Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  649  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
204006781--204006927
44
3.4
44
76
16
160
37
2
12
46
1.57
204006781--204006965
96
2.0
90
85
9
250
37
2
12
47
1.56
204006721--204006934
114
1.9
114
83
5
254
37
1
13
46
1.54
204007039--204007094
15
3.8
15
76
21
64
51
0
1
46
1.11
204007304--204008183
356
2.5
358
98
0
1710
37
11
15
35
1.84
204008407--204008435
15
1.9
15
100
0
58
48
20
6
24
1.74
204008640--204009005
183
2.0
183
98
0
705
42
14
15
27
1.86
204011640--204011697
25
2.2
27
87
9
93
34
0
41
24
1.55
204011648--204011703
26
2.2
26
96
3
105
30
0
51
17
1.46
204011984--204012041
28
2.1
28
83
6
73
36
29
1
32
1.68
204012018--204012061
21
2.1
21
91
0
70
34
34
2
29
1.70
204012297--204012341
21
2.1
21
91
0
72
44
35
0
20
1.51
204012415--204012746
41
8.1
41
88
2
422
21
23
20
35
1.96
204013624--204013651
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
204019543--204019716
40
4.3
40
83
3
190
26
23
26
23
2.00
204019543--204019716
79
2.2
81
79
5
192
26
23
26
23
2.00
204027584--204027764
40
4.5
40
85
3
213
26
23
26
23
2.00
204027620--204027790
80
2.1
80
81
2
191
28
24
25
22
2.00
204039921--204040050
40
3.3
39
85
4
163
22
28
23
26
1.99
204039937--204040082
40
3.8
39
85
12
164
21
28
23
26
1.99
204039945--204040122
40
4.7
38
79
13
161
20
26
23
28
1.99
204042737--204042820
27
3.1
27
89
3
125
21
26
21
30
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
204042880--204043096
27
8.0
27
78
7
190
32
9
17
40
1.82
204042890--204043137
27
9.1
27
79
6
162
32
8
19
39
1.83
204042972--204043175
54
3.8
54
81
3
151
35
9
20
34
1.84
204043088--204043291
27
7.6
27
85
6
229
41
9
21
27
1.83
204043063--204043291
81
2.8
81
81
3
203
41
9
20
28
1.84
204043098--204043291
54
3.6
54
86
4
266
42
9
21
26
1.84
204043295--204043393
27
3.7
26
78
8
101
31
10
19
39
1.85
204043304--204043408
27
3.9
26
77
7
66
35
9
17
38
1.82
204046121--204046182
31
2.1
29
90
6
97
24
20
14
40
1.90
204046372--204046539
24
7.0
24
90
3
250
26
20
23
29
1.99
204046584--204046624
20
2.0
20
95
0
73
34
21
9
34
1.87
204047334--204047397
31
2.1
31
96
0
119
23
21
15
39
1.92
204047589--204047729
47
3.0
47
89
7
198
26
22
21
29
1.99
204047589--204047729
23
6.0
24
90
6
200
26
22
21
29
1.99
204047780--204047840
20
3.0
20
85
4
95
34
19
11
34
1.88
204047883--204047930
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
204051848--204051931
27
3.1
27
89
3
125
21
26
21
30
1.98
204051993--204052048
27
2.1
27
84
15
73
39
8
8
42
1.68
204052083--204052208
27
4.7
27
88
0
189
30
8
19
40
1.82
204052002--204052207
81
2.5
81
81
4
227
32
8
17
41
1.79
204052002--204052276
27
10.1
27
81
5
160
34
8
18
37
1.82
204052080--204052233
81
1.9
81
80
0
182
33
8
20
37
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
204052174--204052403
81
2.8
81
82
3
205
40
9
21
28
1.85
204052201--204052403
27
7.5
27
87
4
268
40
9
22
27
1.85
204052408--204052469
27
2.3
27
86
5
81
29
11
22
37
1.89
204053504--204062880
541
17.5
541
94
2
16722
33
11
18
37
1.86
204067479--204067627
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
204067520--204067627
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
204075585--204075733
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
204075626--204075733
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
204078796--204078902
40
2.7
40
79
5
117
28
24
24
23
2.00
204081578--204081721
39
3.7
39
90
0
234
26
21
29
22
1.99
204081579--204081761
78
2.3
79
89
1
269
24
22
29
22
1.99
204087647--204087684
20
1.9
20
89
10
60
42
10
10
36
1.74
204097105--204097272
40
4.2
40
79
1
158
22
27
23
26
2.00
204097121--204097270
80
1.9
80
84
5
205
21
27
24
26
1.99
204104277--204104443
40
4.2
40
79
2
158
22
27
23
26
2.00
204104293--204104441
80
1.9
79
84
6
203
21
27
24
26
1.99
204115525--204115712
40
4.7
40
87
1
234
24
26
23
25
2.00
204115525--204115709
79
2.3
79
83
2
228
24
26
22
25
2.00
204123612--204123778
40
4.2
40
82
1
194
25
27
22
25
2.00
204123603--204123778
79
2.2
79
82
4
212
25
27
22
25
2.00
204128923--204128986
33
1.9
33
100
0
128
31
21
21
25
1.98
204129037--204129119
31
2.7
30
83
7
96
27
24
15
32
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
204130947--204131016
27
2.5
28
93
2
115
27
14
28
30
1.95
204130947--204131028
27
3.0
27
84
8
69
28
15
25
30
1.96
204134707--204134910
51
4.0
51
94
1
340
34
9
26
29
1.88
204134710--204134914
100
2.0
101
93
1
349
34
9
25
30
1.87
204136532--204136791
40
6.6
40
84
7
246
24
20
28
26
1.99
204140570--204140856
49
5.9
49
95
1
506
33
9
27
29
1.88
204140813--204141058
123
2.0
123
99
0
483
32
8
26
32
1.87
204140920--204140955
18
2.0
18
88
0
54
33
11
22
33
1.89
204140872--204141010
75
2.0
69
83
12
176
32
9
26
31
1.88
204140971--204141121
48
3.2
48
96
1
277
33
6
27
31
1.83
204141161--204141251
37
2.4
37
96
1
164
23
18
32
25
1.97
204143146--204143411
40
6.7
40
82
8
161
24
19
28
27
1.99
204143272--204143415
40
3.6
40
95
0
245
25
21
27
25
1.99
204147192--204147480
49
5.9
49
94
2
492
33
8
27
29
1.87
204147191--204147480
96
3.0
96
93
3
490
33
8
27
29
1.87
204147192--204147480
145
2.0
148
93
2
494
33
8
27
29
1.87
204147544--204147578
17
2.0
18
88
5
54
34
11
20
34
1.88
204147437--204147681
122
2.0
123
98
0
474
32
8
26
32
1.87
204147496--204147633
74
2.0
69
82
13
167
32
9
26
31
1.88
204147594--204147792
48
4.2
48
96
1
364
33
6
28
31
1.83
204147388--204147728
170
2.0
171
86
6
487
32
8
27
31
1.86
204147594--204147792
95
2.1
96
96
0
364
33
6
28
31
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
204147832--204147958
37
3.4
37
96
2
229
23
18
33
25
1.97
204149863--204150123
40
6.6
40
84
6
255
24
20
28
26
1.99
204153897--204154182
49
5.9
49
94
2
497
33
9
27
29
1.88
204154246--204154281
18
2.0
18
88
0
54
33
11
22
33
1.89
204154138--204154384
123
2.0
124
98
0
478
32
8
26
32
1.86
204154198--204154336
75
2.0
69
83
12
176
32
9
26
31
1.88
204154297--204154495
48
4.2
48
94
1
355
33
6
28
31
1.83
204154091--204154431
171
2.0
170
86
7
478
31
8
28
31
1.86
204154297--204154495
95
2.1
96
94
1
355
33
6
28
31
1.83
204154534--204154657
36
3.4
36
92
6
207
24
17
32
25
1.97
204156555--204156813
40
6.6
40
82
8
228
24
20
28
27
1.99
204156603--204156677
39
1.9
39
83
5
98
21
18
30
29
1.97
204156671--204156813
40
3.6
39
92
2
232
25
21
27
25
1.99
204156645--204156815
79
2.2
80
85
5
240
24
21
27
26
1.99
204162425--204162608
40
4.6
40
78
4
147
22
24
29
23
1.99
204165292--204165361
27
2.6
27
95
2
122
30
27
14
28
1.95
204170872--204170906
18
1.9
18
88
11
54
57
28
5
8
1.52
204170871--204170912
18
2.4
18
80
11
52
57
30
4
7
1.47
204172199--204172242
18
2.4
18
96
0
79
27
6
13
52
1.66
204174072--204174105
17
2.0
17
94
0
59
26
5
11
55
1.58
204177599--204177659
26
2.4
26
86
5
81
32
18
22
26
1.97
204184606--204184771
40
4.2
40
80
3
167
24
27
21
25
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
204184622--204184771
80
1.9
78
82
8
187
24
28
22
26
1.99
204185654--204185759
55
1.9
55
83
7
135
29
16
18
34
1.94
204192055--204192230
46
3.8
46
81
10
232
20
21
29
28
1.98
204192051--204192222
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98
204195184--204195263
15
5.4
15
77
7
83
10
18
13
57
1.64
204195175--204195262
30
3.0
30
80
11
92
10
18
15
55
1.68
204202140--204202169
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
204208307--204208515
46
4.5
46
74
13
158
28
19
28
23
1.98
204208307--204208570
47
5.6
45
75
10
183
28
19
28
23
1.98
204214891--204215068
39
4.5
39
87
3
218
24
20
29
25
1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770