genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.620.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  620  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194235716--194235768	26	2.0	26	100	0	106	47	18	11	22	1.81
194238356--194238383	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
194239509--194239573	27	2.4	28	82	5	80	33	16	24	24	1.96
194239729--194239921	27	7.1	27	82	0	233	26	18	21	33	1.96
194244250--194244309	27	2.2	27	81	0	75	31	20	23	25	1.98
194244465--194244628	27	6.1	27	81	2	188	25	20	20	33	1.97
194244465--194244628	53	3.1	54	80	5	199	25	20	20	33	1.97
194265657--194265823	40	4.2	40	81	2	167	23	26	22	26	2.00
194265673--194265823	80	1.9	79	83	6	198	23	27	23	26	2.00
194272540--194272625	40	2.2	40	91	0	136	23	30	25	20	1.99
194272556--194272664	40	2.7	41	84	9	129	21	29	25	23	1.99
194273944--194273980	18	2.1	18	90	5	58	0	13	5	81	0.86
194276164--194276361	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
194276230--194276347	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
194276198--194276361	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
194283733--194283930	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
194283799--194283916	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
194283767--194283930	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
194290906--194291073	40	4.2	40	79	4	151	24	27	23	25	2.00
194292309--194292346	18	2.1	18	90	0	58	0	13	5	81	0.85
194299631--194299660	11	2.7	11	89	0	51	60	0	0	40	0.97
194317269--194317352	26	3.2	26	96	0	150	35	23	5	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194321496--194321544	25	2.0	26	84	8	66	24	16	20	38	1.92
194323026--194323135	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
194323990--194324060	19	3.7	19	73	17	67	57	2	4	35	1.33
194324044--194324088	3	15.7	3	86	9	58	60	2	2	35	1.22
194324041--194324090	25	2.0	25	100	0	100	56	4	4	36	1.37
194324179--194324215	2	18.5	2	88	0	56	48	2	2	45	1.30
194324371--194324429	2	31.0	2	80	10	61	52	6	0	40	1.28
194325238--194325270	13	2.4	14	95	5	59	18	6	15	60	1.54
194325237--194325271	14	2.5	15	86	13	56	17	5	14	62	1.49
194325235--194325310	33	2.4	31	83	12	100	11	6	18	63	1.49
194325714--194325782	35	2.0	35	97	0	129	20	13	50	15	1.77
194326491--194326634	53	2.9	48	77	15	159	34	20	16	29	1.94
194326790--194327276	70	6.9	70	93	3	845	31	20	16	32	1.94
194326691--194327276	140	4.1	140	92	5	962	31	19	16	32	1.94
194330184--194330280	42	2.3	42	85	3	124	30	15	25	27	1.96
194332828--194332861	17	2.0	17	94	0	59	47	8	11	32	1.71
194341859--194341898	21	1.9	21	84	0	53	25	17	5	52	1.64
194349396--194349620	40	5.6	40	81	5	249	25	23	27	24	2.00
194349396--194349652	80	3.2	80	81	4	288	25	23	26	24	2.00
194349400--194349620	120	1.8	121	83	4	295	25	23	27	23	2.00
194356036--194356109	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
194355977--194356109	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194364390--194364525	39	3.5	39	81	7	136	22	27	23	25	2.00
194372378--194372562	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
194372371--194372562	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
194375555--194375651	44	2.2	44	98	1	187	27	14	25	31	1.95
194376016--194376046	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
194379214--194379400	39	4.8	39	89	1	232	24	31	21	22	1.99
194379249--194379401	39	3.9	39	92	0	252	23	32	20	23	1.98
194387275--194387462	39	4.8	39	88	0	223	24	31	21	22	1.98
194387311--194387463	39	3.9	39	92	0	243	24	32	20	23	1.98
194390535--194390561	14	1.9	14	100	0	54	22	18	51	7	1.70
194401138--194401234	29	3.5	29	76	11	103	29	12	29	27	1.93
194401151--194401206	25	2.2	25	93	0	94	28	12	32	26	1.93
194401180--194401256	29	2.6	28	80	8	82	36	15	25	22	1.93
194408577--194408610	17	2.0	17	94	0	59	73	0	2	23	0.97
194408706--194408759	16	3.5	16	73	16	60	50	0	5	44	1.25
194409541--194409571	15	2.0	16	93	6	55	45	0	16	38	1.47
194409558--194409597	20	2.0	20	85	9	55	40	7	15	37	1.75
194409933--194410028	18	5.3	18	88	0	111	39	8	13	38	1.75
194410352--194410381	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
194420508--194420589	34	2.4	33	78	6	76	28	24	20	26	1.99
194423193--194423338	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
194423225--194423376	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194433880--194434097	40	5.5	40	93	2	354	22	22	28	25	1.99
194442371--194442589	40	5.5	40	94	2	363	22	23	28	25	1.99
194451962--194452172	40	5.3	40	82	3	248	25	26	22	25	2.00
194455914--194456043	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
194455930--194456081	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
194455930--194456079	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
194463919--194464048	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
194463935--194464086	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
194463935--194464084	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
194467970--194468026	26	2.2	26	84	3	71	61	3	3	31	1.30
194468416--194468445	14	2.2	13	94	5	51	0	20	3	76	0.92
194470044--194470084	2	20.5	2	84	0	55	46	0	7	46	1.30
194472714--194473651	86	10.9	86	95	0	1662	21	22	21	35	1.96
194475078--194475230	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.99
194475047--194475229	78	2.3	79	90	1	278	23	29	22	24	1.99
194483088--194483239	39	3.9	39	89	1	216	24	29	21	25	1.99
194483057--194483238	79	2.3	79	89	2	269	23	29	22	24	1.99
194484856--194485812	86	11.1	86	91	1	1456	20	22	21	35	1.96
194484856--194485812	430	2.2	430	96	0	1779	20	22	21	35	1.96
194496776--194496811	18	2.1	18	89	5	56	41	22	8	27	1.82
194507968--194508070	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
194512170--194512266	28	3.5	28	88	4	144	19	8	26	45	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194513265--194513308	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
194515677--194515759	27	3.0	28	89	5	134	19	9	24	46	1.79
194516754--194516797	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
194519151--194519219	28	2.5	28	93	6	115	18	8	27	44	1.79
194520211--194520254	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
194523640--194523836	43	4.6	43	91	3	308	31	32	24	11	1.91
194523640--194523836	85	2.3	85	91	1	322	31	32	24	11	1.91
194526690--194526760	36	2.0	36	97	0	133	25	32	19	22	1.98
194526843--194527091	49	5.1	49	94	1	439	30	26	9	34	1.88
194526843--194527091	97	2.6	98	95	1	448	30	26	9	34	1.88
194531144--194531414	40	6.8	40	94	0	454	24	28	21	25	1.99
194533222--194533303	37	2.2	36	95	4	146	24	34	20	20	1.97
194533378--194533574	49	4.0	49	90	3	317	29	27	9	33	1.88
194533378--194533566	96	1.9	98	94	2	337	29	28	9	33	1.88
194542460--194542635	40	4.5	40	86	9	229	24	27	23	25	2.00
194542460--194542635	78	2.2	79	85	8	227	24	27	23	25	2.00
194544616--194544706	28	3.2	28	90	4	139	20	24	23	31	1.98
194558113--194558151	19	2.1	19	95	0	69	38	17	15	28	1.91
194572348--194572605	40	6.5	40	90	2	360	23	23	27	25	2.00
194576713--194576896	40	4.7	40	85	9	211	26	22	26	25	2.00
194576713--194576890	79	2.2	80	81	13	208	26	23	26	23	2.00
194584211--194584235	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194584939--194585121	39	4.7	40	86	8	209	25	22	26	25	2.00
194584939--194585115	79	2.3	79	80	12	204	25	23	27	23	2.00
194592455--194592482	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
194593191--194593376	40	4.7	40	85	5	209	26	21	26	25	2.00
194594970--194595133	40	4.1	40	81	4	170	25	28	21	25	1.99
194594970--194595133	80	2.0	80	82	2	195	25	28	21	25	1.99
194603071--194603231	40	4.0	40	78	3	153	26	26	21	26	1.99
194607333--194607499	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
194615286--194615453	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
194623731--194623938	47	4.5	46	71	16	153	28	18	29	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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