genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.329.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  329  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100808992--100809044	21	2.5	21	93	0	88	16	32	35	15	1.90
100810870--100811016	71	2.1	71	94	0	258	33	16	4	46	1.66
100813796--100813820	13	1.9	13	100	0	50	8	48	20	24	1.76
100815328--100815380	23	2.3	24	93	6	92	37	13	7	41	1.72
100818303--100818405	42	2.4	43	82	4	120	28	18	24	29	1.98
100825045--100825104	31	1.9	31	86	0	84	33	3	8	55	1.47
100830387--100830429	14	3.1	14	80	10	52	48	0	2	48	1.14
100830704--100830790	44	2.0	44	95	0	156	48	10	10	31	1.71
100830759--100830818	29	2.1	28	81	9	68	53	11	8	26	1.65
100834389--100834537	46	3.2	46	83	7	169	20	30	20	28	1.98
100835957--100836050	27	3.5	27	92	0	125	40	10	22	26	1.86
100838194--100838327	46	2.9	46	81	5	137	27	29	8	33	1.87
100838257--100838445	47	4.1	47	93	1	310	27	31	11	29	1.91
100844777--100844906	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
100844793--100844944	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
100844793--100844942	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
100852339--100852408	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
100860399--100860468	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
100862784--100862834	19	2.9	17	71	23	52	78	1	15	3	0.99
100863994--100864072	29	2.7	29	98	0	149	32	13	26	26	1.94
100863994--100864120	59	2.2	58	81	4	139	29	14	30	25	1.95
100867599--100867670	29	2.5	29	91	6	112	29	13	27	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100872216--100872269	6	8.8	6	76	11	56	50	12	18	18	1.78
100876383--100876601	37	5.9	37	94	0	366	25	32	18	23	1.97
100876764--100876996	47	5.0	47	92	0	367	26	28	12	32	1.92
100876849--100876971	22	5.3	22	65	24	74	25	28	13	33	1.93
100879659--100879859	40	5.0	40	86	3	271	26	26	22	23	2.00
100888943--100889173	50	4.7	49	83	4	302	29	26	17	25	1.98
100888943--100889173	99	2.3	99	86	2	313	29	26	17	25	1.98
100894107--100894286	49	3.7	49	86	1	243	32	28	13	25	1.93
100894107--100894287	99	1.8	99	90	0	290	32	29	13	24	1.93
100902620--100902826	53	3.8	53	77	4	191	20	24	18	36	1.95
100903665--100903743	6	12.8	6	75	15	72	46	13	18	20	1.83
100903665--100903743	31	2.5	31	87	0	113	46	13	18	20	1.83
100903866--100903943	27	2.8	27	78	9	86	33	20	24	21	1.97
100903958--100904009	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
100903889--100904028	67	2.1	68	87	2	201	30	22	28	18	1.97
100904255--100904440	27	6.9	27	83	3	214	25	21	18	34	1.96
100904285--100904443	54	2.9	53	87	3	237	24	20	18	35	1.95
100904433--100904740	27	11.4	26	72	10	154	31	7	22	38	1.81
100904298--100904464	54	3.1	53	76	11	153	26	17	20	35	1.94
100904480--100904743	81	3.3	81	82	5	255	31	7	22	38	1.82
100904540--100904743	27	7.6	27	83	0	237	31	6	21	39	1.80
100905765--100905829	30	2.2	30	100	0	130	40	24	3	32	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100906723--100906797	31	2.4	31	80	4	80	49	13	16	21	1.79
100906947--100907088	67	2.1	69	84	5	180	32	20	26	20	1.97
100907314--100907511	27	7.3	27	83	2	204	22	20	20	36	1.95
100907318--100907499	81	2.3	81	83	7	237	21	21	20	35	1.96
100907494--100907700	27	7.6	28	77	8	135	31	9	21	38	1.85
100907495--100907650	81	1.9	81	80	2	179	32	9	20	37	1.85
100907541--100907699	81	2.0	81	80	5	178	31	10	20	37	1.86
100907602--100907723	27	4.5	27	86	2	138	30	8	22	38	1.84
100921260--100921373	29	4.0	29	91	1	167	25	15	30	28	1.96
100924343--100924465	35	3.5	35	80	3	140	29	12	17	40	1.86
100927970--100928117	53	2.8	54	84	6	210	37	16	20	25	1.93
100927957--100928116	27	6.0	27	89	4	198	38	17	18	25	1.93
100928293--100928363	36	2.0	36	88	0	106	23	25	29	21	1.99
100933585--100933700	31	3.5	31	80	15	142	41	14	20	23	1.89
100933575--100933723	38	4.1	38	83	12	213	39	14	22	23	1.91
100935676--100935791	31	3.5	31	80	15	142	41	14	20	23	1.89
100935666--100935814	38	4.1	38	83	12	213	39	14	22	23	1.91
100937154--100937217	31	2.1	31	90	0	101	23	21	15	39	1.92
100937433--100937597	24	7.0	24	97	0	280	32	21	23	23	1.98
100937650--100937716	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
100937650--100937705	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
100945306--100945369	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100945584--100945701	23	5.1	23	97	0	218	29	22	21	27	1.99
100945749--100945815	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
100945749--100945804	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
100958379--100958500	63	2.0	62	88	1	181	26	22	20	30	1.98
100962176--100962293	42	2.8	43	77	5	123	33	27	15	22	1.94
100964238--100964355	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
100964206--100964369	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
100971821--100971938	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
100971789--100971952	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
100973488--100973579	27	3.4	27	84	0	112	35	18	19	26	1.95
100974230--100974281	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
100974314--100974341	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
100980996--100981086	27	3.4	27	86	3	121	35	19	21	23	1.96
100981736--100981786	27	1.9	26	84	4	66	17	27	19	35	1.94
100981826--100981885	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
100987916--100987966	21	2.4	21	83	6	68	35	7	35	21	1.83
100988272--100988302	14	2.1	15	94	5	55	61	0	38	0	0.96
100991894--100991921	7	4.0	7	100	0	56	14	0	57	28	1.38
100993837--100994032	101	2.0	99	83	4	250	29	27	17	25	1.98
100997587--100997738	37	4.1	37	94	0	268	23	30	18	27	1.97
100997791--100998030	48	5.0	48	95	0	444	32	26	6	35	1.81
100999234--100999268	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101007483--101007585	40	2.6	40	95	0	188	27	25	21	26	1.99
101022064--101022095	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
101023798--101023984	40	4.7	41	86	5	249	23	19	29	27	1.98
101023793--101024004	80	2.7	80	88	2	302	23	19	28	28	1.99
101029567--101029607	20	2.0	20	100	0	82	36	19	29	14	1.92
101031921--101032128	40	5.2	40	85	1	267	23	20	29	26	1.99
101031917--101032128	80	2.7	80	88	2	311	23	20	28	26	1.99
101035307--101035476	91	1.9	92	94	1	306	28	29	21	21	1.98
101035300--101035473	46	3.8	46	78	13	205	29	29	20	20	1.98
101035308--101035492	46	4.0	46	72	19	136	28	29	20	21	1.98
101039639--101039675	12	3.2	12	96	3	67	16	24	0	59	1.37
101042859--101043030	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
101042852--101043027	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
101046914--101047100	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
101046937--101047100	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
101046937--101047134	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
101054480--101054666	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
101054503--101054666	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
101054503--101054700	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
101058399--101058484	27	3.2	27	77	6	84	27	15	17	39	1.89
101058466--101058716	27	9.3	27	77	5	231	31	9	19	39	1.84
101059067--101059122	28	2.0	28	92	0	94	30	33	12	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101059069--101059148	28	2.6	30	78	13	92	32	37	12	17	1.87
101060951--101061003	13	4.1	13	80	9	72	30	7	26	35	1.84
101061185--101061298	24	5.2	23	69	19	66	52	1	0	44	1.17
101061710--101061832	27	4.6	25	80	13	122	30	11	18	39	1.86
101061710--101061953	54	4.7	53	73	17	147	31	10	19	38	1.85
101061834--101061953	27	4.5	27	81	2	125	33	9	19	38	1.83
101062289--101062344	28	2.0	28	92	0	94	30	33	12	23	1.92
101062291--101062370	28	2.6	30	78	13	92	32	37	12	17	1.87
101064155--101064220	13	5.1	13	85	7	98	30	7	25	36	1.84
101064402--101064517	24	5.3	23	70	19	70	51	1	0	45	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770