Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  687  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
216475113--216475200
30
3.0
30
81
8
99
10
17
15
56
1.66
216482904--216482950
24
1.9
25
82
4
60
53
8
4
34
1.51
216483682--216483728
24
2.0
24
82
0
58
8
8
6
76
1.15
216486456--216486631
46
3.8
46
81
10
232
20
21
29
28
1.98
216486452--216486623
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98
216489573--216489641
15
4.6
15
83
0
84
11
17
13
57
1.64
216489564--216489651
30
3.0
30
81
8
99
10
17
15
56
1.66
216492030--216492205
46
3.8
46
81
10
232
20
21
29
28
1.98
216492026--216492197
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98
216494931--216495029
28
3.5
28
87
4
119
27
15
27
30
1.96
216497993--216498159
40
4.2
40
79
6
169
26
22
26
24
2.00
216505981--216506147
40
4.2
40
79
6
169
26
22
26
24
2.00
216515227--216515289
32
2.0
32
96
0
117
26
11
22
39
1.87
216518083--216518146
31
2.1
31
90
0
101
25
23
15
35
1.94
216518339--216518501
23
7.0
24
92
6
257
28
22
20
28
1.98
216518360--216518500
47
3.1
47
93
6
245
29
21
19
29
1.98
216518558--216518614
9
5.9
9
73
15
51
35
21
8
35
1.84
216518554--216518616
20
3.2
20
95
0
117
31
19
12
36
1.89
216518653--216518700
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
216524936--216525015
20
4.0
20
91
0
124
30
20
12
37
1.89
216531849--216531994
37
3.9
37
92
0
247
27
31
17
23
1.97
216532141--216532275
48
2.8
48
91
0
216
30
28
7
34
1.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
216532253--216532438
47
4.0
47
93
0
300
26
28
11
33
1.92
216536917--216537135
40
5.5
41
81
5
222
23
26
24
25
2.00
216546859--216546936
29
2.7
29
83
0
102
21
33
17
26
1.96
216547838--216547940
37
2.8
37
96
0
188
24
32
20
23
1.98
216548081--216548279
48
4.1
48
97
0
371
30
28
7
34
1.84
216548258--216548300
21
2.0
21
100
0
86
37
27
0
34
1.57
216548210--216548348
69
2.0
69
100
0
278
33
27
5
33
1.81
216548279--216548430
48
3.2
48
99
0
295
31
27
6
34
1.83
216548162--216548396
117
2.0
117
98
0
452
32
27
5
34
1.81
216548114--216548430
165
1.9
165
99
0
625
31
27
6
34
1.83
216551681--216551837
28
5.5
28
76
7
131
30
28
18
22
1.97
216551708--216551809
29
3.6
29
77
7
109
28
29
17
24
1.97
216551681--216551841
57
2.8
57
88
1
225
30
28
18
22
1.97
216551869--216552437
40
14.2
40
93
0
807
27
27
20
24
1.99
216553726--216553828
37
2.8
37
96
0
188
24
32
20
23
1.98
216553969--216554153
48
3.9
48
94
0
316
30
28
6
34
1.83
216555909--216555965
15
3.9
15
81
2
71
35
3
12
49
1.58
216556349--216556444
21
4.5
21
89
2
129
13
22
27
36
1.92
216556336--216556444
42
2.5
42
85
2
137
15
22
25
35
1.94
216562305--216562361
15
3.9
15
88
2
89
35
0
12
52
1.39
216562443--216562485
22
2.0
21
86
4
59
34
0
20
44
1.52
216562750--216562813
21
3.0
21
79
0
74
17
23
23
35
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
216565599--216565665
15
4.5
15
84
0
71
11
19
13
55
1.69
216565588--216565675
30
3.0
30
78
8
90
10
18
15
55
1.68
216575761--216575928
40
4.2
40
85
5
198
26
27
22
23
1.99
216575761--216575928
80
2.1
80
86
4
232
26
27
22
23
1.99
216583852--216583933
42
2.0
42
85
0
110
25
35
20
18
1.95
216593002--216593145
40
3.6
40
84
4
175
24
20
30
24
1.99
216596971--216597039
28
2.5
28
95
2
122
18
10
27
43
1.82
216598642--216598679
20
1.9
20
88
0
58
52
10
2
34
1.50
216604944--216605012
28
2.5
28
95
2
122
18
10
27
43
1.82
216606630--216606667
20
1.9
20
88
0
58
52
10
2
34
1.50
216607894--216607940
23
2.0
23
95
0
85
25
10
4
59
1.49
216614977--216615142
40
4.2
39
82
4
158
24
27
22
25
2.00
216614992--216615142
80
1.9
79
83
6
198
23
27
23
26
2.00
216620641--216620789
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
216620682--216620789
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
216625288--216625357
27
2.5
28
86
2
97
32
25
14
27
1.94
216625365--216625471
42
2.5
42
96
0
196
22
33
14
28
1.94
216632518--216632587
27
2.5
28
86
2
97
32
25
14
27
1.94
216632595--216632701
42
2.5
42
96
0
196
22
33
14
28
1.94
216634410--216634450
18
2.3
18
91
0
64
29
9
9
51
1.67
216639785--216639938
27
5.5
27
82
4
164
31
25
14
28
1.95
216639785--216639938
29
5.5
28
81
6
145
31
25
14
28
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
216639785--216639888
55
1.9
55
100
0
208
35
24
13
26
1.92
216647628--216647726
29
3.5
28
83
5
119
28
26
16
29
1.97
216648360--216648389
2
15.0
2
92
0
51
46
0
3
50
1.18
216651994--216652191
71
2.8
70
92
3
294
33
17
28
20
1.95
216652060--216652177
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
216652028--216652191
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
216659548--216659745
71
2.8
70
92
3
294
33
17
28
20
1.95
216659614--216659731
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
216659582--216659745
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
216663098--216663153
26
2.2
26
100
0
112
30
7
26
35
1.83
216668732--216668833
28
3.5
29
81
6
109
28
27
14
29
1.95
216671578--216671749
75
2.3
77
92
2
285
33
25
19
22
1.97
216674620--216674767
40
3.8
38
77
12
149
26
23
27
22
1.99
216674619--216674783
78
2.1
78
82
7
201
26
23
27
23
2.00
216679312--216679529
40
5.7
40
82
10
210
25
27
22
25
2.00
216679340--216679529
76
2.5
74
82
11
215
25
26
21
26
1.99
216687355--216687576
40
5.6
39
87
7
256
24
26
22
26
2.00
216687355--216687576
118
1.9
119
81
10
276
24
26
22
26
2.00
216692925--216693021
40
2.4
40
83
8
117
25
28
17
27
1.98
216698099--216698221
61
2.0
61
100
0
246
41
13
17
27
1.87
216700099--216700191
39
2.4
39
94
0
159
24
21
31
22
1.98
216700126--216700261
69
2.0
65
81
5
155
22
18
30
27
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
216707155--216707305
40
3.8
39
82
2
142
23
27
22
25
2.00
216707155--216707305
80
1.9
79
83
6
198
23
27
22
25
2.00
216715155--216715305
40
3.8
39
82
2
142
23
27
22
25
2.00
216715155--216715305
80
1.9
79
83
6
198
23
27
22
25
2.00
216719363--216719406
20
2.2
20
100
0
88
38
4
29
27
1.76
216731044--216731072
2
14.5
2
100
0
58
51
0
0
48
1.00
216732186--216732299
45
2.5
46
78
7
124
28
16
29
25
1.97
216734447--216734629
40
4.7
40
86
9
243
26
27
21
24
2.00
216734447--216734629
77
2.3
80
86
7
250
26
27
21
24
2.00
216742543--216742726
39
4.7
40
86
8
243
26
27
21
24
1.99
216742543--216742726
79
2.3
80
84
8
243
26
27
21
24
1.99
216745330--216745537
39
5.3
39
81
6
224
25
22
26
25
2.00
216749924--216750053
40
3.2
40
81
2
163
24
28
23
23
2.00
216757933--216758100
40
4.2
40
80
1
167
23
27
23
25
2.00
216757949--216758098
80
1.9
80
83
5
196
22
27
24
26
2.00
216767539--216767705
40
4.2
40
82
2
185
24
26
22
26
2.00
216770086--216770231
40
3.7
40
79
9
165
25
23
28
23
2.00
216770086--216770236
78
1.9
80
83
5
200
25
22
28
23
1.99
216771524--216771782
133
1.9
133
98
0
500
25
15
26
32
1.96
216778199--216778385
71
2.7
68
93
5
281
18
28
18
34
1.95
216778222--216778385
71
2.3
71
100
0
328
18
28
17
35
1.94
216778222--216778419
71
2.8
70
92
3
276
20
28
17
33
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
216785761--216785947
71
2.7
68
93
5
281
18
28
18
34
1.95
216785784--216785947
71
2.3
71
100
0
328
18
28
17
35
1.94
216785784--216785981
71
2.8
70
92
3
276
20
28
17
33
1.95
216789244--216789344
28
3.5
29
86
6
125
29
27
13
28
1.95
216797081--216797181
28
3.5
29
86
6
125
29
27
13
28
1.95
216798485--216798523
20
2.1
19
90
9
62
7
15
0
76
0.99
216799596--216799787
40
4.8
40
90
1
296
23
22
28
25
1.99
216803484--216803586
29
3.6
29
81
2
118
23
16
32
28
1.96
216807469--216807619
40
3.8
40
78
6
155
27
23
27
21
1.99
216807471--216807619
80
1.9
79
84
6
203
26
24
27
21
1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770