Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  353  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
108337931--108338006
22
3.3
22
66
16
64
32
10
30
26
1.90
108338213--108338290
22
3.4
22
67
16
68
34
10
29
25
1.89
108338430--108338527
31
3.2
31
66
21
87
33
6
31
28
1.82
108338469--108338500
15
2.1
15
100
0
64
37
0
31
31
1.58
108338423--108338547
62
2.0
62
98
0
241
33
6
31
28
1.82
108338378--108338594
109
2.0
109
94
0
380
33
7
30
28
1.85
108338281--108338688
203
2.0
203
95
0
735
33
8
30
27
1.87
108338331--108338802
156
3.1
156
83
9
625
33
8
30
27
1.86
108338448--108338546
31
3.2
31
68
21
98
33
8
31
27
1.86
108338188--108338802
297
2.1
297
95
1
1115
33
8
30
27
1.86
108341805--108341944
48
2.9
48
86
4
201
32
30
16
20
1.94
108349449--108349514
32
2.1
32
100
0
132
36
15
9
39
1.79
108351874--108352023
38
3.9
38
88
3
212
20
22
25
31
1.98
108353941--108354110
40
4.2
40
85
3
225
21
28
24
25
1.99
108362035--108362204
40
4.2
40
85
3
225
21
28
24
25
1.99
108365552--108365657
24
4.4
24
79
9
90
25
20
23
30
1.99
108365565--108365657
24
3.8
24
88
2
114
25
20
25
27
1.99
108365705--108365741
11
3.5
11
78
14
51
32
18
13
35
1.90
108368395--108368577
40
4.6
39
74
8
129
26
23
27
22
1.99
108376503--108376670
40
4.2
39
75
7
133
27
23
26
22
1.99
108378632--108378971
27
12.6
27
86
2
405
27
23
8
39
1.84
108381850--108381925
33
2.3
33
86
6
100
27
25
22
25
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
108382274--108382355
27
3.0
27
83
0
101
25
21
20
31
1.98
108384091--108384121
16
1.9
16
93
0
53
35
22
0
41
1.54
108384088--108384127
20
2.0
20
85
0
53
37
22
0
40
1.54
108384322--108384444
49
2.4
49
80
8
122
22
24
17
34
1.96
108384407--108384479
35
2.1
35
100
0
146
23
27
19
30
1.98
108384442--108384587
55
2.7
53
77
6
177
23
24
17
34
1.96
108384550--108384622
35
2.1
35
100
0
146
23
27
19
30
1.98
108384371--108384732
143
2.5
143
95
1
645
22
25
18
33
1.96
108384590--108384744
55
2.8
56
80
5
183
22
25
17
34
1.95
108391002--108391127
42
2.9
44
77
14
138
22
15
26
35
1.93
108390988--108391134
42
3.4
44
75
15
128
23
16
26
34
1.95
108390988--108391148
43
3.7
44
74
12
136
22
16
27
33
1.95
108396289--108396458
45
3.7
46
79
14
190
21
21
28
28
1.99
108396293--108396466
46
3.8
45
80
12
210
20
21
29
28
1.98
108399020--108399046
13
2.1
13
100
0
54
18
7
37
37
1.79
108399343--108399386
15
2.9
15
80
12
54
11
15
15
56
1.66
108399343--108399399
30
2.0
30
89
6
91
10
15
15
57
1.64
108401767--108401941
45
3.8
47
79
14
195
21
21
28
28
1.99
108401773--108401946
46
3.8
45
81
12
219
21
21
28
28
1.98
108404831--108404878
15
3.1
16
85
11
73
10
14
14
60
1.59
108406591--108406766
46
3.8
46
73
14
155
22
19
27
30
1.98
108406588--108406759
93
1.8
93
87
2
256
22
20
27
29
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
108413602--108413777
46
3.8
46
78
12
198
20
20
28
30
1.98
108413599--108413768
93
1.8
93
94
0
304
21
21
28
28
1.98
108416572--108416747
46
3.8
46
78
10
187
19
21
29
28
1.98
108416569--108416740
93
1.8
93
91
0
281
20
22
29
27
1.98
108423892--108424643
380
2.0
381
98
0
1454
31
19
20
29
1.97
108424981--108425044
31
2.1
31
93
0
110
21
21
17
39
1.93
108425236--108425355
24
5.0
24
88
3
170
25
20
24
29
1.99
108425406--108425465
20
3.0
20
90
0
102
33
20
11
35
1.88
108425508--108425555
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
108429398--108429685
27
10.6
27
79
4
258
40
20
8
30
1.82
108429398--108429739
27
12.6
27
75
11
198
39
20
9
31
1.83
108429724--108429864
27
5.2
27
85
3
167
35
15
19
29
1.93
108433088--108433233
65
2.2
64
85
4
195
24
19
21
33
1.97
108434356--108434387
16
2.0
16
100
0
64
25
12
12
50
1.75
108437335--108437520
30
6.3
30
75
11
159
26
25
11
36
1.90
108446389--108446497
27
4.0
27
81
2
121
44
19
14
22
1.87
108449542--108449751
40
5.2
40
87
2
305
25
24
28
21
1.99
108458578--108458725
40
3.7
40
90
5
212
21
29
26
22
1.99
108458546--108458725
80
2.2
80
82
5
213
22
28
25
23
1.99
108460802--108461012
46
4.5
47
80
8
200
30
17
27
23
1.97
108464306--108464469
45
3.7
45
90
6
228
24
28
23
23
1.99
108467202--108467286
40
2.2
40
84
2
109
30
31
20
17
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
108470395--108470479
40
2.2
40
84
2
109
30
31
20
17
1.95
108472363--108472570
40
5.2
39
81
8
206
25
22
26
25
2.00
108472363--108472570
80
2.6
80
80
5
233
25
22
26
25
2.00
108477685--108478042
40
8.9
40
95
0
608
27
29
22
20
1.99
108483937--108484000
32
2.0
32
100
0
128
40
18
6
34
1.76
108488330--108488570
131
1.8
131
91
0
401
36
19
17
26
1.93
108489677--108489747
19
3.4
19
70
20
61
49
19
8
22
1.75
108489659--108489748
44
2.0
44
97
0
171
50
20
8
21
1.75
108489665--108489738
25
3.2
25
70
21
88
51
17
9
21
1.73
108491263--108491890
87
7.1
88
83
5
621
24
24
19
32
1.98
108491284--108491891
176
3.5
175
84
4
744
24
24
19
31
1.98
108491323--108491891
262
2.2
265
85
2
761
24
24
18
31
1.97
108495957--108496110
40
3.9
39
88
4
218
22
29
24
24
1.99
108503005--108503079
29
2.6
29
89
4
107
26
16
32
25
1.96
108507449--108507606
40
4.0
40
79
4
151
26
23
26
23
2.00
108507449--108507636
80
2.3
80
79
12
206
26
23
27
23
2.00
108514170--108514244
29
2.6
29
89
4
107
26
16
32
25
1.96
108516644--108516784
47
3.0
47
88
4
205
43
14
14
28
1.84
108523837--108523930
46
2.0
47
81
4
109
23
15
29
30
1.96
108535037--108535135
28
3.5
28
81
9
112
29
25
16
29
1.96
108541470--108541757
24
12.1
24
97
0
492
20
18
25
35
1.95
108549523--108549804
24
11.9
24
97
1
498
20
18
25
35
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
108549523--108549804
119
2.4
118
95
1
510
20
18
25
35
1.96
108560189--108560225
13
2.8
13
87
4
56
43
0
13
43
1.44
108560240--108560291
10
5.1
10
83
2
59
26
3
0
69
1.06
108560242--108560291
20
2.5
20
86
3
73
26
4
0
70
1.05
108561587--108561619
9
3.7
9
100
0
66
27
0
0
72
0.85
108561586--108561657
9
7.9
9
83
9
58
20
2
0
76
0.91
108561648--108561834
96
1.9
97
92
1
313
29
25
16
29
1.96
108562575--108562645
18
4.3
15
75
20
70
76
2
0
21
0.92
108562575--108562645
8
8.5
8
76
14
72
76
2
0
21
0.92
108563374--108563403
15
2.0
15
93
0
51
50
0
10
40
1.36
108571059--108571106
20
2.4
20
89
6
71
64
2
10
22
1.35
108571059--108571108
10
5.0
10
80
9
57
64
2
10
24
1.35
108571123--108571159
13
2.8
13
87
4
56
43
13
0
43
1.44
108574659--108574692
17
2.0
17
94
0
59
79
0
0
20
0.73
108574661--108574737
19
4.2
18
71
15
59
64
1
2
31
1.15
108575223--108575426
9
21.6
9
68
16
85
29
2
4
62
1.29
108575223--108575312
47
1.9
46
82
13
112
26
4
5
63
1.36
108575283--108575334
21
2.4
21
74
6
50
28
1
7
61
1.34
108581421--108581452
10
3.3
10
95
4
57
31
6
0
62
1.20
108582167--108582202
17
2.0
19
89
10
58
27
13
5
52
1.63
108582555--108582629
28
2.6
28
70
8
71
70
1
1
26
1.03
108587972--108588013
20
2.1
20
86
0
57
66
2
0
30
1.04
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
108589796--108589834
17
2.3
16
86
8
51
74
5
20
0
1.01
108590592--108590784
10
20.0
10
66
20
63
38
3
3
54
1.33
108594999--108595024
13
2.0
13
100
0
52
15
30
7
46
1.74
108599554--108599583
15
2.0
15
100
0
60
46
0
20
33
1.51
108600239--108600303
22
3.0
21
72
17
60
13
24
21
40
1.90
108602387--108602470
26
3.2
26
96
0
150
33
4
25
36
1.77
108610928--108611053
48
2.6
47
91
6
189
64
2
2
30
1.19
108628107--108674149
536
84.1
541
79
11
39710
32
11
19
35
1.88
108644573--108644708
26
5.2
26
94
0
236
33
5
25
36
1.78
108650381--108650516
26
5.2
26
94
0
236
33
5
25
36
1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770