genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.653.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  653  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205116511--205116681	93	1.8	93	89	0	270	21	18	29	30	1.97
205117976--205118142	40	4.2	40	79	2	158	23	28	22	25	1.99
205120955--205121125	46	3.7	46	77	16	140	22	27	19	30	1.98
205124592--205124722	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
205124591--205124722	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
205132536--205132666	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
205132535--205132666	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
205136882--205136960	29	2.7	29	88	0	113	24	32	15	27	1.95
205139713--205139871	43	3.7	43	84	7	216	25	19	25	29	1.98
205139712--205139871	85	1.9	86	87	6	236	25	19	25	30	1.98
205142326--205142422	24	4.0	24	98	0	185	17	16	27	38	1.91
205142335--205142443	48	2.3	48	88	3	157	20	17	27	34	1.95
205151950--205151998	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
205152821--205152987	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
205159951--205159999	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
205160821--205160987	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
205167309--205167459	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	22	2.00
205175324--205175475	40	3.8	40	79	5	146	26	24	26	22	2.00
205175362--205175491	40	3.3	39	78	11	147	23	24	26	24	2.00
205177220--205177721	27	18.6	27	87	0	673	25	20	17	35	1.95
205182589--205182709	47	2.6	45	77	8	125	29	19	28	22	1.98
205184482--205184521	21	2.0	21	95	5	73	15	40	25	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205184912--205184953	19	2.2	19	87	8	59	30	7	16	45	1.74
205185958--205186068	55	2.0	55	100	0	222	31	25	27	16	1.96
205187591--205187720	29	4.5	29	86	1	154	30	15	30	23	1.95
205187592--205187700	57	1.9	57	88	0	164	32	14	28	24	1.95
205195544--205195673	29	4.5	29	87	1	163	29	15	31	23	1.95
205195543--205195664	57	2.1	58	86	1	174	31	16	28	23	1.96
205199591--205199798	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
205199593--205199798	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
205207641--205207848	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
205207643--205207848	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
205212792--205213010	49	4.6	47	76	8	212	24	31	17	27	1.97
205212836--205213014	93	1.9	93	90	0	286	24	31	17	26	1.97
205213723--205213900	40	4.5	40	87	3	218	24	28	24	23	2.00
205220982--205221198	46	4.7	46	81	9	228	26	18	30	23	1.98
205221670--205221761	46	2.0	46	93	4	159	23	17	25	33	1.96
205223190--205223376	39	4.8	39	86	2	182	24	30	21	23	1.99
205223220--205223376	78	2.0	79	91	1	253	24	31	20	24	1.98
205233434--205233508	38	2.0	38	100	0	150	33	18	24	24	1.97
205233471--205233569	28	3.5	28	84	4	110	30	16	24	29	1.96
205236627--205236652	11	2.4	11	100	0	52	61	7	11	19	1.53
205237227--205237271	24	1.9	24	95	4	83	26	2	6	64	1.30
205237463--205237488	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205239612--205239783	40	4.3	40	89	0	256	26	30	20	22	1.98
205243168--205243230	31	2.0	31	100	0	126	38	6	22	33	1.79
205243226--205243309	29	2.9	28	78	5	87	27	14	28	29	1.95
205245664--205245698	17	2.1	17	88	0	52	14	22	40	22	1.90
205247028--205247202	96	1.8	96	96	0	323	40	6	21	31	1.80
205248214--205248253	6	6.5	6	82	5	53	77	0	5	17	0.94
205251176--205251400	40	5.7	40	82	5	251	25	21	26	27	1.99
205265173--205265332	29	5.5	30	88	8	213	33	14	25	26	1.94
205265173--205265332	59	2.8	57	88	4	214	33	14	25	26	1.94
205273243--205273402	29	5.5	30	88	8	213	33	14	25	26	1.94
205273243--205273402	59	2.8	57	88	4	214	33	14	25	26	1.94
205285634--205285762	40	3.3	39	79	6	145	23	28	24	24	1.99
205298502--205298672	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
205314270--205314368	28	3.5	29	82	6	114	28	15	26	30	1.96
205316142--205316284	39	3.7	40	80	3	130	23	28	23	24	1.99
205327489--205327637	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
205327530--205327637	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
205333797--205333897	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
205333826--205333901	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
205336849--205336967	43	2.8	42	76	10	107	33	26	16	23	1.96
205336869--205336967	42	2.3	43	87	5	139	32	27	19	21	1.97
205336869--205336984	43	2.7	42	86	4	135	31	26	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205339480--205339662	40	4.6	40	84	4	217	24	24	25	26	2.00
205339484--205339662	79	2.2	80	81	3	209	24	24	25	26	2.00
205344366--205344439	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
205344423--205344498	29	2.6	29	77	4	82	22	21	35	21	1.96
205352332--205352405	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
205352389--205352464	29	2.6	29	77	4	82	22	21	35	21	1.96
205364450--205364616	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
205369231--205369402	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
205369223--205369398	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
205371781--205371869	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
205371781--205371860	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
205371792--205371869	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
205374818--205374989	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
205374810--205374985	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
205379480--205379513	12	2.8	12	95	4	59	79	5	5	8	1.05
205379478--205379514	13	2.8	14	88	12	60	78	5	8	8	1.09
205386707--205386894	39	4.9	39	86	4	233	22	21	31	23	1.98
205394793--205394946	38	4.0	38	91	4	247	25	20	31	22	1.98
205394812--205394984	38	4.5	39	88	1	154	23	22	32	21	1.98
205404182--205404272	37	2.4	37	92	1	155	25	31	17	25	1.97
205404335--205404553	49	4.5	49	98	0	420	30	34	7	27	1.85
205407422--205407520	41	2.4	41	79	11	105	25	24	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205408004--205408135	29	4.6	29	96	0	237	25	32	16	25	1.96
205408004--205408167	58	2.8	58	88	3	224	25	31	17	25	1.97
205408004--205408167	87	1.9	87	86	5	233	25	31	17	25	1.97
205410220--205410341	37	3.3	37	97	0	226	22	32	18	26	1.97
205410410--205410579	49	3.5	49	98	0	322	30	34	7	27	1.85
205415378--205415587	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
205419269--205419365	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
205421460--205421543	30	2.8	29	77	15	91	13	21	1	64	1.35
205421494--205421549	18	3.1	18	76	5	51	7	19	3	69	1.27
205421519--205421543	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
205421546--205421576	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
205421624--205421680	5	11.0	5	75	20	55	3	17	1	77	1.00
205421624--205421680	16	3.7	14	82	15	60	3	17	1	77	1.00
205421622--205421691	20	3.3	20	73	18	63	4	18	1	75	1.04
205422596--205422648	11	4.9	10	80	15	61	18	3	3	73	1.14
205424352--205424448	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
205424901--205424966	10	6.6	10	76	10	64	36	10	21	31	1.87
205424901--205424966	20	3.3	20	83	8	73	36	10	21	31	1.87
205425014--205425084	25	2.9	25	89	2	108	29	23	22	23	1.99
205425015--205425096	24	3.4	25	82	12	84	30	21	23	24	1.99
205427839--205427885	14	3.4	14	85	5	60	44	6	29	19	1.75
205434380--205434425	10	4.7	10	83	2	58	8	4	4	82	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205434376--205434424	18	2.7	18	87	12	73	8	4	4	83	0.89
205434391--205434425	9	3.8	9	85	7	52	8	2	2	85	0.79
205434376--205434425	19	2.6	20	93	6	86	8	4	4	84	0.87
205434778--205434825	14	3.4	14	85	0	60	43	6	31	18	1.75
205444512--205444546	12	2.8	13	95	4	63	8	8	5	77	1.13
205446154--205446180	10	2.7	10	100	0	54	18	11	29	40	1.85
205462790--205462818	13	2.2	13	100	0	58	6	6	20	65	1.40
205465324--205465510	48	3.8	48	75	9	164	22	14	25	36	1.93
205469801--205469901	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
205477744--205477844	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770