genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  222  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66419980--66420055	29	2.6	29	77	4	82	22	21	35	21	1.96
66427801--66427874	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
66427858--66427932	28	2.6	28	78	2	87	22	20	36	21	1.96
66427801--66427932	58	2.3	57	80	3	131	25	17	33	24	1.96
66442835--66442934	29	3.5	28	80	5	110	22	17	32	29	1.96
66447105--66447173	11	6.7	11	74	14	67	34	11	18	34	1.87
66447117--66447173	20	2.8	20	94	5	98	35	10	19	35	1.86
66447221--66447290	25	2.8	25	95	0	122	24	24	24	27	2.00
66447221--66447315	50	1.9	50	80	8	113	26	23	24	26	2.00
66458694--66458771	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
66465354--66465431	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
66481189--66481714	49	10.9	49	93	2	870	34	9	27	28	1.88
66481188--66481714	96	5.5	96	94	1	896	34	9	27	28	1.88
66481706--66481857	48	3.2	48	98	0	286	33	5	28	32	1.81
66481910--66481987	37	2.1	37	100	0	156	25	19	32	23	1.98
66489641--66489707	20	3.3	20	93	0	116	34	13	19	32	1.91
66489652--66489707	11	5.5	11	73	16	57	33	14	19	32	1.92
66489756--66489829	26	2.9	26	91	2	114	27	25	21	25	2.00
66493547--66493672	46	2.7	46	90	0	189	22	20	26	30	1.98
66500198--66500261	31	2.1	31	87	0	92	23	26	14	35	1.93
66500471--66500607	26	5.3	26	85	3	190	25	22	21	29	1.99
66500471--66500608	52	2.7	52	93	4	228	25	22	21	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66500657--66500731	20	3.8	20	89	6	102	32	18	10	38	1.85
66503742--66503996	55	4.8	53	75	9	209	36	15	24	23	1.93
66503749--66503949	108	1.8	110	82	4	264	33	16	24	24	1.96
66505095--66505193	39	2.5	39	93	0	171	38	20	25	16	1.92
66505096--66505160	20	3.2	21	72	12	73	40	20	26	13	1.89
66508423--66508600	54	3.5	49	79	13	166	30	27	15	26	1.96
66508458--66508600	54	2.7	55	85	9	197	30	25	15	27	1.96
66508458--66508619	54	3.0	53	83	8	195	32	24	14	27	1.95
66509906--66510013	39	2.8	39	84	4	139	36	21	25	17	1.95
66512228--66512484	40	6.5	40	78	12	230	23	24	28	24	2.00
66512268--66512451	79	2.3	80	88	0	262	23	23	27	25	2.00
66512228--66512445	119	1.8	120	85	3	305	23	23	28	24	2.00
66512228--66512484	119	2.2	120	81	4	288	23	24	28	24	2.00
66512268--66512484	79	2.7	79	84	3	258	23	24	27	23	2.00
66535313--66535438	46	2.7	46	90	0	198	21	19	26	32	1.97
66540724--66540788	31	2.1	31	88	0	94	52	13	15	18	1.75
66540925--66541026	27	3.8	26	83	5	96	36	19	22	21	1.95
66541185--66541249	22	3.0	21	73	13	60	35	23	21	20	1.96
66541505--66541535	16	1.9	16	93	0	53	35	16	19	29	1.93
66541676--66542005	27	12.3	27	90	0	448	24	20	20	33	1.97
66542040--66542236	27	7.3	26	83	4	99	35	8	24	31	1.85
66542081--66542532	27	16.8	27	86	4	594	38	9	23	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66545832--66546004	46	3.8	45	76	10	170	21	19	27	31	1.98
66547710--66548022	47	6.5	47	90	3	455	29	30	8	31	1.87
66547710--66548022	96	3.3	96	93	1	497	29	30	8	31	1.87
66555905--66556011	37	2.9	37	92	0	178	27	31	17	23	1.97
66556160--66557051	48	18.0	48	91	4	1264	31	25	6	36	1.80
66556160--66557051	200	4.5	195	91	4	1335	31	25	6	36	1.80
66556163--66557051	248	3.6	245	92	3	1431	31	25	6	36	1.80
66562264--66562436	46	3.7	46	77	10	181	21	20	27	30	1.98
66562261--66562431	93	1.8	93	89	0	270	21	20	28	29	1.98
66566296--66566320	13	1.9	13	100	0	50	24	28	32	16	1.96
66570607--66570637	14	2.1	15	94	5	55	19	6	6	67	1.35
66578388--66578432	18	2.5	18	100	0	90	33	26	11	28	1.91
66579543--66579632	29	3.1	29	82	4	103	32	30	12	25	1.92
66584832--66585039	40	5.2	40	84	2	249	26	26	21	25	1.99
66592896--66593103	40	5.2	40	85	2	258	26	26	21	25	1.99
66606303--66606475	46	3.7	46	77	13	201	21	20	27	30	1.98
66606300--66606470	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	29	1.98
66613713--66613815	31	3.3	31	79	2	80	42	12	23	21	1.87
66613725--66613815	31	2.9	31	80	0	92	40	12	25	21	1.88
66615732--66615803	27	2.7	27	78	8	83	29	20	13	36	1.92
66617732--66617785	27	2.0	27	82	7	65	33	18	14	33	1.92
66621877--66621971	31	3.0	32	90	6	149	28	14	25	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66624024--66624244	40	5.5	40	81	2	237	25	23	26	24	2.00
66624024--66624284	80	3.3	80	80	3	267	25	23	26	24	2.00
66627315--66627881	285	2.0	285	92	0	954	24	18	26	31	1.98
66630392--66630420	15	1.9	15	100	0	58	55	13	6	24	1.63
66636934--66637010	34	2.3	33	82	8	95	38	1	2	57	1.21
66637279--66637319	21	2.0	21	90	9	66	29	24	2	43	1.67
66640328--66640386	31	1.9	30	93	3	100	33	6	10	49	1.63
66641072--66641168	41	2.4	41	85	0	122	58	5	1	35	1.27
66641091--66641172	41	2.0	41	92	0	137	57	6	0	36	1.24
66641695--66641750	25	2.3	25	87	3	78	30	1	3	64	1.21
66645162--66645283	40	3.0	40	81	7	113	39	22	20	17	1.92
66645216--66645308	41	2.3	40	83	5	125	30	22	24	22	1.99
66645757--66645795	14	2.8	14	80	0	51	23	0	28	48	1.51
66645910--66645960	7	7.0	7	79	16	50	15	0	49	35	1.45
66645910--66645966	15	3.9	14	74	17	53	17	0	45	36	1.49
66645910--66645966	22	2.6	21	80	8	60	17	0	45	36	1.49
66646708--66647057	158	2.2	157	82	7	413	33	12	24	30	1.91
66649412--66649450	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
66650048--66650105	8	7.4	8	77	11	57	36	1	29	32	1.68
66650767--66650945	97	1.8	95	83	11	238	43	7	5	43	1.57
66650966--66650990	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
66651062--66651086	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66650916--66651564	94	6.9	90	89	6	885	36	5	4	54	1.44
66651245--66651269	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
66651432--66651456	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
66651526--66651550	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
66651741--66651847	9	11.7	9	74	13	85	43	14	1	39	1.57
66651747--66651847	18	5.5	18	74	13	98	44	14	1	38	1.57
66657829--66657979	43	3.5	43	85	2	189	29	24	19	27	1.98
66662868--66663049	39	4.6	39	87	0	238	24	21	30	23	1.99
66678513--66678576	25	2.5	26	78	14	71	35	6	34	23	1.80
66679680--66679709	14	2.1	14	93	0	51	46	10	0	43	1.37
66681036--66681104	34	2.0	34	94	0	120	31	0	20	47	1.50
66690689--66690748	30	2.0	30	83	0	75	28	21	8	41	1.82
66694175--66694237	20	3.2	20	65	13	58	33	11	20	34	1.88
66694175--66694252	39	2.0	39	94	0	138	35	12	20	30	1.90
66712277--66712453	51	3.6	49	82	5	194	30	25	17	25	1.97
66712278--66712453	49	3.5	49	81	6	201	30	26	17	26	1.97
66718093--66718326	49	4.9	49	80	10	241	29	25	17	27	1.97
66718573--66718626	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
66719891--66719949	23	2.5	24	78	8	68	32	22	11	33	1.90
66722042--66722138	30	3.2	31	71	8	76	29	15	26	27	1.96
66723101--66723156	27	2.1	27	100	0	112	57	7	17	17	1.62
66723843--66723878	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66724590--66724810	40	5.6	41	79	11	230	24	24	27	23	2.00
66727677--66727759	30	2.7	30	81	9	89	13	21	1	63	1.35
66727710--66727765	18	3.1	18	76	5	51	7	19	1	71	1.18
66727735--66727759	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
66727762--66727792	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
66728172--66728268	30	3.2	30	71	8	81	27	15	27	28	1.96
66732361--66732430	24	3.0	23	81	6	70	28	24	14	32	1.94
66738409--66738457	24	2.0	25	84	11	66	61	6	8	24	1.47
66746165--66746204	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
66747784--66747841	27	2.2	26	84	3	71	34	20	24	20	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770