Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr14
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244914714

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770   

This is table  99  of  770  ( 92376 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28807558--28807635
19
4.1
19
70
25
58
64
0
8
26
1.23
28807585--28807704
12
9.2
13
70
21
83
67
0
8
23
1.23
28807568--28807704
36
3.9
36
75
17
119
66
0
8
24
1.25
28807568--28807682
36
3.1
38
79
13
125
66
0
8
24
1.26
28807652--28807699
18
2.7
18
90
9
73
70
0
8
20
1.12
28807670--28807737
24
3.0
23
78
18
79
67
0
11
20
1.21
28807730--28807762
5
6.4
5
96
3
57
60
0
3
36
1.12
28807828--28807865
19
1.9
19
94
5
67
15
13
0
71
1.16
28808440--28808575
57
2.4
56
85
3
168
31
22
17
28
1.96
28811531--28811578
14
3.6
14
75
8
55
64
0
0
35
0.94
28811952--28811992
20
2.0
20
85
0
55
51
7
9
31
1.62
28816333--28816408
30
2.5
30
80
4
82
39
0
2
57
1.12
28821988--28822014
13
2.1
13
100
0
54
37
14
7
40
1.74
28824799--28824869
16
4.4
16
81
10
83
38
1
26
33
1.65
28825219--28825253
15
2.2
16
90
5
54
57
2
5
34
1.37
28827406--28827486
40
2.0
40
92
0
135
48
22
8
20
1.77
28829963--28834397
213
20.8
213
89
2
6452
33
20
16
30
1.94
28834940--28834979
14
2.9
14
81
3
55
30
0
2
67
1.04
28838729--28838818
41
2.2
41
84
2
110
33
22
23
21
1.97
28838744--28838861
41
2.9
41
87
0
146
34
23
20
21
1.96
28838838--28838887
26
1.9
26
100
0
100
32
24
20
24
1.98
28838875--28839064
41
4.6
42
91
2
298
22
21
30
26
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28839373--28839422
18
2.7
18
84
9
66
46
4
2
48
1.32
28841360--28841420
5
13.0
5
74
19
60
36
3
0
60
1.13
28841370--28841422
19
2.8
19
85
8
72
37
5
0
56
1.23
28845209--28845244
12
3.0
12
87
0
54
30
25
5
38
1.78
28845778--28845844
33
2.0
33
88
0
98
35
22
29
11
1.90
28853537--28853890
75
4.9
71
75
10
295
27
16
22
33
1.95
28854105--28854243
72
1.9
71
84
4
181
23
13
23
38
1.91
28854296--28854511
88
2.5
87
84
5
276
26
17
20
35
1.95
28854469--28854615
54
2.9
51
82
10
192
28
15
19
36
1.92
28855978--28856027
20
2.5
20
78
15
57
0
58
2
40
1.10
28856907--28856967
5
13.0
5
74
19
60
36
3
0
60
1.13
28856917--28856969
19
2.8
19
85
8
72
37
5
0
56
1.23
28857913--28857947
15
2.3
15
95
0
61
57
0
8
34
1.29
28857919--28857986
24
2.8
23
76
10
64
57
0
4
38
1.19
28862173--28863453
372
3.4
373
98
0
2487
35
14
10
38
1.81
28863545--28863612
24
2.8
24
89
8
111
27
20
7
44
1.78
28863788--28863843
15
3.8
15
80
20
73
46
0
0
53
1.00
28863948--28864173
9
24.6
9
74
8
125
47
13
1
38
1.51
28863948--28864173
18
12.3
18
73
9
143
47
13
1
38
1.51
28864090--28864173
17
4.8
17
77
5
78
50
13
1
35
1.49
28863976--28864197
114
1.9
114
85
3
304
47
13
0
38
1.48
28869354--28869382
14
2.1
14
93
6
51
34
0
6
58
1.25
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28869789--28869850
21
3.0
21
92
0
97
29
17
51
1
1.55
28870203--28870297
43
2.2
43
87
5
131
24
23
26
26
2.00
28876307--28876399
18
5.2
18
88
0
141
33
17
22
26
1.96
28876308--28876399
36
2.6
36
94
0
157
33
17
21
27
1.96
28880425--28880552
63
2.0
63
100
0
256
39
20
30
9
1.84
28884819--28884901
41
2.0
41
100
0
166
34
14
24
26
1.94
28886088--28886187
49
2.0
49
100
0
200
48
15
18
19
1.82
28896395--28896429
3
11.7
3
100
0
70
0
34
0
65
0.93
28897615--28897661
18
2.6
18
93
0
76
29
10
23
36
1.89
28903651--28903690
6
6.7
6
97
0
71
87
12
0
0
0.54
28904672--28904712
21
2.0
21
85
4
57
19
0
9
70
1.14
28912332--28912497
47
3.6
45
84
5
174
33
27
13
25
1.94
28912378--28912506
47
2.7
47
91
0
204
31
28
13
26
1.94
28915018--28915268
133
1.8
137
83
9
309
47
2
7
43
1.44
28915958--28915999
16
2.5
18
85
14
63
23
0
2
73
0.94
28915959--28915997
17
2.3
17
91
8
62
20
0
2
76
0.90
28917013--28917160
40
3.7
40
78
13
142
38
18
22
20
1.93
28916971--28917160
40
4.7
39
74
15
122
38
19
21
20
1.94
28917155--28917432
138
2.0
140
83
4
348
28
22
25
23
1.99
28918916--28918940
10
2.5
10
100
0
50
12
44
0
44
1.41
28922262--28922630
183
2.0
183
96
0
684
27
15
14
42
1.86
28922830--28922858
15
1.9
15
100
0
58
24
6
20
48
1.74
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28923120--28924342
274
4.5
275
98
0
2303
35
13
13
37
1.84
28924552--28924607
15
3.8
15
77
20
64
46
1
0
51
1.11
28924719--28924865
44
3.4
43
77
12
156
46
12
2
38
1.56
28924712--28924901
9
20.6
9
73
10
98
46
13
2
37
1.55
28924685--28924892
96
2.1
96
79
5
222
47
12
2
38
1.54
28930055--28930083
14
2.1
14
93
6
51
34
0
6
58
1.25
28930492--28930532
21
2.0
21
95
0
73
26
19
53
0
1.45
28938045--28938145
28
3.5
28
86
6
114
29
13
26
29
1.94
28940468--28940528
30
2.0
30
83
0
77
31
22
8
37
1.84
28943219--28943350
29
4.5
29
97
1
237
24
23
14
37
1.92
28943219--28943350
59
2.3
59
95
1
239
24
23
14
37
1.92
28951070--28951201
29
4.5
29
97
1
237
24
23
14
37
1.92
28951070--28951201
59
2.3
59
95
1
239
24
23
14
37
1.92
28955720--28955759
19
2.1
19
85
0
53
27
7
10
55
1.60
28960945--28961125
46
3.9
46
80
9
224
20
20
29
28
1.98
28960947--28961117
93
1.8
93
94
0
306
20
21
29
28
1.98
28962624--28962709
45
1.9
45
92
0
145
38
23
12
25
1.90
28975392--28975581
40
4.8
40
87
2
240
23
27
24
24
2.00
28975392--28975621
120
1.9
120
81
5
277
25
26
23
24
2.00
28977280--28977911
48
13.2
48
89
0
976
34
6
26
31
1.83
28977956--28978064
37
2.9
37
91
0
173
22
19
31
27
1.97
28986059--28986183
62
2.0
62
95
0
223
46
17
7
28
1.75
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28986405--28986444
15
2.7
15
84
0
53
57
15
17
10
1.64
28987312--28987342
14
2.2
14
94
0
53
41
19
3
35
1.67
28992219--28992357
29
4.8
29
95
0
235
27
32
16
23
1.96
28994308--28994365
30
1.9
30
89
0
89
39
8
22
29
1.84
28997073--28997167
31
3.1
31
92
0
154
37
14
21
26
1.92
28999897--28999991
31
3.1
31
95
0
163
38
14
21
25
1.91
29002927--29003032
36
3.2
36
65
27
106
29
12
26
32
1.92
29002882--29003069
63
3.0
63
96
0
340
28
11
26
33
1.91
29003507--29003661
38
4.1
38
93
0
247
17
23
26
32
1.97
29013220--29013255
16
2.2
17
90
5
56
16
13
19
50
1.79
29016531--29016600
21
3.2
21
64
18
52
41
25
11
21
1.86
29016518--29016608
45
2.0
45
93
0
155
38
24
12
25
1.90
29021124--29021306
39
4.6
39
87
0
240
24
22
30
22
1.99
29028555--29028737
39
4.6
39
87
0
240
24
22
30
22
1.99
29031155--29031351
27
7.3
27
88
4
254
28
23
8
39
1.83
29031155--29031351
54
3.6
54
88
0
286
28
23
8
39
1.83
29031155--29031351
81
2.4
81
86
1
288
28
23
8
39
1.83
29031344--29031494
27
5.6
27
83
0
194
39
21
9
30
1.84
29031220--29031386
81
2.1
81
79
0
172
31
24
8
35
1.85
29031344--29031497
54
2.9
54
92
0
245
38
21
9
30
1.86
29034949--29035199
27
9.3
27
85
6
312
28
23
8
39
1.84
29034960--29035287
27
12.2
27
82
0
100
31
23
8
36
1.85
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
29034949--29035198
54
4.6
54
91
0
401
28
23
8
39
1.84
29034949--29035199
81
3.1
81
85
4
371
28
23
8
39
1.84
29035192--29035341
54
2.8
54
92
1
248
40
21
7
31
1.81
29035192--29035342
27
5.6
27
84
1
205
39
21
7
31
1.80
29037587--29037647
24
2.6
24
94
2
106
24
8
11
55
1.62
29038028--29038075
19
2.6
18
81
18
55
43
2
10
43
1.50
29043573--29043619
23
2.0
23
100
0
94
44
17
17
21
1.86
29044268--29044419
29
5.3
29
74
6
116
26
30
14
27
1.95
29049349--29049536
40
4.7
40
87
1
243
26
30
20
22
1.98
29049337--29049540
80
2.5
80
84
3
275
28
29
19
23
1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   445   446   447   448   
          449   450   451   452   453   454   455   456   457   458   459   460   461   462   463   464   
          465   466   467   468   469   470   471   472   473   474   475   476   477   478   479   480   
          481   482   483   484   485   486   487   488   489   490   491   492   493   494   495   496   
          497   498   499   500   501   502   503   504   505   506   507   508   509   510   511   512   
          513   514   515   516   517   518   519   520   521   522   523   524   525   526   527   528   
          529   530   531   532   533   534   535   536   537   538   539   540   541   542   543   544   
          545   546   547   548   549   550   551   552   553   554   555   556   557   558   559   560   
          561   562   563   564   565   566   567   568   569   570   571   572   573   574   575   576   
          577   578   579   580   581   582   583   584   585   586   587   588   589   590   591   592   
          593   594   595   596   597   598   599   600   601   602   603   604   605   606   607   608   
          609   610   611   612   613   614   615   616   617   618   619   620   621   622   623   624   
          625   626   627   628   629   630   631   632   633   634   635   636   637   638   639   640   
          641   642   643   644   645   646   647   648   649   650   651   652   653   654   655   656   
          657   658   659   660   661   662   663   664   665   666   667   668   669   670   671   672   
          673   674   675   676   677   678   679   680   681   682   683   684   685   686   687   688   
          689   690   691   692   693   694   695   696   697   698   699   700   701   702   703   704   
          705   706   707   708   709   710   711   712   713   714   715   716   717   718   719   720   
          721   722   723   724   725   726   727   728   729   730   731   732   733   734   735   736   
          737   738   739   740   741   742   743   744   745   746   747   748   749   750   751   752   
          753   754   755   756   757   758   759   760   761   762   763   764   765   766   767   768   
          769   770