genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.352.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  352  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108023804--108023933	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
108031169--108031312	39	3.7	39	90	0	234	26	20	30	22	1.98
108031170--108031352	78	2.3	79	89	1	269	24	22	30	22	1.99
108034511--108034701	39	4.8	40	87	0	208	24	31	21	22	1.98
108034547--108034711	39	4.2	39	89	1	251	24	31	20	24	1.98
108035018--108035073	26	2.2	25	96	3	103	30	33	14	21	1.93
108042471--108042633	39	4.2	38	88	3	229	24	31	19	24	1.98
108048968--108049111	39	3.7	39	90	0	225	27	20	29	22	1.99
108057734--108057882	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
108057775--108057882	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
108065867--108065973	39	2.7	38	87	7	135	21	28	26	23	1.99
108065867--108066016	40	3.8	39	79	7	142	22	26	24	26	2.00
108074539--108074602	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
108074794--108074960	24	7.0	24	93	3	257	26	22	22	28	1.99
108074793--108074960	71	2.3	71	90	4	257	26	22	22	29	1.99
108075011--108075070	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
108075113--108075160	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
108076317--108076381	26	2.5	26	85	7	87	20	23	20	36	1.95
108076442--108076635	27	7.1	27	78	5	140	34	9	19	36	1.84
108076495--108076888	54	7.4	54	80	4	242	37	8	22	31	1.85
108076531--108076888	81	4.5	81	79	3	283	38	8	22	30	1.84
108076558--108076875	27	11.9	27	86	4	396	39	9	22	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108076827--108077046	27	8.3	27	80	8	143	32	8	20	38	1.83
108076897--108077064	51	3.2	52	81	11	191	33	7	19	39	1.80
108076926--108077063	26	5.3	26	80	6	127	32	7	18	41	1.78
108079847--108079910	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
108080102--108080268	24	7.0	24	93	3	257	26	22	22	28	1.99
108080101--108080268	71	2.3	71	90	4	257	26	22	22	29	1.99
108080319--108080378	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
108080421--108080468	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
108081625--108081689	26	2.5	26	85	7	87	20	23	20	36	1.95
108081742--108081797	27	2.1	26	83	9	69	39	12	10	37	1.78
108081750--108081888	27	5.0	27	71	14	95	30	8	20	40	1.83
108081804--108082365	27	20.9	27	83	4	181	35	8	22	33	1.84
108081867--108082187	54	5.9	54	84	4	387	39	9	23	27	1.85
108081842--108082171	81	4.1	81	83	4	387	39	8	23	28	1.84
108082238--108082377	26	5.3	26	85	0	145	32	7	18	42	1.77
108087011--108087162	47	3.2	47	98	0	286	27	30	7	33	1.85
108093943--108094113	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
108101950--108102050	39	2.5	40	85	1	132	30	22	24	21	1.99
108101950--108102100	40	3.8	40	84	4	180	28	22	25	23	1.99
108101946--108102117	40	4.4	38	77	10	161	29	21	26	23	1.99
108105221--108105324	29	3.6	28	84	5	136	29	16	25	27	1.97
108113211--108113314	29	3.6	28	84	5	136	29	16	25	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108117211--108117314	29	3.6	28	84	5	136	29	16	25	27	1.97
108123532--108123637	27	3.9	28	85	7	139	33	20	24	21	1.97
108123532--108123635	55	1.9	54	88	5	156	32	21	24	22	1.98
108127489--108127622	27	4.9	28	87	1	157	35	20	21	23	1.96
108127516--108127622	55	1.9	55	86	3	153	34	21	21	22	1.97
108127726--108127791	26	2.5	26	85	9	89	28	10	25	34	1.89
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108150718--108150927	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
108156863--108156918	21	2.7	21	80	0	58	23	25	32	19	1.98
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108160731--108160759	14	2.0	15	93	6	51	24	0	20	55	1.44
108160862--108160895	16	2.1	17	88	5	52	26	5	23	44	1.76
108163251--108163328	28	2.8	27	88	3	102	30	23	15	30	1.95
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108180282--108180450	43	4.0	42	79	7	198	25	17	26	30	1.98
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108187188--108187320	60	2.3	58	84	2	158	24	30	15	29	1.96
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108206737--108206908	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
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108218241--108218288	21	2.3	21	78	7	53	22	22	35	18	1.96
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108228872--108228998	45	2.8	45	81	1	148	30	25	14	29	1.95
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108242498--108242567	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
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108242498--108242579	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
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108250424--108250505	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
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108306525--108306602	31	2.6	30	93	2	129	30	20	28	20	1.98
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108320656--108320829	79	2.2	78	79	11	185	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108328620--108328809	40	4.7	40	86	3	247	24	22	25	27	2.00
108328620--108328832	40	5.3	40	78	12	176	25	21	25	27	1.99
108328624--108328832	80	2.6	78	82	8	226	25	21	25	27	1.99
108331171--108331392	40	5.9	38	83	13	264	23	19	28	28	1.98
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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