genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.115.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  115  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32910533--32910565	13	2.6	13	90	4	50	18	24	30	27	1.98
32911799--32911871	25	2.9	25	82	9	96	32	23	24	19	1.97
32911774--32911869	50	1.9	50	84	0	129	33	22	22	20	1.97
32913733--32913821	44	2.0	44	100	0	178	32	22	20	24	1.98
32926951--32927090	40	3.5	40	100	0	280	32	12	20	35	1.89
32926945--32927091	20	7.3	20	85	0	204	32	12	20	34	1.90
32927141--32927305	23	7.0	24	93	3	248	27	20	21	30	1.98
32927498--32927561	31	2.1	31	90	0	101	37	14	23	25	1.92
32931169--32931207	7	5.1	7	85	14	51	82	2	2	12	0.89
32931167--32931207	15	2.6	16	85	14	59	80	2	4	12	0.97
32938852--32939021	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
32946947--32947116	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
32951748--32951868	60	2.0	61	82	7	149	42	16	15	25	1.88
32953063--32953229	40	4.2	40	77	6	153	25	21	27	25	1.99
32957150--32957244	38	2.5	38	94	1	165	24	33	17	24	1.96
32957337--32957600	49	5.4	49	96	0	447	28	32	9	28	1.89
32958680--32958710	12	2.6	12	94	0	53	54	9	22	12	1.67
32961257--32961313	27	2.1	27	96	0	105	31	7	15	45	1.73
32968114--32968174	25	2.4	25	83	5	79	29	24	24	21	1.99
32989381--32989437	30	1.9	30	96	0	105	28	15	22	33	1.95
32992265--32992382	40	3.0	40	93	0	200	22	20	28	27	1.99
32998739--32998779	16	2.6	15	84	7	55	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33005140--33005357	40	5.5	40	91	1	323	22	23	27	25	2.00
33012864--33012949	43	2.0	43	86	0	118	22	19	30	27	1.98
33017793--33018086	160	1.8	161	89	2	466	27	22	8	40	1.83
33017749--33018086	27	12.6	27	86	3	432	28	22	9	40	1.85
33017797--33018130	81	4.1	81	82	3	253	28	22	8	39	1.84
33019317--33019363	24	2.0	24	86	0	67	31	25	17	25	1.97
33019402--33019458	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
33019400--33019470	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
33019411--33019465	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
33019515--33019681	24	7.0	24	88	4	232	28	23	21	26	1.99
33019515--33019682	47	3.5	48	88	4	234	29	23	21	26	1.99
33019515--33019681	71	2.3	71	91	3	264	28	23	21	26	1.99
33022793--33023131	27	12.6	27	85	3	414	28	22	9	40	1.84
33022793--33023131	81	4.2	81	87	3	470	28	22	9	40	1.84
33022841--33023175	81	4.1	81	82	2	244	28	22	8	39	1.84
33024256--33024312	9	5.9	9	73	15	51	35	7	22	35	1.82
33024254--33024324	20	3.5	20	90	0	115	35	9	22	32	1.87
33024369--33024535	24	7.0	24	87	4	223	28	22	21	26	1.99
33024369--33024536	47	3.5	48	87	4	225	29	22	21	26	1.99
33024369--33024535	71	2.3	71	90	3	255	28	22	21	26	1.99
33029884--33029938	27	2.0	27	82	6	67	50	1	1	45	1.22
33033496--33033596	31	2.9	35	80	17	120	23	22	13	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33033519--33033600	31	2.6	31	96	0	146	25	20	12	41	1.87
33033788--33033930	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
33033788--33033929	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
33033787--33033930	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
33033981--33034040	20	3.0	20	87	0	93	35	20	10	35	1.86
33034083--33034130	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
33035288--33035351	27	2.4	27	81	5	76	21	25	17	35	1.95
33035405--33035456	27	1.9	27	84	7	70	36	13	11	38	1.81
33035488--33035565	26	2.9	27	74	11	79	30	7	20	41	1.80
33035413--33035660	27	9.1	27	76	7	90	36	9	18	35	1.83
33035557--33035795	54	4.4	54	83	3	268	44	8	19	27	1.79
33035557--33035795	27	8.9	27	84	4	232	44	8	19	27	1.79
33035775--33035890	27	4.3	27	80	4	119	31	9	18	39	1.83
33035784--33035890	54	2.0	54	83	7	137	32	10	19	37	1.86
33035817--33035905	27	3.3	27	79	6	83	35	8	16	38	1.81
33040702--33040889	40	4.7	40	88	3	281	25	27	21	25	2.00
33040679--33040883	80	2.6	80	86	4	283	24	27	21	25	2.00
33044523--33044680	43	3.7	43	77	8	133	31	24	17	25	1.97
33044800--33044870	35	2.0	35	83	5	90	47	12	5	33	1.65
33047525--33047634	39	2.8	39	88	0	157	28	25	22	23	2.00
33053381--33053550	43	4.0	43	74	4	130	35	21	14	28	1.92
33053671--33053744	35	2.1	36	82	7	89	51	9	5	33	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33061256--33061324	27	2.5	28	90	4	104	18	24	21	34	1.96
33061256--33061336	27	2.9	28	85	3	74	20	25	19	33	1.97
33061886--33061929	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
33066328--33066445	50	2.4	49	84	2	157	24	28	20	26	1.99
33066360--33066500	50	2.8	50	85	2	185	23	29	18	29	1.98
33078361--33078445	42	2.0	42	97	0	161	30	18	8	42	1.80
33082142--33082211	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
33082142--33082223	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
33098532--33098630	40	2.5	40	86	0	126	21	29	25	24	1.99
33103071--33103160	40	2.2	40	86	0	117	25	25	28	20	1.99
33104034--33104123	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
33104034--33104140	54	2.0	54	81	7	128	38	20	10	30	1.86
33104118--33104177	27	2.2	27	84	0	75	33	26	10	30	1.89
33104129--33104285	27	5.8	27	84	3	199	28	21	8	40	1.83
33104264--33104349	27	3.2	27	86	6	86	41	24	5	27	1.78
33104163--33104312	81	1.9	81	85	2	212	32	18	8	40	1.81
33104278--33104404	54	2.4	53	79	11	141	43	19	9	27	1.82
33104278--33104376	27	3.7	27	87	5	121	45	20	7	27	1.76
33104303--33104422	27	4.4	27	83	4	109	40	18	13	27	1.88
33116458--33116624	40	4.2	40	79	2	158	22	27	23	26	2.00
33116474--33116622	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
33119554--33119601	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33119649--33119702	11	5.4	11	70	20	55	37	11	20	31	1.88
33119644--33119702	19	3.0	20	95	5	111	35	10	20	33	1.86
33119753--33119894	24	6.0	24	90	5	200	28	22	22	26	1.99
33119754--33119869	23	5.0	23	93	3	187	26	23	22	27	1.99
33119754--33119894	47	3.0	47	90	6	205	27	22	22	26	1.99
33120086--33120149	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
33126376--33126434	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
33126380--33126434	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
33126485--33126626	24	6.0	24	90	5	200	28	21	22	26	1.99
33126485--33126626	46	3.0	47	88	7	198	28	21	22	26	1.99
33126814--33126893	31	2.6	31	94	3	137	42	13	21	22	1.88
33128279--33128313	14	2.4	14	90	4	52	34	37	2	25	1.71
33128287--33128315	14	2.1	14	100	0	58	37	34	6	20	1.80
33128377--33128414	20	1.9	20	88	0	58	34	28	2	34	1.71
33143439--33143519	28	2.9	28	81	3	92	34	27	8	29	1.87
33143509--33143642	40	3.3	40	82	0	151	29	23	20	27	1.99
33151475--33151609	40	3.4	38	81	11	148	23	28	22	25	2.00
33151508--33151612	40	2.6	40	89	5	151	24	26	24	23	2.00
33154369--33154508	40	3.5	40	84	4	142	22	27	25	25	2.00
33154377--33154557	79	2.3	81	82	7	219	23	27	23	24	2.00
33162362--33162513	40	3.8	40	84	1	189	25	26	22	25	2.00
33166402--33166477	34	2.2	34	88	0	107	27	26	25	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33182506--33182530	10	2.5	10	100	0	50	0	32	0	68	0.90
33183809--33183873	34	1.9	33	90	3	103	27	23	26	23	2.00
33189251--33189287	17	2.1	17	90	5	56	18	24	37	18	1.94
33189793--33189829	6	6.2	6	90	9	58	83	0	16	0	0.64
33189793--33189829	11	3.1	12	88	11	58	83	0	16	0	0.64
33189798--33189831	17	2.0	17	100	0	68	88	0	11	0	0.52
33191062--33191243	40	4.6	39	82	6	206	24	22	27	25	2.00
33191062--33191243	79	2.3	81	83	7	230	24	22	27	25	2.00
33191096--33191279	79	2.3	78	79	10	205	27	21	26	25	1.99
33202244--33202309	28	2.4	27	80	12	82	16	19	22	40	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770