genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.406.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  406  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124697785--124697948	40	4.1	40	81	4	179	25	26	22	25	2.00
124703830--124703940	37	3.0	37	91	0	177	30	31	16	21	1.95
124703830--124703968	37	3.8	37	87	0	152	28	30	16	24	1.97
124704970--124705018	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
124705839--124706005	40	4.2	40	78	6	160	26	22	26	23	2.00
124710809--124710919	40	2.8	39	81	9	109	22	29	23	24	1.99
124710809--124710958	80	1.9	80	83	5	196	22	28	23	26	1.99
124717152--124717544	51	7.8	50	74	4	245	25	17	26	29	1.98
124717207--124717391	101	1.8	99	86	0	244	26	17	27	29	1.97
124717152--124717471	150	2.1	151	83	1	399	25	17	26	30	1.97
124719514--124719935	48	8.8	48	80	3	429	28	18	27	25	1.98
124719510--124719935	96	4.4	96	88	1	586	29	17	27	25	1.98
124732009--124732256	40	6.2	40	84	4	279	25	20	27	26	1.99
124732009--124732256	120	2.1	120	84	5	315	25	20	27	26	1.99
124733632--124734028	48	8.2	48	77	5	336	27	18	28	25	1.98
124733632--124734028	96	4.1	96	86	4	471	27	18	28	25	1.98
124741960--124742061	29	3.6	28	80	7	107	29	33	16	20	1.95
124746132--124746190	26	2.4	25	78	16	70	38	23	5	32	1.77
124747074--124747182	42	2.5	45	82	10	136	34	24	16	23	1.95
124747042--124747204	43	3.8	42	77	8	132	31	23	16	28	1.96
124747623--124747710	27	3.3	27	82	4	90	30	12	17	39	1.86
124755760--124755842	27	3.3	27	60	16	68	34	4	26	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124755719--124756033	47	6.7	49	89	5	429	33	7	29	28	1.85
124759134--124759191	28	2.2	26	84	6	71	51	3	1	43	1.28
124769737--124769967	40	5.8	40	87	4	290	21	21	29	28	1.99
124769738--124769967	79	2.9	80	85	3	286	21	21	29	27	1.99
124769738--124769967	119	1.9	120	86	4	331	21	21	29	27	1.99
124782843--124782985	39	3.7	39	90	2	234	22	30	20	26	1.99
124782803--124782984	77	2.3	79	89	2	269	23	29	22	24	1.99
124790034--124790176	39	3.7	39	90	2	234	22	30	20	26	1.99
124789994--124790175	77	2.3	79	89	2	269	23	29	22	24	1.99
124792731--124792777	15	3.1	15	81	0	67	48	12	2	36	1.53
124793701--124793764	32	2.0	32	85	8	87	46	7	0	45	1.32
124793744--124793781	19	1.9	19	89	5	58	44	2	0	52	1.14
124804555--124804582	14	2.0	14	100	0	56	28	35	21	14	1.92
124810237--124810494	55	4.9	54	79	7	262	34	18	25	21	1.96
124810245--124810445	108	1.8	110	88	4	309	33	18	25	22	1.97
124810684--124810714	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
124815234--124815506	48	5.7	47	76	9	248	28	18	27	26	1.98
124815229--124815506	96	2.9	96	90	3	416	28	17	27	25	1.98
124819562--124819635	25	3.0	25	78	4	78	33	24	14	27	1.94
124819595--124819655	25	2.4	25	83	5	70	31	24	21	22	1.98
124824257--124824483	48	4.7	47	79	12	153	25	32	17	24	1.97
124824255--124824520	49	5.6	47	75	10	179	25	31	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124824397--124824614	48	4.7	46	76	14	166	24	30	16	28	1.97
124824715--124824771	19	3.0	19	97	0	105	24	17	26	31	1.97
124830003--124830103	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
124837944--124838044	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
124839436--124839543	24	4.5	24	81	7	114	35	21	17	25	1.95
124839458--124839545	24	3.7	23	86	10	133	37	21	17	23	1.94
124839436--124839543	47	2.3	48	87	7	150	35	21	17	25	1.95
124843399--124843565	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
124851379--124851545	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
124853904--124854124	40	5.6	40	89	1	320	23	20	29	26	1.99
124858000--124858037	20	1.9	19	89	5	58	15	7	2	73	1.17
124860770--124860798	14	2.1	14	93	6	51	41	3	55	0	1.17
124865741--124865932	40	4.9	40	78	15	231	30	26	20	22	1.98
124865798--124865857	31	1.9	31	96	0	111	30	23	20	26	1.98
124873817--124873963	40	3.7	40	90	0	213	32	23	20	23	1.98
124878261--124878411	77	1.9	78	94	2	268	23	20	32	23	1.98
124878250--124878411	39	4.2	39	91	2	263	22	19	32	24	1.97
124878250--124878442	39	4.9	39	89	1	253	22	21	32	23	1.98
124886216--124886378	39	4.2	39	93	0	272	22	20	32	24	1.98
124886216--124886409	39	4.9	39	90	0	262	22	21	31	23	1.98
124886233--124886447	78	2.7	78	85	5	227	23	22	31	22	1.99
124896974--124897097	39	3.2	38	82	6	108	28	29	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124896987--124897153	40	4.2	40	83	6	198	26	28	21	23	1.99
124896987--124897153	79	2.1	79	86	5	230	26	28	21	23	1.99
124904985--124905152	40	4.2	40	85	5	207	26	28	22	23	1.99
124904985--124905152	80	2.1	80	87	4	241	26	28	22	23	1.99
124908743--124908895	40	3.8	40	78	9	143	22	23	28	25	2.00
124916721--124916873	40	3.8	40	78	9	143	22	23	28	25	2.00
124920670--124920787	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
124920638--124920801	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
124928114--124928231	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
124928082--124928245	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
124933251--124933351	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
124938126--124938236	40	2.8	40	80	10	129	23	24	27	24	2.00
124943887--124943989	40	2.6	40	79	0	98	35	25	14	24	1.93
124951113--124951173	29	2.1	29	96	0	113	21	9	14	54	1.69
124951668--124951735	34	1.9	35	88	5	102	35	11	1	51	1.48
124960765--124960920	43	3.6	43	73	10	131	26	18	22	32	1.97
124964072--124964256	40	4.7	39	77	9	162	27	22	26	23	1.99
124972086--124972264	39	4.6	38	79	11	134	27	22	26	22	1.99
124975296--124975479	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
124983412--124983595	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
124983452--124983640	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
124985309--124985514	40	5.2	39	81	8	204	24	22	28	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124985309--124985502	78	2.5	80	82	3	241	24	22	28	24	2.00
124987021--124987175	43	3.7	42	75	8	145	27	27	18	26	1.98
124987489--124987517	15	1.9	15	100	0	58	55	13	0	31	1.39
124991199--124991369	93	1.8	93	91	2	281	28	27	21	22	1.99
124991192--124991366	46	3.8	45	78	10	192	29	27	20	22	1.99
124991242--124991385	46	3.1	44	71	20	109	30	27	18	22	1.98
124991789--124991848	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
124992887--124992976	29	3.1	28	90	4	135	30	27	13	28	1.94
124994854--124994932	31	2.5	31	79	0	86	49	12	17	20	1.79
124994884--124994930	19	2.6	18	73	13	51	48	17	17	17	1.81
124995335--124995604	27	10.0	27	85	0	360	24	20	19	35	1.96
124999139--124999228	29	3.1	29	88	1	128	31	27	12	28	1.93
124999433--124999475	16	2.7	16	81	0	50	13	16	13	55	1.69
125006070--125006193	45	2.7	47	81	15	152	28	29	20	21	1.98
125006611--125006670	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
125013473--125013642	45	3.7	47	77	17	169	27	29	21	21	1.99
125013473--125013642	93	1.8	93	94	1	306	27	29	21	21	1.99
125020405--125020555	29	5.2	29	83	3	196	21	25	15	37	1.92
125022817--125023037	53	4.1	54	75	4	169	40	17	22	20	1.91
125028404--125028718	24	13.1	24	97	0	549	20	18	25	35	1.95
125036484--125036773	24	12.9	24	87	11	402	21	19	23	35	1.96
125036488--125036773	92	3.2	91	89	8	419	21	19	23	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125036484--125036766	116	2.5	112	90	5	450	21	19	23	35	1.96
125040661--125040762	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
125048507--125048608	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
125057717--125057815	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
125070777--125070826	17	2.9	17	77	16	50	54	0	14	32	1.40
125071195--125071250	29	2.0	28	92	3	94	19	21	28	30	1.98
125071226--125071328	48	2.1	48	96	0	188	23	15	22	38	1.92
125074894--125074933	11	3.7	11	86	3	55	35	0	0	65	0.93
125081872--125081896	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
125082572--125082881	47	6.6	47	73	16	193	27	19	29	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770