genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.583.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          769   770   

This is table  583  of  770  ( 92376 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181995321--181995487	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
181999528--181999678	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
181999565--181999694	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
182007546--182007696	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
182007583--182007712	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
182015177--182015278	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
182019983--182020135	39	3.9	39	92	0	252	23	20	32	23	1.98
182019984--182020165	39	4.6	39	89	0	247	23	21	31	23	1.98
182028071--182028223	39	3.9	39	92	0	252	23	20	32	23	1.98
182028072--182028253	39	4.6	39	89	0	247	23	21	31	23	1.98
182030705--182030770	24	2.8	24	81	4	80	22	18	33	25	1.97
182032937--182033013	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
182032935--182033025	20	4.6	20	95	0	164	35	10	20	32	1.88
182032946--182033020	11	7.4	11	71	17	72	36	12	20	32	1.89
182033072--182033284	23	9.1	23	89	2	318	27	22	21	29	1.99
182033072--182033284	70	3.0	70	95	0	372	27	22	21	29	1.99
182033072--182033286	47	4.6	47	90	2	326	27	21	21	28	1.99
182033434--182033515	42	2.0	42	85	4	112	26	12	18	42	1.85
182038819--182038986	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
182046809--182046976	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
182050404--182050569	40	4.2	40	81	3	176	24	27	21	25	1.99
182050420--182050531	39	2.8	38	85	4	134	25	29	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182050420--182050569	79	1.9	78	83	6	196	24	28	22	26	1.99
182051394--182051439	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
182058400--182058566	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
182058400--182058566	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
182059392--182059437	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
182061320--182061364	10	4.4	10	88	5	54	68	0	4	26	1.08
182061448--182061492	24	1.9	23	86	4	63	40	8	4	46	1.55
182062189--182062227	17	2.3	17	95	0	69	71	0	15	12	1.14
182066051--182066080	14	2.1	14	93	0	51	26	0	13	60	1.34
182066666--182066691	13	2.0	13	100	0	52	7	0	30	61	1.24
182076536--182076605	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
182084355--182084424	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
182090465--182090676	40	5.3	40	82	2	212	24	26	22	26	2.00
182090465--182090676	80	2.7	80	82	2	248	24	26	22	26	2.00
182098436--182098638	40	5.2	40	82	5	218	23	27	23	26	2.00
182098488--182098638	37	4.0	36	87	6	185	23	27	21	27	1.99
182106430--182106641	40	5.3	40	82	2	212	24	26	22	26	2.00
182106430--182106641	80	2.7	80	82	2	248	24	26	22	26	2.00
182114453--182114664	40	5.3	40	82	2	212	24	26	22	26	2.00
182114453--182114664	80	2.7	80	82	2	248	24	26	22	26	2.00
182122471--182122682	40	5.3	40	82	2	212	24	26	22	26	2.00
182122471--182122682	80	2.7	80	82	2	248	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182127016--182127258	40	6.2	40	82	6	241	25	23	27	23	2.00
182127018--182127206	76	2.4	76	85	7	247	26	22	28	22	1.99
182134786--182134993	40	5.2	40	78	2	193	26	23	25	24	2.00
182137498--182137553	2	28.0	2	92	0	94	46	0	3	50	1.19
182137913--182138031	38	3.1	38	85	2	159	32	24	20	22	1.98
182142831--182142905	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
182142889--182142962	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
182150707--182150781	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
182150765--182150838	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
182153923--182153991	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
182157666--182157734	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
182161406--182161474	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
182170385--182170562	40	4.5	40	80	4	175	23	25	22	28	1.99
182173227--182173341	31	3.8	30	75	17	112	38	3	4	53	1.38
182176065--182176189	34	3.6	34	74	7	99	43	29	11	16	1.82
182181606--182181660	27	2.0	27	100	0	110	43	14	0	41	1.45
182184546--182184614	27	2.5	28	88	11	99	28	14	26	30	1.95
182184546--182184624	27	2.9	27	83	12	83	29	15	24	31	1.95
182187932--182188000	25	2.8	25	72	16	70	26	23	21	28	1.99
182195769--182195952	40	4.6	40	78	4	147	22	24	29	23	1.99
182195774--182195957	79	2.3	80	80	4	185	20	24	30	23	1.98
182207867--182208044	40	4.4	40	80	4	180	25	24	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182207867--182208058	80	2.4	80	81	3	208	26	23	26	22	2.00
182207987--182208070	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
182222194--182222288	47	2.0	47	87	4	138	28	24	11	35	1.90
182230168--182230270	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
182238143--182238245	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
182246516--182246724	116	1.8	116	90	2	339	31	11	24	32	1.90
182246689--182246896	40	5.2	40	84	0	218	25	22	26	25	2.00
182246691--182246896	80	2.6	80	84	1	243	25	22	26	25	2.00
182250663--182250771	37	2.9	37	88	0	164	26	28	18	26	1.98
182250922--182251018	50	1.9	50	89	4	151	28	25	8	37	1.85
182250976--182251262	47	6.1	47	91	2	418	26	29	11	32	1.92
182255515--182255697	40	4.6	39	74	8	129	26	24	27	22	2.00
182271001--182271130	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
182279671--182279954	48	5.9	48	76	9	256	33	28	17	20	1.96
182279671--182279955	96	3.0	96	86	3	394	33	28	17	20	1.96
182284069--182284111	23	1.9	23	90	4	70	37	4	16	41	1.69
182289944--182289984	21	2.0	21	85	4	57	48	0	4	46	1.23
182289972--182289996	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
182290034--182290147	17	6.2	18	69	22	76	54	3	1	40	1.28
182298615--182298781	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
182306609--182306791	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
182314714--182314896	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182324493--182324610	31	3.5	35	89	9	135	22	23	16	37	1.94
182324516--182324610	31	3.1	31	98	0	181	23	22	15	38	1.92
182324802--182324943	24	6.0	24	90	5	200	26	22	21	28	1.99
182324802--182324943	47	3.0	47	89	6	198	26	22	21	28	1.99
182324994--182325071	20	4.0	20	90	6	133	33	20	10	35	1.86
182324994--182325070	38	2.0	38	97	0	145	32	20	10	36	1.87
182325114--182325161	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
182332674--182332767	31	3.1	31	95	3	172	23	22	15	38	1.93
182332980--182333100	24	5.1	23	91	5	188	28	21	22	28	1.99
182332959--182333100	47	3.0	47	89	5	196	27	22	22	27	1.99
182332958--182333101	71	2.0	72	89	6	222	27	22	22	28	1.99
182333152--182333231	20	4.0	20	96	0	142	32	20	10	37	1.85
182333152--182333226	11	7.4	11	68	17	63	30	20	10	38	1.86
182333274--182333321	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
182343533--182343858	50	6.5	50	93	1	546	35	15	22	26	1.94
182348743--182349069	50	6.5	50	92	0	519	35	15	22	26	1.94
182361910--182362039	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
182361926--182362077	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
182361926--182362075	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
182376219--182376459	40	6.1	39	76	7	200	20	30	12	36	1.90
182376224--182376367	20	7.2	20	65	12	62	19	30	13	36	1.90
182376618--182376689	24	3.0	23	71	18	58	38	2	18	40	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182378208--182378323	44	2.8	42	79	10	105	31	25	17	25	1.97
182384862--182384899	20	1.9	20	88	0	58	18	21	18	42	1.90
182387283--182387485	40	5.1	40	85	5	245	26	27	23	23	2.00
182387302--182387482	79	2.3	79	85	6	233	27	26	22	23	2.00
182389616--182389642	13	2.1	13	100	0	54	14	25	22	37	1.93
182395865--182395998	40	3.3	40	83	4	146	29	21	25	23	1.99
182403891--182404061	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
182411921--182412060	39	3.7	38	82	10	153	27	23	27	21	1.99
182411959--182412140	37	4.8	37	78	11	163	23	24	29	23	1.99
182411964--182412139	74	2.3	75	81	8	187	23	25	29	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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