17	70	33	4	0	62	1.16
24105885--24105945	30	2.1	29	84	9	79	24	6	6	62	1.44
24112885--24112989	44	2.4	44	87	4	140	24	21	25	27	2.00
24113868--24113958	42	2.1	43	84	9	116	27	26	18	27	1.98
24116414--24116537	27	4.6	27	85	2	169	41	20	7	30	1.79
24116384--24116537	54	2.9	54	85	3	150	42	20	7	30	1.79
24116414--24116566	81	1.9	81	86	5	220	40	19	9	30	1.83
24116520--24116581	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
24116414--24116564	54	2.8	54	85	4	162	41	19	9	29	1.83
24117201--24117297	28	3.5	28	91	4	153	45	25	8	20	1.79
24120080--24120123	21	2.1	21	86	0	61	15	43	18	22	1.88
24120868--24120927	31	1.9	31	89	0	93	26	20	16	36	1.93
24121140--24121222	25	3.4	25	90	5	125	31	20	20	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24121156--24121247	25	3.7	24	88	4	121	28	21	23	26	1.99
24121295--24121361	20	3.3	20	95	4	118	34	19	10	35	1.86
24121281--24121361	40	2.0	39	84	13	103	34	18	11	35	1.86
24121295--24121350	11	5.5	11	75	16	66	33	19	10	35	1.87
24121295--24121367	9	7.4	10	73	17	64	35	19	9	35	1.84
24124324--24124491	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
24140511--24140571	24	2.5	24	86	5	79	19	16	29	34	1.94
24145642--24145828	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
24145665--24145828	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
24145665--24145862	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
24153206--24153392	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
24153229--24153392	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
24153229--24153426	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
24156572--24156628	17	3.0	20	85	15	93	35	10	21	33	1.87
24156676--24156814	24	6.0	24	87	9	173	28	21	22	27	1.99
24157003--24157065	31	2.1	31	93	3	110	39	15	20	23	1.91
24159866--24160023	27	5.9	27	90	2	230	40	20	7	31	1.80
24159871--24160077	81	2.6	80	81	6	229	40	21	7	29	1.81
24159871--24160149	27	10.4	27	84	2	208	37	21	8	32	1.83
24160073--24160473	27	14.9	27	85	3	470	28	23	8	39	1.83
24160046--24160525	27	17.8	27	80	6	305	30	23	7	37	1.83
24160452--24160535	27	3.1	28	76	10	93	40	26	7	26	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24160543--24160598	27	2.1	26	83	9	69	37	10	12	39	1.78
24160652--24160716	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
24161871--24161918	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
24161962--24162020	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
24162071--24162213	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
24162071--24162213	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
24162071--24162214	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
24162405--24162468	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
24193002--24193224	27	8.4	26	84	2	169	39	20	8	31	1.82
24193013--24193169	27	5.9	27	87	4	212	40	19	7	31	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770